Cla_Factor:一个基于支持向量机的人类转录因子分类方法

转录因子识别对于理解转录机制起着重要作用,转录因子根据DNA绑定域的结构可以分为四大类.随着数据库中新蛋白序列的快速增加,设计一个高通量、高准确率的分类器来预测新蛋白是否转录因子及其类别是非常重要的,提出了一个基于支持向量机的人类转录因子分类算法Cla_Factor. Cla_Factor使用蛋白域作为向量基来表示蛋白质序列,在此高维向量表示方法下利用支持向量机来对人类转录因子分类.通过对来自于Transfac, Swiss_Prot的数据进行交叉验证测试、推广能力测试,证明了Cla_Factor算法同其他算法相比,具有更高准确率、敏感性、特异性以及推广能力.

原核生物Dynamin蛋白家族的功能与进化(英文)

细胞膜系统的动态变化是原核与真核细胞中多种细胞功能实现的基础。在真核细胞中,膜的融合与分裂过程是由动力蛋白(dynamin)家族的GTP酶催化的,然而,这一机制在原核生物中却少有研究。文章总结了现有原核生物动力蛋白最新的结构和生化数据结果,探讨了它们的结构及功能特性。通过分析动力蛋白家族及其蛋白质功能域在原核生物中的进化分布,初步揭示了该蛋白家族的进化历史和功能演化,并且进一步探讨了动力蛋白参与脂滴形成和分裂过程的可能机制。基于以上研究,最后给出了动力蛋白参与脂滴动态变化的假说模型,以便于原核生物动力蛋白的功能研究。