联合多种高通量表达谱数据库挖掘胃癌S100基因的差异表达

目的:探讨利用生物信息学方法筛选胃癌组织与正常胃组织差异表达基因的可行性及具体方法,寻找胃癌相关S100基因.方法:联合SAGE分析、虚拟电子杂交和虚拟微阵列,挖掘癌基因组解剖计划和基因表达综合数据库资源中关于胃癌和正常胃组织差异表达S100基因.结果:5个S100基因在胃癌组织中上调表达,包括S100A2、S100A3、S100A4、S100A7和S100A10.S100A3是新的胃癌过表达基因.结论:首次探讨性利用生物信息学方法系统分析胃癌S100基因表达.多个S100家族成员在胃癌中上调表达.联合多数据库挖掘肿瘤相关基因是一个可靠的方法,给进一步生物学实验以大量的提示.

梗死后大鼠缺血心肌基因差异表达谱构建

为寻找梗死后大鼠缺血心肌差异表达基因,采用结扎Wistar大鼠冠状动脉左前降支的方法,建立急性心肌梗死(AMI)模型,饲养7d后处死大鼠,提取正常和缺血心肌总RNA,应用长标签基因表达系列分析(long serial analysis of gene expression,LongSAGE)构建AMI后大鼠缺血心肌基因差异表达谱,荧光定量PCR鉴定部分差异基因的表达.结果显示,在建立的AMI后缺血心肌和正常心肌组织LongSAGE标签库中,共获得标签15966个,正常心肌获得9646个,梗死后缺血心肌获得9563个.通过NCBI网站BLAST同源性分析后,发现新核苷酸序列标签7665个.与正常组比较,142个基因在AMI大鼠心肌组织中的表达有显著性差异(P<0.05),这些差异基因主要与氧化磷酸化、三磷酸腺苷(ATP)合成、糖异生等能量代谢通路相关.荧光定量PCR的鉴定结果与LongSAGE差异表达结果基本一致.结果表明,AMI可引起多基因表达异常,能量代谢作用通路相关基因的异常表达是造成AMI后心肌损伤的重要分子机制.