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基于疾病信息网络的表型相似基因搜索 被引量:7
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作者 侯泳旭 段磊 +2 位作者 李岭 卢莉 唐常杰 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2018年第3期721-733,共13页
人类基因组计划的成果推动了生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因,即表型相似基因,具有重要的研究价值和广阔的应用前景,是新兴的研究热点.然而,生物医学领域尚没有利用计算机方法开展基于基因-疾... 人类基因组计划的成果推动了生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因,即表型相似基因,具有重要的研究价值和广阔的应用前景,是新兴的研究热点.然而,生物医学领域尚没有利用计算机方法开展基于基因-疾病-表型关系网络的表型相似基因搜索研究.对此,利用疾病公开数据库构建了包含基因、疾病、表型这3类异构类型节点的疾病信息网络,并设计了基于疾病信息网络的相似基因搜索算法gSim-Miner.针对疾病表型数据的特点,设计了剪枝策略提高算法效率.通过在真实数据上的实验,验证了疾病信息网络对搜索表型相似基因的适用性以及gSim-Miner算法的有效性、执行效率和可扩展性. 展开更多
关键词 表型相似性 相似基因搜索 疾病信息网络 gSim-Miner
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基于分子网络的疾病基因预测方法综述 被引量:4
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作者 赵静 林丽梅 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第5期755-765,共11页
疾病基因预测是揭示疾病作用机理、系统研究复杂疾病的关键环节。高通量生物实验技术的成熟,促进了基于分子网络的疾病基因预测方法的发展。基于"连接有罪"的生物学假设,疾病基因预测算法在生物网络中衡量候选基因与已知疾病... 疾病基因预测是揭示疾病作用机理、系统研究复杂疾病的关键环节。高通量生物实验技术的成熟,促进了基于分子网络的疾病基因预测方法的发展。基于"连接有罪"的生物学假设,疾病基因预测算法在生物网络中衡量候选基因与已知疾病基因的邻近性或相似性,以预测潜在的致病基因。该文将疾病基因预测方法归纳为3种:基于已知疾病基因信息的预测方法、融合表型相似性信息的预测方法以及融合多结果的预测方法,并对这3种方法的研究现状进行了综述,指出了现有研究成果的不足以及未来的研究方向。 展开更多
关键词 疾病基因预测 异构网络 分子网络 表型相似性 多结果融合
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基于文本的人类疾病基因网络的重构和分析
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作者 张世华 张旭 孙峰 《黑龙江科技信息》 2011年第27期170-170,共1页
利用预定义的疾病基因关联决定方法来构建人类疾病基因网络,该网络提供了一个以疾病基因为中心的人类遗传疾病的关联图谱。由此,我们可以以疾病基因为中心,从这个角度去研究绝大多数人类遗传疾病潜在的分子机制。
关键词 网络重构 分子机制 表型相似性
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Genetic Similarity Analysis of Hunan Rice Landraces with Same or Similar Name in Household and Genebank Conservations
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作者 JIN Jian-chu LI Xiao-xiang +7 位作者 LI Yong-chao PAN Xiao-wu LIU Wen-qiang DUAN Yong-hong YU Ya-ying SHENG Xin-nian ZHAO Wen-jin WEI Xiu-cai 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2018年第3期9-20,共12页
This study was conducted to analyze the phenotypic and genotypic similarity or diversity of rice (Oryza sativa L.) landraces in household and hypothermic genebank conservations in Hunan Province and identify the gen... This study was conducted to analyze the phenotypic and genotypic similarity or diversity of rice (Oryza sativa L.) landraces in household and hypothermic genebank conservations in Hunan Province and identify the genetic distance between the rice landraces with the same or similar names. A total of 92 accessions of rice landraces were divided into seven groups according to their local names, but the morphological traits showed large variations even within the same group as well as between household and genebank conservations. The SSR marker analysis showed that, in all the groups except Group E, the allelic variations within each subgroup of the household conservation were less than those of the genebank conservation, indicating the household-conserved rice landraces’ many-generation purifcation from natural and artifcial selections in the process of their cultivation year after year; and the similarity coeffcient among the household rice landraces was the highest except for Groups C and E. Thus, the study suggested that the same-name or similar-name rice resources retained by farmers would be valuable for collection and evaluation. 展开更多
关键词 Rice Rice landrace with same or similar name SSR marker Phenotypic trait Genetic similarity
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