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SELDI-TOF-MS联合蛋白质组学实验数据库对结直肠癌血清标志物的鉴定 被引量:4
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作者 蔡建 高春芳 +3 位作者 范乃军 盛新华 赵光 王秀丽 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2009年第27期2854-2858,共5页
目的:探讨表面增强激光解析离子化飞行时间质谱仪(SELDI-TOF-MS)联合蛋白质组学实验数据库方法研究结直肠癌患者血清标志物的可行性.方法:应用SELDI-TOF-MS对169例结直肠癌患者与83例正常人血清进行了蛋白质谱检测,通过Biomarker Wizar... 目的:探讨表面增强激光解析离子化飞行时间质谱仪(SELDI-TOF-MS)联合蛋白质组学实验数据库方法研究结直肠癌患者血清标志物的可行性.方法:应用SELDI-TOF-MS对169例结直肠癌患者与83例正常人血清进行了蛋白质谱检测,通过Biomarker WizardTM与Biomarker PatternsTM软件分析发现差异蛋白,建立结直肠癌诊断模型;用蛋白质组学实验数据库检索鉴定出有意义的差异蛋白,并用ELISA法对结直肠癌患者及正常人血清样本中差异蛋白表达进行验证.结果:发现34种差异蛋白,以质荷比(m/z)为2873,3163,6121,7778的4种差异蛋白组成的分类树诊断模型,在学习模式下其诊断结直肠癌的灵敏度为91.57%,特异度为90.53%;在测试模式下分别为82.25%,80.72%.其中m/z为7778的蛋白峰强度在结直肠癌患者血清中明显高于正常人(P<0.01),数据库检索结果提示该蛋白为血小板因子4(PF4).ELISA法测定结直肠癌患者血清PF4水平显著高于正常人(P<0.01),其灵敏度及特异度分别为61.1%,76.9%.结论:SELDI-TOF-MS联合蛋白质组学实验数据库的方法简便可行,可为蛋白芯片研究提供新思路;PF4(m/z=7778)在结直肠癌患者血清中明显升高,是结直肠癌患者新的血清学标志物. 展开更多
关键词 结直肠癌 血小板因子4 生物标志物 表面增强激光解析离子化飞行时间质谱 蛋白质实验数据库
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生物信息学及其在蛋白质组学中的应用 被引量:14
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作者 马袁君 程震龙 孙野青 《生物信息学》 2008年第1期38-39,48,共3页
随着基因组学和蛋白质组学的发展,生物信息学在数据处理中的应用已经越来越广泛。作为数据处理中越来越重要的分析手段,蛋白质组学数据库是蛋白质组学的主要内容之一。本文分别从生物信息学的蛋白质双向电泳数据库和基于蛋白质质谱结果... 随着基因组学和蛋白质组学的发展,生物信息学在数据处理中的应用已经越来越广泛。作为数据处理中越来越重要的分析手段,蛋白质组学数据库是蛋白质组学的主要内容之一。本文分别从生物信息学的蛋白质双向电泳数据库和基于蛋白质质谱结果的数据库两个方面,概述了发展中的蛋白质数据库的最新动态和有关信息,同时对主要的热门蛋白质组学数据库站点和资源进行了评价和分析。 展开更多
关键词 生物信息 蛋白质 蛋白质组学数据库
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An overview of human protein databases and their application to functional proteomics in health and disease 被引量:2
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作者 ZHANG YanQiong ZHU YunPing HE FuChu 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2011年第11期988-998,共11页
Functional proteomics can be defined as a strategy to couple proteomic information with biochemical and physiological analyses with the aim of understanding better the functions of proteins in normal and diseased orga... Functional proteomics can be defined as a strategy to couple proteomic information with biochemical and physiological analyses with the aim of understanding better the functions of proteins in normal and diseased organs.In recent years,a variety of publicly available bioinformatics databases have been developed to support protein-related information management and biological knowledge discovery.In addition to being used to annotate the proteome,these resources also offer the opportunity to develop global approaches to the study of the functional role of proteins both in health and disease.Here,we present a comprehensive review of the major human protein bioinformatics databases.We conclude this review by discussing a few examples that illustrate the importance of these databases in functional proteomics research. 展开更多
关键词 human protein database BIOINFORMATICS functional proteomics HEALTH DISEASE
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