论证候基因组研究中的海量数据生物信息问题

在新世纪科学、人类基因组、生物信息学大背景下,中医证候基因组的研究已起步,在运用基因芯片等新技术中,产生了海量数据,如仅仅一个肾阳虚家系的基因表达谱芯片和证候症状已有近40万个原始数据,用初步的信息融合观考虑也会有61种计算的角度。生物信息学的发展,将会为我们证候基因组研究不断提供数学方法;功能基因组的进步,开始为中医证候研究奠定了一个新的平台。前面的探索告诉我们证候基因组研究虽是艰巨,但仍是可行的,其中复杂问题,海量数据,也是可以逐步解决的。

创建“中医证候基因组学”的可行性

近年,由四川3所知名高校所组成的课题组向中医药界提出了创建'中医证候基因组学'的严肃命题.

证候基因组学和证候蛋白质组学浅论

基于基因组学及蛋白质组学等新学科的发展,论证了证候基因组学、证候蛋白质组学的概念、研究意义、研究内容与目标,分析和讨论了其研究难点及解决措施,概述了该领域的研究进展。

冠心病血瘀证相关基因b13的筛查和临床验证

目的:筛查冠心病血瘀证病证结合证候相关基因。方法:临床区组选择符合诊断标准的冠心病血瘀证、冠心病非血瘀证、非冠心病血瘀证患者和正常健康者共40人,运用外周血mRNA差异显示获得差异条带、反向Northern法阳性验证、克隆测序,并进行生物信息学分析和临床验证。结果:得到的28条真实差异基因片段序列,与人类基因数据库中比对分析,获得的b13与人类基因淋巴细胞活化因子1有100%的同源性,在冠心病血瘀证组显著表达。结论:差异基因b13通过T淋巴细胞的活化,引起免疫反应,导致进一步内皮损伤,刺激内皮细胞表达细胞因子、趋化因子及细胞黏附分子,促进炎性细胞黏附及脂质沉积,参与了内皮损伤和动脉硬化的形成。与冠心病血瘀证的病理改变密切相关。

证候-基因组研究六难及对策

"证候-基因组"研究实施8年来,在取得一系列成绩的同时,也出现许多亟待解决的问题。笔者根据研究心得归纳出样本细化难、采样难、海量数据分析难、中医证与西医病结合难、中医证候理论与基因功能对接难及证候-基因组学应用难6大难题,并提出建立中医证的特征基因数据库、结合已知基因功能阐释证的可能机制,实现中医证候理论现代化;加快未知基因的研究,占领基因功能注释新领地等可能应对的策略。

应用差异显示筛查冠心病血瘀证相关基因及分析

目的探讨冠心病血瘀证证候基因组学研究方法。方法临床选择冠心病血瘀证患者,采用外周血mRNA差异显示结合反向Northern法,筛查病证结合证候相关基因,并进行临床验证。结果差显出现95条差异条带,经反向Northern后得到28条真实差异片段,经克隆、测序,去除相同序列,通过生物信息学分析,其中有5条与人类98%以上同源的基因序列,经相关文献资料和临床验证结果分析,它们与冠心病血瘀证病理改变密切相关。结论差异显示结合反向Northern和临床验证的方法,适用于筛查病证结合证候基因的研究。