家蚕核多角体病毒解链酶基因的克隆及部分序列分析

家蚕核多角体病毒解链酶基因的克隆及部分序列分析张志芳，张颖，吕鸿声，吴祥甫（中国科学院上海生物化学研究所上海２０００３１）关键词家蚕核多角体病毒（ＢｍＮＰＶ），解链酶基因，限制性内切酶谱家蚕核多角体病毒（ＢｍＮＰＶ）是杆状病毒Ａ亚组单粒包埋型的代表种...

偶氮苯调控DNA解链的机理研究

采用半经典动力学模拟的方法研究了偶氮苯、2-甲基偶氮苯及2,6-二甲基偶氮苯3种分子的光致异构化反应,上述3种偶氮分子结构由反式变为顺式的时间顺序是偶氮苯2-甲基偶氮苯2,6-二甲基偶氮苯,说明光致异构化反应的活化能顺序是偶氮苯2-甲基偶氮苯2,6-二甲基偶氮苯。这就意味着2,6-二甲基偶氮苯发生光致异构化反应必须吸收足够高能量形成活化分子,从而克服过渡态能垒。较高的能量状态决定了分子在过渡态的热力学稳定性降低,因此反式的2,6-二甲基偶氮苯在过渡态更容易失活,形成顺式异构体。模拟结果解释了2,6-二甲基偶氮苯对DNA解链过程调控效率最高的实验现象。

基于BP神经网络的DNA解链温度预测模型

在DNA计算中,为了确保计算过程的可靠性,要求编码信息的DNA序列必须具有相似的热力学稳定性。解链温度是目前评价DNA序列热力学稳定性的一个主要的参数,目前,生物工程中常用的各种预测方法都存在某些序列的误差偏大的缺点,因此难以满足像DNA计算这种大量DNA序列进行各种生化反应的计算过程的要求。论文以DNA序列的邻近法参数为基础,建立了一个基于BP神经网络的解链温度的预测模型。计算结果表明,DNA序列的解链温度的误差可以达到±5.5℃的范围。

希特林蛋白缺乏症实时荧光PCR解链曲线快速基因分型的建立与应用

目的建立一种基于实时荧光PCR解链曲线技术的希特林蛋白缺乏症基因的快速分型方法。方法以SLC25A13基因c.851-854delGTAT、c.1638-1660dup23、IVS6+5G>A等常见突变为靶点,设计特异性引物及探针,建立基于实时荧光PCR解链曲线分析的希特林蛋白缺乏症快速基因分型方法;盲法编号后用所建立的方法检测40例已知基因型血斑标本,评价其敏感性与特异性。结果各目标位点的野生型和突变型均有其特异性解链Tm值,解链曲线结果图直观且易于判读;40例标本的检测结果与靶基因型结果相符,即敏感性和特异性均为100%。结论建立了一种希特林蛋白缺乏症靶基因位点快速基因分型方法,简单实用,准确稳定,可作为当前希特林蛋白缺乏症SLC25A13基因常规分子诊断及人群分子筛查的适用方法。

招远市5例异常血红蛋白的解链及纯化

①目的 对发现于招远市的异常血红蛋白(Hb)进行分子结构的研究。②方法 取异常Hb血样,以生理盐水洗去血浆蛋白质,再以蒸馏水处理压积红细胞以溶血,溶血液以-20℃的酸性丙酮处理提取珠蛋白,用尿素将珠蛋白解链,再经柱层析分离及纯化异常链。③结果 经羧甲基纤维素及交联葡聚糖层析分离及纯化得到异常α或β链,用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS—PAGE)检查纯度,这些异常α或β链均为一条电泳带。④结论 纯化的异常α或β链均电泳纯净。

DNA解链荧光分析法

外来毒物在体内产生致畸、致突变、致癌作用时,首先引起DNA发生改变。因此对DNA损伤的检测已成为评价药物、食品添加剂、环境中化合物毒性的重要内容之一。Ahnstrom等(1973)和Kohn等(1973)先后提出以双股DNA在碱性溶液中解链的速率来检测DNA链断裂的程度。

用分维理论研究B－DNA共聚物中氢键的解链温度

利用分形和分维理论研究ＤＮＡ的复制机理并计算ＢＤＮＡ共聚物中氢键的解链温度。所得结果与美国物理学家Ｐｒｏｈｏｆｓｋｙ用平均场自洽声子近似方法计算结果基本相符，并接近实验观测值。

SPM阻留DNA片段解链状态的分析

用ＳＰＭ法分离基因ＣｐＧ岛的实验所获大量阻留片段中，含有很多非ＣｐＧ岛的序列，包括Ａｌｕ重复序列。为了进一步改进ＳＰＭ方法，最大限度驱除非ＣｐＧ岛的影响，对所有ＳＰＭ阻留的ＤＮＡ片段进行热力学及其电泳行为分析。结果显示，所有ＤＮＡ片段均呈现不同形式的部分解链状态，有的ＤＮＡ片段有２个以上的解链区域；根据各解链区域解链温度差异的大小，有的在ＤＮＡ片段的两侧部分解链、有的在片段的中央部分解链，有的既有中间又有两侧的部分解链，而且ＣｐＧ岛的最高解链温度区与非ＣｐＧ岛有明显差异。若能利用这些ＤＮＡ片段解链上的差异，改变实验条件，使ＤＮＡ片段之间的差异充分显示，就能显著提高ＳＰＭ的效率。

双链DNA解链温度的最小二乘支持向量机预测方法

在DNA计算中,为了确保计算结果的精度和可靠性,要求每个进行编码的DNA分子具有相同或者近似的热力学性质,解链温度Tm是评价DNA分子的热力学稳定性的一个重要的参数。以DNA序列的邻近法参数为基础,应用最小二乘支持向量机(LSSVM)的方法对解链温度进行预测。结果表明,DNA序列的解链温度误差可以达到±5℃的范围。

盐浓度对纳米金颗粒表面DNA解链温度的影响

对比了盐浓度对固定在纳米金颗粒表面的和溶液中的DNA解链温度的影响.结果显示,在这两种体系中,解链温度对钠离子浓度的对数值都呈现线性关系,并且在实验误差范围内,直线的斜率相同.

中小企业联保贷款模式之困及化圈解链之策

中小企业联保贷款模式在很大程度上解决了中小企业的贷款难问题,也降低了银行的贷款风险,但其机制设计将诸多企业如连环扣一般嵌于一条"互保链"上,容易因担保链断裂而引发多米诺骨牌效应。本文结合福建省长乐市的实际,针对中小企业联保贷款模式发展现状和机制设计之困,提出由当地政府及行业协会出资协调、增强银行同业间的沟通合作、将融资方式由圈式融资转变为链式融资等风险控制策略。

DNA解链分析法的原理及应用

ＤＮＡ解链分析法是测定ＤＮＡ在碱性条件下变性解链后，双链ＤＮＡ含量的方法，它可用于判断ＤＮＡ的损伤程度。运用该技术测定了Ｈ２Ｏ２对ＬＬＣ－ＰＫ１细胞ＤＮＡ的损伤。结果：对照组双链ＤＮＡ的含量为８５．４％，Ｈ２Ｏ２组双链ＤＮＡ的含量为３４．８％；氯离子通道阻断剂ＮＰＰＢ、ＤＰＣ和甘氨酸，可使受损的ＤＮＡ得到保护，双链ＤＮＡ的含量分别是６６．０％、６０．３％、５７．８％。

酸性条件下的DNA构象变化加速DNA变性解链

调控DNA的变性解链过程是DNA扩增与检测的关键步骤。对于传统的热循环DNA扩增策略,由于变温过程中热量分布不均一以及变温速度慢等不利因素,会直接影响DNA变性解链过程,从而降低DNA检测放大的效果、延长检测的时长。因此,探索快速、高效的调控DNA变性解链的方法具有重要的研究意义。本文发展了以胞嘧啶在酸性条件下的质子化反应为基础,通过改变溶液的pH值,来诱导DNA构象在Watson-Crick(WC)碱基对与Hoogsteen(HG)碱基对之间的分子构象转换,从而实现精准、快速、高效的DNA变性解链调控目标。结果表明,相较于传统的温控方法,pH调控方法能显著提高DNA变性的速率约6倍以上。本文发现pH调控方法通过降低双链DNA的反应焓约160 kJ/mol,从而提高双链DNA变性速率和效率。该方法具有用于DNA信号放大与检测等相关应用的潜力。

科学家揭开新型DNA修复解链酶的结构及其相关功能

据Matthew J.Comstock 2015年4月17日[Science,2015,248（6232）：352-354.]报道,美国伊利诺伊大学的研究者利用两种创新性的实验技术首次观察到了DNA修复特殊关键蛋白的结构及其相关功能,相关研究或可为解析生物学机制提供新的思路和见解。采用同步荧光显微镜与光学捕获技术结合可以帮助解释对DNA修复关键的蛋白的结构和功能之间的诸多问题。研究人员观察了解链酶Uvr D的功能-结构的关系,其是在大肠杆菌中发现的一种蛋白质,

DNA解链温度(Tm)不同预测方法的比较

目的寻找最优的DNA解链温度(Tm)预测方法。方法使用12种Tm值预测方法计算来自文献中348个实测数据的Tm值,将每种方法预测值与实验标准值的差值进行四分位法作图,并计算各方法残差平方和的自然对数,排序后比较12种预测方法的优劣。结果使用最邻近法并结合SantaLucia 1998热力学参数表和Schildkraut1965盐浓度校正公式所预测的Tm值最接近实测数据。结论最邻近法是最准确的Tm值预测方法,而且当PCR引物的GC含量越接近于50%时,其预测准确率越高。

基于GRNN人工神经网络的寡核苷酸解链温度预测

解链温度预测在引物和探针设计中具有重要的作用,本研究以384条寡核苷酸的解链温度数据为材料,随机分为训练集(279条)和测试集(69条)样本,利用训练集样本对建立的GRNN人工神经网络进行训练;再利用训练好的人工神经网络对测试集样本的解链温度进行预测,发现本研究所建立的GRNN人工神经网络的平均预测误差为2.44±0.98℃,最大误差为5.77℃,说明本研究建立的GRNN人工神经网络具有较好的预测性能,完全可以用于寡核苷酸解链温度的预测。同时比较了GRNN人工神经网络与目前常用的3种邻近法在预测寡核苷酸解链温度上的差异,发现Breslauer(1986)建立的预测方法误差较大,其平均误差为6.81±3.90℃,Santalucia(1996)建立的预测方法次之,平均误差为2.41±1.96℃,Sugimoto(1996)建立的预测方法最准确,其平均误差为1.57±0.96℃,分析了各种预测方法产生误差的原因,为今后开发新的寡核苷酸解链温度预测工具提供了新的思路和方法。

双链DNA解链温度的特征自组织预测方法(英文)

解链温度是目前评价DNA序列热力学稳定性的一个主要的参数,目前,生物工程中常用的各种预测方法都存在某些序列的误差偏大的缺点,因此难以满足像DNA计算这种大量DNA序列进行各种生化反应的计算过程的要求。本文以DNA序列的邻近法参数为基础,根据DNA序列热稳定性特点提出了DNA序列的编码方案,并建立了基于特征自组织网络的解链温度的预测模型。计算结果表明,DNA序列的解链温度的误差可以达到±5℃的范围。

希特林蛋白缺乏症实时荧光PCR解链曲线快速基因分型的建立与应用

目的:探究希特林蛋白缺乏症(CD)快速基因分型的方法。方法:常见突变靶点为SLC25A13基因中的c.851-854delGTAT、c.1638-1660dup23、IVS6+5G>A,根据突变点相应位置设计的PCR扩增引物、荧光标记和淬灭探针,使用双盲法检测40例编号后的已知基因型血斑标本,评估其应用效果。结果:所有干血斑中gDNA样本检测出的结果与靶基因型存在较高的相符度,灵敏度及特异度均为100%。结论:建立实时荧光PCR解链曲线快速基因分型的方法具有较好的应用效果,具有准确性高、简单实用等优势,可将其作为CD中SLC25A13基因常规分子诊断及筛查的方法。

单分子拉伸力实验中DNA解链动力学无序效应的介观统计研究

单分子拉伸力实验对DNA解链动力学的研究发现了拉断力分布的宽尾特征,意味着解链动力学速率的含时涨落,即动力学无序现象.本文立足一维广义朗之万方程,描述在拉伸力作用下大分子体系构象态转变动力学,结合分数高斯噪声和幂律摩擦记忆内核,引入构型涨落的亚扩散特征;借助Kramers速率理论,推导含时反应速率k(t,F)、非单指数衰减残存概率分布S(t,F)以及恒速拉伸力作用下的拉断力分布p(F)等,揭示动力学无序效应;将理论应用于DNA解链的单分子拉伸力实验研究,采用漏斗势能模型,拟合不同恒速拉伸力作用下的拉断力分布曲线,估算体系的本征反应速率和势能面特征参数;与Bell公式,以及基于马尔可夫近似的介观统计理论进行系统比较.结果表明,本文建立的动力学无序理论能很好地拟合实验结果,解释单分子拉伸力作用下DNA解链拉断力分布的宽尾特征,揭示了该动力学无序效应与DNA构型慢涨落亚扩散机制的内在关联.