蛋白磷酸酶2A-Aα亚基基因5'侧翼区多态性在广东汉族人群中的分布

目的:探讨蛋白磷酸酶2A-Aα亚基基因PPP2RIA启动子区的遗传多态性在中国南方汉族人群中的分布特征。方法:随机选取部分广东汉族人群,获取全血基因组DNA。PCR扩增获得PPP2RIA基因5′-侧翼区的目的片段产物直接再测序,筛查并确证潜在的基因多态性位点,采用HaploView软件进行该人群多态性等位基因分布频率的分析、并与HapMap结果进行分布特征比较。结果:PCR扩增和成功测序63例健康人(126条染色体)PPP2RIA基因-1 844～+201nt的目的片段,序列比对发现该人群中6个已知多态性位点及其人群最小等位基因频率分别为-1 039 G>T(+Ins)(rs10414793,但其中T等位基因型含有29个碱基片段的插入)(8.73%)、-568 G>A(rs1864007)(25.40%)、-241 -/G(rsl 1453459)(26.90%)、+87 T>C(rs13344984)(7.94%)、+107 -/C(rs3833207)(30.16%)和+108 A>G(rs1 7554825)(7.94%);且其中2个位点在该人群中的分布与HapMap公布的国外人群数据存在不同(P<0.05);同时,该人群中还发现-512 G>A(2.38%)的潜在新多态性位点。结论:筛查PPP2RIA基因5′-侧翼区在中国广东汉族人群中多态性位点的等位基因分布,为进一步开展多态性功能性分析提供基础。

生物信息学技术分析人结直肠癌中蛋白磷酸酶2A催化亚基α(PPP2CA)表达与患者预后及免疫浸润的关系

目的通过分析蛋白磷酸酶2A催化亚基α(PPP2CA)在结直肠癌(CRC)中表达水平与患者预后及免疫浸润的关系,进一步了解CRC发生和进展中的相关机制。方法基于基因芯片数据库Oncomine和肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析在CRC组织和正常组织中PPP2CA表达水平的差异性;基于阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(UALCAN)和基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库分析PPP2CA的表达水平对CRC患者预后的影响;基于LinkedOmics平台构建PPP2CA的共表达网络并进行基因本体论(GO)富集分析和京东基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析;基于TIMER和GEPIA数据库分析PPP2CA与免疫浸润之间的相关性。基于c-BioPortal平台分析结肠腺癌(COAD)中PPP2CA的基因突变情况。结果与正常结直肠组织相比,在CRC组织中PPP2CA表达下调。高表达水平的PPP2CA预示着更好的总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)。在COAD中,PPP2CA的表达水平与包括CD8^(+)T细胞、中性粒细胞和树突状细胞在内的免疫浸润细胞呈正相关。而某些免疫细胞标志物,包括B细胞的CD19和CD38、M1巨噬细胞的一氧化氮合酶2(NOS2)、M2巨噬细胞的精氨酸酶1(Arg1)和甘露糖受体C1(MRC1)、肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的人类白细胞抗原G(HLA-G)和CD80、单核细胞的CD14和IgG Fc段受体Ⅲa(FCGR3A),却显示出不同的PPP2CA相关免疫浸润模式:即PPP2CA表达水平与COAD和直肠腺癌(READ)中的B细胞、巨噬细胞、单核细胞、TAM、1型辅助T(Th1)细胞、Th2细胞、调节性T细胞、衰竭T细胞和中性粒细胞均显著相关。结论PPP2CA在CRC组织表达水平下调,并且与免疫浸润密切相关。

大豆蛋白磷酸酶基因GmPP2C28的克隆与表达分析

为解析植物蛋白磷酸酶2C(PP2C)在豆科植物与根瘤菌共生互作过程中的作用,以大豆为研究材料,克隆了大豆的一个蛋白磷酸酶基因GmPP2C28,并对其编码蛋白进行了亚细胞定位,随后在大肠杆菌中对其重组蛋白进行了表达和纯化。此外,通过荧光定量PCR技术,分析了GmPP2C28基因在大豆不同组织及接种根瘤菌后不同时期根系中的表达模式。结果表明,GmPP2C28完整编码区的cDNA序列长度为1029 bp,编码343个氨基酸,其编码蛋白定位于拟南芥原生质体的细胞核。体外重组蛋白以可溶形式高效表达,目的条带大小为37 kD左右。GmPP2C28基因在大豆的根和根瘤中表达水平较高,在接种根瘤菌后的大豆根中表达水平呈现先升高再下降的表达模式。

磷酸酶与张力蛋白同源物/蛋白激酶B/鼠双微体基因2信号通路相关蛋白表达及与胃癌复发转移的关联

目的探究磷酸酶与张力蛋白同源物(PTEN)/蛋白激酶B(AKT)/鼠双微体基因2(MDM2)信号通路相关蛋白表达及与胃癌复发转移的关联。方法回顾性分析2017年6月至2019年6月江苏大学附属医院收治的130例胃癌患者手术切除胃癌组织及癌旁组织。采用GEPIA数据库分析PTEN、p-AKT、p-MDM2在胃癌组织中的表达,比较癌旁组织、胃癌组织PTEN、p-AKT、p-MDM2蛋白表达水平。随访至2022年6月,按照复发转移情况将患者分为复发转移组和无复发转移组。比较两组患者胃癌组织PTEN、p-AKT、p-MDM2蛋白表达水平。采用Logistic回归分析法分析胃癌复发转移的影响因素。结果GEPIA分析TCGA数据库和GTEx项目来源的数据发现,胃癌组织的PTEN水平低于正常组织,p-AKT、p-MDM2水平均高于正常组织(P<0.05)。与癌旁组织比较,胃癌组织PTEN蛋白表达水平降低,p-AKT、p-MDM2蛋白表达水平升高(P<0.05)。与无复发转移组比较,复发转移组胃癌组织PTEN蛋白表达水平降低,p-AKT、p-MDM2蛋白表达水平升高(P<0.05)。对130例患者进行随访,随访时间36~60个月,平均随访时间(49.31±8.35)个月,中位随访时间为46个月。其中复发转移患者59例,无复发转移患者71例。与无复发转移组比较,复发转移组Ⅲ-Ⅳ期、中低分化、浸润深度T 3-T 4构成比升高(P<0.05)。Logistic回归分析显示,TNM分期(OR=2.125,95%CI:1.101~3.150)、分化程度(OR=2.659,95%CI:1.365~3.953)、浸润深度(OR=3.037,95%CI:1.254~4.821)、p-AKT(OR=3.142,95%CI:2.379~3.906)、p-MDM2(OR=6.666,95%CI:3.241~10.091)均是胃癌复发转移的危险因素;PTEN是胃癌复发转移的保护因素(OR=0.394,95%CI:0.014~0.774,P<0.05)。结论胃癌中PTEN/AKT/MDM2信号通路PTEN表达下调,p-AKT、p-MDM2表达上调,与胃癌复发转移密切相关,可能作为候选治疗靶点。

板栗蛋白磷酸酶PP2A催化亚基基因的克隆与同源性分析

利用RACE技术从板栗雄花序中扩增得到1 347 bp的板栗蛋白磷酸酶2A的催化亚基(protein phospha-tase PP2A catalytic subunit,PP2Ac)cDNA片段。序列分析表明该片段包含基因的5′非翻译区4 bp,3′非翻译区407 bp,开放阅读框为936 bp,编码311个氨基酸,预计分子量为35.6 KD,等电点为5.94。基因序列数据库(GenBanK)登录为FJ840479(基因)和ACO57639(蛋白)。与葡萄、拟南芥、水稻等其他物种PP2Ac氨基酸序列相似性约为92%。

类钙调磷酸酶B亚基蛋白GhCBL3-A01调控棉花黄萎病抗性的功能分析

【目的】解析类钙调磷酸酶B亚基蛋白(calcium B-like protein,CBL)基因GhCBL3-A01在棉花抗黄萎病反应中的功能,为棉花抗病育种提供基因资源。【方法】从棉花基因组数据库获得GhCBL3-A01基因的同源序列,进行生物信息学分析。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)、茉莉酸甲酯(methyl jasminate,MeJA)和H2O2处理的棉株中GhCBL3-A01基因的表达量变化。利用病毒诱导的基因沉默(virus-induced gene silencing,VIGS)技术研究GhCBL3-A01在棉花抗黄萎病中的功能。通过检测活性氧积累以及相关基因的表达量,初步分析GhCBL3-A01的作用机制。【结果】陆地棉中GhCBL3-A01及其3个同源蛋白均含有3个CBL家族典型的EF-hand结构域。大丽轮枝菌、MeJA和H2O2处理后,GhCBL3-A01的表达量显著升高。VIGS沉默GhCBL3-A01导致病株率和病情指数显著降低,茎秆维管束褐变程度减轻,有病菌繁殖的茎段数量明显减少,增强了棉株对黄萎病的抗性。GhCBL3-A01基因沉默棉株叶片中活性氧积累增多,防御相关基因PR1、NPR1、PR4和PDF1.2以及茉莉酸信号通路关键基因AOS1、OPR3、MYC2和LOX2的表达量增加。【结论】GhCBL3-A01通过调控防御相关基因、茉莉酸信号通路基因的表达和活性氧积累负调控棉花对黄萎病的抗性,是提高棉花黄萎病抗性的候选基因。

杜梨类钙调磷酸酶B亚基蛋白PbCBL10基因的克隆和表达特性研究

【目的】为了探明杜梨类钙调磷酸酶B亚基蛋白（CalcineurinB—likeprotein，CBL）基因的序列特征和表达特点，【方法】以杜梨幼苗为试材，运用同源克隆和半定量RT—PCR对PbCBLIO基因进行克隆和表达分析。【结果】结果表明．PbCBLIO基因编码区cDNA长度为801bp，编码的多肽由266个氨基酸组成。该多肽预测的等电点为4．56，估计的相对分子质量为30．45ku。其对应基因组DNA序列长1983bp，包括9个外显子和8个内含子。通过PSORT进行亚细胞定位分析发现PbCBLl0蛋白位于质膜上的几率最大。PbCBLIO基因编码的多肽具有4个钙离子结合域EF手形结构和1个钙调磷酸酶A亚基结合位点。PbCBLl0与番茄S1CBLIO（NP_001239045）和拟南芥AtCBLl0（NP_195026）蛋白间的同源性较高，分别为82％和77％，并与AtCBL10亲缘关系最近。PbCBL10基因在杜梨幼苗根、茎和叶片中均为诱导型表达，50～200mmol·L^（-1）CaCl2、20μmol·L^（-1）ABA、100mmol·L^（-1）NaCl、10％（w／v）PEG6000或180mmol·L^（-1）甘露醇处理后其表达量明显上调。【结论】PbCBLIO基因具备植物CBL基因家族的固有特征，能够响应胞内钙浓度变化，对ABA、盐碱、干旱和渗透胁迫均存在转录响应。

耐盐杜梨蛋白磷酸酶基因PbPP2C的克隆及表达分析

2C型丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(PP2C)是植物体内脱落酸ABA信号传导关键负调控酶,在植物耐非生物胁迫中发挥着重要的作用。本研究利用RT-PCR技术,克隆出编码杜梨PP2C蛋白的基因Pb PP2C,其核苷酸序列全长1 353 bp,开放阅读框长1 263 bp,编码422个氨基酸残基,这些残基中包括了与二价金属离子结合的MED、DGH、DG和D结构域。系统发生分析结果表明,该氨基酸与拟南芥AHG3亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析结果表明:盐胁迫条件下,Pb PP2C基因在根、茎、叶中的表达12 h达到峰值,同时在根中72 h达到第二个峰值;干旱胁迫条件下,Pb PP2C基因在根、茎、叶中表达72 h达到峰值。说明Pb PP2C与杜梨耐盐和耐干旱胁迫存在紧密关联。

拟南芥3个蛋白磷酸酶2C基因编码蛋白的亚细胞定位及组织表达分析

利用gateway技术从拟南芥中克隆了3个蛋白磷酸酶2C基因At5G66080、At1G68410和At5G06750,3个基因的ORF全长分别为1 158 bp、1 311 bp和1 182 bp,分别编码一条385、376和393个氨基酸残基的多肽.构建了3个基因的植物表达载体35S:GFP:At5G66080、35S:GFP:At1G68410和35S:GFP:At5G06750,采用基因枪法进行的洋葱表皮细胞GFP瞬时表达实验表明,荧光信号主要分布在细胞核上,显示这3个基因的产物可能在细胞核上发挥作用.利用实时荧光定量PCR研究At5G66080、At1G68410和At5G06750基因在不同组织中的表达特性,结果表明:3个基因在各个器官均有表达,但表达量不同;At5G66080、At1G68410和At5G06750基因在花中表达量最大;At5G66080和At5G06750基因在根、叶和叶柄中的表达量次之,在茎中的表达量最低;At1G68410基因在根中的表达量次之,在茎、叶和叶柄中的表达量较低.

杜氏利什曼原虫蛋白磷酸酶-2C的基因克隆化与序列分析

目的 克隆杜氏利什曼原虫 (Leishmaniadonovani,Ld) 1S株蛋白磷酸酶 2C(PP2C)的编码基因 ,为应用这种编码T细胞抗原的基因进行基因疫苗研究奠定基础。方法 体外培养杜氏利什曼原虫 1S株无鞭毛体 ,常规方法从虫体提取制备基因组DNA。以夏科氏利什曼原虫 (Leishmaniachagasi,Lc)的PP2C基因序列为参照 ,设计并合成利什曼原虫PP2C基因序列特异性的引物。结果 以杜氏利什曼原虫的基因组为模板 ,利用多聚酶链反应 (PCR)技术 ,扩增获得了杜氏利什曼原虫PP2C的全长编码基因。基因序列测定结果表明 ,杜氏利什曼原虫 1S株PP2C基因序列长度为 1317bp ,开放读码框架由 12 2 1bp组成 ,编码产物为 40 6个氨基酸残基。获得的杜氏利什曼原虫 1S株的PP2C基因与来源于夏科氏利什曼原虫的PP2C氨基酸残基序列的同源性为 95 % (387/ 40 6 )。结论 本研究克隆了杜氏利什曼原虫的PP2C基因 。

香蕉钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白基因MaCBL1的克隆及序列分析

[目的]为香蕉钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白基因MaCBL1调控机理的研究奠定基础。[方法]根据在香蕉果实抑制缩减文库中获得的一个CBL基因片段,采用PCR方法克隆了MaCBL1基因全长cDNA序列并对其进行了初步的生物信息学分析。[结果]MaCBL1基因cDNA序列全长1 078 bp,编码213个氨基酸残基。多重序列比对结果显示,MaCBL1推导的氨基酸序列与其他植物来源的CBL基因的氨基酸序列同源性较高。遗传进化分析表明MaCBL1与其他植物如杨树、甘蓝、沙冬青、棉花和水稻的CBL基因的亲缘关系较近,并在同一个进化枝上。[结论]该研究为进一步研究香蕉钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白对香蕉生长发育、果实的成熟调控及对各种逆境反应的调控提供了依据。

蛋白磷酸酶2A的亚基功能

蛋白磷酸酶2A(protein phosphatase 2A,PP2A)是一种由催化亚基C、结构亚基A和多种功能特异的调节亚基B组成的全酶复合物,其在基因表达、细胞增殖分化和信号转导等方面有重要调控作用。各种不同亚基组成功能各异的PP2A全酶,调控不同的细胞功能。各亚基在PP2A功能调控中均起关键作用。本文重点介绍PP2A各个亚基在PP2A生物学功能实现中的作用。

生物信息学方法筛选华支睾吸虫成虫功能基因——钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白

目的本文通过建立华支睾吸虫成虫cDNA文库,筛选其功能基因。方法应用SMART方法构建华支睾吸虫成虫cDNA文库,进行大量EST测序,然后应用生物信息学方法将EST序列与GenBank中登陆的序列进行同源性比对、序列拼接及基因完整性判断;并应用NCBI上的RPSBLAST对所筛选基因的保守域进行搜索比对,利用PredictProtein分析、预测其功能域及二级结构。结果从华支睾吸虫成虫cDNA文库中筛选的钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白(CsCBLP)基因,经同源性分析,CsCBLP与褐家鼠钙调神经磷酸酶(CaN)同源性为53%,与尾刺耐格里原虫CaNB同源性为40%,与新小杆线虫属结合蛋白的同源性为51%;保守域的比对及功能域、二级结构的预测显示所筛选的CsCBLP是钙调神经磷酸酶B亚基的的类似物,属于钙结合蛋白家族。结论应用生物信息学方法从华支睾吸虫成虫cDNA文库中筛选出钙调神经磷酸酶B亚基样蛋白基因。

黑鲷钙调磷酸酶B同源蛋白2(CHP2)基因克隆及表达差异

钙调磷酸酶B同源蛋白2(CHP2)为参与细胞内pH及细胞增殖调控的关键因子。用RACE末端PCR方法得到黑鲷CHP2(AsCHP2)基因全长cDNA,并利用生物信息学方法分析该基因的序列特征与同源性;同时利用实时荧光定量PCR方法检测AsCHP2的mRNA在黑鲷整体仔鱼,90d、180d黑鲷,杂交F_(2)(真鲷♂×黑鲷♀)及回交F_(1)(黑鲷♂×杂交F_(1)♀)的脑、心脏、肌肉、肝脏和性腺等组织中的表达。研究结果表明:(1)AsCHP2cDNA序列全长1722bp,5'-非编码区(UTR)长度69bp,3'-UTR长度1069bp,开放阅读框长度为585bp,编码194个氨基酸;其结构域包含2个EF-hand结构及1个核输出信号;其蛋白分子质量为21.87ku,理论等电点为4.89;同源建模获得了CHP2的二级与三维结构。AsCHP2基因的核苷酸序列与其他鱼类的相似性为86%~81%,编码的氨基酸序列与其他鱼类的相似性为80%~72%。邻接系统树显示了黑鲷CHP2氨基酸序列与其他鱼类的进化关系。序列比对与结构分析表明,AsCHP2基因具有典型的CHP2基因结构。(2)AsCHP2的mRNA在黑鲷的仔鱼期(5~35d)及大规格个体的脑、肝脏及肌肉组织中均有表达,在90d个体各组织中的表达量均高于在180d个体各组织中的表达量;在180d黑鲷、杂交F_(2)及回交F_(1)的个体中,基因在脑、肝脏、肌肉及性腺等不同组织中均有表达,且均在心脏中高表达、在性腺中低表达。这些结果显示,CHP2基因在海水鱼类的生长、发育过程中发挥功能。

人类心脏遗传病相关基因——腺甘酸单磷酸活化蛋白激酶γ2亚基功能研究进展

腺甘酸单磷酸活化蛋白激酶γ2亚基基因与人类心脏发育息息相关,研究表明其突变后可以导致心脏多种异常表现,与家族性心肌肥厚合并传导系统异常及心室预激家系发病密切相关。现就近年来腺甘酸单磷酸活化蛋白激酶γ2亚基基因的功能研究现状作一综述。

老年骨肉瘤患者术后组织中Kindlin-2、furin和人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因的表达及意义

目的检测老年骨肉瘤患者术后组织中Kindlin-2蛋白(Kindlin-2)、弗林蛋白酶(Furin)和人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因(PTEN)的表达,分析三者的关系及临床价值。方法 78例骨肉瘤术后组织作为观察组,选择60例骨样骨瘤术后组织作为对照组,应用免疫组化方法检测两组中Kindlin-2、Furin和PTEN的表达。结果两组中Kindlin-2、Furin和PTEN表达的阳性率差别有统计学意义。观察组中三种蛋白表达的阳性率均与肿瘤的最大径线、有无软组织浸润及不同Ennecking分期相关。观察组中Kindlin-2和PTEN、Furin和PTEN的表达均呈负相关性。结论老年骨肉瘤患者术后组织Kindlin-2和Furin高表达,PTEN低表达,不仅促进肿瘤的发生,还促进肿瘤的进展。Kindlin-2和Furin对骨肉瘤的作用可能与其下调PTEN的表达有关。

蛋白酪氨酸磷酸酶SHP2基因及其与实体瘤关系

SHP2属于蛋白酪氨酸磷酸酶家族成员之一,是最早被定义为癌基因的酪氨酸磷酸酶。近年来,SHP2激活突变和高表达在白血病、实体瘤和努南综合征中陆续被发现,与肿瘤的发生、发展和预后密切相关。目前,SHP2基因已被研究用作临床肿瘤治疗的靶分子。

蛋白磷酸酶-2A催化亚基C在小鼠不同器官中的分化表达与定位

目的探讨蛋白磷酸酶-2A(PP-2A)的催化亚基(PP-2Ac)在6只小白鼠不同器官中的表达模式与定位。方法运用RT-PCR、免疫印迹法及免疫荧光技术等实验手段,分别从mRNA水平、蛋白和组织水平进行研究。结果在mRNA水平上,PP-2Ac在大脑中表达最高,卵巢中表达次之,而肌肉、肾脏、脾脏、心脏、肝脏、肺及乳腺中表达相对较低,胃中表达最低;在蛋白水平上,也是大脑中的表达最高,卵巢、脾脏、心脏、肝脏和肺中表达水平相对较高,肌肉、肾脏、乳腺中表达相对较低,胃中表达最低。免疫荧光结果显示,PP-2Ac的表达具有一定的组织特异性和细胞特异性。结论 PP-2A是哺乳动物体内最重要的蛋白磷酸酶之一。

蛋白磷酸酶2A-Aβ在口腔鳞状细胞癌中表达的研究

目的研究蛋白磷酸酶2A-Aβ(PP2A-Aβ)在正常口腔黏膜和口腔鳞状细胞癌(鳞癌)中的表达及意义。方法通过免疫组化S-P方法检测30例口腔鳞癌标本和10例正常口腔黏膜组织中蛋白磷酸酶2A-Aβ蛋白的表达,采用SPSS12.0对数据进行分析。结果PP2A-Aβ蛋白在口腔鳞癌及正常口腔黏膜阳性表达率分别为33.3%和90.0%,两组之间差异有显著性(P=0.006);在高-中分化和低分化鳞癌中表达阳性率分别为47.4%和9.1%,两组之间差异有显著性(P=0.049)。而PP2A-Aβ蛋白的表达与临床分期、淋巴结转移、病例的性别和年龄等因素无关。结论PP2A-Aβ蛋白与口腔鳞癌的发生、发展密切相关,与口腔鳞癌的组织学分级相关,而与临床分期、淋巴结转移、年龄和性别未显示相关性。