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蛋白质骨架库的构建及其在功能蛋白质设计中的应用
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作者 叶玉珍 丁达夫 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期751-757,共7页
利用活性位点嫁接设计新的功能蛋白质的方法需要功能模体和蛋白质骨架两种构件。出于活性位点嫁接的需要,我们构建了一个蛋白质骨架库,且提供搜索与功能模体相配骨架的工具及其评估方法。并用两个活性位点的嫁接进行了检验。
关键词 活性位点嫁接 蛋白质骨架 功能蛋白质
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基于图神经网络的固定骨架蛋白质设计方法研究
2
作者 刘炎 袁野 沈红斌 《南京理工大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期311-317,329,共8页
针对图神经网络(GNN)ProteinSolver结构特征约束不充分的问题,增加了骨架二面角、配对氨基酸的相对位置编码和相对方向等结构约束,提出了一种基于GNN的固定骨架蛋白质设计方法。实现了基于Transformer多头注意力机制的GNN架构,将物理坐... 针对图神经网络(GNN)ProteinSolver结构特征约束不充分的问题,增加了骨架二面角、配对氨基酸的相对位置编码和相对方向等结构约束,提出了一种基于GNN的固定骨架蛋白质设计方法。实现了基于Transformer多头注意力机制的GNN架构,将物理坐标添加到消息传递和更新步骤中,提高了原子坐标的等变特性。在CATH数据集上的训练和测试结果显示:该文模型平均困惑度为8.12,比ProteinSolver的平均困惑度8.97降低了0.85;在掩盖率为50%时,ProteinSolver的恢复率为28.7%;然后,增加更多的结构约束,恢复率达到了30.3%;随后,将ProteinSolver的GNN替换成基于Transformer的GNN,恢复率达到了34.3%;最后,通过再引入等变特性,恢复率进一步提高到35.0%。 展开更多
关键词 图神经网络 固定骨架蛋白质 蛋白质设计 结构特征约束 骨架二面角 配对氨基酸 相对位置编码 相对方向
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从头预测蛋白质骨架的一种并行蚁群方法及其在CASP8/9中的应用 被引量:7
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作者 吴宏杰 吕强 +3 位作者 吴进珍 黄旭 罗小虎 钱培德 《中国科学:信息科学》 CSCD 2012年第8期1034-1048,共15页
从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的... 从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的定性互补,构建具有最低能量的蛋白质骨架结构,并通过聚类选择构象候选集合中具有最低自由能的构象.在CASP8/9所公布的从头建模目标上应用了该方法,CASP8的13个从头建模目标中,模型1中有2个目标的预测结果超过CASP8中最好的结果,7个位列前10名;CASP9的29个从头建模目标中,候选集中的最佳结果中有20个进入Server组的前10名,模型1中有11个进入前10名.本文的结果说明融合多个不同的能量函数指导并行搜索,可以更好地模拟天然蛋白质的折叠行为.同时,在本算法载体上实现了不同种类搜索策略的融合并行,对于用非确定性算法解决类似的优化问题来说也是一种新颖的方法. 展开更多
关键词 蛋白质骨架 从头预测 蛋白质折叠 并行算法 启发式算法
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反复种植失败妇女“种植窗”时期子宫内膜组织的细胞骨架蛋白质的差异表达 被引量:5
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作者 刘倍余 李洁 +3 位作者 黎明涛 胡坤华 夏婷婷 徐少元 《生殖医学杂志》 CAS 2014年第11期907-912,共6页
目的探讨体外受精-胚胎移植治疗周期中反复种植失败(RIF)和已生育正常妇女"种植窗"时期(LH+6~LH+9d)子宫内膜组织蛋白质表达的差异。方法选择RIF妇女和正常对照妇女各4名分为实验组和对照组。采用胶内差异双向电泳、(2D-DIGE... 目的探讨体外受精-胚胎移植治疗周期中反复种植失败(RIF)和已生育正常妇女"种植窗"时期(LH+6~LH+9d)子宫内膜组织蛋白质表达的差异。方法选择RIF妇女和正常对照妇女各4名分为实验组和对照组。采用胶内差异双向电泳、(2D-DIGE)和基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术鉴定子宫内膜组织的差异表达蛋白质。结果两组之间获得16个差异表达蛋白质(其中6个下调表达,10个上调表达),其中10个参与细胞骨架构成,分别是:波形蛋白、埃兹蛋白、Septin 2蛋白、radixin蛋白、纽蛋白、角蛋白8、角蛋白10、角蛋白18、角蛋白19及肌动蛋白。结论本研究结果证实"种植窗"时期RIF妇女子宫内膜组织存在多个细胞骨架蛋白质表达的异常,可能是子宫内膜细胞"质膜转换"缺陷和胚胎种植失败的重要原因。 展开更多
关键词 骨架蛋白质 种植窗 子宫内膜容受性 反复种植失败
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新生隐球菌对鼠小胶质细胞细胞骨架蛋白质组的影响
5
作者 杨阳 廖万清 +5 位作者 郭秀军 林敏 王志东 徐红 陈孙孝 温海 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期208-211,共4页
目的:探讨新生隐球菌对鼠小胶质细胞(N9)蛋白质组的影响。方法:分别提取正常N9细胞以及与新生隐球菌(ATCC32609)作用后的N9细胞的蛋白质样品,采用双向电泳技术分离,对部分差异的蛋白质点进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析,测定... 目的:探讨新生隐球菌对鼠小胶质细胞(N9)蛋白质组的影响。方法:分别提取正常N9细胞以及与新生隐球菌(ATCC32609)作用后的N9细胞的蛋白质样品,采用双向电泳技术分离,对部分差异的蛋白质点进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析,测定其肽质量指纹图谱,在网上蛋白质数据库检索鉴定差异蛋白。结果:获得较好的双向电泳图像,图像分析显示:在与新生隐球菌作用前、后检测到N9细胞的蛋白质点分别是(701±29)个、(980±20)个,对表达差异的18个蛋白质点进行肽质量指纹图谱分析,经数据库检索后,鉴定出3个涉及小胶质细胞细胞骨架的蛋白质:anillin、pericentrin 2、核苷二磷酸激酶A[nucleoside diphosphate kinase A(NDP kinase A,NDPKA)]。结论:新生隐球菌对小胶质细胞的细胞骨架蛋白质造成影响,这有助于在分子水平理解隐球菌性脑膜炎的发病机制。 展开更多
关键词 新生隐球菌 小胶质细胞 细胞骨架蛋白质 蛋白质
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一种蛋白质点突变计算机预测的并行模型 被引量:1
6
作者 栾忠兰 吕强 +1 位作者 杨凌云 徐超 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2012年第5期963-966,共4页
认识和预测蛋白质天然构象的波动对蛋白质-蛋白质对接和设计等应用是非常重要的.但是许多骨架柔性的方法会导致骨架较大幅度的波动.Backrub模型能够对骨架进行微小的扰动,符合高分辨率晶体结构中观察到的构象的微妙变化.本文提出了一种... 认识和预测蛋白质天然构象的波动对蛋白质-蛋白质对接和设计等应用是非常重要的.但是许多骨架柔性的方法会导致骨架较大幅度的波动.Backrub模型能够对骨架进行微小的扰动,符合高分辨率晶体结构中观察到的构象的微妙变化.本文提出了一种基于Backrub的并行扰动骨架和侧链的模型,可以对天然构象的等价状态进行模拟.这种并行扰动方式更加接近于真实情况下蛋白质构象的运动方式,更好地模拟了实验数据.通过预测10个点突变实例,相比串行随机扰动模型产生的构象,并行模型不仅从时间上提高了产生构象的速度,更提高了侧链的预测精度. 展开更多
关键词 蛋白质骨架 侧链 Backrub 并行扰动
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宰后肌肉蛋白质变化与嫩度的关系 被引量:6
7
作者 崔薇 邱燕 陈韬 《肉类研究》 2009年第4期7-9,共3页
肉的嫩度受很多因素影响,但目前对其机理的认识仍非常有限。本文综述了近年来国内外学者对肉嫩度的研究,主要分析了宰后蛋白质变化对肉嫩度的影响,以期为肉嫩度的提高和品质的改善提供参考。
关键词 嫩度 成熟 骨架蛋白质 降解
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基于多类特征融合方法预测细胞凋亡蛋白质的亚细胞位置
8
作者 姜燕 陈颖丽 《生物工程前沿(中英文版)》 2015年第1期26-33,共8页
细胞凋亡蛋白质在调控细胞死亡与增殖问的平衡方面起着至关重要的作用,而其生物学功能与亚细胞位置有着紧密的联系,因此对凋亡蛋白质亚细胞定位的研究有助于对其功能做进一步的了解。文中利用了蛋白质骨架信息、平均化学位移信息、氨... 细胞凋亡蛋白质在调控细胞死亡与增殖问的平衡方面起着至关重要的作用,而其生物学功能与亚细胞位置有着紧密的联系,因此对凋亡蛋白质亚细胞定位的研究有助于对其功能做进一步的了解。文中利用了蛋白质骨架信息、平均化学位移信息、氨基酸,2肽组分和序列亲疏水分布等信息,并基于多类特征融合的方法,采用支持向量机(SVM)算法对我们新构建的细胞凋亡蛋白质亚细胞定位数据集进行了分类预测,在Jackknife检验下,总的预测成功率达到了80.2%,均高于单个特征信息得到的总体预测成功率,这一结论说明特征融合的方法可以有效地应用到细胞凋亡蛋白质亚细胞位置预测的研究中。 展开更多
关键词 凋亡蛋白 蛋白质骨架 化学位移 支持向量机
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基质小泡及其与细胞骨架蛋白的关系 被引量:1
9
作者 冼雪红 蒋宏伟 《国际口腔医学杂志》 CAS CSCD 2018年第2期204-208,共5页
基质小泡作为与矿化密切相关的囊泡,在分泌和矿化过程中实现的多种功能与自身富含的相关蛋白质密不可分。本文就基质小泡及其提取和纯化、蛋白质组学,以及参与其分泌的细胞骨架蛋白等的研究进展进行综述,以便深入认识其相关蛋白质的作... 基质小泡作为与矿化密切相关的囊泡,在分泌和矿化过程中实现的多种功能与自身富含的相关蛋白质密不可分。本文就基质小泡及其提取和纯化、蛋白质组学,以及参与其分泌的细胞骨架蛋白等的研究进展进行综述,以便深入认识其相关蛋白质的作用机制,为临床促进矿化研究提供理论依据。 展开更多
关键词 基质小泡 蛋白质组学 矿化相关蛋白质 骨架相关蛋白质
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抗凝活性肽RGD226基因构建、表达、产物纯化及活性分析 被引量:4
10
作者 杨兴文 刘俭 唐建国 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期583-587,共5页
通过PCR法 ,将来源于蛇毒蛋白质eristostatin中的一段含有RGD(Arg Gly Asp)序列的十三肽(SRVARGDWNDDYS)的基因 ,以一个无胰岛素活性但保留天然免疫原性的胰岛素原突变体(PJG4 0 1)基因为模板 ,置换其B2 8和A1位之间的连接肽基因 ,构建... 通过PCR法 ,将来源于蛇毒蛋白质eristostatin中的一段含有RGD(Arg Gly Asp)序列的十三肽(SRVARGDWNDDYS)的基因 ,以一个无胰岛素活性但保留天然免疫原性的胰岛素原突变体(PJG4 0 1)基因为模板 ,置换其B2 8和A1位之间的连接肽基因 ,构建成了能展示RGD功能序列的人源化分子 (RGD2 2 6 )的基因 .通过该基因在大肠杆菌中的表达、产物分离纯化 ,得到高纯度RGD2 2 6 .该RGD肽对由ADP诱导的体外人血小板聚集的半抑制浓度IC50 为 2 2 3μmol L .其胰岛素免疫活性是PJG4 0 1的 15 1% ,提示其在一定程度上保留了胰岛素原的免疫原性 .其受体结合活性不到PJG4 0 1的 0 1% ,说明其胰岛素的生物活性基本丧失 .动物实验证实 ,RGD2 2 展开更多
关键词 抗凝活性肽RGD226 基因构建 表达 产物纯化 活性分析 突变胰岛素蛋白质骨架 RGD肽 血小板聚集抑制 抗凝
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反向遗传学
11
作者 罗会元 《中国生育健康杂志》 1990年第1期27-29,共3页
20世纪80年代,重组DNA技术取得了飞速的发展,人们对遗传性疾病的认识取得了突破性的进展。许多遗传病已在基因DNA水平上确定了其突变部位与性质。今后必然会发现越来越多的遗传病的突变致病基因(也就是正常基因的突变等位基因)。这必将... 20世纪80年代,重组DNA技术取得了飞速的发展,人们对遗传性疾病的认识取得了突破性的进展。许多遗传病已在基因DNA水平上确定了其突变部位与性质。今后必然会发现越来越多的遗传病的突变致病基因(也就是正常基因的突变等位基因)。这必将为遗传病的防治提供崭新的途径。 展开更多
关键词 反向遗传学 DNA 基因连锁 致病基因 遗传性疾病 常染色体易位 慢性肉芽肿病 阅读框架 细胞骨架蛋白质 细胞遗传学
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Chemical Physics in Living Cells-using Light to Visualize and Control Intracellular Signal Transduction
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作者 Vishnu V.Krishnamurthy Kai Zhang 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期375-392,613,共19页
Cells are crowded microenvironments filled with macromolecules undergoing constant phys- ical and chemical interactions. The physicochemical makeup of the cells aff)cts various cellular responses, determines cell-cel... Cells are crowded microenvironments filled with macromolecules undergoing constant phys- ical and chemical interactions. The physicochemical makeup of the cells aff)cts various cellular responses, determines cell-cell interactions and influences cell decisions. Chemical and physical properties diff)r between cells and within cells. Moreover, these properties are subject to dynamic changes in response to environmental signals, which often demand adjustments in the chemical or physical states of intracellular molecules. Indeed, cellular responses such as gene expression rely on the faithful relay of information from the outside to the inside of the cell, a process terrned signal transduction. The signal often traverses a complex path across subcellular spaces with variable physical chemistry, sometimes even influencing it. Understanding the molecular states of such signaling molecules and their intracellular environments is vital to our understanding of the cell. Exploring such intricate spaces is possible today largely because of experimental and theoretical tools. Here, we focus on one tool that is commonly used in chemical physics studies light. We summarize recent work which uses light to both visualize the cellular environment and also control intracel- lular processes along the axis of signal transduction. We highlight recent accomplishments in optical microscopy and optogenetics, an emerging experimental strategy which utilizes light to control the molecular processes in live cells. We believe that optogenetics lends un- precedented spatiotemporal precision to the manipulation of physicochemical properties in biological contexts. We hope to use this work to demonstrate new opportunities for chemical physicists who are interested in pursuing biological and biomedical questions. 展开更多
关键词 OPTOGENETICS Signal transduction Optical rnicroscopy Super-resolution irnag ing Protein-protein interactions Receptor Cytoskeletal track Cargo trafficking Gene tran scription and translation
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济宁青山羊雌激素β受体基因同源性比较与主要功能结构域预测分析
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作者 刘海港 王春阳 +5 位作者 李宝全 侯秋玲 黄丽波 窦文文 井维芳 郭慧君 《畜牧与兽医》 北大核心 2012年第S1期248-249,共2页
比较我国优良地方品种——济宁青山羊β雌激素受体(ERβ)的基因序列与其它动物间的同源性,分析其功能性结构基团氨基酸变异,阐释其生物学意义。根据NCBI发布的绵羊ERβ基因序列设计两对引物,使用RT-PCR方法扩增、鉴定、测序,并用DNAsta... 比较我国优良地方品种——济宁青山羊β雌激素受体(ERβ)的基因序列与其它动物间的同源性,分析其功能性结构基团氨基酸变异,阐释其生物学意义。根据NCBI发布的绵羊ERβ基因序列设计两对引物,使用RT-PCR方法扩增、鉴定、测序,并用DNAstar软件对其进行比对,预测分析其抗原区域、二级结构、蛋白质骨架柔性区域、表面可及性区域氨基酸组成及三级结构。研究发现,扩增得到了两段长度为640 bp和981 bp的ERβ目的基因片段。 展开更多
关键词 济宁青山羊 蛋白质骨架 预测分析 基因序列 基因同源性 功能结构域 雌激素受体 氨基酸组成 二级结构 基因片段
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Mechanisms and Effects on HBV Replication of the Interaction between HBV Core Protein and Cellular Filamin B 被引量:3
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作者 Yilin Li Yishuang Sun +5 位作者 Fuyun Sun Rong Hua Chenlin Li Lang Chen Deyin Guo Jingfang Mu 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2018年第2期162-172,共11页
Hepatitis B virus(HBV) infection is one of the major problems that threatens global health. There have been many studies on HBV, but the relationship between HBV and host factors is largely unexplored and more studies... Hepatitis B virus(HBV) infection is one of the major problems that threatens global health. There have been many studies on HBV, but the relationship between HBV and host factors is largely unexplored and more studies are needed to clarify these interactions. Filamin B is an actin-binding protein that acts as a cytoskeleton protein, and it is involved in cell development and several signaling pathways. In this study, we showed that filamin B interacted with HBV core protein,and the interaction promoted HBV replication. The interaction between filamin B and core protein was observed in HEK293T, Huh7 and HepG2 cell lines by co-immunoprecipitation and co-localization immnofluoresence. Overexpression of filamin B increased the levels of HBV total RNAs and pre-genome RNA(pg RNA), and improved the secretion level of hepatitis B surface antigen(HBsAg) and hepatitis B e antigen(HBeAg). In contrast, filamin B knockdown inhibited HBV replication, decreased the level of HBV total RNAs and pgRNA, and reduced the secretion level of HBsAg and HBeAg. In addition, we found that filamin B and core protein may interact with each other via four blocks of argentine residues at the C-terminus of core protein. In conclusion, we identify filamin B as a novel host factor that can interact with core protein to promote HBV replication in hepatocytes. Our study provides new insights into the relationship between HBV and host factors and may provide new strategies for the treatment of HBV infection. 展开更多
关键词 Filamin B CORE HBV replication
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Study of biological safety of scaffold material with heterologous deproteinized bone 被引量:12
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作者 刘雷 唐康来 +2 位作者 杨柳 简月奎 李起鸿 《Chinese Journal of Traumatology》 CAS 2006年第4期234-237,共4页
To evaluate the biological safety of manufactured heterologous deproteinized bone and to provide an experimental basis for clinical applications. Methods : Deproteinized bone ( 10 mm) and leaching liquor were made... To evaluate the biological safety of manufactured heterologous deproteinized bone and to provide an experimental basis for clinical applications. Methods : Deproteinized bone ( 10 mm) and leaching liquor were made from pig ribs with a series of physical and chemical methods, then were evaluated through acute and subacute toxicity test, hemolysis test, pyrogen test, intracutaneous test, intramuscular implantation test and cytotoxity test. Results : No obvious toxicity, hemolysis, pyrogenic characteristics, skin irritation, inflammatory reaction after intramusclar implantation and cytotoxity were observed. Conclusions: The heterologous deproteinized bone has good biological safety and meets all the demands of scaffold material for tissue engineering. 展开更多
关键词 Transplantation heterogeneous Tissue engineering Biological safety
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A novel de novo mutation of ACTG1 in two sporadic non-syndromic hearing loss cases 被引量:1
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作者 Hongyang Wang Jing Guan +7 位作者 Lan Lan Lan Yu Linyi Xie Xu Liu Ju Yang Cui Zhao Dayong Wang Qiuju Wang 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS CSCD 2018年第6期729-732,共4页
Dear Editor,Actins are a family of essential cytoskeletal proteins involved in nearly all cellular processes(Lambrechts et al.,2004).Of the six human genes that encode actins,only ACTG1and ACTB are ubiquitously expr... Dear Editor,Actins are a family of essential cytoskeletal proteins involved in nearly all cellular processes(Lambrechts et al.,2004).Of the six human genes that encode actins,only ACTG1and ACTB are ubiquitously expressed.ACTG1(OMIM#604717),which is linked to the DFNA20/26 locus,wasidentified in autosomal dominant, non-syndromic hearing loss (NSHL) cases (Baek et al., 2012; Liu et al., 2008; Park et al., 2013; Yuan et al., 2016). In addition, some ACTG1 (OMIM #614583) mutations are associated with Baraitser-Winter syndrome, which is characterized by developmental delay, facial dysmorphologies, brain malformations, colobomas, and variable hearing loss (Riviere et al., 2012). 展开更多
关键词 A novel de novo mutation of ACTG1 in two sporadic non-syndromic hearing loss cases
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