MDRV P10基因的克隆、分析及蛋白质结构预测

参考Gen Bank中番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)S4基因序列,设计合成一对非结构蛋白P10基因的特异性引物,以MDRV-YB株病毒RNA为模板进行RT-PCR扩增,并将目的基因克隆到PGEM-T载体,提取质粒测序.对测序结果进行遗传进化树分析和生物信息学软件预测、分析蛋白质结构和功能.结果表明,MDRV-YB株病毒的P10蛋白基因开放阅读框(ORF)全长为288 bp,编码95个氨基酸.核苷酸比对结果表明,与标准株法国MDRV-89026株同源性为95%,而与ARV-S1133株氨基酸同源性仅为21.9%.运用Prot Param tool软件对番鸭呼肠孤病毒的P10蛋白分析结果表明,该蛋白分子质量为10.7 ku,不稳定系数为52.37,不存在信号肽和糖基化位点,有4个丝氨酸和1个络氨酸的磷酸化位点.此外,MDRV的P10蛋白为疏水性蛋白,但不存在跨膜区,这与禽呼肠孤病毒(Avian reo virus,ARV)的P10蛋白具有较大差异.二级结构分析表明,MDRV-YB株的P10蛋白与ARV-S1133株P10蛋白相比,α-螺旋和无规则卷曲减少,β-折叠则增加.因此,MDRV-YB株的非结构蛋白P10不仅在基因水平上发生了较大的变异,而且在蛋白质性质与结构上也发生了较大的变异,其与该病毒毒力的增强可能存在一定的关系.