基于氨基酸组分和位点保守信息识别蛋白质⁃HEME结合残基

血红素是一种重要的、常用的配体,在电子传递、催化、信号转导和基因表达等方面发挥着重要作用,准确预测蛋白质与血红素相互作用的结合残基是结构生物信息学的主要挑战之一。本文下载整理了Biolip数据库中HEME配体与蛋白质结合的信息,统计分析了结合残基和非结合残基的氨基酸组分和位点保守性信息并将其作为预测特征参数,用Fisher⁃PSSM判别法识别HEME结合残基,计算结果表明优化特征参数的Fisher⁃PSSM判别法得到了较好的预测结果。

D-GalN/LPS诱导大鼠急性肝衰竭中髓过氧化物酶和 Nrf2/HO-1信号通路的变化

目的 探讨D-氨基半乳糖(D-GalN)/脂多糖(LPS)诱导急性肝衰竭(acute liver failure,ALF)大鼠中髓过氧化物酶(myeloperoxidase,MPO)和核因子E2相关因子2(Nrf2)/血红素氧合酶-1(HO-1)信号通路的变化及ALF的发生机制。方法 SD大鼠随机分为对照组和ALF组。ALF组:将D-GalN 800 mg/kg和LPS 8μg/只同时腹腔注射,于注射后6、12和24 h检测血清总胆红素(TBiL)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)含量。ELISA法检测血清MPO、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白细胞介素-6(IL-6)水平,比色法测定MPO活性,RT-PCR检测肝组织Nrf2和HO-1的mRNA水平,Western blot法检测肝组织MPO、Nrf2和HO-1蛋白水平。结果 与对照组比较,ALF组血清MPO水平于造模后6 h升高,12 h为最高,24 h开始下降(23.33±2.06 vs.33.00±3.16,65.75±7.02,53.92±5.63,P<0.05);血清TNF-α(11.30±3.26 vs.102.17±14.80,83.33±11.22,64.25±9.29,P<0.01)和IL-6(10.83±2.92 vs.89.25±10.86,77.33±8.02,65.58±7.31,P<0.01)于造模后6 h升高最明显,12 h后逐渐下降,差异均有统计学意义。ALF组6、12、24 h肝组织MPO活性高于对照组,差异均有统计学意义(15.5±1.51,28.08±4.65,22.92±1.93 vs.12.17±1.27,P<0.05);ALF组肝组织6、12、24 h Nrf2 mRNA(1.59±0.13,3.65±0.11,2.35±0.11 vs.1.04±1.01,P<0.01)和HO-1 mRNA(2.44±0.19,4.77±0.18,3.82±0.17 vs.1.12±0.06,P<0.01)水平高于对照组,差异均有统计学意义。ALF组肝组织MPO(4.10±0.70,9.77±1.15,7.23±0.40 vs.2.07±0.42,P<0.01)、Nrf2(4.03±0.80,9.03±0.50,6.07±0.47 vs.2.63±0.38,P<0.01)和HO-1(1.73±0.21,5.17±0.51,3.03±0.32 vs.0.97±0.21,P<0.01)蛋白表达于12 h达最高值,ALF组各时间点与对照组比较均差异有统计学意义。结论 MPO可能通过氧化应激和炎症反应影响Nrf2/HO-1信号通路,在ALF中发挥重要作用。

靛蓝对脂多糖诱导的THP-1细胞的抗炎作用

目的研究靛蓝(indigo,IDG)对脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)致人巨噬细胞(THP-1来源)炎症损伤的影响。方法建立LPS诱导THP-1细胞炎症损伤模型,分别用0.4、4、40μmol/L的靛蓝作用于THP-1细胞炎症损伤模型1 h,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测白介素(IL)-1β、IL-6、IL-8、IL-23p19和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)-α的mRNA表达的变化;ELISA实验检测细胞培养上清中IL-1β、IL-6、IL-8、IL-23p19和TNF-α的含量差异。Western blot实验检测核因子E2相关因子2(nuclear factor E2-related factor 2,Nrf2)和血红素氧合酶1(heme oxygenase-1,HO-1)蛋白水平的影响。结果与模型组比较,靛蓝能够显著抑制LPS诱导的细胞IL-1β、IL-6、IL-8、IL-23p19和TNF-α的转录水平(P<0.05)以及细胞培养上清中IL-1β、IL-6、IL-8、IL-23p19和TNF-α的含量(P<0.05);同时能够显著增加Nrf2和HO-1的表达(P<0.05)。结论靛蓝可抑制LPS引起的THP-1细胞炎症反应,其抗炎机制可能与激活Nrf2/HO-1通路有关。