人类白细胞抗原G基因5’上游调控区多态性与慢性丙型病毒性肝炎病毒载量的关系

目的探讨人类白细胞抗原G(HLA-G)基因5’上游调控区(URR)多态性与慢性丙型病毒性肝炎(简称丙型肝炎)病毒(HCV)载量的相关性。方法回顾性分析2015年4—12月在大连市公共卫生临床中心(原大连市第六人民医院)住院并确诊为慢性丙型肝炎的195例患者的临床资料。收集患者血样并提取基因组DNA和病毒核酸,采用聚合酶链式反应扩增HLA-G 5’-URR,然后使用基因测序技术检测患者HLA-G 5’-URR的16个多态性位点,采用定量PCR方法测定患者血清HCV病毒载量,分析HLA-G基因5’-URR基因多态性与HCV病毒载量的关系。结果195例慢性HCV感染者HLA-G基因5’-URR的16个多态性位点中,-762C>T、-725C>G>T、-716T>G、-689A>G、-666G>T、-633G>A、insG540、-509C>G、-486A>C、-443G>A、-400G>A、-398A>G、-201G>A和-56C>T 14个位点不同基因型患者的HCV病毒载量差异无统计学意义(P>0.05),而-477C>G、-369C>A 2个位点不同基因型患者的HCV病毒载量差异有统计学意义(P<0.05)。两两比较结果显示,-477C>G位点CG基因型的HCV病毒载量高于GG基因型(P<0.05),-369C>A位点AC基因型的病毒载量高于AA基因型(P<0.05)。结论HLA-G基因5’-URR-477C>G位点CG基因型的HCV病毒载量高于GG基因型,-369C>A位点AC基因型的HCV病毒载量高于AA基因型,可能与HLA-G的表达水平改变有关。

BRE-AS启动子负调控区变异与启动子活性、母猪繁殖力的关系

[目的]本试验旨在研究BRE反义lncRNA(BRE antisense lncRNA,BRE-AS)基因启动子负调控区(PNRR)序列特征,以及变异位点多态性与母猪繁殖性状、启动子活性的关系。[方法]采用DNA测序法获得大白猪BRE-AS基因PNRR序列;利用池DNA测序筛选大白猪BRE-AS基因PNRR上的变异位点,DNA测序法进行基因分型;利用GLM模型进行变异位点多态性、单倍型与母猪繁殖性状的关联分析;利用荧光素酶报告系统分析变异对BRE-AS基因启动子活性的影响。[结果]大白猪BRE-AS基因的PNRR位于-952~-161 nt,长度792 bp。在大白猪BRE-AS基因PNRR的-794和-756 nt处发现了2个变异位点,分别将其命名为g.-794T>G和g.-756A>C。在大白猪群体中BRE-AS基因g.-794T>G位点有3种基因型,其中TT型为优势基因型(0.752),T为优势等位基因(0.863);在g.-756A>C位点有3种基因型,其中AA型为优势基因型(0.759),A为优势等位基因(0.868);2个变异位点形成3种合并基因型,其中TT/AA型为优势基因型(0.760),T-A为优势单倍型(0.869)。关联分析发现2个位点及其合并基因型均与母猪总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和健仔数(NSP)等3个繁殖性状间显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)关联。荧光素酶活性分析发现G-C单倍型启动子活性极显著高于T-A单倍型(P<0.01)。[结论]BRE-AS是大白猪繁殖性状的候选基因,其PNRR上2个变异位点(g.-794T>G和g.-756A>C)通过影响启动子活性影响其母猪繁殖力。

ADRB2基因调控区多态性对SABA治疗儿童哮喘急性发作疗效的影响

目的探究ADRB2基因调控区多态性对短效β2受体激动剂(SABA)治疗儿童哮喘急性发作疗效的影响。方法选取2016年10月-2020年10月就诊于中国人民解放军北部战区总医院的急性轻中度发作且接受SABA治疗7 d的支气管哮喘患儿127例,检测其基因型分布,比较不同基因型患儿治疗后肺功能指标的改善情况和疗效,并考察基因多态性高阶交互作用对疗效的影响。结果127例患儿中,rs2895795位点TT、TA、AA型分别有80、44、3例,rs11168070位点CC、CG、GG型分别有93、32、2例,rs12654778位点GG、GA、AA型分别有41、64、22例,均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。治疗后,rs2895795位点TA型患儿的最高呼气流量占预计值百分比(PEF%pred)、用力呼气75%肺活量时的瞬间流量占预计值百分比(FEF75%pred)改善率均显著低于TT型(P<0.05);rs11168070位点CG型患儿的PEF%pred、FEF75%pred改善率均显著低于CC型(P<0.05);rs12654778位点GA、AA型患儿的PEF%pred改善率均显著低于GG型(P<0.05)。各位点不同基因型患儿治疗前后呼出气一氧化氮差值比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。rs2895795位点TT型患儿的显效比例是TA+AA型患儿的2.358倍(P<0.05),ADRB2基因多态性高阶交互作用对哮喘患儿的疗效没有明显影响(P>0.05)。结论支气管哮喘患儿ADRB2基因调控区多态性与SABA用于哮喘患儿急性发作的疗效相关,rs2895795、rs11168070、rs12654778位点野生型患儿的肺功能改善更明显,且rs2895795位点TT型患儿接受SABA治疗的效果更好。

猪肌肉生长抑制素基因 5′调控区T→A突变与生长性状的关系分析

生长速度是猪育种中选择的主要目标性状之一 ,鉴定影响生长速度的QTL或基因具有重要的实践意义和理论价值。对猪肌肉生长抑制素基因 (myostatin ,MSTN) 5′调控区TA突变与生长性状的关系进行了分析。突变所产生的基因型的判定采用PCR RFLP方法进行。猪生长性状的测定指标包括 6 0日龄体重 (bodyweightat 6 0d ,BW6 0 )、前期平均日增重 (averagedailygainofstageone ,ADG1)、后期平均日增重 (averagedailygainofstagetwo ,ADG2 )和全期平均日增重 (averagedailygainofwholestage ,ADG) ,所采用的记录数分别来自 16 5 ,2 76 ,2 75和 2 75头无亲缘关系个体。采用SAS软件包的GLM程序对MSTN基因型与猪生长性状的关系进行分析。结果表明 ,MSTN基因型对猪BW6 0 ,ADG1和ADG2的效应不显著 (P >0 1) ,对ADG2的效应在剔除基因型与品种的互作效应以后几乎达到显著水平(P =0 0 5 2 2 ) ,突变等位基因的携带者 (基因型为TA)

绵羊GDF9基因mRNA、DNA和调控区序列克隆及其在11个品种中遗传多态性检测

本研究旨在克隆绵羊生长分化因子9（Growth differentiation factor 9,GDF9）基因mRNA、DNA和调控区全序列,并检测其在11个绵羊品种中的遗传多态性,探究GDF9基因与绵羊多羔性状的关系。首先应用RACE和PCR技术克隆GDF9基因全长序列,其次利用SNaPshot分型技术检测11个绵羊品种GDF9基因遗传多态性。结果显示,克隆获得GDF9基因mRNA全长1 852bp（GenBank序列号：KR063137）,编码区两侧翼分别具有5′-UTR58bp（1~58nt）和3′-UTR 432bp（1 421~1 852nt）。进一步克隆获得长为2 898bp的DNA序列和2 304bp的调控区序列,分析发现调控区序列比数据库序列（NC_019462.1）多两个长片段。序列比对发现了已知突变G260A（G1）和调控区新突变-2078C〉G。分型结果显示,11个绵羊品种均不含FecGE、FecGH、FecGT、FecGF、FecGV突变,而G260A和-2078C〉G广泛存在于除草原型藏羊外的各绵羊品种中,G260A表现3种基因型（AA、BB和AB）,首次在小尾寒羊和山谷型藏羊中检测到BB型突变纯合子。-2078C〉G也存在3种基因型,基因型结果表明该位点与G260A完全连锁。关联分析结果显示,小尾寒羊AB型产羔数显著高于AA型（P〈0.05）。本研究完善了绵羊GDF9mRNA、DNA和调控区全长序列,为进一步研究GDF9基因功能奠定了基础。同时在不同绵羊品种中发现了G260A和-2078C〉G突变,其中G260A作为潜在的有效遗传标记可用于提高绵羊的产羔数。

猪肌肉生长抑制素基因5′-调控区的突变与生产性能的相关分析

生长性状是猪育种中选择的主要目标性状之一。研究影响生长速度的基因或QTL具有重要的实践意义和理论价值。运用PCR-SSCP技术对猪肌肉生长抑制素基因(myostatin)5′-调控区的突变与部分生产性能(初生重和断奶重)的关系进行了分析。结果表明:MSTN基因型对初生重影响显著,对断奶重影响不显著。

中国汉族个体HLA-A、-B基因全长序列的测定及调控区多态性

文章利用20个中国汉族个体样本建立了稳定精确的HLA-A、-B基因全长序列的克隆测序方法,获得HLA-A 10个等位基因4.2 kb序列,HLA-B 6个等位基因3.7 kb序列,序列涵盖了两个基因的所有外显子、所有内含子、5′启动子区以及3′非翻译区(3′UTR)。A*1153是文章发现的一个新等位基因,B*151101的内含子序列、5个HLA-A以及2个HLA-B等位基因的5′启动子序列和3′UTR序列为国际上首次报道,其他等位基因均延伸了IMGT/HLA数据库中释放的全长序列。文章首次在中国汉族个体中测定了IMGT/HLA数据库中没有覆盖的HLA-A、-B基因的上游5′启动子以及下游3′UTR区域的多态性模式。HLA-A基因5′启动子延伸区域共发现26个SNPs和一处3 bp(AAA/-)的插入/缺失,3′UTR延伸区域共发现14个SNPs;HLA-B基因5′启动子延伸区域共发现5个SNPs和一处1 bp(T/-)的插入/缺失,3′UTR延伸区域共发现8个SNPs。通过对两个基因的5′启动子、外显子以及3′UTR的系统发育树分析,发现两个基因调控区与外显子的进化关系有所不同,HLA-A基因除A*24020101外,其他等位基因两端调控区与外显子连锁比较紧密,HLA-B基因两端调控区与外显子之间则发生了较为频繁的重组事件。

VIPR-1基因5′调控区多态位点与鸡就巢性的关联分析

本研究旨在探索血管活性肠肽I型受体(Vasoacitve intestinal peptide type I receptor,VIPR-1)基因5′调控区(-496～-1bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据。采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5′调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5′调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析。结果,VIPR-1基因5′调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18～43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P<0.05),A-94G位点对18～54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P<0.05);构建的单倍型对18～54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P<0.01)。最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P<0.01)。结果表明,VIPR-1基因5′调控区(-496～-1bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选。

鹅肌肉生长抑制素基因5′-调控区序列特征和组织表达分析

根据鸡的Myostatin基因序列设计引物,从鹅的基因组DNA中扩增到了Myostatin基因的5′-调控区,克隆并测序后获得了1.3 kb片段序列。与其他物种的序列比较发现,鹅Myostatin基因的该调控序列与鸭同源性为94.8%,与鸡同源性为69.2%,而与小鼠仅为14.3%。通过生物信息学方法,分析确定了其启动子和转录起始位点,发现在转录起始位点上游-34 bp处存在1个TATA盒,-77 bp处存在1个CAAT盒。还发现在该片段中包含5个E框、2个MEF2结合位点、1个MSX2盒和1个MTATA盒等肌肉特异性转录因子结合位点。采集鹅肝脏、胸肌、腿肌、心脏、肺、肠、肾和脑等8种组织并提取总RNA,用Northern blot方法检测了Myostatin基因mR-NA在8种组织中的表达情况,发现其只在胸肌和腿肌中表达,而在其他几种组织中没有检测到表达信号。

绵羊角蛋白关联蛋白KAP6-1基因5′端调控区的分子克隆及测序结果比较

根据绵羊毛囊角蛋白关联蛋白(KAP 6-1)基因已知DNA序列设计合成了两个特异性引物,以绵羊基因组DNA为模板,PCR扩增出1 042 bp的特异性片段,连接到pM D 19T载体中获得该片段克隆.经过快速提质粒法筛选、限制性内切酶分析表明该克隆包含所需的目的片段.DNA测序结果也证明该克隆片段与原基因5′端调控区序列相比具有很高的一致性.研究结果为今后制备转基因克隆动物,在毛囊细胞中特异性表达绒毛生长调控基因奠定了基础.

鸡生长激素基因5′端部分调控区的克隆分析

利用PCR技术扩增、克隆、测序了7个跨越不同生长速度的鸡品种(系)的生长激素(GH)基因的5′端部分调控区。这7个品种(系)分别为:高生长速度的宝罗肉鸡父本;较高生长速度和一定的产蛋性能的宝罗肉鸡母本;肉蛋兼用型的芦花鸡;中等生长速度和中等体重的蛋鸡品种洛岛红和农大褐;生长速度较慢体重较轻的蛋鸡品种北京白鸡和生长速度很慢但又不是矮小型的地方品种丝毛乌骨鸡。所扩增的片段长度为760bp,包括了转录起始位点5′端侧翼区的473bp、两个可能的TATA框、组织特异性转录因子结合位点、第一个外显子和部分第一内含子。所有克隆的鸡GH基因5′端调控区与Tanaka发表的序列相比,均在-34碱基的位置上缺失一个胞嘧啶C,在+160与+161碱基之间多1个胸腺嘧啶丁,在+175碱基的位置上出现了以腺嘌呤A替换了鸟嘌呤G的情况。7个品种(系)之间的比较显示,鸡GH基因启动区具有极高的保守性,在具有不同生长速度的鸡品种间不存在任何差异。说明鸡的不同生长速度和成年体重,不是由于生长激素5′调控区变异造成的。鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或3′端侧翼序列的影响。

BoLA-DQB基因上游调控区多态性研究

通过PCR扩增和克隆测序,对BoLA DQB 基因上游调控区的多态性进行研究。对BoLA DQB 基因ex on2的14种等位基因上游调控区序列进行同源性比较,结果表明:每个DQB·exon2 等位基因均与2 种DQB URR相连锁,在14种BoLA DQB·exon2等位基因上游共检测到15种DQB URR序列。这些序列中均存在与基因表达调控有关的W box 、X box、Y box、CCAAT box以及类TATA box调控元件,且遵循严格的空间顺序。其中W box 、X box 、Y box及类TATA box是多态的,CCAAT box是保守的,在这些调控元件之间也存在多态座位。这些多态座位的存在有可能对结构基因的表达水平产生影响。

鸡FSH β基因5’调控区单核苷酸多态性分析

促卵泡激素(follicle-stimulating hormone,FSH)是由垂体前叶分泌的糖蛋白类促性腺激素。运用PCR-SSCP法检测鸡FSHβ基因5’调控区的单核苷酸多态性。检测发现该区域存在6个SNP位点,即G-494A,T-470A,A-464G,-450处插入碱基A,A-405G,A-361G。同时分析了SNPs与文昌鸡早期产蛋性能的相关性。结果显示,FSHβ基因调控区SNPs位点与鸡的早期产蛋性能显著相关。

鲢鱼可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)基因cDNA全序列与5′调控区的克隆与分析

淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中具有独特的关键作用,因而也称为微囊藻毒素去毒酶.从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthysmolitrix)肝脏通过简并引物克隆微囊藻毒素去毒酶基因cDNA核心序列,应用5′RACE和3′RACE技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全序列.序列分析结果表明,鲢鱼肝脏微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全长920bp,其中5′-UTR长74bp,3′-UTR长174bp,编码区长672bp,编码223个氨基酸.应用基因组步行法,在鲢鱼克隆得到淡水鱼类微囊藻毒素去毒酶基因5′侧翼区878bp序列.与哺乳动物及海水鱼sGST基因不同,鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因的5′侧翼区,发现存在多个脂多糖反应元件(LPSRE),表明来源于毒藻的脂多糖可能对鲢鱼微囊藻毒素去毒酶基因表达有潜在调控作用.

3个黄牛品种的myostatin 5′调控区多态与生长性状的相关分析

用PCR-RFLPs方法对南阳牛、秦川牛、郏县红牛3个品种共411个个体的myostatin5′调控区的单核苷酸多态性(SNPs)进行分析。结果表明,3个品种在myostatin5′调控区T→A突变以等位基因T为主,仅在郏县红牛中发现1个AA型纯合体,郏县红牛品种显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),其它品种处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。对黄牛myostatin5′调控区T→A突变与南阳牛、秦川牛和郏县红牛生长性状进行相关分析,结果显示,TT型南阳牛6月龄的胸围和胸围指数显著低于TA型个体,TT型南阳牛18月龄的体高显著高于TA型个体(P<0.05),但基因型对秦川牛和郏县红牛生长性状的效应不显著(P>0.05)。提示在南阳牛的育种实践中应该综合考虑南阳牛生长阶段和所要选择的性状。

猪myostatin基因5’调控区的酶切多态性分析

用 PCR- RFLPs分析方法 ,对长白、大白、杜洛克、军牧 号、民猪 5个猪种的 myostatin基因 5’调控区进行了酶切多态性分析。结果表明 ,长白、大白、杜洛克以等位基因 T为主 ,检测的 4 0头军牧 号的等位基因全部是 T,民猪 3种基因型均有 ,且频率近乎相等。统计分析表明 ,3种基因型的分布在长白、大白、杜洛克、军牧 号间差异不显著 ,而民猪同这

中药治疗对β-珠蛋白基因簇位点调控区高敏位点2与核蛋白结合作用的影响

目的 探讨中药益髓生血颗粒调控 β- 珠蛋白mRNA的分子机制。 方法 中药治疗 3个月 ,分别提取正常人和患者治疗前后骨髓有核细胞的核蛋白 ;采用凝胶滞后实验 ,将核蛋白与HS2位点序列探针结合后 ,经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,观察电泳图谱的改变。结果 患者治疗前的核蛋白与探针结合后的电泳速率与正常人存在明显差异 ,而患者治疗后核蛋白与探针结合后与正常人的电泳图谱接近。结论 中药治疗后影响 β- 珠蛋白基因簇位点调控区HS2位点与核蛋白因子GATA 1的结合作用 ,这可能是中药治疗本病的分子机制之一。

鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列的克隆与分析

根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1%、93.0%,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。

中国汉族人群resistin基因5′调控区与2型糖尿病的关系

目的 分析resistin基因 5′调控区单核苷酸多态性 (SNPs)与 2型糖尿病的关系。方法 对 30名 2型糖尿病患者及 30名非糖尿病对照者resistin基因 5′调控区进行测序分析 (所有受试者均为中国汉族人群 )。采用 χ2 检验比较两组间SNPs的差异。结果 共检测出 4个SNPs多态位点 ,分别为g .- 6 38G >A(0 .14 17)、g.- 5 37A >C(0 .0 6 6 7)、g .- 4 2 0C >G(0 .30 83)、g . 35 8G >A(0 .14 17)。统计显示 2型糖尿病患者与对照组之间各SNPs等位基因频率无显著性差异。结论 在中国汉族人群resistin基因 5′调控区多态位点与

PI3KγmRNA 3′非翻译区可能存在基因表达负调控区

为探索人磷脂酰肌醇 3 激酶γ(phosphoinositide 3 kinasePI3Kγ)基因 3′端非翻译区内AU富含区是否在基因表达调控中起作用 ,首先通过生物信息学分析发现在其 3′端非翻译区 (UTR)内存在0 9kb的AU富含区 ,其中包括 4个AU富含元件 ,以及 1个与众多基因非翻译区高度同源的长 130个碱基的区域 .将AU富含区插入报告基因egfp的下游构建pcDNA3 egfp AUR表达载体 .将表达载体转导NIH 3T3,74 0 2及K5 6 2细胞 ,流式细胞检测egfp的表达情况 .PI3Kγ基因 3′非翻译区AU富含区可显著降低egfp的表达 2～ 3倍 (P <0 0 1) .利用放线菌素D阻断RNA转录后 ,Northern印迹分析结果显示egfp AURmRNA较egfpmRNA不稳定 .实验结果提示 ,PI3Kγ基因 3′非翻译区AU富含区内可能存在转录后水平的基因表达负调控区 。