西藏牦牛群体遗传多样性及遗传结构分析

采集西藏地区5个牦牛类群(西藏高山牦牛,类乌齐牦牛,帕里牦牛,斯布牦牛,娘亚牦牛)共49头牦牛的血样,利用全基因组重测序技术对其遗传多样性及遗传结构进行了分析,以期为西藏牦牛遗传资源的保护、开发和利用提供参考。SNP变异检测结果表明,经过滤后得到7655923个SNP位点;群体遗传多样性分析发现,西藏地区不同牦牛群体之间的基因杂合度差异并不显著,且均存在不同程度的杂合度下降现象,类乌齐牦牛的观测杂合度最高,为0.3364;群体结构分析发现,5个牦牛类群之间存在基因交流现象。说明目前西藏牦牛各群体整体存在遗传多样性下降的潜在风险,需要进一步加强群体保种工作,以确保不同品种资源的多样性得到有效保护。

西藏牦牛包虫病的诊断与防控措施分析研究

西藏是我国重要的畜牧业区域,牦牛是该地区重要的畜牧动物之一,然而,牦牛包虫病的流行严重危害了当地畜牧业的健康发展和人民的生命健康。随着畜牧业的发展和人类活动的增加,牦牛包虫病的流行趋势日益加剧,给当地经济社会发展和居民生活带来了巨大的危害。开展西藏牦牛包虫病的诊断与防控研究具有重要的理论和实践意义,本文旨在系统分析西藏牦牛包虫病的病原学特点、诊断方法和防控措施,为科学有效地预防和控制该疾病提供理论支持和技术指导。

西藏牦牛巴氏杆菌病的流行特点及防治方法

西藏是我国的主要牧区,牦牛养殖是当地牧民的主要经济来源。牦牛巴氏杆菌病是具有急性和热性特点的传染病,其较高的致死率不仅会威胁牦牛的健康生长和生命安全,还会给牧民带来严重的经济损失,阻碍当地牦牛养殖业的发展。分析了牦牛巴氏杆菌病的流行特点、临床症状和病理变化,提出了牦牛巴氏杆菌病的防治措施,以期为解决牦牛疫病防治问题提供参考。

西藏牦牛标准化养殖建议及措施

西藏地区独特的地理环境和气候条件使得牦牛养殖成为当地畜牧业的主要支柱之一。然而,由于传统养殖模式的限制和环境压力的增大,牦牛养殖业面临着一系列挑战,如粮草不足、草场退化、疾病蔓延等。为了提高牦牛养殖效益,推动畜牧业的可持续发展,有必要制定科学的标准化养殖建议和实施措施。本文将从饲养管理、环境保护、健康监测等方面提出一系列标准化养殖的建议,并深入探讨这些措施对提升西藏牦牛养殖业可持续性的重要性。

西藏牦牛粪便大肠杆菌毒力特性、耐药性与Ⅰ类整合子分子特征相关性分析

【目的】牦牛作为西藏自治区人畜共患及多重耐药病原体的重要宿主之一,在养殖过程中滥用抗菌药物是导致牦牛多重耐药发展及传播的主要原因。本研究旨在对西藏牦牛源大肠杆菌菌株毒力特性、耐药性、整合酶、生物被膜表型的相关性进行分析。【方法】在西藏拉萨、林芝、那曲养殖户采集200份牦牛腹泻样品,利用细菌学方法使用麦康凯培养基和伊红-美蓝培养基分离纯化大肠杆菌,用16S rDNA通用引物对疑似大肠杆菌进行PCR扩增及测序,所获序列用NCBI数据库进行BLAST比对。对大肠杆菌进行7类16种抗菌药物敏感性试验,选择致病性关系密切的4类10种毒力基因,以及20个常见耐药基因和2个Ⅰ类整合子进行PCR检测,采用改良半定量结晶紫染色法确定分离大肠杆菌生物被膜表型并进行相关性分析。【结果】共分离鉴定出91株牦牛源大肠杆菌,对7类16种抗菌药物的纸片扩散试验结果表明,大肠杆菌对克林霉素耐药性最强(87.91%),存在多重耐药现象且最多出现13耐。在毒力基因检测中,STEC、ETEC、EPEC、NTEC 4类毒力基因均有阳性存在,其中F 17毒力基因占59.34%(54/91),stx 1毒力基因占49.45%(45/91)。在22种耐药基因分析中,bla TEM基因在分离菌株中占主导地位;其次为tetA和sul 1基因;在Ⅰ类整合子中,intⅠ1和intⅠ2整合酶基因检出率分别为29.67%(27/91)和1.10%(1/91)。细菌在恶劣环境中生存的主要机制之一是生物被膜形成,在91株大肠杆菌中有48.35%(44/91)表现为弱黏附能力。当大肠杆菌STEC、ETEC检测率高时,耐药基因、Ⅰ类整合子生物被膜检测率也较高,二者呈正相关。【结论】91株西藏牦牛源大肠杆菌毒力基因丰富,耐药基因呈多样化并与Ⅰ类整合子和生物被膜的形成具有一定的相关性。试验结果为牦牛源大肠杆菌耐药机制研究和抗菌药物的合理使用提供了理论依据。

西藏牦牛腹泻病原菌的分离鉴定

为掌握引起西藏牦牛腹泻的主要细菌性病原,从西藏拉萨、林芝、山南等地区采集牦牛腹泻粪便样品进行细菌分离鉴定,分离出大肠杆菌328株、屎肠球菌61株、沙门氏菌17株、产气荚膜梭菌9株、粪肠球菌6株、芽孢杆菌3株。大肠杆菌、屎肠球菌和沙门氏菌在西藏牦牛腹泻症中最常见,产气荚膜梭菌数量也相对较多,应引起重视,为西藏牦牛腹泻症的防控和治疗提供参考依据。

西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化

通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。

西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树。结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1 140bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系。

西藏牦牛mtDNA COⅢ全序列测定及系统进化关系

【目的】探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据。【方法】对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类。【结果】①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基。4种核苷酸的平均比例分别为29.2%(T)、29.4%(C)、26.1%(A)和15.2%(G),有一定的偏倚性。②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378—0.844。表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性。③在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92%,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77%。碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15%、4.62%、29.61%和54.61%。④从mtDNA COⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛(PL)系、巴青牦牛(BQ)系、斯布牦牛(SB)系。【结论】西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(牦牛属,Poephagus)的观点。

西藏牦牛线粒体DNA的遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛类群的遗传多样性、亲缘关系,本研究测定了日多牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、错那牦牛、隆子牦牛、仲巴牦牛、聂荣牦牛、申札牦牛等8个西藏牦牛类群共328头牦牛mt DNA D-loop区序列,分析其多态性,构建系统进化树。结果表明:本次测定的西藏牦牛mt DNA D-loop区序列长度为887-895 bp,共检测到135个变异位点,其中单态突变位点52个,简约信息位点83个。在328个个体中共检测出91种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(π)分别为0.884、0.010 27,显示西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。8个类群间平均遗传距离为0.011;日多牦牛与错那牦牛间遗传距离最小(0.006);类乌齐牦牛与隆子牦牛间遗传距离最大(0.015)。系统进化分析显示西藏牦牛可分为两大类,错那牦牛是较纯的牦牛类群,其它牦牛类群在进化过程中出现相互交流的情况。

西藏牦牛微卫星DNA的遗传多样性

为了解西藏牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,文章选用8对微卫星标记引物,利用PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率(P)、有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和遗传距离(D),对西藏11个牦牛类群共480个个体进行了遗传多样性和系统进化分析。结果表明:(1)8个微卫星标记在西藏牦牛类群中均表现出多态性,且均属高度多态位点,遗传多样性丰富;(2)8个微卫星标记的平均多态信息含量在西藏牦牛类群中均高于0.5,其中HEL13最高为0.8496,TGLA57最低为0.7349;在11个牦牛类群中,桑日牦牛的平均多态信息含量最高(0.7949),该群体内部存在较多的遗传变异;丁青牦牛最低(0.7505),则群体相对较纯;(3)在11个牦牛类群中,其杂合度大小分别为:桑日(0.8193)>江达(0.8190)>桑桑(0.8157)>巴青(0.8150)>康布(0.8123)>嘉黎(0.8087)>工布江达(0.8054)>斯布(0.8041)>类乌齐(0.8033)>帕里(0.8031)>丁青(0.7831),西藏东部牦牛的遗传多样性较西部的遗传多样性大,预示西藏东部可能是牦牛的发源地之一;(4)根据遗传距离,用UPGMA法构建聚类关系,表明西藏11个牦牛类群可以分为三大类,即嘉黎牦牛、帕里牦牛、桑桑牦牛、巴青牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛聚为一类,斯布牦牛、工布江达牦牛、桑日额牛、江达牦牛聚为一类,丁青牦牛单独成为一类。综上所述,西藏牦牛的遗传多样性较丰富,所选微卫星标记可用于西藏牦牛遗传多样性的评估。

西藏牦牛的遗传多样性及其系统进化研究

通过测定西藏11个牦牛类群的mtDNA D-loop区、cytb基因、COⅢ基因的核苷酸序列以及分析核基因组的RAPD多样性,研究了西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系和系统进化关系.结果表明:①西藏牦牛具有丰富的遗传多样性,且具有西藏东部地区的牦牛类群遗传多样性相对较高,而西部的牦牛类群遗传多样性相对较低的趋势,显示西藏东部地区可能是家牦牛的起源地之一.西藏牦牛的这些遗传多样性是西藏牦牛业持续发展和牦牛适应外界环境变化的物质基础,也是将来培育牦牛新品种或品系的重要基因资源,应加以妥善保护并进行合理开发利用.②西藏牦牛可分为两大类,有2个母系起源.③牦牛与美洲野牛的亲缘关系比与普通牛的近,作者认为将牦牛(家牦牛和野牦牛)划分为牛亚科中一个独立属——牦牛属(Poephagus)比将牦牛作为牛属中的一个亚属或一个种更合适.

西藏牦牛大肠杆菌对常用抗菌药物的耐药性分析

采用细菌学方法对西藏拉萨当雄、林芝、日喀则、阿里、那曲、昌都等6个地区牦牛大肠杆菌疑似病例粪样中分离鉴定大肠杆菌后,采用WHO推荐的K-B纸片法对西藏6个不同地区的11种菌株对15种抗菌药物的敏感性。结果显示,这些菌株对15种药物产生了不同程度的耐药。其中对头孢唑啉、氨苄西林、多西环素、头孢氨苄、呋喃妥因、新霉素的耐药率较高,其中对头孢唑啉耐药率为100%,对后5种药的耐药率也高达90.9%,对四环素和链霉素的耐药率达81.8%,对阿米卡星、阿莫西林和庆大霉素的耐药率分别为72.7%和63.4%、对卡那霉素耐药程度较低,达36.3%。;但耐药菌株对氧氟沙星、氟罗沙星、诺氟沙星等药物的敏感性较高,达90.9%~100%,由此可见,西藏牦牛大肠杆菌分离株的多重耐药现象较严重。

西藏牦牛大肠埃希氏菌的分离鉴定与毒力测定

从自然病死的西藏牦牛的心、肝、脾、肾、淋巴结与血液病料中分离到128株疑似大肠杆菌,鉴定结果表明,有32株为大肠埃希氏菌,其中的10株菌有致病性;在这10株中3株毒力较强,为产毒性大肠埃希氏菌,致病率达90%以上,其余7株中等毒力,致病率达50%。首次鉴定出牦牛大肠杆菌血清型有18种:O142,O148,O158,O26,O43,O159,O39,O108,O91,O21,O14,O13,O36,O88,O24,O18,O68和O25。3株毒力较强菌株的血清型鉴定结果表明,1号菌株为O148,O142,O158混合型;2号菌株为O26,O148,O142,O158混合型;30号菌株为O26,O148混合型。

西藏牦牛的RAPD遗传多样性及其分类研究

为了解西藏地区牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,本研究从33个RAPD多态性引物中筛选出8个条带清晰且多态性丰富的引物对西藏地区的巴青牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、江达牦牛、康布牦牛、桑桑牦牛、嘉黎牦牛、帕里牦牛、斯布牦牛等11个类群的核基因组DNA进行了RAPD分析,并用Nei氏标准距离和UPGMA聚类法分析了类群间的亲缘关系。结果表明:(1)西藏牦牛类群的遗传多样性指数变异范围在0.185 7～0.405 3之间,其中帕里牦牛最小(0.185 7),说明相对较纯,群体较整齐;而工布江达牦牛最大(0.405 3),显示该群体内部具有较多的遗传变异。(2)在11个类群中,其遗传多样性指数大小分别为:工布江达牦牛(0.405 3)>江达牦牛(0.353 6)>斯布牦牛(0.344 8)>康布牦牛(0.342 8)>嘉黎牦牛(0.332 3)>桑日牦牛(0.282 3)>巴青牦牛(0.279 3)>桑桑牦牛(0.269 8)>丁青牦牛(0.259 7)>类乌齐牦牛(0.224 1)>帕里牦牛(0.185 7),具有西藏东部牦牛类群遗传多样性相对较高,而西部牦牛类群遗传多样性相对较低的趋势,预示着西藏东部可能是牦牛的起源地之一。(3)遗传距离构建的分子聚类关系图表明:西藏11个牦牛类群可分为2大类,帕里牦牛(PL)为一类,其余10个牦牛类群为另一类。综上所述,西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性,品种或种群内的遗传分化显著,这是西藏牦牛业持续发展和牦牛适应外界环境的遗传基础,是将来培养牦牛新品种或品系的重要基因资源;西藏牦牛品种可分为2大类群。

西藏牦牛ADD1基因第2外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP和DNA测序方法对帕里牦牛、工布江达牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛、桑日牦牛、巴青牦牛、江达牦牛、斯布牦牛、嘉黎牦牛、桑桑牦牛、丁青牦牛等西藏11个牦牛类群共483头牦牛的ADD1基因(被认为是极可能影响肉质的候选基因)第2外显子序列进行遗传多态性分析。结果表明,66 bp处碱基T缺失和256 bp处A→G突变,共有AA、AB、BB 3种基因型;其中帕里牦牛只有AA基因型,江达牦牛只有AB基因型,康布牦牛、嘉黎牦牛、巴青牦牛、桑日牦牛、斯布牦牛均缺少BB基因型,丁青牦牛、类乌齐牦牛缺少AB型,均存在严重偏态;桑桑牦牛、工布江达牦牛中存在AA、AB、BB 3种基因型。除江达牦牛外,其它10个牦牛类群中AA为优势基因型,A基因为优势等位基因,分布较高。除帕里牦牛、巴青牦牛外,其它9个牦牛类群均处于中度多态(0.25<PIC<0.50),遗传变异较大。

西藏牦牛SRAP遗传多样性及分类进化研究

用4对SRAP分子标记引物对西藏11个牦牛类群和四川麦洼牦牛的DNA进行扩增,研究其遗传多样性和分类关系。结果表明,在335头牦牛中,共得到29个基因位点,其中有19个多态位点,多态率占65.52%。12个牦牛群体间的Nei's遗传多样性和Shannon多样性指数分别为0.048 2和0.073 4,遗传相似系数在0.781 1-0.989 1。巴青牦牛和康布牦牛的遗传多样性指数较其他类群高,分别为0.095 5和0.090 0;桑日牦牛类群的遗传多样性指数最低,仅为0.008 5。这些结果表明,12个牦牛类群的SRAP遗传多样性较低。根据Nei's遗传距离,利用UPGMAM构建聚类关系图结果显示,嘉黎牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、桑桑牦牛、康布牦牛、巴青牦牛、丁青牦牛、斯布牦牛和麦洼牦牛聚为一大类,然后依次才与桑日牦牛、工布江达牦牛和江达牦牛相聚在一起,显示在SRAP分子遗传标记所反映的牦牛基因组的遗传结构中,江达牦牛、工布江达牦牛和桑日牦牛与其他牦牛群体间的亲缘关系较远,牦牛的这种亲缘关系与其地理分布也不一致,说明这12个牦牛的起源、演化关系较复杂,有待于进一步研究分析。

西藏牦牛和黑白花奶牛生长激素基因AluⅠ多态性的比较研究

利用聚合酶链式反应 (PCR)技术 ,测定了西藏牦牛和黑白花奶牛生长激素基因的AluⅠ RFLP (限制性内切酶片段长度多态性 ) ,并比较了2牛群的基因频率。在西藏牦牛和黑白花奶牛中 ,等位基因A的频率分别为 0 935和 0 90 5 ,等位基因B的频率分别为 0 0 65和 0 0 65 ,卡方检验差异不显著 (P >0 0 5)。

西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。

西藏牦牛mtDNA ND5遗传多样性及系统进化分析

为了解西藏牦牛的遗传多样性和群体分化情况,本研究测定了西藏15个牦牛类群的mtDNA ND5基因序列,分析其遗传多样性、亲缘关系及分类。结果表明：①西藏牦牛mtDNA ND5全序列长度在1821～1823 bp,无内含子,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为32.9%、10.6%、27.5%、29.0%,存在一定的碱基组成偏倚性。②共发现变异位点36个,其中15个单态突变位点,13个简约信息位点;存在碱基缺失、插入、转换和颠换等,插入或缺失位点8个,T/C转换较多,G/C颠换较少。③西藏牦牛mtDNA ND5共有23种单倍型,平均单倍型数（H）、平均单倍型多样性（Hd）、平均核苷酸多样性（Pi）分别为3.4667、0.5100和0.00102,表明西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。④西藏牦牛mtDNA ND5基因共含20种氨基酸,其中缬氨酸最多,占10.37%,组氨酸最少,仅为1.11%。⑤在西藏牦牛的聚类分析中,仲巴牦牛、桑桑牦牛、斯布牦牛、错那牦牛、日多牦牛、嘉里牦牛、工布江达牦牛、康布牦牛、江达牦牛、桑日牦牛、丁青牦牛、聂荣牦牛、帕里牦牛首先聚为一大类,再依次与隆子牦牛和类乌齐牦牛相聚。