中国持久性有机污染物嫌疑物质的计算机辅助筛选研究

按照《关于持久性有机污染物的斯德哥尔摩公约》中持久性有机污染物 ( POPs)的确定标准 ,借鉴荷兰建设规划和环境部开发的持久的生物富集性有毒化学物质 ( PBTs)筛选流程 ,利用计算机辅助工具对《中国现有化学物质名录》最新版中收录的所有2 6 70 7种化学物质进行了初步筛选 ,最后得到 111种 POPs嫌疑物质。对结果的深入讨论表明计算机辅助工具用于持久性有机污染物初步筛选是可行的。

计算机辅助筛选酪氨酸激酶相关蛋白TRP-2 CTL模拟表位

运用多项式方案、量化基序方案等经典的CTL表位筛选方案,初步筛选了酪氨酸激酶相关蛋白TRP-2 CTL表位TRP-2_(180～188)(SVYDFFVWL)的模拟表位,以通过表位改造提高其与HLA-A2.1分子结合的能力,从而提高其免疫原性,根据打分结果,合成了4个得分较高的九肽序列,亲和力实验结果表明所筛选的4个序列较原序列均有较高的亲和力,但对2位的单突变结果较1和2位双突变结果理想,进一步运用分子模拟方法对4个序列与HLA-A2.1分子间的相互作用进行了分子模拟分析,分子模拟结果较好地解释了上述实验现象,从而为进一步的结构改造提供了理论依据,本研究提供了一个合理高效的模拟表位筛选方法。

化学专业绘图软件ISIS/Draw2.5在计算机辅助筛选牛蒡子苷元结合蛋白中的应用

ISIS/Draw2.5是一款功能强大的化学专业绘图软件,文章介绍了ISIS/Draw2.5的功能和特点,并通过其在计算机辅助筛选牛蒡子苷元结合蛋白中的应用,介绍了ISIS/Draw 2.5的使用技巧。

计算机辅助筛选核酸适配体技术

计算机信息技术已经渗透到我们生活的方方面面,不仅可以辅助药物的筛选,也能够模拟药物的作用。目前已有研究使用计算机辅助技术筛选适配体,对筛选效率的提升和筛选高亲和力的适配体有着重要的指导作用。文中将主要对计算机通过序列评估、结构分析、分子对接3个方面辅助适配体筛选的方法进行综述。

基于虚拟筛选技术的药物化学创新性实验设计

计算机辅助虚拟筛选是药物分子设计领域的一项重要技术,已被广泛应用到新药研发早期先导化合物发现过程中。基于上述背景,在药物化学实验中,为了提高制药工程专业学生对天然产物构效关系的理解,开设了消渴丸中活性成分虚拟筛选的实验项目。学生通过上机操作分子对接软件,针对特定靶标,学习从有活性的混合成分中虚拟筛选先导化合物的方法,并且能够从微观可视化的角度,深刻理解药物结构和活性靶点间形状匹配、相互作用匹配才能发挥作用。在虚拟实验计算结果分析中,学生通过查阅文献,进一步探讨计算结果与实验研究的关联性。本实验使学生能够意识到传统的中草药是药物研发的巨大资源,进而培养学生在新药开发中科学的思维能力和分析解决问题的能力。

生物制药应融合五大新技术

与计算机技术融合 在药物分子设计、分子结构优化等方面，应用计算机分子模拟技术和理论化学计算方法研究药物的作用机理，进而采用计算机辅助药物设计方法设计新的高效、低毒药物分子，极大地提高了科研速度与成功率．在有效化学成分的发现过程中，应用计算机辅助筛选新技术、已知结构模拟技术、立体结构对接技术、分子量能量计算、分子相互作用力预测等手段，寻找能与特定药物作用靶点有效结合的分子结构作为研究对象，使科研工作的针对性大大提高。

Visual C++和Fortran的混合编程——CASAC软件Windows版的研制

计算机辅助筛选生物活性化合物软件 (Computer—AidedScreeningbioActiveCompounds ,简称CASAC)是在本实验室开发的用于研究分子结构和生物活性关系的软件。它最早是在DOS系统下开发的 ,目前研制这个软件的Windows版本。所用到的两个编程工具是FortranPowerStation和VisualC ++。通过Fortran和C ++的混合编程 ,本文讲述如何用FortranPowerStation生成动态连接库 ,VisualC