犬瘟热病毒扬州分离株融合蛋白F和附着蛋白H基因的序列分析

根据Genbank犬瘟热病毒(CDV)毒株序列分别设计融合蛋白F和附着蛋白H全基因的2对引物,以2个CDV扬州分离株(CDV-YZ0101、CDV-YZ0102)为模板RT-PCR扩增出H基因和F基因2个片段,将其克隆进pGEM-Teasy载体,并进行序列分析。结果表明:H基因的开放阅读框架(ORF)为1 824 bp,2种分离株间核苷酸和编码氨基酸同源性达98％左右,与中国长春分离株、美国、日本分离株的同源性分别为96％、93％-95％和90％-91％。氨基酸分析显示扬州分离株与其他分离株的H蛋白有8-9个可能的天冬酰胺糖基化位点,而OP-CDV疫苗株只有4个类似位点。扬州分离株与长春分离株同属一个系,与美国、日本分离毒株以及疫苗株相比,均存在着明显的差异。F基因ORF为1 989 bp,不同毒株间的核苷酸及编码氨基酸差异主要表现在信号肽区域,而编码的F0前体蛋白表现出较高同源性(97％-99％),且所有的13个半胱氨酸残基、4个可能的天冬氨酰糖基化位点和2个疏水区域均完全一致。因此CDV F与H蛋白基因相比有很高的同源性,证明中国分离株与国外参考株有差异。

北京地区人偏肺病毒融合蛋白F编码基因的序列分析

目的进一步了解北京地区人偏肺病毒(hMPV)编码基因的特征.方法在原先工作的基础上,从分属于hMPV的两个不同基因进化簇(即基因型)的两份临床标本BJ1816和BJ1887中扩增F蛋白全基因,克隆至pBS-T载体中并进行测序,与GenBank中hMPV的基因序列进行比较分析和种系进化分析.结果 BJ1816和BJ1887的F基因全长均为1620个核苷酸,编码539个氨基酸.BJ1816和BJ1887 F蛋白基因之间的核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为83.8%和94.4%,与同一基因簇内的hMPV有相当高的氨基酸同源性(98.3%～99.6%).BJ1816和BJ1887的F蛋白是典型的I型糖蛋白,具有与迄今已发现的hMPV相同的裂解位点(RQSR).BJ1816和BJ1887之间F2亚单位的氨基酸同源性高于F1亚单位的同源性(96.9% vs 93.8%);除位于羧基末端的跨膜区和胞质尾区外,F1亚单位的其余部分较保守(95.4%);糖基化位点保守.种系进化分析显示BJ1816和BJ1887属于不同的进化簇.结论 F蛋白的序列分析进一步证明BJ1816和BJ1887分属于不同的基因型,其F蛋白的基因特征与其他国外文献中所报道的hMPV相似,是病毒的膜表面糖蛋白,提示其在病毒的感染与免疫中起到重要的作用.