紫杉醇酰化酶多基因家族成员克隆时的引物设计与PCR参数优化

紫杉醇酰化酶多基因家族是催化红豆杉紫杉醇合成过程中的各酰化酶基因的总和.该基因家族的不同成员之间具有很高的保守性,本实验以该基因家族中的紫杉烷2α-O-苯甲酰转运酶(TBT)基因克隆为例,从引物设计与PCR参数优化角度,总结了针对类似高保守性多基因家族的基因克隆的经验,表明分别在保守性极高部位设计第一次扩增引物及在保守性极低部位设计巢式引物,并采用touchdow n PCR程序及高效能的T aq DNA聚合酶是成功的关键.

猕猴桃6个LOX基因家族成员实时定量PCR引物特异性的检测与应用

从基因家族成员的视角开展基因表达研究是阐明基因功能的重要组成内容,实时定量PCR(QPCR)技术是分析基因表达的有效手段.以猕猴桃脂氧合酶(LOX)基因家族6个成员为对象,分析了引物特异性的检测方法.该方法整合了熔点曲线分析、琼脂糖电泳、交叉PCR扩增和PCR产物测序等分析手段,有效消除其它成员的交叉扩增干扰,为利用QPCR检测基因家族成员表达提供了特异、准确与可行的途径.

多发性骨髓瘤细胞中一个表达上调基因的克隆与分析

根据GenBank收录的多发性骨髓瘤细胞株 (ARH 77)表达上调ESTAF4 2 5 30 0设计引物 ,运用RT PCR检测了 5例多发性骨髓瘤患者及 4例正常人骨髓细胞中该EST的表达水平 .Northern印迹杂交分析该EST在多种组织中的表达 .进一步利用该EST作探针 ,筛选ARH 77cDNA文库 ,获得全长cDNA克隆 ,对该序列进行了分析 .结果显示 ,该EST在多发性骨髓瘤患者骨髓细胞中亦有较高的表达 ,而在正常人骨髓细胞中低表达 .经测序证实 ,该cDNA全长为 4 5 2bp(GenBank收录号 :AF4 87338) .预测其编码一个 5 7个氨基酸的小分子量蛋白质 ,属于与DNA复制有关的解旋酶 引物酶基因家族的新成员 .该基因在多发性骨髓瘤细胞中表达上调 。

家族性胆固醇结石患者肝组织HMGCR和SCP_2mRNA的表达

目的:研究家族遗传性胆囊胆固醇结石患者、非家族遗传性胆囊胆固醇结石患者和非胆固醇结石患者肝组织HMGCoA还原酶(HMGCR)、固醇携带蛋白2(SCP2)基因mRNA的表达情况,进而明确二者在胆石形成中的作用.方法:选取2003-08/2004-08天津市南开医院外科住院病例90例,均取得患者及家属知情同意,其中家族遗传性胆囊胆固醇结石患者28例,非家族遗传性胆囊胆固醇结石患者30例,非胆固醇结石患者32例,术中肝活检,行肝组织总RNA提取,逆转录反应合成cDNA,设计引物,进行聚合酶链反应(PCR)扩增HMGCR和SCP2基因的目的片段,检测肝组织mRNA的表达水平的不同.结果:家族遗传性和非家族遗传性胆固醇结石组HMGCR,SCP2mRNA表达水平较非胆固醇结石组升高;其中HMG(:RmRNA表达在家族遗侉}生胆固醇结石组为1.9269±0.2134,非家族遗传性组为1.9791±0.2524,二者均高于非胆固醇结石组0.7730±0.1530,差异有显著性(P<0.05);SCP2mRNA表达在家族遗传性胆固醇结石组为0.8908±0.1649,非家族遗传性组为0.7503±0.1004,二者均高于非胆固醇结石组0.5205±0.1900,差异有显著性(P<0.05);家族遗传性胆固醇结石SCP2mRNA表达水平较非家族遗传性胆固醇结石组升高,差异有显著性(P<0.05),而HMGCRmRNA在家族遗传性和非家族遗传性胆固醇结石组两组间无统计学差别.结论:胆囊胆固醇结石患者肝组织HMGCR,SCP2mRNA表达水平升高是胆囊胆固醇结石形成的重要原因.

北方汉族寻常型银屑病与HLA-DRB1及DQB1等位基因相关性研究

目的:探讨HLA-DRB1及DQB1等位基因与北方汉族寻常型银屑病相关性。方法:利用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)分型技术,对63例寻常型银屑病患者和102例健康人的HIA-DRB!及DQB1等位基因进行检测。结果:(1)HLA-DRB1*070x、DRB1*1001及DOB`*020x等位基因与北方汉族寻常型银屑病呈正相关(P分别为0.001,0.005,0.009);HLA-DRB1*120x等位基因与北方汉族寻常型银屑病呈负相关(P=0.007)。(2)HLA-DRB1*070x及DQB1*020x等位基因仅与家族史阳性的早发型(Ⅰ型)银屑病发病相关(P<0.001)。(3)HLA-DRBq*1001等位基因频率在Ⅰ型及无家族史的晚发型(Ⅱ型)银屑病均显著性增高(P<0.05)。结论:(1)HLA-DRB1*070x、DRB1*1001及DQB1*020x等位基因可能是北方汉族寻常型银屑病的易感基因或与易感基因相连锁;HLA-DRB1*120x等位基因可能是阻止北方汉族人发生银屑病的保护基因。(2)Ⅰ型及Ⅱ型银屑病的遗传背景存在差异。

小麦反转录转座子家族鉴定及其转录活性分析

根据反转录转座子的反转录酶(reverse transcriptase, RT)区域序列特征, 研究了小麦基因组中反转录转座子家族构成及其进化关系. 根据反转录转座子RT保守序列设计引物, 通过RTPCR从接种白粉病菌的小麦品系Pm97034的cDNA中扩增了一批RT片段. 对51个随机克隆(RT1～51)的测序结果表明: 它们之间具有高度异质性, 核苷酸的同源性在75.4%～97.9%. 结合已报道的7个小麦反转录转座子家族(family 1～7)的代表序列, 构建了系统发育树, 发现3个新的家族, 分别命名为family 8, family 9和family 10. 其中, family 8是发生Pooideae亚族分化之前, 是一类古老的反转录转座子家族. 另外, family 4和family 7这2个家族中某些成员具有转录活性, 并以高拷贝的形式存在于小麦及其近缘属的基因组中.