表达序列标记(EST)研究进展

表达序列标记 (EST)是通过对cDNA文库克隆进行大规模测序所获得的 5′或 3′端序列 ,长度一般为 30 0～ 5 0 0bp ,可代表生物体某一时间内某组织中表达的基因 .本文就EST技术原理、概念最新发展及其在大规模快速克隆基因。

恶性疟原虫FCC1/HN株新抗原表达序列标记位(ESTs)的获得

目的： 以筛选恶性疟原虫ＦＣＣ１／ＨＮ 株λｇｔ１１ ｃＤＮＡ 表达文库所获得的强阳性克隆作基础， 对上述强阳性克隆的ｃＤＮＡ 插入片段进行ＤＮＡ 序列测定， 阐明相对应的新表达序列标签 （ＥＳＴｓ）， 作为发现新抗原基因的线索。方法：以ｃＤＮＡ 表达文库接头的较长链作ＰＣＲ引物、扩增ｃＤＮＡ 插入片段，将扩增产物克隆入Ｍ１３ ｍ ｐ１８测序载体， 进行部分ＤＮＡ 序列测定、编辑， 将之在ＧｅｎＢａｎｋ 中进行ＤＮＡ 序列同源性搜索比较和分析。结果： 获得１ 个Ｃ０３ 序列为已知恶性疟原虫热休克蛋白７０－２ 基因片段， 发现５ 个新的具有抗原意义的恶性疟原虫表达序列标记位 （ＥＳＴｓ）。结论： 这５ 个新的恶性疟原虫表达序列标记位为发现新的恶性疟原虫抗原基因奠定了基础。

染色体6q16.3区域一个与儿童急性淋巴细胞白血病相关表达序列标记的鉴定

目的 寻找染色体6q16. 3区域与儿童急性淋巴细胞性白血病(ALL)相关的表达序列标记(EST),为筛选儿童ALL候选基因打下基础。方法 运用生物信息学同源性比较筛选EST的策略,结合逆转录PCR方法,检测6q16. 3区域的相关EST在儿童ALL淋巴细胞和正常淋巴细胞中的表达。结果 在6q16. 3区域筛选到一个在儿童ALL细胞中低表达的ESTAA403058,与正常淋巴细胞相比较,在10例儿童ALL淋巴细胞中的7例其表达下调(P<0. 001)。结论 染色体6q16. 3区域ESTAA403058在儿童ALL中表达下调,提示其可能参与儿童ALL癌变过程,为克隆儿童ALL相关基因提供了新线索。

长心卡帕藻(Kappaphycus alvarezii)表达序列标记分析

分别采用BlastX和Blast2go软件对453条非冗余的长心卡帕藻EST序列进行匹配分析和GO注释。结果表明,有281条序列与蛋白数据库中序列匹配,有132条序列被归属为3个子本体:分子功能、生物学过程和细胞组成。同时筛选到24个与逆境适应相关的基因,包括应对胁迫反应和抗氧化反应的基因。采用GCUA软件,进行长心卡帕藻基因密码子偏倚性的研究。结果表明其密码子偏倚性与其它红藻差别较大,平均G+C含量和密码子的第三位的G+C含量均较其它藻类偏低。上述工作为进一步研究长心卡帕藻基因及其功能奠定了基础。

栽培花生中基因表达序列标记的产生和标记开发

本试验用抗叶片斑点病和番茄斑枯病毒的花生品系C34—24的叶片以及耐干旱胁迫和收获前黄曲霉素污染的花生品系A13的未成熟荚果制备成mRNA，然后用其mRNA构成两种cDNA文库，最后用这两种cDNA文库来开发出了栽培花生（Arachishy pogaea L．）中的表达序列标记（Expressed Sequcncetag，Esr）文库。对随机选择的cDNA克隆进行部分地排序，以便产生总共1825个ESTs，

六倍体小麦部分同源组1中表达序列标记的染色体箱图以及与水稻和拟南芥属间的部分同源性

总共944表达序列标记(ESTs)形成了2212个EST位点；这些位点被绘制在六倍体小麦(Triticum aestivum L.)的部分同源组1染色体上。为了表示EST分布情况，构成了EST缺失图和组1染色体的共有序列图。EST位点在染色体1A、1B和1D中表现为不规则分布，分别分布有660、826和726个EST。对全部3个染色体而言，其长臂上的EST位点数比短臂上的多一些。EST在染色体臂上的分布不是随机的，EST群出现在短臂的末端区域和长臂的中间区域。

对水稻褐飞虱抗性相关的数量性状位点和表达序列标记的制图

为了绘制负责水稻褐飞虱抗性的基因，我们用褐飞虱抗性品系与敏感性品种Ninghui63杂交，育成—个重组自交系群体，以该群体为基础绘成了一个水稻遗传图。检测到了褐飞虱抗性的4个数量性状位点。采用有限的相减混杂法分离出了由褐飞虱进食所调节的表达序列标记(EST)，并且通过RFLP制图和收索水稻基因组数据库，把这些标记限定在了几个染色体上。EST标记的分布表现为几组，有些EST标记与已知QTL和已知抗性基因有关系。这些发现说明，绘制不同的EST标记可能是鉴定植物后备保卫基因的一种有用方法；而其保卫基因对培育褐飞虱抗性品种是有益的。

FIZZ1在ApoE基因敲除小鼠动脉粥样硬化斑块内的表达

目的:探讨FIZZ1在ApoE基因敲除小鼠粥样斑块内的表达。方法:C57BL/6JApoE基因敲除鼠及C57BL/6J野生型小鼠各9只,分别喂食高脂饲料及普通饲料,24周后处死,自主动脉根部至腹主动脉离断整支血管,石蜡包埋后作连续切片,行HE染色及FIZZ1免疫组化,检测血管斑块内FIZZ1表达情况,RT-PCR检测斑块内FIZZ1mRNA表达。结果:ApoE基因敲除鼠高脂饲养24周后,主动脉根部动脉粥样硬化明显,斑块体积较大,免疫组化及其RT-PCR可见FIZZ1及其mRNA在粥样硬化斑块内明显表达,同龄野生型C57BL/6J鼠血管壁内未见FIZZ1及其mRNA表达。结论:FIZZ1能在动脉粥样硬化斑块内表达。

豌豆EST-SSR标记在蚕豆中的通用性与应用

对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平均每个位点的等位基因变异数为4.1个;各多态性引物的多态信息量(PIC)值变化范围为0.035到0.810,平均PIC值为0.483 4;实际观察杂合度(HO)变化范围为0.000 1到0.700 0,平均值为0.210 3;期望杂合度(HE)变化范围为0.035 7到0.845 2,平均值为0.538 8;主成分分析与非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,30份蚕豆种质资源可明显分成2大类群.以上结果表明,本研究所开发的豌豆EST-SSR标记在蚕豆上具有通用性和多态性,可为今后蚕豆遗传多样性、种质资源保存、比较作图和分子标记辅助育种提供新的研究依据.

一个唐氏综合征下调表达基因片段的克隆、鉴定及细胞定位分析

目的:克隆唐氏综合征(Down syndrom e,DS)相关新基因,并对其进行组织表达谱和细胞定位分析,探索其在DS脑病变发生中可能参与的环节。方法:在分析前期基因芯片结果的基础上,选取在正常和DS胎儿大脑皮层中差异表达的表达序列标签(expression sequence tags,EST)AI480014,利用cDNA末端快速扩增技术(rap id am-p lification of cDNA end,RACE)对其进行末端延伸;利用多组织Northern印迹技术分析其在组织中的表达谱和剪接体情况,用半定量RT-PCR进一步验证其组织表达谱的结果;通过细胞原位杂交技术,对其进行体外原代培养的混合胶质细胞表达定位分析;最后用半定量RT-PCR分析其在DS和正常胎儿脑皮层表达情况。结果:成功地将AI480014的3′端延伸232 bp,得到一个3′端完整、长682 bp的新基因片段(Genbank序列号DQ275636);Northern印迹表明分析其在心、肝、脾、肾、脑组织均有表达,且在脑组织中的表达量最高,而在脑组织中又以额叶、海马的表达量最高,各组织无可变剪接体的存在;在混合培养的胶质细胞中检测到该基因的表达;DQ275636染色体定位为5q14。结论:得到一个新基因片段(DQ275636);其组织来源和在脑组织中的表达特性提示其可能参与DS脑病变发生的某个环节。

染色体3p14.2区域一个与鼻咽癌呈负相关EST的鉴定

目的 :寻找染色体 3 p14 .2区域与鼻咽癌相关的表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST) ,为筛选鼻咽癌候选基因打下基础。方法 :运用生物信息学同源性比较筛选EST的策略 ,结合Northern杂交和逆转录PCR方法 ,检测 3 p14 .2区域的相关ESTs在鼻咽癌和正常鼻咽组织中的表达。结果 :在 3 p14 .2区域筛选到一个在鼻咽癌中低表达的ESTw2 3 3 12 ,与正常鼻咽上皮组织相比较 ,在鼻咽癌细胞株及 13例鼻咽癌活检组织中的 5例其表达下调 (P <0 .0 1)。结论 :染色体 3p14 .2区域ESTw2 3 3 12在鼻咽癌中表达下调 ,提示其可能参与鼻咽癌癌变过程 。

日本凋毛藻(Griffithsiajaponica)硫氧还蛋白基因及其编码的蛋白特征

从日本凋毛藻的表达序列标记 EST库中筛选到 2 条全长的编码硫氧还蛋白的 cDNA序列,分别命名为GjTRX1和GjTRX2。将这2条基因编码的蛋白序列与其它藻类(包括酵母)进行比较,结果表明不同物种及同一物种间TRX的相似性都较差,除GjTRX2编码的蛋白序列外,所有蛋白在活性位点序列 WCGPC处都完全保守。推测GjTRX1属于细胞质内分布的硫氧还蛋白。GjTRX1序列推导的蛋白二级结构单元与以往报道的传统上保守的TRX的二级结构单元类型一致,但是顺序有所不同。

双阳型梅花鹿脾脏细胞cDNA文库的构建和四个EST的发现

目的 :开发和利用中国梅花鹿的基因资源 ,以期拥有一批梅花鹿基因的专利 ,并在专利保护下生产具有自己知识产权的基因工程药物。方法 :用 Trizol试剂提取梅花鹿脾脏细胞中的总 RNA,分离得到 m RNA后 ,用逆转录方法合成与 m RNA互补的 c DNA单链 ,再以此 c DNA单链为模板 ,得到与该 c DNA互补的另一条 DNA链 ,将得到的 DNA双链分子通过合适的 Adapter连入 p SPORT1质粒 ,将此重组质粒通过电转化方法导入 E.coliDH5 α菌 ,得到脾脏细胞的 c DNA文库。筛选出阳性重组子 ,测序并分析得到的 ESTS序列。结果 :成功地构建了双阳型梅花鹿脾脏细胞 c DNA文库 ;并对部分库容 c DNA进行了克隆和测序 ,在这一过程中发现 4个与已知基因同源的表达序列标签 (ESTS) ,其中 2个 EST分别是梅花鹿视网膜母细胞瘤的同源基因和梅花鹿维生素 K依赖性蛋白前体 c DNA的部分序列。结论 :通过构建 c

水稻抽穗期叶鞘的微排列分析

水稻上位叶鞘在抽穗前积累有大量的淀粉，在抽穗后把所积累的淀粉转化成糖输送到穗内。为了解析叶鞘的这种库-源转换机理，我们用水稻抽穗期叶鞘中8987个表达序列标记（expressed sepuence tags，ESTs）来检测了大规模基因表达。结果在抽穗期的顶叶下第1片叶的叶鞘中鉴定到102个发育调节基因。在这些被鉴定到的基因中包括了与淀粉生物合成、细胞分裂和伸长以及光合成有关盼复合基因。这些基因显示出早期优先表达，

当前人类基因研究存在缺陷

澳大利亚研究人员完成的一项研究显示，无脊椎动物——一种珊瑚虫具有许多同脊椎动物人类相同的基因。让研究人员更加感到意外的是，在苍蝇和蠕虫这类动物身上并没有找到某些珊瑚虫和人类相同的基因。新的发现导致人们对利用苍蝇和蠕虫作为模式生物揭示人类基因的某些研究提出了疑问。

疟疾研究取得里程碑式的成就

近日发表的两项研究成果象征着人类与疟疾和其他蚊源性疾病斗争的一个里程碑。在第一项研究中,国际研究小组对冈比亚按蚊(可将疟疾寄生虫[恶性疟原虫]传播到人体)的DNA序列进行了描述;在第二项研究中,研究小组对恶性疟原虫的DNA序列进行了报道。