啤酒酵母、秀丽线虫和大肠杆菌蛋白质相互作用网络的近似二分模式分析

在深入分析啤酒酵母、秀丽线虫和大肠杆菌的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络模式的基础上,针对近似二分模式的挖掘,改进已有模型并提出了二分系数这一评价标准.实验结果表明,在相同条件下,所提出的模型比先前的模型效果略好,可以有效地挖掘出PPI网络中的近似二分模式.

基于随机游走的蛋白质功能预测算法设计与实现

在构建蛋白质相互作用网络时从通路数据出发,利用通路数据整合蛋白质相互作用网络。提出了一个基于随机游走的蛋白质功能预测方法,在该算法中把已知功能的蛋白质当作起始点,对于随机游走在蛋白质互作网络中产生的邻居信息,转换为注释模式信息,并根据已知功能的蛋白质的功能来提取未知功能蛋白质的注释模式。利用传统的K近邻算法从训练样本集中找到未知功能蛋白质的k个最近邻。最后,结合多标签分类的K近邻算法,统计k个近邻中蛋白质的功能类数目,基于最大后验概率预测未知功能蛋白质属于的功能标签类。通过在构建蛋白质互作网络进行实验,结果表明提出的方案能够有效地进行蛋白质功能预测。

Liverbase:人类肝脏蛋白质组数据库应用系统的研发

目的人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)的顺利实施产出了大量的肝脏蛋白质组数据,这也是迄今最大的人类组织器官的蛋白质组数据。为帮助科学家方便有效地利用这些数据,我们开发了人类肝脏蛋白质组数据库Liverbase。方法 Liverbase基于MySQL、JSP、JavaBean和JDBC等技术而开发。主要针对数据库系统结构、数据处理及注释、数据库系统功能及使用三方面展开并进行详细的阐述。结果 Liverbase的主要功能是展示、管理和检索人类肝脏蛋白质组计划鉴定到的蛋白质及其功能注释信息。对每个鉴定到的蛋白质提供了全面的注释信息,整合了mRNA/蛋白质丰度信息。结论 Liverbase具有简捷实用、易于查询和访问、可扩展性好以及便于维护等特点。数据库的访问地址是http://liverbase.hupo.org.cn。

基于文献挖掘的蛋白质相互作用信息数据库设计及实现

目的针对目前数据库在提供组织、存储和展示文献来源的蛋白质相互作用知识和数据支撑方面的不足,设计并构建了蛋白质相互作用信息数据库系统(protein-protein interaction information database,dbPPII)。方法根据文献来源的蛋白质相互作用数据的特点,使用MySQL设计包含蛋白质相互作用、文献及本体三方面信息的数据库结构,引入本体工具展示数据,并使用JSP等技术开发实现。结果数据库系统实现了基于本体的信息组织和展示,提供多种数据查询方式及丰富的文献信息,并具有数据下载功能。目前,dbPPII系统已经应用于组织、存储和展示人及小鼠肝脏相关文献挖掘得到的蛋白质相互作用信息。结论 dbPPII系统具有存储和检索文献来源的蛋白质相互作用信息的多种优势,并有效地利用了蛋白质相互作用本体信息框架组织和展示蛋白质相互作用数据。dbPPII访问主页:http://ppii.hupo.org.cn。

nr数据库分析及其本地化

通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问,为蛋白质注释系统整合nr数据库做好了第一步工作。