表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术在结核分枝杆菌与胞内分枝杆菌差异蛋白分析中的应用

目的对比分析结核分枝杆菌与胞内分枝杆菌菌体蛋白、分泌蛋白指纹图谱,评价表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术在结核病快速诊断中的价值。方法结核分枝杆菌和胞内分枝杆菌标准菌株经BACTEC960仪培养30d,灭活菌株,离心沉淀物提取菌体蛋白,上清液提取分泌蛋白。利用SELDI-TOF-MS进行蛋白质/多肽谱分析。结果结核分枝杆菌与胞内分枝杆菌菌体蛋白指纹图谱存在差异,有33个差异蛋白峰;结核分枝杆菌与胞内分枝杆菌分泌蛋白指纹图谱存在差异,有51个差异蛋白峰;结核分枝杆菌有其特征性蛋白峰。结论结核分枝杆菌与胞内分枝杆菌菌体蛋白、分泌蛋白指纹图谱有明显的差异蛋白峰,应用SELDI-TOF-MS技术可以早期、快速、简便地诊断结核病。

表面加强激光解析电离-飞行时间-质谱技术在急性重症胰腺炎预后相关蛋白质谱检测中的应用

目的应用蛋白芯片表面加强激光解析电离-飞行时间-质谱（SELDI-TOF-Ms）技术检测急性重症胰腺炎不同预后相关蛋白质谱，探讨急性重症胰腺炎轻重程度及预后评估的新方法。方法用SELDI-TOF-MS方法检测浙江省人民医院2008年3月至2010年10月23例急性重症胰腺炎患者的蛋白质谱，按是否发生器官功能衰竭、胰腺脓肿、腹内压异常、死亡将全部患者分组进行蛋白指纹图谱比较。结果蛋白质峰谱特征显示，在1094U、2751U、5904U处并发胰腺脓肿（13例）的重症胰腺炎患者峰值（13．21±3．73，45．62±10．31，48．37±9．24）明显高于未并发胰腺脓肿组（70例）（4．33±1．79，8．87±3．21，4．45±1．59），差异有统计学意义，均P〈0．05。在635U并发器官功能衰竭组（11例）峰值（8．56±3．21）明显低于未并发器官功能衰竭组（12例）（37．82±12．65）；而在4103U、4187U处并发器官功能衰竭组（21．63±8．23，9．81±2．32）峰值则高于未并发器官功能衰竭组（3．32±1．29，1．14±0．49）。在4173U处并发腹内压增高组（10例）峰值（8．94±3．58）明显高于无腹内压增高组（13例）（1．97±0．73）；而在5635U处并发腹内压增高组峰值（0．62±0．23）则低于无腹内压增高组（15．78±6．34）。2例死亡患者蛋白指纹表现为血清蛋白全面合成功能减退，峰值降低。结论蛋白指纹图谱技术可筛选出有意义的生物标记蛋白，为急性重症胰腺炎并发症的早期诊断与治疗提供了新的路径，对急性重症胰腺炎预后评估具有重要意义。

表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术在白血病诊断中的应用

本研究对白血病患者及健康对照者的血清样本进行检测分析,筛选新的生物标记物并建立白血病的蛋白质指纹图谱诊断模型。应用SELDI-TOF-MS技术检测40例白血病标本及37例健康对照标本,用Biomarker Wizard软件分析筛选新的生物标记物,使用Biomarker Patterns 5.0软件进行标记物的比较判别,建立白血病决策树诊断模型。结果表明,蛋白质指纹图谱分析发现有22个差异显著的蛋白峰(P<0.05);由m/z为4650,8609及11660建立的决策树诊断模型对白血病的诊断灵敏度为97.5%(39/40),特异性为91.9%(34/37)。结论:由3个蛋白标记物构成的白血病蛋白质指纹图谱诊断模型为白血病的诊断提供了新的借鉴和参考。

表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术的质量控制与标准化

表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDITOFMS)技术是近年兴起的蛋白质组学研究前沿技术,其标准化和质量控制是其顺利应用到临床的关键。我们对SELDITOFMS检测样本采集与制备、试剂的选择与保存、实验仪器的校准与维护;实验结果重复性验证与分析;数据处理与分析的标准化方法的选择、SELDITOFMS技术系统标准化进行探讨和评价。

采用蛋白指纹图谱技术筛选大肠癌肝转移特异性相关蛋白

目的:应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术从大肠癌及大肠癌肝转移患者中筛选出大肠癌肝转移患者血清特异性相关蛋白。方法:实验于2005-07/2006-09分别在南方医院消化中心实验室与解放军第一五○医院实验室完成。应用美国CipherGen公司IMAC3(ImmobilizedMetalAffinityCapture,金属亲和表面)芯片和蛋白芯片仪检测44例大肠癌患者及36例大肠癌肝转移患者血清中的蛋白质相对含量。设定所有血清样本检测的蛋白质相对分子质量区间在1500～20000。利用PBSⅡ型蛋白质芯片阅读仪对IMAC3芯片进行检测,所得到的蛋白质以波谱的形式表示。采用BiomarkerWizard软件对2组血清在相同质荷比的蛋白质含量数据进行方差分析,将分析所得到的含量有显著性差异(P<0.05)的蛋白质建立数据库,导入BiomarkerPattern智能统计分析软件,选择相应条件,对其进行分组统计,从而得到能够正确分组的特异性蛋白标志物并构建大肠癌肝转移的诊断模型。采用酶联免疫法检测相同血清标本中的CEA水平,与构建的诊断模型在大肠癌肝转移诊断中作比较。结果:①44例大肠癌患者与36例大肠癌肝转移患者的血清蛋白质在质荷比为2685.64～11813间有16个蛋白质含量有显著差异。②大肠癌组在质荷比为5909处的蛋白质的相对含量高于大肠癌肝转移组[(30.1±9.6)%,(14.5±10.4)%,P≤0.01]。③其中44例大肠癌患者中有38例患者被正确分组,36例大肠癌肝转移患者被正确识别,准确率为92.5%(74/80),灵敏度和特异性分别为100%(36/36),86.4%(38/44)。结论:表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术快速、准确、灵敏度、特异性高,通过蛋白芯片仪发现的特异性相关蛋白,有望成为大肠癌肝转移诊断中有应用价值的临床检测指标。

表面增强激光解析电离化飞行时间质谱技术在儿科疾病中的应用进展

人类基因组计划全基因组测序的完成标志着后基因组时代的到来，蛋白质组学成为当前研究热点。在质谱（mass spectrometry，MS）基础上发展起来的表面增强激光解析电离化飞行时间质谱 （ surface enhanced laser desorption/ioni zation time of flight mass spectrometry, SELDI-TOF-MS）是一种全新的蛋白质组学研究技术平台。它弥补了二维电泳对低丰度、低溶解度、极端等电点值、极大（相对分子质量〉200×10^3）和极小（相对分子质量〈10×10^3）等蛋白质分离的不足，

SELDI-TOF-MS技术在结直肠腺瘤血清蛋白质指纹图谱筛查模型建立中的应用

目的应用表面增强激光解吸/离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术建立结直肠腺瘤(CRA)患者血清蛋白质指纹图谱筛查模型。方法随机选取CRA 42例、结直肠良性疾病(CBD)36例及正常人(HC)44例的血清标本组成建模组,应用SELDI-TOF-MS检测其蛋白质指纹谱,采用Biomarker Wizard及Biomarker Patterns软件分析建模组中各类人群血清中的差异蛋白后,建立CRA筛查最优分类树模型;另随机抽取血清标本70例(CRA及CBD各20例、HC 30例)组成测试组,盲法验证该模型对CRA的筛查效能。结果成功建立了结直肠腺瘤筛查分类树模型。测试模式下,该模型的诊断准确率87.70%、灵敏度71.43%、总特异度96.25%、阳性预测值90.91%。盲法验证该模型诊断准确率88.57%,灵敏度60.0%,总特异度100.0%,阳性预测值100.0%。结论应用SELDI-TOF-MS技术成功建立了CRA筛查模型,该模型敏感性与特异性较高。

应用SELDI-TOF-MS技术建立鼻咽癌诊断中的血清蛋白质指纹图谱模型

目的:检测鼻咽癌、耳鼻部良性疾病和正常人血清中蛋白质指纹图谱,筛选特异的蛋白质标志物,构建用于鼻咽癌诊断的分类树模型.方法:采用CM10芯片及SELDI-TOF-MS技术对30例鼻咽癌患者及24例对照组血清样本进行蛋白质指纹图谱检测分析,所得到的结果采用Biomarker Wizard和Biomarker Patterns System软件分析并建立用于鼻咽癌诊断的分类树模型,并用其余10例鼻咽癌患者和12例对照组标本进行双盲验证.同时用酶联免疫法(ELISA)检测两组的血清EB病毒VCA-IgA抗体,将诊断模型的判定结果通过与血清EB病毒VCA-IgA抗体检测结果相对比验证其对于临床的应用价值.结果:从两组血清中筛选出Mr为8559,15 115,15 836,15 937,16 089的5个差别有统计学意义(P<0.05)的标志蛋白,所建立的诊断模型对鼻咽癌诊断的准确率、灵敏度和特异度分别为98.1%(53/54),96.7%(29/30)和100%(24/24).双盲验证后的准确率、灵敏度和特异度分别86.4%(19/22),80.0%(8/10),和91.7%(11/12).灵敏度优于血清EB病毒VCA-IgA抗体检测对鼻咽癌的判定结果.结论:运用SELDI-TOF-MS技术可以筛选出鼻咽癌的相关标志蛋白,建立了高灵敏度和特异度的诊断模型,对鼻咽癌临床早期诊断方法的建立具有潜在意义.

霍奇金淋巴瘤化疗前后血清蛋白指纹图谱的变化

目的:探讨霍奇金淋巴瘤(Hodgkin lymphoma,HL)患者化疗前后血清蛋白指纹图谱变化,以寻找与其疗效有关的血清蛋白生物标记。方法:应用表面增强激光解析离子飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)检测18例初诊和16例化疗后HL患者血清,并取21例正常对照的血清,用CM10蛋白芯片获得血清蛋白表达指纹图谱,用Biomark-er Wizard3.1软件对检测数据进行统计学分析。结果:化疗前后HL患者差异表达31个蛋白质M/Z,其中有25个蛋白质在化疗后HL血清高表达,有6个蛋白质低表达;化疗后HL和正常对照存在3个没有统计差异的蛋白质。结论:应用SELDI-TOF-MS可筛选HL患者血清中的标志蛋白,可为HL患者诊断、分期、多药耐药性检测、疗效判断以及早期复发预测等方面提供客观有用的信息。

宫颈癌患者血清蛋白指纹图谱的检测及其意义

背景与目的:目前针对宫颈癌没有特异性的肿瘤标志物。表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)是最新应用的一项检测肿瘤标志物的技术。本研究应用SELDI-TOF-MS检测宫颈癌患者血清蛋白指纹图谱,筛选候选肿瘤标志物并建立诊断模型,初步探讨其在宫颈癌早期诊断中的价值。方法:取91例早期宫颈鳞癌患者和15例宫颈上皮内瘤变Ⅲ级(cervical intraepithelialneoplasia,CINⅢ)患者的血清标本进行实验,同时用55名健康人血清作为对照。用弱阳离子交换芯片(weak cation exchange,WCX2)检测各血清标本获得血清蛋白指纹图谱。用Biomarker Patterns软件分析宫颈癌差异蛋白并建立诊断模型。通过盲法分析进一步验证诊断模型的可靠性,并对结果进行统计学分析。结果:在分子量1.5～20ku范围内,共检测到122个蛋白峰,其中19个差异峰有统计学意义(P<0.001)。建立了由分子量为3977和5807的两个差异蛋白组成的宫颈癌诊断模型,其敏感性为97.29%(36/37),特异性为83.78%(31/37)。扩大样本盲法验证结果,其敏感性为94.44%(51/54),特异性为94.44%(17/18)。结论:由3977和5807两个差异蛋白组成的宫颈癌诊断模型有助于区分宫颈癌和健康人群。

新疆汉族、维吾尔族及哈萨克族食管癌血清蛋白质指纹图谱

目的:探讨新疆主要民族之间食管癌患者血清蛋白质指纹图谱的差异.方法:用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)检测43例汉族、43例维吾尔族及41例哈萨克族食管癌血清蛋白质指纹图谱,所得结果用ZUCI-PDAS软件分析处理,筛选血清差异性蛋白质.结果:同民族间的血清蛋白质指纹图谱存在明显差异.汉族组与维吾尔族组中质荷比为4310.0109,8713.0142,7993.0223的3个蛋白质峰差异具有统计学意义(P<0.05);汉族组与哈萨克族食管癌组中质荷比为4310.0184,8167.9277,8158.1117,13789.4864,8067.7056,4611.9098,7993.4422,16146.8706的8个蛋白质峰差异具有统计学意义(P<0.05);维吾尔族组与哈萨克族组中质荷比分别为9161.7944,4611.6342,6649.6163,4979.3807的4个蛋白质峰差异具有统计学意义(P<0.05);质荷比4310.0109的蛋白峰在汉族组中呈低表达,而在维吾尔族组和哈萨克族组中均呈高表达.在维吾尔族组和哈萨克族组之间该蛋白峰未见到有差异.结论:汉族、维吾尔族及哈萨克族食管癌患者之间血清蛋白质指纹图谱的差异具有统计学意义,在新疆地区建立不同民族食管癌患者血清蛋白质指纹图谱疾病诊断模型有一定的临床意义.

类风湿关节炎患者血清蛋白质指纹图谱检测及其临床意义

目的初步探讨基于判别分析建立的血清蛋白质指纹图谱模型在类风湿关节炎(RA)诊断中的临床意义。方法用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术及配套蛋白质芯片检测60例RA患者和31例健康人的血清蛋白质指纹图谱,并采用SPSS12.0软件判别分析处理数据和筛选标志物,以建立诊断模型。结果质荷比(m/z)为3 975 Da,6 433 Da和15 129 Da的3个蛋白质峰组合构建的诊断模型鉴别RA患者和健康人的敏感性为80.0%(48/60),特异性为80.6%(25/31)。结论血清蛋白质指纹图谱在筛选RA患者血清中特异性蛋白标志物及其诊断方面具有一定价值。

类风湿关节炎患者血清蛋白质指纹图谱分析

目的用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测类风湿关节炎(RA)患者血清蛋白质指纹图谱,初步探讨筛选差异性蛋白建立的诊断模型对RA的诊断和治疗的意义。方法用SELDI-TOF-MS技术及CM10蛋白质芯片检测12例RA患者甲氨碟呤(MTX)治疗前后和12例非RA患者的血清蛋白质指纹图谱,经分析处理数据和筛选标志物,建立诊断模型。用此模型同时盲法检测RA和非RA患者各40例。结果有5个蛋白质峰(4198、4159、4221、4654和4238m/z)组合构建的诊断模型鉴别RA和非RA疾病的敏感性为91.7%(11/12),特异性为83.3%(10/12)。扩大样本盲法验证结果,其敏感性为87.5%(35/40),特异性为92.5%(37/40)。3个蛋白质峰(4071、5579和9246m/z)组合的模型最能反映RA患者MTX治疗前后血清蛋白质的差异,其敏感性和特异性均为91.7%(11/12)。结论建立的血清蛋白质指纹图谱诊断模型对RA的筛查、早期诊断及疗效监测有一定价值,应进一步深入研究。

血清蛋白指纹图与大肠癌预后诊断

目的:研究从不同病程的大肠癌患者血清蛋白指纹图谱中筛选出的特征蛋白质组,以期对大肠癌患者进行预后判断以及帮助制定个体化的医疗措施.方法:用高通量高灵敏的表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)检测大肠癌组(45例)、术后预后良好组(术后无复发和无转移14例)、术后预后不良组(术后复发或转移13例)、肠道良性疾病组(24例)和健康人群组(155例)的血清蛋白指纹图谱,利用Biomarker Wizard软件进行差异蛋白质筛选,人工神经网络技术建立大肠癌的诊断模型和预后模型,并检验模型的诊断效率.结果:筛选出7个表达有明显差异的标志蛋白质(P<0.01),其相对分子质量为4955Da、5325Da、5890Da、6615Da、7739Da、8109Da、8575Da.利用这7个标志蛋白质建立人工神经网络大肠癌的诊断模型,再利用相对分子质量为4955Da、5325Da、5890Da、6615Da、7739Da的5个差异蛋白建立人工神经网络大肠癌的预后模型.其中诊断模型对大肠癌的诊断灵敏度和特异度分别为82.22%和80.45%,阴性预测值94.74%,阳性预测值51.39%,准确度为80.80%.预后模型对大肠癌术后复发或转移的诊断符合率为62.96%.结论:从SELDI-TOF-MS血清蛋白指纹图谱中找到了大肠癌不同病程时期的标志蛋白质组,并建立了大肠癌的分类树模型.

滋阴清热方对阴虚内热证型系统性红斑狼疮患者外周血单—核细胞蛋白表达谱的影响

目的:观察滋阴清热方对SLE阴虚内热证患者外周血单一核细胞(PBMC)蛋白表达谱的影响。方法:用滋阴清热含药血清与阴虚内热型SLE患者的PBMC共孵育,用表面增强激光解析电离-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)检测检测孵育后PBMC蛋白表达谱。结果:滋阴清热含药血清和空白对照比较,3个蛋白峰表达有统计学差异;滋阴清热含药血清和大鼠空白血清比较,1个蛋白峰表达有统计学差异。结论:滋阴清热含药血清对阴虚内热证型系统性红斑狼疮患者外周血单一核细胞蛋白表达谱的具有影响,SELDI-TOF-MS是寻找SLE患者PBMC表达差异蛋白的有效方法,结果对SLE研究具有积极意义。

SELDI技术筛选肺癌患者血清标志蛋白的临床价值

目的探讨表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术筛选肺癌患者血清标志蛋白的临床价值。方法用SELDI-TOF-MS技术、弱阳离子交换蛋白芯片,检测肺癌和肺良性病变患者的血清蛋白质质谱图;用Biomarker Pattern软件分析肺癌差异蛋白并初建其诊断模型,通过盲筛验证诊断模型。结果发现有统计学差异的蛋白峰20个,其中肺癌患者血清高表达蛋白质波峰14个,低表达蛋白质波峰6个;用质荷比2 090.77、2 503.31 Da的差异蛋白峰建立分类树模型,其诊断肺癌的灵敏度88%,特异度95%;盲筛验证灵敏度90%,特异度100%,粗符合率93.33%,Youden指数0.9。结论SELDI-TOF-MS技术筛选的肺癌血清差异性蛋白及分类树模型,诊断肺癌的灵敏度高、特异性好。

基于ACO-SVM的质谱数据分析

生物信息学应用领域存在高维小样本和内部空间疏散的特性,因而数据分析面临着巨大的挑战。基于此,在蚁群算法的搜索过程中将特征的信噪比作为先验信息,结合支撑向量用于筛选血清蛋白相关生物标记物,实验结果表明,该方法建立的癌症诊断模型取得了较好的分类性能测试仿真结果,敏感度和特异度分别达到94%和92.4%。

单耐利福平结核分枝杆菌株早中期培养滤液蛋白质／多肽谱分析

目的对比分析单耐利福平（RFP）结核分枝杆菌株与敏感结核分枝杆菌株早中期培养滤液蛋白质／多肽谱的差异，以寻找检测RFP耐药的检测标志物。方法利用表面增强激光解析电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术对结核分枝杆菌参考株（ATCC27294）、10株单耐RFP结核分枝杆菌株的Middlebrook 7H9液体培养第7天和第14天培养滤液进行蛋白质／多肽谱分析。结果与Middlebrook7H9培养液蛋白质／多肽谱相比．结核分枝杆菌参考株、单耐RFP结核分枝杆菌株的第7、14天培养滤液中分别存在144、152、131和140种差异蛋白质／多肽；与结核分枝杆菌参考株的第7、14天培养滤液相比，单耐RFP结核分枝杆菌株的第7、14天培养滤液中分别存在39、72种差异蛋白质／多肽；与结核分枝杆菌参考株、单耐RFP结核分枝杆菌株的第7天培养滤液相比，其各自第14天培养滤液中分别存在82、64种差异蛋白质／多肽。结论RFP耐药分枝杆菌株的早中期培养滤液中存在与敏感分枝杆菌早中期培养滤液中相异的蛋白质／多肽，有望从中筛选到RFP耐药的检测标志物。

应用SELDI技术建立甲状腺癌辨证分型的血清蛋白质组学诊断模型

目的：探讨甲状腺癌不同证型间的血清蛋白表达质谱的差异并构建诊断模型.方法：应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术分别检测19例肝郁气滞型和21痰瘀互结型甲状腺癌的血清蛋白质指纹图谱,筛选出两组间特异性表达差异蛋白,并结合生物信息学方法建立诊断模型.结果：在2000～ 20000Da范围内共检测到86个蛋白质峰,其中22个蛋白质峰在两组之间表达有显著性差异（P＜0.01）,17个蛋白质峰在肝都气滞组中高表达,5个蛋白质峰在痰瘀互结组中高表达,BPS判别分析选出M/Z为4099.85、9418.17的2个蛋白质峰构建两组间血清差异蛋白决策树分类诊断模型.结论：初步建立了甲状腺癌的中医辨证模式——血清蛋白质指纹图谱,也为中医证候实质的研究探讨新的方法和途径.

SELDI-TOF-MS血清蛋白指纹分析诊断食管癌的系统评价

目的系统评价表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)检测血清蛋白组对食管癌的诊断效率。方法通过计算机检索Pubmed、Higwire等数据库和手工检索相关期刊全面检索当前使用SEL-DI-TOF-MS诊断食管癌的文献,并使用QUADAS工具对纳入的文献进行质量评价,采用MetaDisc1.4软件进行Meta分析,综合评价灵敏度、特异度、似然比、诊断优势比和综合接受者工作特征(SROC)曲线下面积(AUC)、Q*指数等指标。结果共检索到11个文献研究符合纳入标准,累积样本含量1350例。Meta分析结果显示,综合灵敏度为90.00%、特异度84.11%、阳性似然比5.09、阴性似然比0.14、诊断优势比39.17。SROC曲线分析,AUC=0.9160,Q*=0.8488。结论 SELDI-TOF-MS检测血清蛋白组对诊断食管癌具有较高的临床应用价值。