应用基因表达数量性状基因座定位(eQTL)研究PINK1表达调控

Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠制作MPTP诱导的PD鼠为模型,借助基因表达数量性状基因座(eQTL),结合分子生物学方法,分析Pink1的表达调控.结果显示,Pink 1基因在PD模型组中表达显著升高.区间连锁分析检测显示,引起Pink 1基因表达水平差异的染色体区域,定位于4号染色体上,距Pink 1基因自身5 Mb范围之类,属于顺式调节eQTL.Pearson相关分析表明,在BXD基因重组近交系(recombinant inbred,RI)小鼠脑中,Camk2n等30个基因的表达与Pink 1基因高度相关,相互间可能存在一定的协同作用.Pink 1基因在行使特定生物学功能时,很可能协同这些基因一起发挥相应的作用,这部分基因是深入研究Pink 1基因在PD发病中分子机制的重要靶点.

单细胞精度的表达数量性状位点研究进展

表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整体RNA测序技术,细胞间差异的基因表达水平会被掩盖,从而无法鉴定细胞类型或状态依赖的eQTL,因此也难以解析特定环境下疾病相关遗传变异位点。近年来,随着单细胞转录组测序技术的发展和应用普及,基于单细胞转录组测序的eQTL (single-cell RNA sequencing-based eQTL,sc-eQTL)研究技术逐渐成为热点,其优势在于可以充分利用单细胞测序的分辨率和颗粒度挖掘细胞类型、细胞状态以及细胞动态依赖的表达变异位点,显著提升解析基因表达关联的遗传变异位点的能力,对人们探究复杂器官的形成以及疾病的发生、发展、干预和治疗具有重要意义。本文主要从sc-eQTL研究的发展、设计方案、建模策略以及面临的挑战等诸多方面综述近年来的研究进展,以期为科研工作者挖掘致病位点,解析基因调控提供全新的视角。

甲基化数量性状位点研究及其在精神分裂症中的作用

人类基因组DNA序列上存在着被称为“甲基化数量性状位点”的位点驱动着DNA甲基化的水平,其在基因组上的分布情况、功能等问题仍在很大程度上是未知的.越来越多的证据表明,甲基化数量性状位点的研究或许能为精神分裂症的发病机制提供新的见解.本研究收集了来自499名中国汉族人群首发精神分裂症患者,以及年龄性别相匹配的500名中国汉族健康对照组的甲基化数量性状位点数据,从不同的角度证明了甲基化数量性状位点与基因表达调控之间存在着紧密的关系,并展示了甲基化数量性状位点在探究精神分裂症遗传因素中的巨大潜力.最后,结合大规模精神分裂症全基因组关联研究数据提出了精神分裂症风险位点可能通过调控AS3MT基因上的甲基化水平,从而影响精神分裂症患病风险的潜在机制.

基因表达数量性状定位的研究进展

近年来,随着人类和一系列模式生物全基因组测序工作的完成,阐明基因互作、调控网络及代谢途径的生物学功能,成为后基因组时代生物学研究的重点及热点。最近将数量性状定位(quantitative trait loci,QTL)和基因表达分析联合运用,产生了遗传基因组学或基因表达数量性状定位(expression QTL;eQTL)。本文简要地回顾了基因表达遗传变异的本质及eQTL分析的基本原理。在此基础上,结合我们当前的研究工作,重点介绍了eQTL分析方法在候选基因挖掘和基因调控网络构建中的运用,并结合单核苷酸多态性(SNP)对基因表达的影响等问题,讨论eQTL在实际研究分析中面临的困难,并探讨该领域的挑战和发展方向。

表达数量性状位点分析在药物基因组学中的应用

在全基因组关联分析(GWAS)时代发现的大量药物应答相关位点位于非编码序列,对其机制解释多关注于这些位点对mRNA表达水平的影响。表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)分析研究mRNA水平与基因组关联,其对遗传变异与基因表达关系、基因间相互作用和基因调控网络等的阐明为药物基因组学提供了有效研究手段。在药物基因组学中结合GWAS研究与eQTL研究,能够更好地阐明基因多态性对药物应答的影响,发现更多与药物疗效及毒性相关的生物标志物,为临床个体化用药的开展提供依据。

整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定猪血液性状候选基因

【目的】整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定白色杜洛克×二花脸F_2资源群体的血液性状候选基因。【方法】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体在(240±3)d屠宰,收集血液于抗凝管中进行血常规检测。利用Illumina 60K SNP芯片对1 020头F_2资源群体进行基因分型。剔除基因型检出率<90%和孟德尔错误检出率>5%的个体。检出率<95%、次等位基因频率<5%、哈代-温伯格检验(HWE)P<5×10^(-6)、与性染色体连锁疑似常染色体的SNP被筛除。利用Illumina GA II测序仪测序对502头F_2资源群体的肝脏进行数字基因表达谱测序。测序得到的原始数据经过滤获得清洁标签后与参考标签数据库比对,将能唯一比对到参考基因序列的清洁标签数量进行标准化处理以获得标准化的基因表达量。每个转录本的表达水平进一步转化为lg2值。在少于20%的个体中表达的转录本被滤去。表型性状和基因表达性状使用R程序包中Gen ABEL内polygentic功能进行性别、批次和亲缘关系的校正。其残差使用R程序包中斯皮尔曼系数评估基因表达水平与表型数据的关联性,设定保守阈值P<5×10^(-4)时调整多重检验。将检测到的表达数量性状位点(eQTL)及其对应基因根据其位置相对照的关系进行绘图。搜寻前期GWAS最高点5.0 Mb区域内eQTL结合GWAS结果进行综合分析。Gene Ontology&KEGG pathway富集分析使用在线工具DAVID。基因共表达网络使用在线工具Gene MANIA进行构建。【结果】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中502个个体的20 108个肝脏转录本通过了质检。当P<5×10^(-4)时鉴别到与血红蛋白(HGB)、红细胞数目(RBC)、红细胞压积(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和白细胞数目(WBC)关联的转录本共259个。有34个转录本与一个以上表型关联。用上述血细胞性状关联的转录本进行eQTL定位,当阈值P<10^(-5)时得到304个eQTL,每个转录本映射到1—6个eQTL,其中有35个顺式eQTL,120个反式eQTL。MCH和MCV的顺式eQTL位置重叠位于8号染色体。7号染色体存有数量最多的eQTL,其中多数为反式eQTL。通过eQTL定位确定了KIT为候选基因。Gene Ontology&KEGG pathway富集分析鉴别到与红细胞性状相关的基因KIT、PSEN2和TFRC,与白细胞性状相关的基因THBS1和CYR61。通过整合前期GWAS数据及eQTL定位并建立基因共表达网络,鉴定到与白细胞性状相关的基因RPS10。【结论】利用基于白色杜洛克×二花脸F_2资源群体的eQTL定位并结合前期GWAS数据,鉴别到与红细胞性状相关的基因KIT、PSEN2和TFRC,与白细胞性状相关的基因THBS1、CYR61和RPS10。

基因表达的数量性状基因座分析技术

近年来,人们将遗传学中的数量性状基因座(QTL)定位分析技术和基因组学研究中的基因表达(expression)分析技术联合运用,形成一种新的分析手段,称为"遗传基因组学"[1],即基因表达的数量性状基因座(eQTL)分析技术。与传统QTL技术不同的是,此种分析技术将基因表达水平视为复杂数量性状,进行遗传连锁分析,试图研究基因表达的遗传基础。多项研究揭示:许多基因mRNA水平的差异是可遗传的数量性状[2,4,8,10,11],这使得对其进行遗传连锁分析成为可能;eQTL分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL,前者是指某基因调节自身所在基因组区域的mRNA水平的差异,后者是指某基因调节其他基因组区域的mRNA水平的差异,而对反式作用eQTL的分析可以找到控制基因表达的上游候选调控基因,从而使得建立基因表达调控通路成为可能。

白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究

为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。

甘蓝型油菜BnTT3基因的表达与eQTL定位分析

类黄酮途径中, TT3编码的4-二氢黄铜醇还原酶是参与原花色素和花青素合成的关键酶。为了明确该基因可能的上游调控网络,利用黄籽母本 GH06和黑籽父本 ZY821构建的遗传图谱,以 BnTT3基因在高世代重组自交系群体中随机选取的94个株系花后40 d种子的表达量作为性状,采用复合区间作图法进行eQTL分析。结果共检测到5个表达量相关的eQTL,分别位于A03、A08、A09和C01染色体,单个eQTL解释表型变异的5.22%~24.05%。A09染色体上存在2个主效 eQTL,单个 eQTL 分别解释24.05%和16.55%的表型变异,分别位于标记 KS10260~KBrB019I24.15和B055B21-5~KS30880之间,微效eQTL分布于A03、A08和C01染色体上。A09染色体上的2个主效eQTL区间（包含200 kb侧翼序列）与拟南芥、白菜、甘蓝和芸薹族近缘物种基因组同源区段具有很好的共线性关系。基因注释结果表明检测到的eQTL均为trans-QTL,2个主效eQTL区段共包含78个基因,包括MYB51、MYB52和bZIP5转录因子,可能为 BnTT3基因的上游直接调控因子,对这些基因功能的深入分析将有助于阐明甘蓝型油菜黄籽性状形成的分子调控机制,为黄籽候选基因的克隆筛选奠定基础。

从表达QTLs到个体转录组的进展

建立表达数量性状位点(eQTLs)与全基因组关联研究(GWAS)相结合的方法,可以为人类复杂疾病的病因学和复杂性状研究提供进一步的功能信息。在探索疾病的转录组,细胞的生长动态过程,人群的起源和多样化拟表型方面,这一方法,也为人们提供了一种较好的,有助于理解疾病发生机制和人类基因调控格局的研究手段。本综述将介绍在基因组时代eQTLs的应用及其意义。

eQTL结合ASE分析显示帕金森病相关基因Lrrk2表达受顺式作用调控

富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因与家族性及散发性帕金森病(Parkinson's disease,PD)密切相关,但其作用机制仍不十分清楚.本文以单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为切入点,对其调控机制进行研究.以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠杂交1代小鼠为实验动物,借助基因表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)分析技术,结合等位基因特异性表达(allele specific expression difference,ASE)技术,验证帕金森病相关基因Lrrk2的顺式调控机制.eQTL分析显示,Lrrk2基因所在的位置有1个具有显著统计学意义(LRS值≥20)的顺式调节基因座.针对Lrrk2基因外显子区域错意突变SNP的ASE分析得出:rs50098646位点在cDNA水平上G∶A两碱基比值偏离1∶1,与gDNA水平中G∶A两碱基比值差异显著(P<0.01),表达受顺式作用调节.本研究结果表明,Lrrk2基因的表达受到顺式作用的调控.

CREB1基因与抑郁症和双相Ⅱ型障碍的关联研究

目的·探讨CREB1基因与抑郁症和双相Ⅱ型障碍的相关性。方法·共纳入抑郁症患者362例,双相Ⅱ型障碍患者381例以及健康志愿者416例。抑郁症组、双相Ⅱ型障碍组分别与健康对照组比较,其性别、年龄及受教育年限间的差异均无统计学意义。采用汉密尔顿抑郁量表评估抑郁症患者的严重程度,轻躁狂症状清单筛查抑郁症和双相Ⅱ型障碍患者的既往躁狂发作史;采集每位入组对象的静脉血2 mL,采用离心柱型基因组DNA试剂盒提取外周血白细胞全基因组DNA;使用单碱基延伸法(SNaPshot)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分型技术对CREB1基因标签SNP rs10932201和rs3770704位点进行分型;利用BRAINEAC数据库分析SNP对脑内CREB1基因表达的影响。结果·抑郁症组、双相Ⅱ型障碍组与对照组CREB1基因rs10932201和rs3770704位点基因型的观察值和期望值Hardy-Weinberg平衡吻合度均良好(P>0.05);连锁不平衡分析结果显示rs10932201和rs3770704位点之间具有较强的连锁不平衡,且位于同一区块内(r2>0.4)。在CREB1基因rs10932201位点,双相Ⅱ型障碍组与对照组等位基因分布频率相比,差异具有统计学意义(χ^(2)=4.27,P=0.042);抑郁症组与对照组等位基因分布频率相比,差异无统计学意义。抑郁症组、双相Ⅱ型障碍组分别与对照组基因型分布频率比较,差异均无统计学意义。在CREB1基因rs3770704位点,无论是等位基因还是基因型分布频率,抑郁症组、双相Ⅱ型障碍组分别与对照组比较,差异均无统计学意义;CREB1基因rs10932201和rs3770704位点之间构建的单倍型中,A-T单倍型在双相Ⅱ型障碍组中分布频率为57.5%,具有统计学意义(χ^(2)=4.07,P=0.044);表达数量性状分析结果显示rs10932201位点在颞叶皮层内与CREB1基因表达显著相关(P=0.048)。结论·CREB1基因rs10932201位点与双相Ⅱ型障碍有关,可能是双相Ⅱ型障碍发生的风险因子,但与抑郁症无关。

基于美国高加索人群瘦体重的全基因组关联研究

为了寻找与瘦体重相关的单核苷酸多态性(SNP)位点及易感基因,在2283名不相关的美国高加索人群中对瘦体重指数(LMI)进行全基因组关联分析(GWAS),并在1000名不相关的美国高加索人群中验证,将研究结果与验证结果进行荟萃分析。研究发现,位于19p13.3区域的UQCR,MBD3和TCF3基因与LMI相关联。UQCR基因上rs8697(合并p=4.94×10^−3)和rs56122285(合并p=2.59×10^−3)具有eQTL效应,MBD3基因上rs8110543(合并p=6.88×10^−3)和rs7252741(合并p=1.22×10^−2)具有eQTL效应,DB得分分别为1b和1f。本研究进一步证实了UQCR,MBD3和TCF3基因在瘦体重变异中的作用,对肌少症的认识提供新的理论依据。

遗传基因组学(Genetical genomics)的研究进展

遗传基因组学(geneticalgenomics)是将微阵列技术和数量性状座位(QTL)分析结合起来,全基因组水平上定位基因表达的QTL(eQTL).它为研究复杂性状的分子机理和调控网络提供全新的手段.遗传基因组这个概念和研究策略在2001年由Janson和Nap首先提出,到目前为止,遗传基因组学已应用于酵母、老鼠、人以及玉米等植物.研究结果表明:基因表达水平的差异是可遗传的复杂性状;eQTL可以分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL,顺式作用eQTL就是某个基因的eQTL定位到该基因所在的基因组区域,表明可能是该基因本身的差别引起mRNA水平的差别,反式作用就是eQTL定位到其他基因组区域,表明其他基因的差别控制该基因mRNA水平的差异.将eQTL结果、基因功能注解以及多种统计分析方法相结合,不仅能更准确地鉴别控制复杂性状及其相关基因表达的候选基因,而且能构建相应的基因调控网络.

EGR1基因与中国汉族人群阿尔茨海默病发病风险的关联研究

目的·探讨早期生长反应基因1(early growth response gene 1,EGR1)与中国汉族人群阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病风险的关联。方法·纳入2个独立样本共计715例AD患者和760例健康对照(包括来自华东地区的382例AD患者和426例健康对照以及来自西南地区的333例AD患者和334例健康对照)。采取外周静脉血并提取DNA,利用SNaPshot技术对单核苷酸多态性位点rs11743810进行分型。结合公共数据库探索EGR1基因在AD患者和健康对照的大脑中是否存在差异表达;并通过STRING数据库构建蛋白质–蛋白质交互作用(protein-protein interaction,PPI)网络图,以明确EGR1与AD高风险基因之间是否存在联系;采用表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)关联分析探讨rs11743810多态性与AD易感性的关系。结果·差异表达分析发现,AD患者与健康对照脑内EGR1基因在颞叶皮层表达存在显著差异(校正前|log2FC|=0.780,P=0.000;FDR校正后P=0.001)。PPI结果也表明EGR1蛋白与AD高风险基因表达的蛋白如淀粉样蛋白前体(amyloid precursor protein,APP)以及载脂蛋白J(clusterin,CLU)之间存在交互作用。然而,eQTL分析结果显示,EGR1基因单核苷酸多态性rs11743810不同基因型在10个脑区的表达无明显差异(校正后P>0.05)。外周血DNA样本分析结果也提示AD组和健康对照组的rs11743810位点基因型和等位基因分布频率的差异均无统计学意义(P>0.05)。结论·rs11743810多态性位点可能不是中国汉族人群AD的主要致病位点。

双向启动子遗传调控位点研究

人类基因组中存在"头对头"方式的基因对,两个基因5’端相邻并分别位于DNA的正负两条链上,其转录起始位点之间的距离不大于1 000bp。一般认为"头对头"基因对可能共享同一个启动子,即"双向启动子"。通过鉴定出1 190对"头对头"基因对,表达相似性结果显示比随机情况更倾向于共表达。"头对头"基因对的遗传调控位点研究显示,SNPs对"头对头"基因对存在不同的调控模式,有助于进一步理解双向启动子的调控机制,为进一步了解人类基因转录调控机制提供帮助。

MTMR3基因多态性与非吸烟者肺癌易感性

目的位于染色体22q12.2区域的MTMR3(myotubularin related protein 3)基因是调控肌维管束蛋白表达的基因,MTMR3基因过度表达与肿瘤等疾病发生有关。本研究旨结合表达数量性状(expression Quati tatire Trait Loci,eQTL)信息探讨MTMR3基因多态性与非吸烟者肺癌易感性的关系,为探究肺癌的发病机制提供依据。方法对肺癌易感区域22q12.2进行连锁不平衡和eQTL分析,筛选具有调控基因表达的致病位点并预测其调控的基因。本研究采用病例对照研究方法,病例为2013-03-05-2014-12-30辽宁省肿瘤医院(96例)、中国医科大学附属第一医院(92例)、中国医科大学附属第四医院(90例)、沈阳军区总医院(95例)和人民解放军沈阳二0二医院(88例)5所三甲级医院的原发性肺癌患者461例(病例组),同期社区中健康对照472名(对照组)。应用TaqMan基因分型技术对rs36605位点进行基因分型。采用t检验比较年龄在病例组与对照组间分布的差异,采用χ~2检验比较性别、各基因型以及各环境暴露因素在病例组与对照组间分布的差异,应用Logistic回归计算OR值及其95%置信区间(CI)。结果经eQTL分析得到rs36605位点是MTMR3基因的一个顺式eQTL,rs36605位点可能与MTMR3基因的表达有关。以TT基因型为参照,AT基因型(OR=0.81,95%CI为0.60~1.10,P=0.178)和AA基因型(OR=1.85,95%CI为0.61~5.59,P=0.276)与肺癌的患病风险无统计学关联。也未发现在显性模型(OR=0.85,95%CI为0.63~1.15,P=0.291)以及隐形模型(OR=1.94,95%CI为0.64~5.86,P=0.238)中存在此关联。试验验证了烹饪油烟暴露增加了肺癌的患病风险,调整OR=1.61,95%CI为1.06~2.45,P=0.025,但未发现烹饪油烟暴露与rs36605位点多态性之间存在交互作用,P>0.05。结论试验未发现,22q12.2区域内的rs36605位点多态性与非吸烟者肺癌的易感性有关,尚不能得到MTMR3基因多态性与非吸烟者肺癌的易感性有关。

Ptgs2基因在BXD重组近交系小鼠海马组织中的遗传基因组学分析

目的研究前列腺素内过氧化物合酶(Ptgs)2基因在BXD重组近交系(RI)小鼠海马组织中的基因表达变化及表达调控。方法使用基因芯片检测BXD RI小鼠海马组织的基因表达。应用遗传基因组学研究方法进行基因表达数量性状基因座(eQTL)定位分析,寻找Ptgs2基因的上游调控位点、下游调控基因以及协同作用的基因。结果 Ptgs2基因在BXD RI小鼠海马组织中特异性高表达,且控制该基因的eQTL为顺式eQTL,该区域同时还是反式eQTL的富集区,偏相关系数分析发现其中有8个基因为Ptgs2基因的下游调控候选基因。皮尔森相关系数分析显示,BXD RI小鼠基因组中有151个基因与Ptgs2密切相关,其中前20个基因与Ptgs2的遗传相关度到达0.59以上。结论遗传基因组学研究能够有效筛选出Ptgs2基因的上游调控位点、下游调节基因及与之高度协同作用的基因,这部分基因是深入研究Ptgs2基因在多种精神类疾病中分子机制的重要靶点。

利用eQTL构建基因-基因网络挖掘类风湿性关节炎风险基因

目的:类风湿性关节炎是一种全身的慢性炎症型疾病,可能影响许多组织和器官,主要发作于灵活的关节。全世界人群中大约有1%会患有类风湿性关节炎。目前已经证实了一些基因与类风湿性关节炎相关,但是这些基因只能解释一小部分遗传风险,因此我们需要新的策略和方法来解决这个问题。方法:表达数量性状位点(eQTL)是指能够调控基因或蛋白质表达的基因组位点,本文采用了eQTL数据构建基因-基因网络并挖掘候选类风湿性关节炎风险基因。结果:首先,利用eQTL数据,基于基因之间的共调控系数,建立基因-基因网络,我们建立了5个不同阈值(0、0.2、0.4、0.6和0.8)的基因-基因网络;然后,在OMIM和GAD数据库中搜索已经证实的与类风湿性关节炎相关的186个基因;最后我们将已证实与类风湿性关节炎相关的186个基因分别投入到这5个网络中,利用基因与基因之间的相关性来挖掘到一些可能与类风湿性关节炎相关的候选风险基因。结论:本文基于eQTL构建了基因-基因网络,结合已知类风湿性关节炎风险基因,挖掘未知风险基因,得到了较好的结果,证明了本方法的有效性,且对于类风湿性关节炎的发病机制研究具有重要价值。除了类风湿性关节炎外,本方法还可推广到其它复杂疾病中,因此本方法对人类复杂疾病的研究具有很强的学术理论价值和应用价值。

Soat1基因的e-QTL定位和遗传调控网络分析

目的从全基因组水平研究甾醇氧-酰基转移酶1(Soat1)介导的阿尔兹海默病(AD)发病的分子机制。方法运用基因表达数量性状基因座(eQTL)定位方法对Soat1基因的表达变异及表达调控进行研究,采用区间作图在全基因组水平定位控制Soat1基因表达变化的eQTL。分析B6小鼠和D2小鼠两品系间的单核苷酸多态性对eQTL定位的影响。采用聚类分析筛选BXD重组近交系小鼠海马组织基因组中受Soat1基因反式调节的候选基因,通过Pearson相关系数法构建Soat1基因的表达遗传调控网络。结果Soat1基因为顺式作用的eQTL,Rab2、Taz、copg、whsc1l1、Atrnl1、1200008A14Rik和Epdr1为该基因的下游候选调控基因。与Soat1基因高度相关的前17个基因构建遗传相关基因网络。结论 Soat1基因为顺式调控基因;遗传相关基因网络中的基因与Soat1基因存在相互作用,直接或间接参与了AD的发病。