影响RNA芯片探针杂交效率的因素分析

RNA芯片作为研究ncRNA的主要技术之一,已受到广泛关注。然而因RNA芯片中靶序列的单链特征,使得RNA芯片的探针设计比DNA复杂。本研究对加强型绿色荧光蛋白(EGFP)RNA序列进行覆瓦式探针设计,制作了RNA原位合成芯片,研究探针/靶序列杂交双链ΔG和Tm、靶序列二级结构以及探针的末端碱基对RNA芯片杂交信号强度的影响。结果表明,探针/靶序列杂交双链ΔG和Tm相同的探针间的杂交信号存在较大差异,探针/靶序列杂交双链ΔG和Tm与RNA芯片杂交信号之间未发现明显的规律性;靶序列二级结构的探针PT-sc参数与芯片杂交信号强度间呈较好的线性关系;探针5’末端碱基组成对芯片杂交信号强度也有影响,5’末端碱基为G/C的探针杂交信号总体上高于其邻近的5’末端碱基为A/T的探针的杂交信号,为RNA芯片的探针筛选提供一定的理论基础。