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贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用
1
作者
章祎胤
徐福意
+3 位作者
戚礼兴
李凯
周宇荀
肖君华
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期470-476,共7页
构建系统发生树时,其拓扑结构会在不同的基因组区域产生不一致性。对此问题,贝叶斯一致性分析法(BCA)可在全基因组规模上进行系统发生树分析,并进而对不一致性信息进行量化统计。采用此方法对由C3H/Hu小鼠(Mus musculus)和129Sv小鼠回...
构建系统发生树时,其拓扑结构会在不同的基因组区域产生不一致性。对此问题,贝叶斯一致性分析法(BCA)可在全基因组规模上进行系统发生树分析,并进而对不一致性信息进行量化统计。采用此方法对由C3H/Hu小鼠(Mus musculus)和129Sv小鼠回交多代产生的129S1小鼠进行系统发生树分析,输入相应的一组序列文件,用若干生物信息学软件(如VCFtools,Repeat Masker,PAUP*4.0,Mr Model Test,Mr Bayes等)对其进行屏蔽重复序列、序列比对等处理,辅以Perl语言脚本,最终得到全基因组范围不同区段系统发生树不一致信息。在小鼠10号染色体的所有99个基因座中,支持129S1和129Sv品系小鼠为姐妹关系的拓扑结构占了84.7%(后验概率最高),这证明了C3H/Hu小鼠对129S1小鼠基因组的贡献程度较小。结果表明,贝叶斯一致性分析法有助于基因组不同区段进化历史的研究。
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关键词
贝叶斯一致性分析法
系统发生树
小鼠基因组
原文传递
题名
贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用
1
作者
章祎胤
徐福意
戚礼兴
李凯
周宇荀
肖君华
机构
东华大学化学化工与生物工程学院
出处
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期470-476,共7页
基金
国家自然科学基金项目(No.31171199)
上海市创新行动实验动物研究项目(No.11140900200
+2 种基金
13140900300)
中央高校基本科研业务费专项资金
东华大学"励志计划"项目(No.B201308)
文摘
构建系统发生树时,其拓扑结构会在不同的基因组区域产生不一致性。对此问题,贝叶斯一致性分析法(BCA)可在全基因组规模上进行系统发生树分析,并进而对不一致性信息进行量化统计。采用此方法对由C3H/Hu小鼠(Mus musculus)和129Sv小鼠回交多代产生的129S1小鼠进行系统发生树分析,输入相应的一组序列文件,用若干生物信息学软件(如VCFtools,Repeat Masker,PAUP*4.0,Mr Model Test,Mr Bayes等)对其进行屏蔽重复序列、序列比对等处理,辅以Perl语言脚本,最终得到全基因组范围不同区段系统发生树不一致信息。在小鼠10号染色体的所有99个基因座中,支持129S1和129Sv品系小鼠为姐妹关系的拓扑结构占了84.7%(后验概率最高),这证明了C3H/Hu小鼠对129S1小鼠基因组的贡献程度较小。结果表明,贝叶斯一致性分析法有助于基因组不同区段进化历史的研究。
关键词
贝叶斯一致性分析法
系统发生树
小鼠基因组
Keywords
Bayesian concordance analysis
Phylogenetic analysis
Mouse genome
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用
章祎胤
徐福意
戚礼兴
李凯
周宇荀
肖君华
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
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已选择
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参考文献
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