蛋白质表面模拟算法研究

蛋白质表面在进行蛋白质相互作用及蛋白质对接等方面有着非常重要的作用。根据蛋白质三维结构数据的特点,首先按照蛋白质的三维几何特征设计了一种提取蛋白质表面原子的几何算法PSAGA。在提取出的表面原子基础上,引用球函数具有的旋转不变性的特点,进行蛋白质表面形状的模拟,模拟出的蛋白质表面可以有效克服蛋白质在空间变换过程中需要不停进行重新计算表面问题,从而有效地提高了计算效率。实验结果验证了所用方法的准确性。

食管癌术后重症肺炎患者血清肺表面活性物质相关蛋白质-D、高迁移率族蛋白B1和中性粒细胞与淋巴细胞比值水平变化及检测意义

目的:探讨中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、肺表面活性物质相关蛋白质-D(SP-D)及高迁移率族蛋白B1(HMGB1)在食管癌术后重症肺炎(SP)患者中的水平变化及检测意义。方法:选取接受手术治疗的食管癌患者257例,根据手术治疗后是否发生SP将患者分为SP组(124例)和对照组(133例)。比较两组血清SP-D、HMGB1和NLR水平。记录SP组患者28 d内预后情况,根据28 d内生存情况将SP组患者分为生存组(104例)和病死组(20例)。比较两组一般资料及实验室指标,采用Logistic回归分析食管癌术后SP患者预后影响因素。绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析NLR、SP-D及HMGB1对食管癌术后SP患者28 d内病死风险的预测价值。结果:SP组血清SP-D及HMGB1和NLR水平高于对照组(均P<0.05)。病死组NLR、SP-D及HMGB1水平高于生存组(均P<0.05)。NLR、SP-D及HMGB1是食管癌术后SP患者病死的影响因素(均P<0.05)。NLR、SP-D及HMGB1预测食管癌术后SP患者28 d内病死风险的AUC分别为0.744、0.763、0.715,而三者联合检测的AUC更高(均P<0.05)。结论:食管癌术后SP患者NLR、SP-D及HMGB1水平升高,且与患者预后有关,三者联合检测有助于提升对患者病死风险的预测价值。

环境友好型蛋白质生物表面活性剂研究进展

蛋白质表面活性剂(PBS)作为一种新型环境友好型温和型生物表面活性剂能显著改变液体表面张力或二相间界面张力。阐述了PBS的概念、分类、合成、性能及应用,最后基于优良性能展望了在农业领域的应用新前景。

化学修饰在蛋白质基表面活性剂制备中的应用

蛋白质是由极性和非极性两类氨基酸通过肽键相连所组成,理论上应该是一种理想的表面活性剂,但由于其本身的特殊结构,多肽链的折叠盘绕,使得绝大多数蛋白质因非极性基团被包裹在致密稳固的蛋白质分子内部而无法表现出其表面活性性能.通过对蛋白质的侧链基团和主链结构的化学修饰,改变蛋白质的结构,可以使蛋白质的乳化性、起泡性、去污性、乳化稳定性等表面活性得到改善,从而可以制备各种不同用途的蛋白质基表面活性剂,应用到不同领域.

蛋白质表面氨基酸特性研究进展

分布在蛋白质分子表面的暴露于溶剂的氨基酸所具有的一些特性对蛋白质的折叠和聚合过程、蛋白质-蛋白质相互作用以及蛋白质的功能具有重要影响。本文分析了蛋白质表面氨基酸在疏水性、保守性、静电势及结构方面的一些特性,阐述了近年来国际上利用这些特性对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行预测的方法,最后介绍了几款预测蛋白质表面氨基酸的软件。

柱层析法纯化变形链球菌表面蛋白质抗原Ⅰ/Ⅱ的研究

用硫酸铵沉淀、阴离子交换柱层析、凝胶过滤柱层析从变形链球菌培养上清液中提取、纯化了表面蛋白质抗原Ⅰ/Ⅱ(简称抗原Ⅰ/Ⅱ),该抗原能与特异性抗抗原Ⅰ/Ⅱ血清发生免疫学沉淀反应;SDS-PAGE显示纯抗原Ⅰ/Ⅱ为单一蛋白区带,分子量为190546 d;Lowry法测定蛋白质含量为0.8mg/ml;氨基酸组成分析表明丙氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、赖氨酸含量较多,酸性氨基酸占24.1％,碱性氨基酸占11.4％,表明蛋白质的等电点偏低。

肺表面活性物质相关蛋白质D与哮喘的研究进展

哮喘是呼吸系统常见的慢性炎症性疾病。关于哮喘的生物学标记物种类较多,但目前尚未发现具有特异性的标记物。肺表面活性物质相关蛋白质D(SP-D)主要存在于肺内,但在肺以外的器官系统中也有少量表达。SP-D在机体防御及免疫监视中发挥重要作用,与多种肺部疾病密切相关。其中SP-D是哮喘发生、发展的重要参与者,可作为哮喘的生物学标记物。现就SP-D的功能及其在哮喘中的生物学标记物作用作一综述。

变形链球菌表面蛋白质抗原研究概况

变形链球菌细胞壁表面存在多种蛋白成分。已从变形链球菌中纯化出10多种细胞表面蛋白质抗原,它们在防龋疫苗研究中成功地作为疫苗免疫原预防龋齿发生。本文对这类抗原Ⅰ/Ⅱ、B,IF,P1,SR,PAc的提取纯化及其在分子水平上研究状况作一概述。

肺表面活性蛋白质A的提取纯化和初步应用

为了进一步研究肺表面活性物质（ＰＳ）的生理功能和今后建立肺表面活性蛋白质Ａ（ＳＰＡ）含量测定，本研究用正丁醇和八－辛－吡喃葡糖酐离心法在羊水中提取和纯化了ＳＰＡ并免疫兔制备了兔抗人抗体。所得ＳＰＡ经免疫电泳及蛋白印迹分析纯度都较佳。鉴于ＳＰＡ在国外已用于抗原测定及在合成磷脂中加入ＳＰＡ可提高对新生儿呼吸窘迫症和成人呼吸窘迫症的疗效，本研究为今后建立ＳＰＡ含量测定。

金黄色葡萄球菌表面蛋白质SdrE的研究现状

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)是常见致病菌,其表面蛋白质在感染宿主过程中发挥重要作用,其中Sdr E蛋白质为其表面蛋白质之一,研究发现Sdr E蛋白质的表达几乎不受环境因素(包括温度、金属离子)的影响,并且可能与S.aureus对甲氧西林的抵抗力有关,近年来发现Sdr E蛋白质的磷酸化直接影响了S.aureus的毒性,同时,Sdr E蛋白质能够通过黏附补体调节因子H来逃避宿主免疫反应,并且还能够独立诱导血小板发生聚集,已经发现Sdr E蛋白质能够在骨骼感染、关节感染以及骨髓炎中发挥重要作用。本文主要分析了Sdr E蛋白质的生物学功能,为基于Sdr E蛋白质的新的特异性抗菌药物的开发指明方向和提供理论基础。

拟南芥花粉表面蛋白质数据的整合

花粉表面蛋白质参与花粉与柱头的识别,在植物繁殖生长过程中起着重要的作用.以拟南芥为研究对象,通过文献和网络资源的查阅收集其他植物的花粉表面蛋白质的信息,并利用同源性分析,将其转化为拟南芥的花粉表面蛋白相关信息;并将这些数据和拟南芥中已知及可能的花粉表面蛋白质数据整合在一起.然后,对整合的所有蛋白质进行了功能分类和表达分析,并建立了拟南芥花粉表面蛋白质数据库.这对深入研究花粉与柱头识别的分子机理将有重要的促进作用.

疏水性肺表面活性蛋白质预防大鼠肺出血的作用

观察人工合成磷脂加牛肺疏水性肺表面活性蛋白质（ＳＰ）模拟天然牛肺表面活性物质（ＰＳ）预防大鼠肺出血效果。结果在肺组织学变化，降低肺指数、肺泡灌洗液蛋白质量、血清脂质过氧化物均优于不加ＳＰ组，疗效可与应用天然牛ＰＳ组相比拟。

BCA法测定猪肺表面活性物质及其冻干粉中的表面活性蛋白质

目的：建立肺表面活性物质及其冻干粉中表面活性蛋白质的含量测定方法。方法：采用BCA试剂盒测定。结果：蛋白质在10～80μg范围内，线形关系良好，r=0．9998；在猪肺表面活性物质及其制剂中回收率分别为98.19％及98.41％；精密度（RSD）为0．61％；磷脂及辅料对测定无干扰。结论：本方法可简单快速地测定猪肺表面活性物质及其冻干粉中表面活性蛋白质的含量，专属性强、准确度高。

甲氧基聚氧化乙烯丙基三甲氧基硅烷改性硅片表面的蛋白质吸附行为

以甲氧基聚氧化乙烯丙基三甲氧基硅烷对硅片表面进行改性,使其表面具有良好的亲水性能。用考马斯亮蓝法考察了硅片在不同浸泡时间和不同蛋白质初始溶液浓度下,牛血清白蛋白(BSA)在硅片表面的吸附行为。研究发现,蛋白质吸附是一个动态过程,符合Langmuir理论吸附模型,浸泡120min后,吸附和解吸附达到动态平衡。当蛋白质初始溶液浓度达到0.04mg/mL后,硅片表面蛋白质吸附量达到最大值,不再随溶液浓度的增大而增大,分子量为Mn=442和882的硅烷改性硅片表面蛋白质最大吸附量分别是90.41和85.76μg/cm2。原子力显微镜(AFM)分析表明,未改性的硅片表面吸附蛋白质较多,蛋白质层厚度最高达到24.81nm;改性后的硅片表面具有较好的抗蛋白质吸附性能,吸附蛋白质较少,Mn=442和882的硅烷改性硅片表面蛋白质层最大厚度分别为19.20和16.2nm。

淡水淹溺大鼠肺表面活性物质相关蛋白质A表达变化的研究

目的观察淹溺后大鼠呼吸、血气、病理及肺表面活性物质相关蛋白质A(SP-A)的变化特点。方法将24只健康雄性大鼠随机分为对照组(6只)和淹溺组(18只),再将淹溺组分为淹溺后2h组、淹溺后4h组和淹溺后6h组,每个亚组6只大鼠。于上述时间点记录大鼠的呼吸频率,经颈动脉采血测血气。处死大鼠后取肺组织行HE染色,观察淹溺后肺组织普通病理变化,采用免疫组织化学法检测SP-A在灌注后不同时间点的变化。结果淹溺组大鼠淡水灌注后呼吸先增快,以后逐渐减慢,但未降至正常范围。PaO2在灌入淡水后5min显著下降[(48.7±3.93)mmHg比(93.65±6.02)mmHg,P<0.05],之后虽有回升,但维持在较低水平。PaCO2在灌入淡水后5min显著上升[(36.20±4.41)mmHg比(55.96±4.60)mmHg,P<0.05],随后降低,显著低于正常水平(P<0.05)。对照组大鼠SP-A主要以膜状形式连续分布于肺泡腔表面。淹溺组大鼠肺泡壁有不同程度的断裂,肺泡腔内可见红细胞聚集,间质水肿明显,呈局灶性肺不张,SP-A主要以颗粒状聚集在肺泡腔内表面和渗液表面,SP-A表达量较对照组显著降低(P<0.05)且进行性下降。结论淡水淹溺后造成肺损伤,导致SP-A的质和量发生改变。

从豚鼠精子表面蛋白质揭示人类生育的奥秘

研究人员最近发现豚鼠精子表面蛋白质能使精子识别卵细胞并与卵子融合,该蛋白质(PH-30)含两个亚单元:可识别卵质膜上受体的β蛋白质与含有象病毒融合蛋白质上一样的膜融合肽的α蛋白质。由于病毒融合蛋白质的研究,促进了人们对豚鼠和其他哺乳动物中PH-30蛋白质的认识,对豚鼠精子表面蛋白质研究就可能揭示人类的受精过程。在对3月19日“自然”杂志上研究报告的补充报道中,John Aitkin写道,现在科学家已知道哺乳动物主要融合蛋白质的结构,揭示人类蛋白质精确结构的特性,仅仅是个时间问题,这将为不育症的治疗开辟途径。雄性不育症常常是由于精子不能与卵的卵黄膜融合所造成。弄清楚蛋白质的结构将有助于研究人员研制成一种避孕疫苗。

应用SELDI技术建立喉癌患者血清蛋白质指纹图谱筛选模型

背景与目的:建立喉癌患者血清蛋白质指纹图谱筛选模型。材料与方法:用表面加强激光解析/电离飞行时间质谱技术(SELDI_TOF_MS)及WCX2蛋白芯片对33例喉癌患者、30例声带息肉患者血清样本进行分析,将获得的血清蛋白质指纹图谱,用计算机软件进行比较分析,并建立喉癌的筛选模型。结果:喉癌组与声带息肉对照组共有27个蛋白质具有显著性差异;以其中3个蛋白质生物标志物(质/荷比分别为2779、4626和5663)组建的筛选模型检测灵敏度为93.9%,特异性为100%。结论:建立的血清蛋白质指纹图谱模型能够区分喉癌与声带息肉患者,SELDI技术在喉癌的诊断及肿瘤特异性蛋白质生物标志分子的筛选等方面是一种快速而有效的工具。

急性呼吸窘迫综合征患者肺表面活性蛋白D的动态变化研究

目的了解急性呼吸窘迫综合征(ARDS)患者血清和支气管肺泡灌洗液(BALF)中肺表面活性蛋白D(SP-D)的动态变化,并探讨其临床意义。方法选取2008年12月—2013年12月入住浙江省人民医院重症医学科的ARDS患者79例。根据患者28 d内存活情况,将79例患者分为存活组56例和死亡组23例。另选取2011年1月—2013年12月在浙江省人民医院进行体检的健康成年人20例,作为对照组。存活组和死亡组患者分别于诊断后24 h内(D1)、第3天(D2)、第5天(D3)及第7天(D4)采取静脉血和BALF各2 ml;对照组成年人在体检日采取静脉血和BALF各2 ml。检测并比较3组血清和BALF中的SP-D水平。结果 (1)3组不同时间点血清中SP-D水平比较,差异有统计学意义(F总=73.26,P<0.05);3组间比较,差异有统计学意义(F组间=197.01,P<0.05);不同时间点比较,差异亦有统计学意义(F时间=168.29,P<0.05)。(2)3组不同时间点BALF中SP-D水平比较,差异有统计学意义(F总=98.71,P<0.05);3组间比较,差异有统计学意义(F组间=376.91,P<0.05);不同时间点比较,差异亦有统计学意义(F时间=125.08,P<0.05)。结论 ARDS患者血清中SP-D水平从第5天开始较对照组上升,且死亡组较存活组上升高;存活组水平在第7天下降,死亡组持续上升。ARDS患者BALF中SP-D水平在诊断初期即高于对照组;第5天时存活组水平降低,死亡组继续上升;第7天时死亡组有所下降。血清和BALF中SP-D水平的动态变化对ARDS患者的临床诊疗和预后判定有指导意义。

2009年流行性甲型H1N1流感重症肺炎患儿血清肺表面活性蛋白A、B、C、D的变化

目的探讨流行性甲型H1N1流感(简称甲流)重症肺炎患儿肺表面活性蛋白A、B、C、D在血清含量变化的特点,寻找肺组织损伤的生化指标。方法采用ELISA方法检测8例甲流重症肺炎患儿(甲流组)和20例健康儿童(对照组)血清肺表面活性蛋白A、B、C、D含量,同时化验前白蛋白和白蛋白等。结果甲流组血清肺表面活性蛋白A、B、C、D含量高于对照组(P均<0.05);外周血白细胞、血浆前白蛋白、白蛋白等低于对照组(P均<0.05);二聚体高于对照组(P<0.05)。结论甲流重症肺炎患儿血清肺表面活性蛋白A、B、C、D含量可作为肺组织损伤严重程度的检验指标。

外周血表面活性蛋白A含量及其基因表达与慢性阻塞性肺疾病的关系

目的观察外周血中表面活性蛋白A(SP-A)含量及其基因表达与慢性阻塞性肺疾病(COPD)的关系。方法按照COPD患者的肺功能第1秒用力呼出容积占用力肺活量之比(FVE1%)分级标准,选取稳定期Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级非吸烟患者各15例,健康非吸烟对照组30例,分别测定血清中SP-A水平及其基因表达情况。结果非吸烟COPD患者血清中SP-A水平均高于健康非吸烟对照组,(55.38±2.59)μg/L、(68.36±2.50)μg/L、(76.55±2.12)μg/L、(96.20±4.44)μg/L vs(43.83±1.70)μg/L(P<0.01),血清中SP-A水平与FEV1%呈负相关(r=-0.881,P<0.01),SP-A基因在COPD非吸烟患者中表达高于健康非吸烟对照组(P<0.05),并与FEV1%呈负相关(r=-0.651,P<0.01)。结论外周血SP-A含量及其基因表达高低与稳定期COPD的病情严重程度有关。