酵母蛋白质的序列相似性分析

介绍了蛋白质序列相似性分析的进展 ,并以对酵母蛋白质所做的工作为例 ,详细说明了蛋白质序列相似性分析的过程和有关算法 ,阐明了将蛋白质的结构分析和功能预测结合起来对序列相似性分析的意义 ,还针对蛋白质结构分析和功能预测的方法 ,提出了一些目前存在的问题 ,作为以后研究工作的出发点 .

济宁青山羊雌激素β受体基因同源性比较与主要功能结构域预测分析

比较我国优良地方品种——济宁青山羊β雌激素受体(ERβ)的基因序列与其它动物间的同源性,分析其功能性结构基团氨基酸变异,阐释其生物学意义。根据NCBI发布的绵羊ERβ基因序列设计两对引物,使用RT-PCR方法扩增、鉴定、测序,并用DNAstar软件对其进行比对,预测分析其抗原区域、二级结构、蛋白质骨架柔性区域、表面可及性区域氨基酸组成及三级结构。研究发现,扩增得到了两段长度为640 bp和981 bp的ERβ目的基因片段。

基于高通量测序解析赊店老酒浓香型白酒大曲古菌群落多样性

该研究采用高通量测序技术对赊店老酒制作的浓香型白酒大曲的古菌群落多样性进行分析,并进行蛋白直系同源簇(COG)功能预测。结果表明,大曲的优势古菌门(相对丰度>1%)为广古菌门(Euryarchaeota),相对丰度为98.51%;优势古菌属(相对丰度>1%)为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、甲烷囊菌属(Methanoculleus)、甲烷发菌属(Methanothrix)、盐碱球菌属(Halalkalicoccus)、Methanomassiliicoccus、甲烷球形菌属(Methanosphaera)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)、Methanospirillum、甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter),相对丰度分别为61.92%、10.51%、7.17%、6.30%、3.84%、1.72%、1.61%、1.07%、1.04%、1.00%。此外,首次在大曲中发现盐碱球菌属(Halalkalicoccus)、热球菌属(Thermococcus)、甲烷绳菌属(Methanolinea)、亚硝化侏儒菌属(Nitrosopumilus)。COG功能主要富集在翻译、核糖体结构和生物发生,能源生产与转化,氨基酸转运和代谢,辅酶运输和代谢,复制、重组和修复,转录,反映了大曲中各种酶系的合成活跃。

水稻蛋白质相互作用网络的预测与分析

通过同源映射的方法,利用6个模式物种的蛋白质相互作用数据预测水稻的蛋白质相互作用网络.预测到水稻中有4483个蛋白质参与了24942个蛋白质相互作用.通过GO注释,结构域相互作用,基因共表达等3个证据评估预测网络的质量,并对网络进行了拓扑属性分析.结果表明水稻的蛋白质相互作用网络符合scale-free属性.通过对网络中功能模块的分析,可以预测蛋白质的功能和亚细胞定位信息.

广西德保猪抵抗素基因的克隆与分析

【目的】克隆广西德保猪抵抗素(Resistin,RENT)基因并进行系统生物信息学分析,阐明德保猪脂肪细胞分化与脂肪生成的分子机制。【方法】根据NCBI已公布的猪RENT基因序列(NM_213783.2)设计特异性引物,以从德保猪血液中提取的总RNA为模板,PCR扩增RENT基因序列,T-A克隆至pEASY-T1载体后进行测序分析,并将所得测序结果用BLAST程序、MEGA 5.0软件、EXPASY服务器、SMART程序、SignIP程序、Softberry服务器和DNASTAR软件进行生物信息学分析。【结果】扩增获得468 bp的RENT基因序列片段,包含全长的德保猪RENT基因编码区和部分非编码区序列。多重序列比较分析结果显示,德保猪RENT基因编码区核酸序列与猪、牛、山羊、绵羊、人、兔、猕猴和豚鼠的同源性分别为100.0%、85.5%、85.5%、84.5%、81.2%、80.3%、80.0%和77.3%。德保猪RENT蛋白结构预测结果显示,其理论分子质量11.69 ku,等电点7.82,为弱碱性蛋白;N-末端存在信号肽,定位于胞质外,仅具有1个低复杂度结构域,包含1个α-螺旋、8个β-折叠、7个T-转角及两个无规则卷曲。【结论】RENT基因在德保猪中呈高度保守特征,是其脂肪细胞分化中的重要调控基因。

生物信息学的通天塔

对各种完整基因组的测序是一种重大的成就,但是由此所积累的大量数据才刚刚开始得到阐释.乍看来,任务(理解这些数据)是很直接了当的:对各种基因进行定位并对编码区进行翻译以建立它们的蛋白质产物;进行相似性(similarity)检索以与已知序列建立关系,并且通过进化关系上的推断来确定基因的功能;最后,使用已知的或者模型衍生的结构来根据结构推断功能.鉴于使用的数据量大,此过程应该尽可能自动化.