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蛋白质晶体结构刚体优化的新方法 被引量:1
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作者 丁玮 江凡 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期443-448,共6页
将多元函数的变尺度法与两电子密度图的相关系数相结合,得到一种能够对蛋白质晶体结构进行刚体优化的新方法.初步测试结果表明,该方法能够明显地改善待测晶体的初始模型在晶胞中的取向和位置.而与最大似然方法相比,该方法可能更适用于... 将多元函数的变尺度法与两电子密度图的相关系数相结合,得到一种能够对蛋白质晶体结构进行刚体优化的新方法.初步测试结果表明,该方法能够明显地改善待测晶体的初始模型在晶胞中的取向和位置.而与最大似然方法相比,该方法可能更适用于搜索空间中存在大量局域极值点的情况. 展开更多
关键词 蛋白质晶体结构 刚体优化 多元函数的变尺度方法 电子密度图的相关系数
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X射线测定蛋白质结构的技术进展与研究现状 被引量:7
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作者 熊强 丁立新 +1 位作者 姜晓燕 丁库克 《癌变.畸变.突变》 CAS 2019年第1期82-85,共4页
X射线晶体衍射技术是一种非常重要的测定蛋白质晶体结构的方法。近几十年,虽然各种新的实验方法和通过计算机预测蛋白质结构域的方法层出不穷,但是测定蛋白质结构主要还是通过X射线晶体衍射技术。随着同步辐射装置和X射线自由电子激光... X射线晶体衍射技术是一种非常重要的测定蛋白质晶体结构的方法。近几十年,虽然各种新的实验方法和通过计算机预测蛋白质结构域的方法层出不穷,但是测定蛋白质结构主要还是通过X射线晶体衍射技术。随着同步辐射装置和X射线自由电子激光的发展,X射线在测定蛋白质结构中的作用越来越重要。本文就X射线测定蛋白质晶体空间结构的技术进展进行综述,介绍了其原理和发展,简述了同步辐射和X射线自由电子激光的研究现状,为理解用X射线测定蛋白质结构的机制,从原子水平上了解生命物质奠定基础,并提出今后X射线光源的发展趋势。 展开更多
关键词 蛋白质晶体结构 X射线晶体衍射技术 同步辐射 X射线自由电子激光
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限制性蛋白酶解提高E.coli Hfq蛋白晶体结构分辨率
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作者 冯是琼 司云龙 +2 位作者 宋晨阳 王佩琦 苏纪勇 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1102-1108,共7页
Hfq蛋白是一种促进sRNA结合互补RNA的细菌伴侣蛋白.Hfq蛋白可以抑制或上调目的蛋白的表达及促进mRNA的降解,从而调控细菌的生理功能使其适应周围胁迫环境.Hfq是同源六聚体蛋白质,在其中心部位有1个内环,每个单体上有1个极其保守的组氨... Hfq蛋白是一种促进sRNA结合互补RNA的细菌伴侣蛋白.Hfq蛋白可以抑制或上调目的蛋白的表达及促进mRNA的降解,从而调控细菌的生理功能使其适应周围胁迫环境.Hfq是同源六聚体蛋白质,在其中心部位有1个内环,每个单体上有1个极其保守的组氨酸分布在这个内环表面.根据Hfq这个特点,应用镍离子亲和柱直接从大肠杆菌中纯化Hfq,接着用凝胶过滤层析柱纯化,最终获得了纯度70%的Hfq蛋白.对该蛋白质进行结晶条件初筛前,应用胰凝乳蛋白酶对其进行限制性蛋白酶解,切除其C端无规则卷曲,便于Hfq结晶及提高晶体衍射率.初期得到的Hfq晶体是极小的针状晶体,通过优化结晶条件获得了较大的晶体.最终解析出了2个分辨率较高的Hfq晶体结构,其中1个晶体结构分辨率达到了1.63. 展开更多
关键词 限制性蛋白酶解 蛋白质晶体结构分辨率 蛋白质纯化 蛋白质结晶优化
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人血清白蛋白及其复合物的结构基础 被引量:9
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作者 杨峰 梁宏 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第4期530-538,共9页
人血清白蛋白是人体中一种最丰富的血浆蛋白质,是主要的脂肪酸和外源性分子如药物等的转运载体。由于大多数药物需要结合白蛋白被运输到靶组织和器官,白蛋白对于药物的代谢动力学和递送起到关键作用。40多年来,白蛋白与小分子化合物的... 人血清白蛋白是人体中一种最丰富的血浆蛋白质,是主要的脂肪酸和外源性分子如药物等的转运载体。由于大多数药物需要结合白蛋白被运输到靶组织和器官,白蛋白对于药物的代谢动力学和递送起到关键作用。40多年来,白蛋白与小分子化合物的相互作用一直是国内、外的研究热点。此外,白蛋白作为药物载体被广泛地研究和应用。因此,本文将从蛋白质结构层面上综述白蛋白和白蛋白复合物的相关知识,提出白蛋白相关研究领域的一些未来挑战。 展开更多
关键词 人血清白蛋白 人血清白蛋白-药物复合物 蛋白质晶体结构 X-射线晶体
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太空制药 前景诱人
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作者 常怡勇 《开卷有益(求医问药)》 1997年第5期45-45,共1页
近年,在发达国家出现了一种高科技制药方法,即太空制药法。太空制药是指利用太空微重力、高洁净条件来精制纯化有重要经济价值的药物。空间制药厂实际上就是建立在空间站上的一个智能化的药物加工系统,大体上由细胞培养和产物分离两系... 近年,在发达国家出现了一种高科技制药方法,即太空制药法。太空制药是指利用太空微重力、高洁净条件来精制纯化有重要经济价值的药物。空间制药厂实际上就是建立在空间站上的一个智能化的药物加工系统,大体上由细胞培养和产物分离两系统组成,主要用于新型特效药物的生产。 展开更多
关键词 太空制药 空间站 细胞培养 制药厂 太空微重力 空间生产 蛋白质晶体结构 系统组成 特效药物 经济价值
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埃博拉病毒入侵:人TIM分子的结构与结合PS的分子基础 被引量:6
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作者 王寒 齐建勋 +11 位作者 刘宁宁 李燕 高俊 张廷虹 柴彦 高峰 张浩 李向东 叶昕 严景华 逯光文 高福 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第35期3438-3453,共16页
研究表明,人T细胞免疫球蛋白黏蛋白(human T-cell immunoglobulin and mucin domain,h TIM)受体分子能够促进包括埃博拉病毒在内的很多囊膜病毒的入侵.h TIM介导的病毒入侵过程高度依赖于位于受体分子胞外区远膜端的免疫球蛋白V区(immun... 研究表明,人T细胞免疫球蛋白黏蛋白(human T-cell immunoglobulin and mucin domain,h TIM)受体分子能够促进包括埃博拉病毒在内的很多囊膜病毒的入侵.h TIM介导的病毒入侵过程高度依赖于位于受体分子胞外区远膜端的免疫球蛋白V区(immunoglobulin variable(Ig V)-like)结构域与病毒囊膜中磷脂酰丝氨酸(phosphotidylserine,PS)的特异性相互作用.人类TIM家族共有3个成员:h TIM-1,h TIM-3和h TIM-4.虽然相应的小鼠TIM分子的结构已经解析,但h TIM分子的Ig V结构特征及其识别PS的分子基础仍然未知.同时,有研究表明,引起西非大规模埃博拉疫情爆发的2014-扎依尔-埃博拉病毒可能较其先前流行株具有更强的致病能力.但目前尚未有2014-扎依尔-埃博拉病毒利用h TIM分子入侵细胞及其与1976-扎依尔-埃博拉病毒的入侵能力比较的研究报道.本研究证明了整合有1976-和2014-扎依尔-埃博拉病毒囊膜糖蛋白(glycoprotein,GP)的假病毒均可以利用h TIM-1和h TIM-4入侵细胞,并且表现出相近的入侵效率.进一步证明了h TIM分子不与埃博拉病毒GP蛋白直接相互作用,而是通过结合病毒囊膜中的PS分子而促进病毒感染.随后解析了3种h TIM分子Ig V结构域的高分辨率晶体结构以及h TIM-4与磷酸丝氨酸的复合物晶体结构.令人意外的是,3种h TIM分子的PS结合槽呈现出各自不同的局部结构特征且在目前已解析结构的小鼠同源分子中均未被观察到.这些结构特征很可能提示h TIM分子具有不同于小鼠同源分子、且彼此间亦各不相同的PS识别模式.上述结构和功能数据丰富了我们对h TIM结合PS的分子基础的认识,从而将帮助我们更深入地了解埃博拉和相关囊膜病毒利用h TIM受体入侵细胞的分子机制. 展开更多
关键词 人T细胞免疫球蛋白蛋白分子 蛋白质晶体结构 埃博拉病毒入侵 磷脂酰丝氨酸结合机制
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Crystal structure of a plant leucine rich repeat protein with two island domains 被引量:2
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作者 SONG Wen HAN ZhiFu +1 位作者 SUN YaDong CHAI JiJie 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2014年第1期137-144,共8页
Leucine rich repeat(LRR)domain,characterized by a repetitive sequence pattern rich in leucine residues,is a universal protein-protein interaction motif present in all life forms.LRR repeats interrupted by sequences of... Leucine rich repeat(LRR)domain,characterized by a repetitive sequence pattern rich in leucine residues,is a universal protein-protein interaction motif present in all life forms.LRR repeats interrupted by sequences of 30 70 residues(termed island domain,ID)have been found in some plant LRR receptor-like kinases(RLKs)and animal Toll-like receptors(TLR7-9).Recent studies provide insight into how a single ID is structurally integrated into an LRR protein.However,structural information on an LRR protein with two IDs is lacking.The receptor-like protein kinase 2(RPK2)is an LRR-RLK and has important roles in controlling plant growth and development by perception and transduction of hormone signal.Here we present the crystal structure of the extracellular LRR domain of RPK2(RPK2-LRR)containing two IDs from Arabidopsis.The structure reveals that both of the IDs are helical and located at the central region of the single RPK2-LRR solenoid.One of them binds to the inner surface of the solenoid,whereas the other one mainly interacts with the lateral side.Unexpectedly,a long loop immediately following the N-terminal capping domain of RPK2-LRR is presented toward and sandwiched between the two IDs,further stabilizing their embedding to the LRR solenoid.A potential ligand binding site formed by the two IDs and the solenoid is located at the C-terminal side of RPK2-LRR.The structural information of RPK2-LRR broadens our understanding toward the large family of LRR proteins and provides insight into RPK2-mediated signaling. 展开更多
关键词 leucine rich repeat receptor-like kinases receptor-like protein kinase 2
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