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基因芯片在同型半胱氨酸诱导动脉粥样硬化基因表达谱变化中的应用 被引量:7
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作者 顾菲菲 高炜 +2 位作者 蒋捷 卜定方 柳景华 《中国动脉硬化杂志》 CAS CSCD 2004年第4期433-437,共5页
应用基因芯片技术研究同型半胱氨酸诱导动脉粥样硬化的基因表达谱变化。选取 3例无冠心病传统危险因素的住院患者 ,其中 1例为血同型半胱氨酸正常的冠状动脉造影正常者 ,1例为血同型半胱氨酸正常的冠心病患者 ,1例为高同型半胱氨酸血症... 应用基因芯片技术研究同型半胱氨酸诱导动脉粥样硬化的基因表达谱变化。选取 3例无冠心病传统危险因素的住院患者 ,其中 1例为血同型半胱氨酸正常的冠状动脉造影正常者 ,1例为血同型半胱氨酸正常的冠心病患者 ,1例为高同型半胱氨酸血症的冠心病患者。分离外周血淋巴细胞并抽提总RNA ,逆转录制备杂交探针 ,应用含有 115 2条基因的人类表达谱芯片进行差异表达谱分析。结果发现 ,高同型半胱氨酸血症的冠心病患者与血同型半胱氨酸正常的冠状动脉造影正常者比较差异表达的基因 177条 (组一 ) ,高同型半胱氨酸血症的冠心病患者与血同型半胱氨酸正常的冠心病患者比较差异表达的基因有 15 1条 (组三 )。组一与组三基因芯片平行比较 ,二者共同的差异表达基因 4 8条 ,其中上调基因 2 3条 ,下调基因 2 5条。结果提示 ,在差异表达的基因中 ,有些是凋亡、信号转导、免疫、蛋白质合成及原癌基因等的相关基因 ,这些基因可能与同型半胱氨酸致动脉粥样硬化发生有关。应用基因芯片技术研究同型半胱氨酸诱导动脉粥样硬化差异表达谱 ,可能为动脉粥样硬化发病机制研究提供新的思路。 展开更多
关键词 内科学 动脉粥样硬化基因表达谱变化 基因芯片 同型半胱氨酸 差异表达基因 冠心病 动脉粥样硬化
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狂犬病病毒感染小鼠脑组织中lncRNA表达谱分析 被引量:1
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作者 蒋天琪 翁锐强 +5 位作者 刘苏东 谢孟泽 杨松涛 王化磊 夏咸柱 赵平森 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第7期685-690,共6页
目的通过RNA测序的方法研究狂犬病病毒(RABV)小鼠脑组织中lncRNA的表达谱和功能。方法用RABV CVS11株感染小鼠脑组织并提取总RNA,构建文库,上机测序分析获得CVS11毒株感染小鼠脑组织mRNA和lncRNA表达谱,并进行实时荧光定量PCR验证,通过G... 目的通过RNA测序的方法研究狂犬病病毒(RABV)小鼠脑组织中lncRNA的表达谱和功能。方法用RABV CVS11株感染小鼠脑组织并提取总RNA,构建文库,上机测序分析获得CVS11毒株感染小鼠脑组织mRNA和lncRNA表达谱,并进行实时荧光定量PCR验证,通过GO和KEGG分析差异表达lncRNA和mRNA的功能。结果与未感染组相比,CVS11感染组有88个lncRNA差异表达,2648个mRNA差异表达(FC≥2,P<0.05)。采用实时定量PCR验证差异表达,结果与RNA-seq结果相一致。GO分析差异表达的lncRNA共定位基因高度富集在如氮化合物的解毒,氮化合物的细胞解毒和硝基苯的代谢过程等生物过程中;KEGG分析差异表达的lncRNA靶点参与Toll样受体,NF-κB,MAPK,趋化因子,单纯疱疹和流感A感染等重要信号通路。结论 lncRNA在RABV感染期间参与调节免疫反应,因此可作为狂犬病预防和治疗的潜在靶点。通过高通量RNA测序研究感染小鼠脑组织中lncRNA和mRNA概况。 展开更多
关键词 小RNA测序 狂犬病病毒 lncRNA mRNA 表达谱变化 生物信息学分析
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结核分枝杆菌入侵诱导的人巨噬细胞全局性基因表达变化 被引量:7
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作者 谢建平 李瑶 +6 位作者 乐军 徐永忠 黄达蔷 梁莉 陈永青 于善谦 王洪海 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2003年第3期231-239,共9页
利用含有12800个基因全长或部分序列的基因芯片研究结核分枝杆菌无毒株入侵导致的人巨噬细胞U937全基因组在转录水平的表达谱变化。结果表明其中473个基因(3.7%)差异表达,表达上调的基因25个(5.3%),上调超过3倍的包括丝氨酸/苏氨酸蛋... 利用含有12800个基因全长或部分序列的基因芯片研究结核分枝杆菌无毒株入侵导致的人巨噬细胞U937全基因组在转录水平的表达谱变化。结果表明其中473个基因(3.7%)差异表达,表达上调的基因25个(5.3%),上调超过3倍的包括丝氨酸/苏氨酸蛋白质激酶,可溶性结合半乳糖苷的凝集素,蛋白质酪氨酸磷酸酶delta,DDR受体酪氨酸激酶等的编码基因,其余基因(94.7%)表达下调。表达下调的基因中,表达仅为原来1/3以下的25个,其中syndecan结合蛋白的表达下调12.5倍.芯片研究结果与结核分枝杆菌一般抑制宿主细胞免疫应答的趋势相符。这473个基因中的376个基因在GenBank中有记录,另外97个是新基因。生物信息学分析提示差异表达基因编码产物与细胞内信号传导、细胞因子反应、细胞骨架重建、细胞凋亡、铁代谢、电子传递、线粒体功能和离子通道等有关。这些差异表达基因中,有17个是文献报道过的,而且都印证了本文的结果。RT-PCR和Northern杂交实验确证了表达谱芯片研究结果。通过DNA芯片研究全局表达谱变化,揭示了细菌入侵早期导致的巨噬细胞表达变化,为深入研究结核分枝杆菌-宿主相互作用提供了基础数据和探索方向。 展开更多
关键词 人巨噬细胞 全局基因表达变化 结核分枝杆菌 结核病 基因芯片
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Characterization and Expression Profiling of Genes Encoding the Gibberellin 3-oxidase in Dasypyrum villosum Dwarf Mutant
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作者 Peng CAI Zaijun YANG +1 位作者 Zhengsong PENG Maoqun YU 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2017年第9期1585-1589,共5页
Gibberellin 3-oxidase catalyzes the conversion of inactive gibberellin(GA) species into GAs with biological activity and it is subjected to strict developmental controls in the life cycle of a plant. In this study, 33... Gibberellin 3-oxidase catalyzes the conversion of inactive gibberellin(GA) species into GAs with biological activity and it is subjected to strict developmental controls in the life cycle of a plant. In this study, 33 gene sequences, encoding the gibberellin 3-oxidase(GA3ox) from Dasypyrum villosum and its dwarf mutant, were obtained. Each contained a 1 107 bp coding sequence(CDS) that encoded a putative protein containing 369 amino acids. The GA3ox protein showed 77% to 97% homology and shared the major conserved structural domains of GA3ox proteins with rice, sorghum bicolor, oat, barley, and wheat. Sequence alignment showed that there were 20 single nucleotide polymorphisms(SNPs) and 22 Insertion/deletions(In Dels) among these sequences, which could be divided into 2 haplotypes, haplotypes Ⅰ and Ⅱ. Haplotype Ⅰ was found in the wild type and was1 495 bp in length, and haplotype Ⅱ was found in the dwarf mutant and was 1 485 bp in length. The Q-PCR results showed that GA3ox was expressed in the leaves, roots, internodes, and stem nodes, and that there was a significant difference in the transcript level of the GA3ox between the wild type and dwarf mutant. The transcript levels of GA3ox in the leaves at the seedling stage, stem elongation stage and the heading stage, in the root and stem nodes at the stem elongation stage and in the internodes at the heading stage of the wild type, were significantly higher than those in the dwarf mutant. However, GA3ox expression in the rest of the wild type tissues at the 3 stages was slightly higher than or not different from the dwarf mutant.The results suggested that the wild type and mutant allele sequences of GA3ox in D. villosum showed 2 amino acid changes in exons and variations in the lengths of introns or the SNPs in introns, which most probably impaired the function of the enzyme,affected the GA3ox expression level, and eventually gave rise to dwarfing. 展开更多
关键词 Dasypyrum villosum Gibberellin 3-oxidase Dwarf mutant WHEAT SNP
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