小麦抗黄矮病相关基因cDNA-AFLP差异表达片段的验证

cDNA-AFLP技术是研究基因差异表达的有利工具,广泛用于植物抗病、抗逆和生长发育等研究领域。本研究以cD-NA-AFLP技术分离的抗黄矮病小麦与感黄矮病小麦间差异表达片段为对象,利用反向Northern方法,从cDNA-AFLP技术筛选的46个候选抗黄矮病防御基因差异表达片段中,筛选出抗黄矮病相关防御基因片段6个;采用对回收的差异片段进行再扩增(延伸引物再扩增),再与原选扩产物一起进行PAGE电泳分析法,并结合半定量RT-PCR分析法,又验证了候选抗黄矮病相关基因表达片段3个。反向Northern方法以及对回收的差异片段进行再扩增(PAGE再分析法),结合(半)定量RT-PCR分析方法,可以比较准确地验证cDNA-AFLP所筛选出的基因差异表达片段。

年轻与衰老2BS细胞中差异表达基因片段的筛选及特征分析

为探索人衰老机制 ,采用差异显示法分别从年轻和衰老 2BS细胞中筛选出特异的cDNA片段 .衰老相关细胞cDNA片段长 2 86bp ,命名为orc ,GenBank登录号为AI35 30 6 5 ;年轻相关的cDNA片段长 2 35bp ,命名为yrc ,GenBank登录号为AI35 30 6 4.Southernblot分析表明 ,yrc在衰老和年轻2BS细胞、BGC 82 3细胞中的BamHⅠ酶切图谱均出现约 3 0kb杂交带 .Northern印迹分析显示 ,yrc在年轻和衰老 2BS细胞中均有 1 0kb和 0 5kb杂交带 ,其中 1 0kb带在两种细胞间差异不大 ,而0 5kb带则在年轻细胞中明显高于衰老细胞 .在胎儿心、肺、肝中也可见 0 5kb和 1 0kb两条杂交带 ;而在胎盘及胎儿肌肉、肾、脑、皮肤中 ,则只可见 0 5kb杂交带 ,无 1 0kb带 .orc基因转录本长约 2 0kb ,在衰老 2BS细胞中的表达高于年轻细胞 .结果表明 ,orc和yrc分别与细胞衰老和年轻相关 ,yrc 0

一个在肺腺癌细胞系中差异表达cDNA片段的定位及表达分析

为了研究和克隆肺癌转移相关候选基因 ,探讨肺癌发生及转移的分子基础 ,应用细胞培养、cDNA克隆、North ern印记杂交和生物信息学技术分析了在细胞来源相同 ,但转移能力不同的肺腺癌细胞系AGZY83 a和Anip973中差异表达片段OPB7 1在人不同组织中和不同人肺癌细胞系中的表达情况 ,并应用RH定位技术对该片段进行了基因定位。表明OPB7 1与已知基因同源性差 ,该基因在正常人多种组织中有表达 ,心肌和骨骼肌中高表达 ,转录本均为 3 0kb左右。在不同人肺癌细胞系中存在该基因的表达差异 ,高转移潜能、低分化及高浸润的细胞系中呈高表达趋势 ,且表达的片段大小略有差别。提示OPB7 1是一个具有广泛表达谱的基因 。

白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库的构建和初步分析

目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库。1000个测序文件中,共获得标签17773个,代表单一转录本7333种,其中单一匹配标签占16·65%,多重匹配标签占6·59%,推测蛋白标签占16·27%,基因组及粘粒等标签占1·64%,新标签为58·86%。标签拷贝数超过35的33个高表达标签中有11个可能属于新的表达序列。结论LongSAGE是一种能够快速、高通量地研究细胞基因表达谱及其丰度的方法,可发现新的表达序列。

In-fusion技术构建表达、纯化钠泵α3亚单位膜外区截断性片段重组质粒

目的构建重组pGEX-6P-1原核表达载体，表达和纯化大鼠钠泵α3亚单位M1～M2和M3～M4膜外区的截断性片段。方法利用In-fusion技术将钠泵α3亚单位M1～M2和M3～M4膜外区基因片段插入线性化的pGEX-6P-1载体中，转化，提取质粒，PCR鉴定；用阳性重组质粒pGEX-Trf-α3转化大肠杆菌，IPTG诱导、表达融合蛋白GST—Trf-α3。采用Glutathione Sepharose 4B亲和层析纯化融合蛋白，SDS-PAGE电泳分析表达产物的可溶性及含量。采用放射性配体结合法检测其生物活性。结果PCR和基因测序分析显示大鼠钠泵a3亚单位M1～M2和M3～M4膜外区被成功插入pGEX-6P-1载体GST基因3’端，蛋白序列分析表明GsT-Trf-α3融合蛋白总长度262个氨基酸，理论相对分子质量应约为33．22×10^3。IPTG诱导后，GST-Trf-α3融合蛋白的表达量为10％，多以可溶性形式存在，可溶性蛋白表达量为80．8％。SDS-PAGE结果显示其纯度〉95％。生物活性实验结果显示GST—Trf-α3融合蛋白与^3H-哇巴因具有一定的结合能力，但结合能力较弱。结论采用In-fusion技术成功构建了表达GST-Trf-α3融合蛋白的原核表达载体，建立了纯化方法，获得高纯度的融合蛋白，为钠泵α3亚单位M1～M2和M3～M4膜外区功能以及其潜在的药理学作用研究获得了实验数据。

应用表达序列片段测定法初步筛选心血管病相关基因

本文介绍表达序列片段法在筛选心血管病相关基因中的应用。从人主动脉文库中挑取有目的基因片段插入的噬菌斑 ,选用双向通用引物做PCR扩增 ,以纯化后的产物做测序模板 ,用全自动DNA测序仪测定基因表达序列并与GenBank作同源性分析。PCR扩增阳性克隆产率大于 70 % ,新ESTs占 15%。结果表明利用正常人主动脉cDNA文库 。

菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库的构建及结果分析

目的构建菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建菌丝相白假丝酵母菌LongSAGE文库,从文库中挑取阳性克隆测序,用SAGEs-oftware对测序结果进行分析和检索,从而了解菌丝相白假丝酵母菌基因表达情况。结果在菌丝相白假丝酵母菌的1 000个测序文件中,共获得标签17 552个,代表单一转录本6 627种,其中单一匹配标签占20.5%,多重匹配标签占6.64%,假设蛋白标签为18.47%,新标签为53.07%。标签拷贝数超过35拷贝的36个高表达标签中有15个可能属于新的表达序列。结论用LongSAGE技术获得了菌丝相白假丝酵母菌基因表达谱及其丰度的量化信息,可以发现新的表达序列,为进一步研究提供了基础。

斑马鱼GAPDH蛋白片段的原核表达差异分析

为了分析斑马鱼GAPDH基因不同区域原核表达构建的诱导效应差异,应用生物信息技术分析斑马鱼GAPDH分子结构,通过定向删除技术,构建表达部分斑马鱼GAPDH蛋白片段的质粒。通过IPTG诱导,SDS-PAG检测,分析GAPDH基因不同区域构建的蛋白表达差异。结果:引物对ZGCKF/ZGCXR构建的GAPDH重组表达质粒具有IPTG诱导表达效应,而引物对ZGNKF/ZGNXR构建的质粒则不具有IPTG诱导表达效应。因此,为了在原核表达真核蛋白时应考虑过表达的真核蛋白是否会影响宿主的代谢以及是否会导致宿主的抵抗,设计引物时应当选择合适的区域构建重组质粒才能获表达产物。

葛根膨大相关基因表达的cDNA-AFLP分析

为从本质上揭示葛块根膨大的分子机理,将cDNA-AFLP技术运用于葛块根膨大的野生型和突变型发育过程的基因表达差异的分析,筛选出5个特异表达片段,其中野生型Y0、Y1和突变型T0、T14个成功测序,结果显示:DNA片段大小分别为384、248、241和161 bp;BLAST搜索结果表明:Y0与大豆假拟蛋白相关的未知mRNA同源性99%;Y1与罗伊乳杆菌木糖异构酶基因序列同源性95%;T0与豇豆小分子热休克蛋白mRNA序列同源性87%;T1与番茄的类胡萝卜素异构酶基因同源性98%;Y0翻译的蛋白质与拟南芥亚种赤霉素结合蛋白β-2亚基有一定同源性,Y1和T0、T1翻译的蛋白质在核酸蛋白数据库中均未搜索到同源序列。

cDNA-AFLP技术及在差异表达基因克隆上的应用

cDNA-AFLP技术是在AFLP技术基础上发展起来的主要用于研究基因差异的技术,具有高效可靠的优点,受到研究者的青睐,被广泛应用于包括植物在内的各类生物的基因表达的研究中。简要阐述了cDNA-AFLP技术的原理,重点讨论了操作过程中可能出现的问题和技术关键,并就该技术与其他差异表达技术进行了比较,以说明其在克隆差异表达基因上的优势,还简要列举了一些在抗病育种等领域的应用实例。

含2A片段的重组黄热病毒17D疫苗表达载体的构建

黄热疫苗是一种减毒的黄热病毒17D(YF-17D)活疫苗,是现有疫苗中最安全、最有效的疫苗之一,适于发展为疫苗载体。用RT-PCR法扩增出覆盖YF-17D全长基因组的3个cDNA片段:5′cDNA(A)、3′cDNA(B)和中间cDNA(C),同时引入SP6增强子序列、酶切位点和重复序列。顺序将A和B同E.coli-yeast穿梭质粒pRS424连接,再与C共转染酵母菌,利用缺少色氨酸和尿嘧啶的选择性固体培养基筛选出含YF-17D全长基因组的cDNA质粒。以该质粒为模板,经过DNA重组和酵母同源重组,获得含有口蹄疫病毒蛋白水解酶2A片段的重组YF-17D表达载体。将该表达载体体外转录后,电击转染BHK-21细胞。间接免疫荧光检测结果表明,RNA转录体在BHK-21细胞中进行了稳定的表达;滴度测定与形态学观察结果表明,重组病毒在细胞中的生长曲线等特征同母本YF-17D十分相似。结果提示,利用酵母菌同源重组在2A部位引入异种抗原基因,重组YF-17D表达载体pRS-YF-2A1具有成为高效活疫苗表达载体的潜力。

甜瓜根分泌物介导自毒作用差异基因表达分析

以甜瓜品种"新银辉"为试验材料,利用甜瓜根系分泌物胁迫处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜自毒作用相关基因及其表达情况。结果表明,利用63对引物组合获得约1200条TDFs(Transcription-derived fragments),平均每对引物组合扩增出15-30条TDF,长度在50-700bp之间。相关基因的表达模式可分为上调、下调、瞬时和持续表达4类。选取表达差异明显片段进行回收、测序、比对,获得42条同源性高的TDFs序列。甜瓜根系分泌物介导的自毒作用相关差异表达基因涉及能量代谢、物质合成与运输、逆境诱导和基因调控及信号传导等过程,分子调控机制较为复杂。

论语境与语言的表达

本文全面研究了中外语境理论，首次提出语言表达中的语外环境和语内环境，语流和语篇内描述环境等概念，并结合实际的语言表达，对语境进行了系统深入的划分，论述了语外环境中的情境、场境和背景，以及语内环境中语流和语篇内描述的情境、场境和背景等。这一研究深化了语境理论，同时对语言表达、语言理解，以及时计算机的语言信息处理都具有极其重要的意义。

基因表达序列分析技术(SAGE)在家蚕研究中的应用现状与前景

家蚕是鳞翅目模式昆虫,家蚕组数据库和基因表达差异分析数据库的建设为鳞翅目害虫功能基因的研究提供了一个便利的技术平台。基因表达序列分析技术(SAGE)以及在此基础上发展起来的结合标签的基因序列延伸(GLGI)、长片段基因表达序列分析(LongSAGE)等在家蚕获取基因表达谱、发现组织特异表达以及发现新基因中应用获得了很多重要的结果;众多通用SAGE数据库以及家蚕数据库为SAGE数据的生物信息学分析提供条件;以SAGR为核心的一系列技术通过定性与定量研究将把家蚕基因研究引入基因网络研究中,进行靶向定位以及辐射研究,加快家蚕后基因组时代步伐,为快速有效地发掘和研究鳞翅目害虫的功能基因提供模式价值。

膀胱癌组织某一特异性EST片段全长扩增及生物信息学分析

目的对膀胱癌组织某一特异性表达序列标签(EST)片段进行全长扩增及生物信息学分析。方法收集1例进行手术的膀胱癌患者(病理证实为膀胱移行细胞癌)的癌组织,从新鲜的膀胱癌组织中提取RNA,利用RACE方法获取前期研究发现的某一特异性EST片段5'端和3'端DNA序列,通过Gene Tool软件合成RACE测序结果。对全长序列及其相应蛋白进行生物信息学分析,利用sequin软件编辑分析结果,并向NCBI提交获取基因号及蛋白号。结果成功获得该特异性EST片段的5'端和3'端,利用Gene Tool软件合成一个1 839 bp的全长序列,初步分析其含有完整的开放阅读框(ORF),染色体定位于17p13.3。该序列在Gene Bank获得基因号为KR780251,ORF翻译的多肽序列获得蛋白ID为AKO62675。结论该膀胱癌组织特异性EST片段基因号为KR780251,全长序列为1 839 bp,含有完整的ORF,其编码蛋白AKO62675可能是正常膀胱组织的基因突变体。

银染mRNA差异显示法的建立及其应用

以银染 m RNA差异显示方法对原发及转移灶胃癌标本总 RNA为研究对象进行银染差示分析和回收差异条带 ,从中获得系列差异表达片段 .随机选取 5个从原发性胃癌样品回收的表达条带 ,以取自体外培养胃癌细胞株的 RNA进行点杂交验证 ,均被证实为真实带 .对 2个差异表达片段进行分析、测序和 Gen Bank同源比较结果表明 :MGD1片段与肿瘤转移相关基因 MTA1完全同源 ,属胃癌转移相关基因 ;PGD2与胃癌转移抑制相关 ,并与细胞周期抑制蛋白 p2 7/ Kip1具 99%的同源性 .结果表明 ,银染差异显示法具有快速、直观、假阳性率低等优点 。

应用cDNA-AFLP技术分离应答BABA诱导的番茄抗病相关基因

应用cDNA-AFLP技术研究番茄根部组织应答BABA(β-Aminobutyric Acid,β-氨基丁酸)诱导后基因转录谱,得到与植物获得性抗性相关的差异表达片段29条,克隆测序后获得10个上调基因片断.经过生物信息学分析和功能预测,其同源基因都是植物体在抗病、抗逆反应中的表达序列标签.根据功能可将其分为5类:第1类是防御反应基因,为病程相关蛋白基因P69家族成员,具有蛋白水解酶功能;第2类是转运蛋白基因,负责细胞内外离子、水和小分子物质的跨膜运输;第3类是信号传导蛋白,是Ca2+信号传导途径上重要的功能蛋白;第4类是分子伴侣蛋白BIF1,协助蛋白质的复性;第5类属功能未知基因.研究表明:BABA诱导植物根部抗病机制涉及植物多方面生理生化反应,由多个功能不同基因共同参与控制.差异表达片段的获得将有助于下一步全长抗病基因的克隆和BABA诱导植物抗性机制的研究.

甜瓜化感自毒作用响应基因的cDNA-AFLP分析

本研究以甜瓜种质＂新银辉＂为试验材料,利用浓度为0.03 g.mL 1的新鲜甜瓜植株水浸提液处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜化感自毒作用相关基因及其表达情况。试验中利用82对引物进行扩增,共获得3 600多条差异表达转录衍生片段（TDFs）,平均每个引物组合可扩增出30~50条条带,片段大小集中在50~800 bp之间,根据条带强弱和有无的变化,其表达模式可以分为持续表达、瞬时表达、上调表达和下调表达4种情况。选取其中103条TDFs进行回收、测序,共获得75条有效序列,其中上调表达39条,下调表达21条,瞬时表达15条。BLAST结果分析显示其中55条与已知功能基因具有较高的同源性,选取其中10条TDFs,以甜瓜Actin基因为内参照,对其在不同胁迫处理时间的表达情况进行半定量RT-PCR验证,分析结果与cDNA-AFLP结果基本吻合,表明cDNA-AFLP技术是研究甜瓜化感自毒作用相关基因差异表达的有效方法。55条TDFs的BLAST结果显示,甜瓜自毒作用涉及到的基因表达情况较为复杂,与信号转导、能量代谢、蛋白合成、离子运输、逆境响应和转录调控等过程均有关系,这一结果为探讨甜瓜化感自毒作用的分子机理和相关基因的克隆提供了理论依据。

动物基因组研究计划及其对动物育种的影响

动物基因组研究计划及其对动物育种的影响李宁（中国农业大学农业生物技术国家重点实验室，北京１０００９４）动物基因组研究计划（Ａｎｉｍａｌｇｅｎｏｍｅｒｅｓｅａｒｃｈｐｒｏｇｒａｍ）是在人类基因组计划获得巨大成就鼓舞下，一些发达国家为了提高动物生物技术的...