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后基因时代的化学——蛋白质学的兴起
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作者 赵华明 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期1-2,共2页
关键词 蛋白质学 后基因时代 蛋白质 功能 基因谱图 相互作用
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基于基因学、蛋白质学的新药开发前景
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作者 徐铮奎 《中国医药情报》 2003年第1期38-40,共3页
关键词 基因 蛋白质学 新药开发 前景
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蛋白质组学结合生物信息学分析干眼的蛋白标志物
3
作者 杨延婷 师雅君 +5 位作者 杨光 纪海洋 刘婕 洪珏 张丹 马晓芃 《国际眼科杂志》 CAS 2025年第1期104-111,共8页
目的:通过生物信息学方法分析与干眼(DE)发病机制相关的差异蛋白质,以期揭示其潜在的分子机制。方法:通过检索从建库至2023-08-31发表在PubMed和EMBASE数据库中的采用蛋白质组学方法检测干眼临床样本中蛋白质表达的文章,挑选出差异蛋白... 目的:通过生物信息学方法分析与干眼(DE)发病机制相关的差异蛋白质,以期揭示其潜在的分子机制。方法:通过检索从建库至2023-08-31发表在PubMed和EMBASE数据库中的采用蛋白质组学方法检测干眼临床样本中蛋白质表达的文章,挑选出差异蛋白,并通过STRING数据库和Cytoscape软件进行枢纽基因筛选和模块分析,进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:最终纳入21篇文献,确定74个差异表达的蛋白质。频率最高的差异蛋白为钙粒蛋白A(calgranulin A,SA1008)、脂质运载蛋白1(LCN1)、溶菌酶(LYZ)、乳腺珠蛋白-B(SCGB2A1)、富脯氨酸蛋白4(PRR4)、转铁蛋白(TF)和钙粒蛋白B(S100A9)。前10个枢纽基因为血清白蛋白(ALB)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素6(IL6)、IL1β、IL8、基质金属蛋白酶9(MMP9)、α-抗胰蛋白酶(SERPINA1)、IL10、补体C3(C3)和乳铁蛋白(LTF)。模块分析推测种子基因为MMP9和PRR4。KEGG分析显示差异表达的蛋白主要富集在IL17信号通路(61.9%)。结论:研究结果揭示了DE的潜在分子靶点和途径,并证实了DE的发病机制与炎症之间的关联。然而,还需要进一步深入研究以证实这些生物标志物在临床实践中的意义。 展开更多
关键词 干眼 蛋白质 质谱分析 生物标志物
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基于质谱的单细胞蛋白质组学分析策略与应用
4
作者 李国星 魏星 +1 位作者 陈明丽 王建华 《分析测试学报》 CAS 北大核心 2025年第1期99-105,共7页
细胞间异质性已被证明存在于各类生物体及其发育过程中。传统对于群体细胞的测量所得到的平均结果往往无法用于单细胞异质性的分析,因此开展单细胞水平的研究对于单个细胞的生理状态至关重要。蛋白质作为生命活动的主要承担者,进行单细... 细胞间异质性已被证明存在于各类生物体及其发育过程中。传统对于群体细胞的测量所得到的平均结果往往无法用于单细胞异质性的分析,因此开展单细胞水平的研究对于单个细胞的生理状态至关重要。蛋白质作为生命活动的主要承担者,进行单细胞蛋白质组学分析对于准确研究信号分子与相关信号通路之间的关系具有重要意义。常规的免疫荧光等技术受限于抗体的结合特异性与可用性,且仅限于分析预先选定的蛋白质。该文综述了近年来基于质谱的单细胞蛋白质组学中的常用方法,根据分析策略的不同,将其分为自下而上、自上而下与天然蛋白质组学3种方法,在介绍研究方法的同时对蛋白质样品预处理的进展进行了讨论。最后,对基于质谱的单细胞蛋白质组学研究所面临的挑战以及发展方向进行了总结与展望。 展开更多
关键词 质谱(MS) 蛋白质 单细胞 样品预处理
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转录组测序与定量蛋白质组学分析医用臭氧治疗兔骨骼肌损伤的分子机制
5
作者 阮珍 寇久社 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第18期3767-3774,共8页
背景:医用臭氧局部注射作为一种新的治疗方法,对损伤的骨骼肌组织具有抗炎、镇痛及免疫调节等作用,但其作用机制尚缺乏系统的研究。目的:观察医用臭氧对兔骨骼肌挤压伤模型的干预效应,通过转录组测序与标记定量蛋白技术分析损伤的兔胫... 背景:医用臭氧局部注射作为一种新的治疗方法,对损伤的骨骼肌组织具有抗炎、镇痛及免疫调节等作用,但其作用机制尚缺乏系统的研究。目的:观察医用臭氧对兔骨骼肌挤压伤模型的干预效应,通过转录组测序与标记定量蛋白技术分析损伤的兔胫骨前肌在经过臭氧治疗后基因表达的差异情况,以期揭示医用臭氧治疗骨骼肌损伤的分子机制。方法:将18只日本大耳白兔随机分为空白组、模型组、臭氧组,每组6只,后两组构建兔胫前肌挤压伤模型。臭氧组在造模12 h后,损伤局部注射30μg/mL医用臭氧2 mL,臭氧治疗后3 d进行组织取材。采用苏木精-伊红染色观察骨骼肌的形态学变化,并应用转录组测序及串联质谱标签标记定量蛋白技术对兔胫骨前肌组织进行检测,通过生物信息学分析探索组间差异表达基因及蛋白参与的生物学过程,进而探究臭氧治疗骨骼肌损伤的分子机制。结果与结论:①经臭氧治疗后3 d,与空白组相比,模型组细胞肿胀,可见浸润的炎症细胞,部分肌纤维溶解;相对于模型组,臭氧组细胞水肿有所减轻,炎症细胞减少;②转录组测序及生物信息学分析结果显示:模型组与空白组相比,筛选出596个差异基因;臭氧组与模型组相比,筛选出405个差异基因;取其交集,共筛选出194个共有差异表达的基因;③定量蛋白质分析结果:模型组与空白组相比共有138个差异表达蛋白质,臭氧组与模型组相比共有242个差异表达蛋白,共有的差异表达蛋白有66个;④对共有差异表达的基因/蛋白进行基因本体论及京都基因与基因组百科全书富集分析,发现其主要富集在PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等;⑤提示医用臭氧可能通过作用于Syk、FGF16、CSF-1、MRAS这些关键靶点来调控PI3K/Akt/NF-κB信号通路及Ras/MAPK/NF-κB信号通路,进而促进损伤肌肉组织的修复。 展开更多
关键词 骨骼肌损伤 医用臭氧 转录组测序 蛋白质 基因差异表达
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蠕虫蛋白质组学应用研究进展
6
作者 易伶 彭佩英 贺平 《医学分子生物学杂志》 CAS 2025年第1期84-90,共7页
蛋白质组学是研究生物体内所有蛋白质的组成、结构、功能以及相互作用的一门学科。蠕虫感染对全球数亿人的健康产生了严重影响,并给畜牧业带来了巨大的经济损失。随着蛋白质组学技术的不断发展和深入研究,蠕虫蛋白质组学应用研究取得了... 蛋白质组学是研究生物体内所有蛋白质的组成、结构、功能以及相互作用的一门学科。蠕虫感染对全球数亿人的健康产生了严重影响,并给畜牧业带来了巨大的经济损失。随着蛋白质组学技术的不断发展和深入研究,蠕虫蛋白质组学应用研究取得了显著进展。文章对代表性蠕虫蛋白质组学研究情况、蛋白质组学技术研究进展、蠕虫疾病的诊断及防治应用等方面进行总结,为筛选蠕虫疾病的诊断标识分子、药物靶点提供新的思路和方法。 展开更多
关键词 蠕虫 蛋白质 防治策略
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维吾尔族与汉族假性剥脱综合征性白内障患者房水蛋白质组学分析
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作者 殷轲 徐钊 +5 位作者 冯强 张丹丹 阿依古再丽·图尔迪麦麦提 李欣怡 东莉洁 刘爱华 《天津医科大学学报》 2025年第1期60-66,共7页
目的:分析维吾尔族与汉族假性剥脱综合征性白内障(PXEC)患者房水蛋白质表达差异。方法:分别收取2020年6月至2021年1月在和田地区人民医院拟手术治疗的新疆维吾尔族PXEC患者(U组)与天津医科大学眼科医院拟手术治疗的汉族PXEC患者(H组)房... 目的:分析维吾尔族与汉族假性剥脱综合征性白内障(PXEC)患者房水蛋白质表达差异。方法:分别收取2020年6月至2021年1月在和田地区人民医院拟手术治疗的新疆维吾尔族PXEC患者(U组)与天津医科大学眼科医院拟手术治疗的汉族PXEC患者(H组)房水样本各6例,采用非标记定量蛋白质组学技术对两组房水中的蛋白进行鉴定和定量分析,筛选出差异蛋白并通过基因本体(GO)功能分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析两组患者房水中差异蛋白的功能及调控的信号通路。利用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,使用Cytoscape软件中MCODE插件识别PPI中的枢纽蛋白。结果:本次研究共鉴定出629个蛋白。以差异倍数>2且P<0.05为标准共筛选出123种差异表达蛋白,与H组相比,U组下调蛋白92种,上调蛋白31种。GO分析和KEGG分析发现,这些差异蛋白主要集中在补体及凝血级联通路、细胞外基质受体相互作用通路、系统性红斑狼疮通路、焦点黏附通路、阿米巴病通路、血小板激活通路、溶酶体通路、胆固醇代谢通路和多种类型的N-聚糖生物合成等通路。通过PPI筛选出17种枢纽蛋白,其中包括纤维连接蛋白(FN1)、载脂蛋白E(ApoE)、淀粉样β蛋白前体(APP)、玻连蛋白(VTN)、簇集蛋白(CLU)、载脂蛋白A-Ⅳ(ApoA4)、补体C4A(C4A)、补体C4B(C4B)、凝血因子12(F12)、纤维蛋白原α链(FGA)、纤维蛋白原β链(FGB)、纤维蛋白原γ链(FGG)、激肽原-1(KING1)、富组氨酸糖蛋白(HRG)、补体C8A(C8A)、视黄醇结合蛋白4(RBP4)与肝素辅因子2(SERPIND1),MCODE分数为12.375。结论:ApoA4、FGA、FGB、FGG等17种枢纽蛋白主要涉及补体及凝血级联通路与胆固醇代谢通路,提示两民族在胆固醇代谢与炎症调节方面存在生物学差异。 展开更多
关键词 假性剥脱综合征性白内障 房水 蛋白质 维吾尔族 汉族
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基于凝胶与非凝胶蛋白质组学技术的枣花蜜蛋白质鉴定分析
8
作者 邓景升 曾晓君 +3 位作者 张颖 曹炜 赵浩安 程妮 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第2期91-98,共8页
蛋白质是一种相对稳定存在于蜂蜜中的大分子物质,研究蜂蜜蛋白对探究蜂蜜生物活性,筛选溯源标志成分具有重要意义。该文针对中国特色单花种蜂蜜——枣花蜜,基于凝胶和非凝胶2种蛋白质组学技术鉴定分析采集枣花蜜样品中的蛋白质组成,共发... 蛋白质是一种相对稳定存在于蜂蜜中的大分子物质,研究蜂蜜蛋白对探究蜂蜜生物活性,筛选溯源标志成分具有重要意义。该文针对中国特色单花种蜂蜜——枣花蜜,基于凝胶和非凝胶2种蛋白质组学技术鉴定分析采集枣花蜜样品中的蛋白质组成,共发现216个蜂源蛋白和595个植物源蛋白,其中24种蜂源蛋白首次在枣花蜜中鉴定到,包括MAGUK p55亚族成员6 X1亚型、几丁质结合2型结构域蛋白、肽酶S1结构域蛋白等;利用BLAST工具筛选了11个潜在的枣花蜜特征蛋白标志物,包括金属内切蛋白酶2-MMP样、FAS1结构域蛋白、解毒蛋白质等。GO功能注释分析发现枣花蜜中鉴定到的蜂源和植物源蛋白主要参与碳水化合物代谢、蛋白质水解等生物学过程,涉及ATP结合、三磷酸鸟苷结合等分子功能。该文基于2种蛋白组学分析方法探究了枣花蜜蛋白质组成,为研究枣花蜜蛋白生物活性成分及筛选特征蛋白标志物提供理论参考。 展开更多
关键词 枣花蜜 凝胶蛋白质 非凝胶蛋白质 蛋白质鉴定
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蛋白质组学在生物植物逆境适应中的作用研究
9
作者 白建瑞 《现代农业研究》 2025年第2期47-49,共3页
本文对蛋白质组学在植物逆境适应中的作用进行了研究,重点关注干旱、盐碱、高温和低温逆境下的蛋白质变化及其调控机制。研究表明,蛋白质组学技术,包括质谱分析、二维凝胶电泳和液相色谱,能够全面揭示植物在不同逆境条件下的蛋白质表达... 本文对蛋白质组学在植物逆境适应中的作用进行了研究,重点关注干旱、盐碱、高温和低温逆境下的蛋白质变化及其调控机制。研究表明,蛋白质组学技术,包括质谱分析、二维凝胶电泳和液相色谱,能够全面揭示植物在不同逆境条件下的蛋白质表达谱和功能变化。结果显示,在干旱条件下,植物体内热激蛋白和抗氧化酶显著上调,有助于应对水分胁迫;在盐碱逆境中,离子通道蛋白和渗透调节蛋白的变化增强了植物的盐碱耐受性;而高温和低温逆境下,热激蛋白和冷激蛋白的表达变化则帮助植物抵御温度极端的影响。这些发现为理解植物的逆境应对机制和提升作物抗逆性提供了重要依据。 展开更多
关键词 蛋白质 生物植物 生物反应 干旱逆境
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不同泌乳期驼乳化学组成及蛋白质组学 被引量:2
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作者 明亮 李雅菲 +2 位作者 吕浩迪 浩斯毕力格 伊丽 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第12期205-211,共7页
本实验以驼乳为研究对象,通过测定骆驼泌乳初期、中期、后期和干奶期乳基础营养成分及理化指标,探究其在整个泌乳期内的变化规律;并结合定量蛋白质组学技术解析骆驼初乳和常乳中差异的蛋白质,进而挖掘其潜在的功能信息。结果发现,泌乳... 本实验以驼乳为研究对象,通过测定骆驼泌乳初期、中期、后期和干奶期乳基础营养成分及理化指标,探究其在整个泌乳期内的变化规律;并结合定量蛋白质组学技术解析骆驼初乳和常乳中差异的蛋白质,进而挖掘其潜在的功能信息。结果发现,泌乳初期驼乳中蛋白质、脂肪、乳糖、总固形物等基础营养成分的含量最高,随后随着泌乳期的延长其含量具有降低的趋势。驼乳理化性质随泌乳期而变化,其中泌乳初期驼乳密度和折光率最高,显著高于其他3组(P<0.05);干奶期驼乳pH值和滴定酸度最高(6.89和20.71°T);泌乳期对驼乳电导率的影响较小。定量蛋白质组学的研究结果表明,在驼乳中发现了高峰度的免疫球蛋白、类胰岛素、乳铁蛋白等保护性蛋白,并在骆驼初乳和常乳中共鉴定到641个差异显著蛋白质(P<0.05)。骆驼初乳中高丰度蛋白大部分与免疫应答、抗炎、组织保护与修复、代谢过程有关,表明骆驼初乳更有助于幼崽抗微生物感染免疫系统的建立。该研究可加深对驼乳泌乳期内理化性质及蛋白组成的认识,为开发驼乳功能性食品提供重要的信息。 展开更多
关键词 驼乳 泌乳期 营养成分 蛋白质 差异蛋白质
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基于蛋白质组学探析针灸治疗哮喘的作用机制 被引量:1
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作者 方芳 刘新颖 +5 位作者 顾媛媛 蒙艳丽 郭玉岩 左军 龙宇 郭媛琦 《针灸临床杂志》 2024年第2期81-84,共4页
哮喘为一种慢性气道炎症性疾病,临床上常用针灸治疗哮喘患者,针灸疗法可以控制哮喘发生、发作,减轻发作程度,减少激素用量,降低激素不良反应,提高患者的生活质量。然而,针灸治疗哮喘的发病机制尚不明确。本研究基于蛋白质组学探讨针灸... 哮喘为一种慢性气道炎症性疾病,临床上常用针灸治疗哮喘患者,针灸疗法可以控制哮喘发生、发作,减轻发作程度,减少激素用量,降低激素不良反应,提高患者的生活质量。然而,针灸治疗哮喘的发病机制尚不明确。本研究基于蛋白质组学探讨针灸治疗在哮喘发病机制气道炎症,气道高反应性以及气道重塑中的作用,从而为哮喘的诊疗以及针灸的作用机制提供科学有效的研究思路。 展开更多
关键词 哮喘 针灸 蛋白质
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低温胁迫下西瓜嫁接苗的蛋白质组学分析
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作者 孟佳丽 沈虹 +3 位作者 吴绍军 杨年福 余翔 张黎杰 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1698-1706,共9页
为了研究西瓜嫁接苗遭遇到低温胁迫后,蛋白表达丰度的变化,深入了解西瓜苗期耐冷响应过程中所涉及的代谢途径,探讨相关的分子调控机理。本研究对西瓜嫁接苗和自根苗进行低温处理,采用iTRAQ技术对其进行蛋白质组学的鉴定和定量分析,然后... 为了研究西瓜嫁接苗遭遇到低温胁迫后,蛋白表达丰度的变化,深入了解西瓜苗期耐冷响应过程中所涉及的代谢途径,探讨相关的分子调控机理。本研究对西瓜嫁接苗和自根苗进行低温处理,采用iTRAQ技术对其进行蛋白质组学的鉴定和定量分析,然后利用数据库进行比对,并采用GO及KEGG注释其功能和代谢通路,最终获得了差异蛋白985个,其中上调蛋白545个,下调蛋白440个,涉及以下4种主要类别的蛋白质:碳水化合物代谢(26.52%)、遗传信息翻译(19.78%)、能量代谢(17.83%)和氨基酸代谢(13.70%)。蛋白质组学分析显示,与自根苗相比,嫁接苗低温耐受性的增加与甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和核酮糖二磷酸羧化酶(Rubisco)的积累有关。 展开更多
关键词 低温胁迫 西瓜 嫁接苗 蛋白质
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蛋白质组学在腰椎间盘退变中的研究进展
13
作者 张志红 陶慧敏 +4 位作者 鲁彦 蔡在礼 王平 马春郁 周晟 《中国脊柱脊髓杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1212-1217,共6页
腰椎间盘退变(intervertebral disc degeneration,IVDD)是引起腰痛相关的主要慢性疾病,致残率很高[1]。以往研究表明,IVDD是由多种因素综合影响的复杂的病理学过程。目前研究认为IVDD发生发展主要与椎间盘生物力学失衡、椎间盘感染、炎... 腰椎间盘退变(intervertebral disc degeneration,IVDD)是引起腰痛相关的主要慢性疾病,致残率很高[1]。以往研究表明,IVDD是由多种因素综合影响的复杂的病理学过程。目前研究认为IVDD发生发展主要与椎间盘生物力学失衡、椎间盘感染、炎症及衰老等相关,最终表现为椎间盘各组织和结构变化,致使椎间盘塌陷和不能维持运动。蛋白质组学具有高通量、大规模、系统性地分析蛋白的特点,广泛应用于疾病的早期检测、诊断和发现潜在的生物标志物并提供治疗靶点。笔者综述了近年来人类IVDD相关蛋白质组学的研究进展,旨在发现相关差异表达蛋白,从而帮助研究者从分子水平深入了解IVDD发病机制,并为该疾病的预防和治疗提供有力的支持。 展开更多
关键词 蛋白质 腰椎间盘退变 早期检测 差异表达蛋白 椎间盘 生物标志物 慢性疾病 IVD
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基于蛋白质组学技术的乌苏里貉高繁殖性状相关蛋白的筛选
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作者 荣敏 李伟 +5 位作者 李鑫 刘洁 刘进军 王朋然 任二军 张然然 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第17期96-101,107,117-119,共10页
为了筛选与繁殖性能相关的显著差异表达蛋白及信号通路,试验采用TMT(tandem mass tag)标记蛋白定量技术与生物信息学分析方法,对高产(产仔数在11只以上)与低产(产仔数在7只以下)乌苏里貉卵巢组织进行差异表达蛋白筛选,GO功能注释、KEGG... 为了筛选与繁殖性能相关的显著差异表达蛋白及信号通路,试验采用TMT(tandem mass tag)标记蛋白定量技术与生物信息学分析方法,对高产(产仔数在11只以上)与低产(产仔数在7只以下)乌苏里貉卵巢组织进行差异表达蛋白筛选,GO功能注释、KEGG信号通路富集分析。结果表明:在乌苏里貉卵巢组织中共鉴定到4915种蛋白,其中372种为显著差异表达蛋白(P≤0.05,差异倍数≥1.2或≤0.83),上调307种,下调65种。差异表达蛋白主要参与了羧酸代谢过程、胞内氨基酸代谢过程、转录起始、胞内脂代谢过程、磷脂代谢过程、GTP生物合成过程、UTP生物合成过程、CTP生物合成过程等生物学过程,主要参与了组氨酸代谢、氨酰-tRNA生物合成、N-聚糖生物合成、β-丙氨酸新陈代谢、PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路等16条信号通路;有11种差异表达蛋白与卵泡发育和排卵相关。蛋白网络互作分析获得10种核心蛋白,参与了蛋白折叠和蛋白合成。说明试验筛选到的显著差异表达蛋白可能与乌苏里貉的产仔数相关。 展开更多
关键词 乌苏里貉 卵巢 繁殖性能 蛋白质技术 生物信息
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单增李斯特菌感染人绒毛膜滋养层细胞比较蛋白质组学研究
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作者 张云怡 张政 +3 位作者 张俊彦 陈鸿鹄 占利 陈建才 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期628-635,共8页
目的分析单核细胞增生李斯特氏菌(简称单增李斯特菌)感染人绒毛膜滋养层细胞HTR-8/Svneo过程中引起的细胞蛋白质组变化。从宿主细胞分子水平对单增李斯特菌感染胎盘的机制进行研究。方法运用TMT(Tandem Mass Tags)蛋白质组学技术对HTR-8... 目的分析单核细胞增生李斯特氏菌(简称单增李斯特菌)感染人绒毛膜滋养层细胞HTR-8/Svneo过程中引起的细胞蛋白质组变化。从宿主细胞分子水平对单增李斯特菌感染胎盘的机制进行研究。方法运用TMT(Tandem Mass Tags)蛋白质组学技术对HTR-8/Svneo感染组和非感染组蛋白质组进行定量分析,运用GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达蛋白进行分子功能、生物过程及代谢途径富集分析。结果共鉴定肽段76285个,可定量蛋白6979个。HTR-8/Svneo感染过程中356个蛋白发生了显著性差异表达。153个表达量上调,203个表达量下调。差异表达量倍数最高的蛋白为微管马达蛋白(B4DYE2),最低为翻译起始因子1(Q6IAV3)。GO功能富集和KEGG代谢途径富集结果表明,上调蛋白参与的生物过程和代谢途径集中在微管、微丝运动,细胞自噬等方面,下调蛋白集中在碳代谢、氮代谢、氨基酸生物合成、核酸代谢等初级代谢途径和泛素介导的蛋白质水解等方面。结论单增李斯特菌侵袭HTR-8/Svneo过程中,宿主细胞的基础代谢可能发生了显著降低,并处于较高的自噬水平。细胞迁移诱导透明质酸酶CEMIP(Q8WUJ3)的显著上调说明该蛋白可能在调节滋养层细胞迁移、侵袭能力进而造成不良妊娠方面具有重要作用,为单增李斯特菌感染胎盘分子机制研究提供新的思路。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 人绒毛膜滋养层细胞HTR-8/Svneo 蛋白质 TMT蛋白质技术
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苍附导痰汤对肥胖型多囊卵巢综合征模型大鼠卵巢蛋白质组学的影响
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作者 耿红玲 曾玉燕 +3 位作者 刘冉 严孟瑜 胡晓霞 陈颐 《广州中医药大学学报》 CAS 2024年第9期2418-2426,共9页
【目的】探讨苍附导痰汤对肥胖型多囊卵巢综合征(PCOS)大鼠的治疗作用及机制。【方法】将15只雌性SD大鼠随机分为正常组、模型组、中药组,每组5只。除正常组外,其余大鼠采用来曲唑溶液灌胃联合高脂饲料喂养法构建肥胖型PCOS模型。造模... 【目的】探讨苍附导痰汤对肥胖型多囊卵巢综合征(PCOS)大鼠的治疗作用及机制。【方法】将15只雌性SD大鼠随机分为正常组、模型组、中药组,每组5只。除正常组外,其余大鼠采用来曲唑溶液灌胃联合高脂饲料喂养法构建肥胖型PCOS模型。造模成功后,中药组大鼠给予苍附导痰汤灌胃30d。给药结束后,采用非标蛋白质组学定量技术检测各组大鼠卵巢蛋白表达,比较组间差异蛋白功能、基因本体论(GO)富集、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集及差异蛋白KEGG通路聚类结果。【结果】模型组与正常组间差异蛋白质的功能主要集中在脂质转运、代谢和翻译后修饰、蛋白转录方面,KEGG通路富集及通路富集的聚类分析结果主要集中在缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,精氨酸和脯氨酸代谢、色氨酸代谢通路富集及肾素血管紧张素系统;中药组与模型组间差异蛋白的功能集中在信息储存及处理,尤其是转化、核糖体结构和信号转导机制方面,KEGG通路富集及通路富集的聚类分析结果主要集中在核糖体代谢、药物的代谢-细胞色素酶P450、丁酸甲酯代谢、维生素B6代谢方面。中药组与正常组间差异蛋白功能分类主要在信号转导机制、脂质转运和代谢方面,KEGG通路富集及通路富集的聚类分析结果主要集中在核糖体、蛋白的消化和吸收、类固醇激素生物合成通路、细胞黏附分子、甘油脂类代谢、胃酸分泌方面。【结论】苍附导痰汤可能通过调节支链氨基酸代谢、肾素-血管紧张素-醛固酮系统、类固醇激素合成通路起到治疗肥胖型PCOS的作用。 展开更多
关键词 苍附导痰汤 多囊卵巢综合征 肥胖 蛋白质 大鼠
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比较蛋白质组学揭示茉莉酸甲酯诱导的雷公藤甲素生物合成
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作者 张逸风 赵瑜君 +4 位作者 苏平 吴晓毅 夏梦 高伟 黄璐琦 《中国现代中药》 CAS 2024年第2期316-327,共12页
目的:探索雷公藤甲素生物合成途径,以提高其产量或用于合成生物学异源生产。方法:使用无标记(lable-free)比较蛋白质组学对茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的雷公藤悬浮细胞进行测序,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)分析等方法... 目的:探索雷公藤甲素生物合成途径,以提高其产量或用于合成生物学异源生产。方法:使用无标记(lable-free)比较蛋白质组学对茉莉酸甲酯(MeJA)诱导的雷公藤悬浮细胞进行测序,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)分析等方法,结合基因转录表达分析和基因体内功能研究,逐步筛选参与雷公藤甲素生物合成的功能基因。结果:MeJA诱导不同时间的样品组鉴定得到376个差异蛋白质,包括8个细胞色素P450酶(CYP450)、3个转录因子(TF)和2-氧戊二酸依赖的双加氧酶(2ODD)。其中CYP71BE89、CYP82AQ2和Tw2ODD基因在MeJA诱导及植物不同组织部位中,均与已知参与雷公藤甲素母核环化的二萜合酶TwTPS7(v2)和TwTPS27(v2)基因具有相似的表达模式,表明其可能与雷公藤甲素生物合成相关。进一步利用植物细胞体内功能研究,验证了CYP71BE89、CYP82AQ2和Tw2ODD基因干扰使雷公藤甲素积累分别降低了24.1%、41.4%和71.4%,表明了3个基因与雷公藤甲素生物合成直接相关。结论:利用比较蛋白质组学技术揭示了几种与雷公藤甲素生物合成相关的蛋白,进一步表征了雷公藤甲素生物合成与外源激素刺激之间的关系,并为发掘中药活性成分生物合成途径提供了一种有效方法。 展开更多
关键词 雷公藤 比较蛋白质 雷公藤甲素 细胞色素P450酶 2-氧戊二酸依赖的双加氧酶
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结直肠癌蛋白质组学分析及其应用
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作者 贾振宇 钱丽娟 夏婷婷 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2024年第10期1323-1328,共6页
目的基于LC-MS/MS非标记定量蛋白质组学分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)差异蛋白并筛选与CRC发生相关的关键通路。方法采用LC-MS/MS对3例CRC患者肿瘤组织和癌旁正常组织的蛋白质组进行定量分析,筛选差异蛋白。通过生物信息学分析... 目的基于LC-MS/MS非标记定量蛋白质组学分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)差异蛋白并筛选与CRC发生相关的关键通路。方法采用LC-MS/MS对3例CRC患者肿瘤组织和癌旁正常组织的蛋白质组进行定量分析,筛选差异蛋白。通过生物信息学分析筛选与CRC发生发展密切相关的候选蛋白并验证。通过TCGA分析筛选CRC潜在标志物。结果蛋白质组学分析共鉴定了4257个蛋白,差异蛋白544个,显著上调蛋白446个,显著下调蛋白98个。基于GO富集分析及KEGG通路分析,发现与RNA和DNA功能相关的蛋白通过调控基因表达和细胞增殖参与了CRC的发生发展。基于此筛选RNA功能相关差异蛋白为候选蛋白:PRPF19、HNRNPM、UTP18、RCL1、RPL3、EIF5、NCBP2、NOP58、RANBP2,随后在另外5例CRC患者肿瘤组织和癌旁组织上进行了表达验证。成功验证出NCBP2、PRPF19、HNRNPM在CRC中表达显著增加,且NCBP2表达水平与患者总体生存率呈负相关。结论本研究筛选了在CRC发生发展过程中具有潜在重要作用的3个差异蛋白,有望作为CRC诊断和治疗的靶标。 展开更多
关键词 定量蛋白质 结直肠癌 生物标志物 NCBP2
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基于蛋白质组学技术探讨通关藤注射液治疗小鼠肺癌的作用机制
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作者 贾文瑞 边猛 +2 位作者 贾羲 张晓川 王娟 《中医药信息》 2024年第5期24-30,共7页
目的:基于蛋白质组学技术研究通关藤注射液对小鼠肺癌组织生长情况及蛋白表达的影响,探究其作用机制。方法:40只BALB/c雄性小鼠,采用腋下接种Lewis肺癌瘤株的方法建立肺癌皮下移植瘤模型,随机分为模型组、顺铂组和通关藤注射液高、低剂... 目的:基于蛋白质组学技术研究通关藤注射液对小鼠肺癌组织生长情况及蛋白表达的影响,探究其作用机制。方法:40只BALB/c雄性小鼠,采用腋下接种Lewis肺癌瘤株的方法建立肺癌皮下移植瘤模型,随机分为模型组、顺铂组和通关藤注射液高、低剂量组,每组10只。分别在给药前及给药后记录小鼠肿瘤生长情况,在给药第21天时处死,眼球取血,取肿瘤组织,称量体积及瘤体质量。通过检测各组小鼠肿瘤大小,计算抑瘤率来评价肿瘤生长情况。取血清样本,采用定量蛋白质组学分析血清中蛋白表达差异的影响,并分析差异蛋白参与的信号通路。结果:与模型组相比,通关藤注射液高剂量和低剂量组肿瘤组织显著减小(P<0.01)。共定量得到6272个蛋白质,给药组与模型组之间有176个差异蛋白(上调59个,下调117个),这些差异蛋白的功能主要为基因表达、细胞生物合成、DNA模板转录等;对差异蛋白富集的信号通路进行分析可知,PI3K/Akt信号通路、HIF-1信号通路、ErbB信号通路、心肌收缩、志贺菌病、系统性红斑狼疮、胰岛素信号通路、不同环境中的微生物代谢、cAMP信号通路、信使核糖核酸监测通路等通路可能与肿瘤细胞的增殖、存活有密切关系。结论:通关藤注射液抑制肺癌小鼠肿瘤生长的作用机制,可能通过调节关键蛋白影响基因表达、细胞生物合成、DNA模板转录等过程,与PI3K/Akt信号通路、HIF-1信号通路、ErbB信号通路等通路密切相关。 展开更多
关键词 通关藤注射液 蛋白质 肺癌 作用机制 信号通路
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疏肝调神针法治疗月经性偏头痛的蛋白质组学研究
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作者 邵国梁 李瑞 +2 位作者 黄绍磊 杨佃会 王萌萌 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期504-507,共4页
目的基于蛋白质组学技术筛选正常组、疏肝调神针刺组月经性偏头痛患者血清差异表达蛋白,为疏肝调神针法治疗月经性偏头痛患者提供参考依据。方法收集6例女性健康体检者血清(A组),6例月经性偏头痛患者为疏肝调神针刺组(B组),并在治疗前... 目的基于蛋白质组学技术筛选正常组、疏肝调神针刺组月经性偏头痛患者血清差异表达蛋白,为疏肝调神针法治疗月经性偏头痛患者提供参考依据。方法收集6例女性健康体检者血清(A组),6例月经性偏头痛患者为疏肝调神针刺组(B组),并在治疗前后分别取血,治疗前为Bq组,治疗后为Bh组。按标号最终得到18个混样。通过蛋白提取、酶切、液相色谱-质谱串联分析、生物信息分析等对样本进行定量蛋白组的研究。对差异表达蛋白进行GO富集、Reactome通路分析以及蛋白互作网络分析。结果Bq/Bh:上调蛋白10个,下调蛋白7个;A/Bh:上调蛋白18个,下调蛋白51个。GO富集分析显示,A/Bh中,最显著富集的20个亚类中生物学过程有14个亚类,细胞元件有2个亚类,分子功能有4个亚类。Bq/Bh中,最显著富集的20个亚类中生物学过程有12个亚类,细胞元件有6个亚类,分子功能有2个亚类。Reactome通路富集分析结果显示:Bq与Bh相比,O-linked glycosylation of mucins(R-HAS-913709)通路和Cellular response to chemical stress(R-HAS-9711123)通路在富集程度及差异蛋白的数量上最为显著。蛋白互作网络分析显示:A/Bh中FN1(fibronectin-1)、UBB(Polyubiquitin-B)、TXN(Thioredoxin)等在月经性偏头痛患者的血液中表达下调,DPP4(Recombinant human dipeptidyl peptidase 4)、SLPI、DNPEP(aspartyl aminopeptidase)等上调。结论疏肝调神针法治疗月经性偏头痛可能通过调控黏蛋白的O-糖基化通路及O型糖基化转移酶GALNT2的表达发挥作用。 展开更多
关键词 疏肝调神针法 月经性偏头痛 蛋白质 蛋白 GALNT2
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