荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域突变分析及蛋白质序列模式预测

为了深入了解荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域的变异及蛋白质序列模式分布情况,对53头荣昌猪SLA-DQB基因的β1结构域进行了克隆测序和序列多重比对,并在线预测蛋白质序列模式。结果发现,222bp区域内存在9个单核苷酸的插入位点、16个单核苷酸的缺失位点和89个SNPs位点。74个氨基酸中仅由SNP位点导致的氨基酸变异位点共37个,其中有24个位点氨基酸的类型发生变化。对50条SLA-DQB基因β1结构域蛋白质序列分析发现7种类型共174个蛋白质序列模式位点。单条序列中蛋白质序列模式位点最多的12个,最少的2个。蛋白质序列模式突变位点主要发生在第9、26、45、53、61个氨基酸上,涉及到5种类型蛋白质序列模式位点的改变。结果提示,荣昌猪SLA-DQB基因β1结构域存在丰富的遗传变异和多样化的蛋白质序列模式。

利用蛋白质序列模式识别改善谷氨酸棒杆菌基因组注释

即使细菌基因组的基因结构较为简单,但在注释过程中也可能出现基因遗漏的现象。当潜在基因在高质量数据库中没有显著同源序列时,基于知识库的基因预测方法就会遇到困难。本文希望通过系统扫描基因组所有可能ORF的蛋白质序列模式来搜索遗漏基因。为验证该方法的可行性,作者系统分析了重要的工业发酵微生物谷氨酸棒杆菌的基因组,发现了25个候选疑似基因。它们具有显著的蛋白质序列模式,但在Swiss-Prot中元显著同源序列,并且在GenBank中仍未注释。深入分析发现,25个候选疑似基因中19个为可能基因,3个为可能假基因,3个为疑似基因序列。这些结果说明本文的分析方法可以有效地用于无显著同源序列基因的搜索。