一种用于蛋白质检索的运用混合谱特征的形状描述符

蛋白质的不同构像及结构变化使得传统的形状描述算法在蛋白质数据集上的检索效果并不理想。为了提高检索性能,提出了一种新的基于混合谱特征的蛋白质形状描述符及蛋白质检索框架,该方法结合了Wave Kernel Signature和Heat Kernel Signature产生新的Bag of Feature,即WKS_HKS算法。对WKS_HKS算法和现有的几种形状描述算法在三个不同类型的分子数据集上进行了综合比较。实验结果表明,该算法比单一的算法的检索效果更好,并优于几种对比的形状描述算法。

五龄家蚕若干组织器官蛋白质数据库构建

为构建家蚕蛋白质数据库，达到从蛋白质水平研究基因的表达及表达产物的加工修饰 的目的，采用五龄家蚕体壁、中肠和脂肪为材料获取蛋白质样品，用蛋白质双向电泳技术分 离、纯化蛋白质，对其中的４０个蛋白质斑点进行了氨基酸序列分析及同源性检索，发现其中 ５８．５％的蛋白质与果蝇的有关蛋白质具有较高同源性，３６．５％与其他生物的蛋白质具有较高 同源性，只有５％与家蚕已知蛋白质具有较高同源性。研究发现有２７个蛋白质的Ｎ－末端氨基 酸序列在家蚕中是第一次被检测到，并通过互联网向ＳＷＩＳＳ－ＰＲＯＴ数据库进行了登录。研究 证明利用蛋白质数据库的结果，可以得到基因表达及其产物修饰的信息。

基于特征直方图的蛋白质结构分类和检索方法

针对蛋白质结构的自动分类需求,提出一种基于BOVF方法的蛋白质结构分类与检索新算法。该算法利用SURF提取蛋白质结构各视角图像的局部特征,利用K-means对所有特征进行聚类分析生成视觉词典,统计视角图像的特征在视觉词典中出现的频率并生成特征直方图,以此直方图作为蛋白质结构的特征,使用KLD计算2个结构之间的相似度。3个实验分别被用来检验本文算法的分类和检索性能。实验结果证明本文算法具有比较算法无法达到的分类效果和检索性能。