运用计算机分子对接技术初步探究粮食中玉米赤霉烯酮及其降解产物的雌激素效应

计算机分子对接是模拟受体和底物之间通过能量匹配和几何匹配而相互识别的过程。其被广泛运用于虚拟筛选活性物质以及初步判断分子活性和毒性等领域,并对实体分子活性毒性实验起到了重要的指导作用。本实验是通过利用计算机分子对接软件discovery studio 3.1client,以强雌激素活性的17β雌二醇作为阳性对照,对粮食中的主要毒性物质-玉米赤霉烯酮及其两种降解产物α-玉米赤霉醇、β-玉米赤霉醇的雌激素活性进行初步分析。实验结果表明,玉米赤霉烯酮、α-玉米赤霉醇、β-玉米赤霉醇对于雌激素的两种特异性受体α雌激素受体以及β雌激素受体的结合能量分别为-38.9894kcal/mol、-41.937kcal/mol、-27.6144kcal/mol,软件对接评分分别为:玉米赤霉烯酮113.570和106.956;α-玉米赤霉醇94.0647和72.6476;β-玉米赤霉醇115.28和107.458;计算机对接实验表明,这三种物质均有很强的雌激素活性,并且活性大小为:α-玉米赤霉醇>玉米赤霉烯酮>β-玉米赤霉醇。

计算机分子对接(MD)与分子动力学方法(ADMET)技术在模拟呕吐毒素降解中的应用

计算机分子对接是模拟受体和底物之间通过能量匹配和几何匹配而相互识别的过程。其被广泛运用于虚拟筛选活性物质以及初步判断分子活性和毒性等领域,并对我们进行实体分子活性毒性试验起到了重要的指导作用。分子动力学方法ADMET(吸收,分配,代谢,排泄和毒性)是当代药物设计和药物筛选中十分重要的方法。早期ADMET性质研究主要以人源性或人源化组织功能性蛋白质为"药靶",体外研究技术与计算机模拟等方法相结合,研究目标分子与体内生物物理和生物化学屏障因素间的相互作用。在本实验中我们利用计算机分子对接以ADMET分析软件,对脱氧雪腐镰刀菌烯醇(呕吐毒素)以及其降解产物进行计算机分子模拟分析,初步模拟呕吐毒素及其降解产物的毒性强弱,对呕吐毒素降解研究有重要的辅助作用。

利用计算机模拟分子对接技术探究粮食中黄曲霉毒素的毒理效应

黄曲霉毒素是一类化学结构类似的小分子化合物,均为二氢呋喃香豆素的衍生物,主要存在于土壤、动植物和各种坚果中,是霉菌毒素中毒性最大,对人类健康危害极为突出的一类霉菌毒素,而黄曲霉毒素的毒理机制始终不是很明确。计算机分子对接是模拟受体和底物之间通过能量匹配和几何匹配而相互识别的过程,其被广泛运用于虚拟筛选活性物质以及初步判断分子活性和毒性等领域,并对我们进行实体分子活性毒性试验起到了重要的指导作用。利用计算机分子对接软件Discovery Studio 3.1client,将6种常见黄曲霉毒素分子B1、B2、M1、M2、G1、G2与其具有强亲和性的蛋白进行虚拟对接实验,而这些蛋白在细胞凋亡、激素代谢、免疫抑制以及消化系统功能方面有重要的作用。通过本实验能够初步模拟黄曲霉毒素分子毒性作用位点,对于其毒理机制研究有重要的辅助作用。

血型A抗原模拟肽表位分析

目的:通过计算机辅助的氨基酸定点突变及分子对接研究血型A抗原模拟多肽(EYWYCGMNRTGC)中关键的氨基酸残基。方法:通过在线服务器PEP-FOLD构建丙氨酸突变后多肽的三维结构,通过软件Autodock Vina将多肽与血型A抗体(PDB:1jv5)进行对接,计算亲和力,通过分析亲和力的变化确定模拟多肽中的关键氨基酸残基。结果:肽EYWYCGMNRTGC与1jv5的对接最小自由能为-6.3kcal/mol,其中E1、W3、T10、C12经丙氨酸替换后与1jv5的亲和自由能分别增加为-6.1kcal/mol、-5.4kcal/mol、-6.0kcal/mol、-6.1kcal/mol。结论:血型A抗原模拟肽EYWYCGMNRTGC中的关键氨基酸可能是E1、W3、T10、C12。