基于二代测序数据开发以93-11为亲本的水稻SNP-dCAPS标记的研究实例

作为第一个全基因组序列被测定的籼稻材料,93-11,已成为开展水稻分子遗传、功能基因定位和克隆等研究的最重要亲本之一。公共数据库公布的93-11序列为开发水稻SNP标记奠定了重要基础,但其序列中存在的部分错误,也给相应研究工作带来困扰。本研究通过双重参考日本晴序列和93-11序列,进行候选SNP位点碱基多重比对,建立了一个推测、甄别93-11公共数据库误差序列,开发SNP标记的实践方法。基于本研究建立的方法,针对一个涉及稻瘟病抗性材料P400突变基因所定位区间,结合d CAPS策略,展示了高效开发SNP-d CAPS标记的实例。研究结果表明,本研究建立的方法对利用93-11为亲本,开展水稻功能基因分离等工作,有积极的借鉴意义。