基于格子模型的蛋白质设计方法

提出一个简单有效的蛋白质设计方法 ,这一方法完全基于物理学原理 .与同类工作相比 ,该方法在很大程度上可节省对序列空间进行的搜索 ,是对同类工作的简化与发展 .对三个平面格子模型进行的检验表明该方法是成功的 .

四种结构类型的蛋白质设计方法

给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同结构类型的蛋白质设计序列。

非格子模型的蛋白质设计方法

为了克服双重蒙特卡罗方法用于较大分子体系及非格子模型的困难,提出了一个基于相对熵的蛋白质设计的简单方法.利用非格子模型,以16个处于天然稳定态的真实蛋白质为目标结构进行测试,成功率可达75.9％.与其他利用Monte Carlo方法搜索序列空间的方法相比,该方法更为快速有效,在很大程度上节省了对序列空间的搜索.

基于相对熵的蛋白质设计新方法

提出一个关于蛋白质设计的新的有效快速的优化方法,其实质是按照Boltz-mann分布搜索序列空间。这一方法完全基于物理学原理,在该方法中使用了相对熵的概念,并把它作为优化的目标函数。利用真实蛋白质的非格子模型对该方法进行了检验。与同类工作相比,得到了较好的结果。该方法可以作为处理蛋白质折叠和逆折叠的统一框架。