阿仑膦酸钠治疗骨质疏松模型大鼠机制的串联质量标签蛋白质组学分析

背景:目前关于阿仑膦酸钠治疗骨质疏松症的作用机制及作用靶点,仍需深入研究。目的:探究阿仑膦酸钠调节骨质疏松模型大鼠骨代谢的作用机制,并进行差异表达蛋白生物信息学分析。方法:雌性SD大鼠随机分为模型组、阿仑膦酸钠组、假手术组,每组12只,前两组均采用去卵巢法建立骨质疏松症模型,造模4周后阿仑膦酸钠组大鼠予阿仑膦酸钠灌胃;另外两组予等体积生理盐水。连续灌胃12周后测定胫骨骨密度,采用串联质量标签联合液相色谱-串联质谱法联用技术对大鼠腰椎进行蛋白质组学分析,筛选出差异表达蛋白,并进行基因本体、京都基因和基因组百科全书通路及蛋白相互作用网络分析。结果与结论:①筛选出阿仑膦酸钠组与模型组组间上调/下调差异表达蛋白分别为32个/51个;②基因本体富集分析结果显示,差异表达蛋白主要参与结合、催化活性等分子功能以及细胞过程、代谢过程等生物过程;③京都基因和基因组百科全书富集分析结果显示,阿仑膦酸钠组/模型组组间差异表达蛋白功能主要参与泛酸和辅酶A的生物合成过程;④蛋白相互作用分析结果表明,阿仑膦酸钠组/模型组组间共同差异表达蛋白中Hspa1l、Enpp3、Unc45a、Myh9、Cant1位于蛋白互作网络节点并与骨代谢密切相关;⑤结果显示,阿仑膦酸钠可能通过调控差异表达蛋白及泛酸和辅酶A生物合成过程来调节骨质疏松模型大鼠的骨代谢。

考虑质量标签的多数据源配电网状态估计算法

针对配电网多数据源的现状,在电力系统综合数据平台收集多个异构系统信息的基础上,利用质量标签和决策树理论对量测数据进行综合评价,提出一种实用的配电网状态估计方法。利用配电网数据规律对配电网量测数据进行逻辑判断,结合决策树理论框架建立数据质量评估体系;并对不良数据进行修补以提高状态估计的输入数据质量;利用质量标签修改权重,对加权最小二乘法状态估计算法进行改进,减少不良数据对状态估计结果的影响。某中心供电区域的2个算例表明了该方法的有效性和可行性。

APQN高等教育国际化质量标签(APQL)探索

进入21世纪,人类社会已迈入"全球化"时代。这20年间,高等教育国际化发生了巨大变化,呈现了"初始-依赖-独立"三个阶段性特征。随着高等教育国际化竞争进程不断推进,构建行之有效的高等教育国际化评审指标体系迫在眉睫。自2013年始,亚太地区高等教育质量保障组织(APQN)开始了亚太高等教育国际化标签(APQL)理论与实践探索。文章基于2019年对印度共生国际大学开展APQL的评审过程,概述了高等教育国际化评审指标,分析APQL评审目的、标准、步骤和方法,总结了APQL的4个特点:一是促进亚太地区高等教育国际化进程;二是采用质性评审与定量评审相结合的方法;三是凸显"过程性与产出性评审并重"的评审理念;四是强调"国际化与本土国际化并重"的国际化发展特征。

中英文图片标签质量差异比较研究--以Flickr为例

[目的/意义]探索Flickr中英文图片标签存在的质量差异,有利于更好地利用社会化标签进行信息的组织与检索。[方法/过程]文章以"广义知网知识本体架构线上浏览系统"词库中动物和植物两个大类的中英文词语为基础,在Flickr网站上分别采集中文与英文的图片信息,开发了标签质量测评网站,邀请志愿者对图片网站Flickr的中英文标签进行标签质量打分和标签类型选择,对图片标签类型分布及质量得分进行了统计分析。[结果/结论]调研结果显示中文标签质量略高于英文标签质量,但是中文标签质量分布比较分散,英文标签质量分布相对比较集中。

食品质量认证标签的消费者偏好异质性研究:随机n价拍卖实验的证据

本文在山东青岛等城市选取286个消费者样本,以番茄为拍卖标的物进行随机n价拍卖实验,测度了消费者对食品质量认证标签(有机标签、绿色标签和无公害标签)的支付意愿,进而运用多变量Probit模型分析了影响消费者支付意愿的主要因素。结果表明,消费者对有机番茄和绿色番茄的支付意愿显著高于对常规番茄的支付意愿,但对无公害番茄的支付意愿仅略高于常规番茄。多变量Probit模型分析结果表明,具有不同个体特征的消费者对食品质量认证标签的偏好存在异质性,食品安全风险感知显著影响消费者对认证标签的支付意愿。环境意识可以提高消费者支付意愿,但在绿色和有机两种认证之间并无显著差别。消费者偏好的异质性,既应该是认证食品供应商生产经营决策的关键性基础,也应成为政府认证制度安排与调整完善的重要参考依据。

偏好异质性约束下质量认证标签信任对消费者食品购买行为的影响——以猪肉产品为例

以猪肉产品为例,利用在陕西省西安市调查的392份消费者问卷,通过构建二元Logit模型定量分析了偏好异质性约束下消费者的质量认证标签信任水平对其猪肉购买行为影响的差异。研究发现:79.08%的受访者至少知道绿色食品、有机食品或无公害农产品中的一种,31.63%的受访者购买过通过绿色食品、有机食品或无公害农产品认证的猪肉;消费者对带有绿色食品、有机食品或无公害农产品标签猪肉的质量安全信任水平较高,但对这3种质量认证标签的认知水平有待进一步提高;消费者的猪肉偏好呈现出差异,质量安全偏好型消费者对质量认证标签的质量安全信任水平显著影响质量认证猪肉购买行为,而其他偏好类型消费者对质量认证标签的质量安全信任水平并不显著影响质量认证猪肉购买行为。最后在研究结论基础上提出相关对策建议。

训练样本标签误差对高光谱影像分类影响

在影像尤其是高光谱影像分类中,用于学习训练的标签质量对分类成效影响并未得到充分重视。为此,文章基于PyTorch框架,利用Indian Pines高光谱数据集,探讨了在RF、BP、CNN和SSConvNeXt模型下,光谱特征相似度较高的地物在不同比例人为误标注情况时对分类结果的影响。分析结果认为:同样错误标注情况下,SSConvNeXt和CNN相较RF、BP模型体现出20%以上的分类精度优势;在无人为错误标注、10个错误噪声标签、错误标签占比15%和25%时,SSConvNeXt和CNN模型的分类精度都在96%以上,体现了模型的容错性和稳定性;在相对传统的RF和BP模型中,错误标签对分类影响较大且离散。最后重点分析了SSConvNeXt模型在分类方面的机制优势。该研究可从训练样本角度为遥感影像分类精度问题给予一定的方法选择和定量分析依据。

面向众包数据的特征扩维标签质量提高方法

众包是一个新兴的收集数据集标签的方法。虽然它经济实惠,但面临着数据标签质量无法保证的问题。尤其是当客观原因存在使得众包工作者工作质量较差时,所得的标签会更加不可靠。因此提出一个名为基于特征扩维提高众包质量的方法 (FA-method),其基本思想是,首先由专家标注少部分标签,再利用众包者标注的数据集训练模型,对专家集进行预测,所得结果作为专家数据集新的特征,并利用扩维后的专家集训练模型进行预测,计算每个实例为噪声的可能性以及噪声数量上限来过滤出潜在含噪声标签的数据集,类似地,对过滤后的高质量集再次使用扩维的方法进一步校正噪声。在8个UCI数据集上进行验证的结果表明,和现有的结合噪声识别和校正的众包标签方法相比,所提方法能够在重复标签数量较少或标注质量较低时均取得很好的效果。

一种新型铁路货车车号标签质量状态自动检测方法

针对配备了无源车号标签的列车车辆,提出一种新型自动检测货车车号的方法及系统模型。该模型结构由移动式采集设备和控制中心组成。移动式采集设备通过搭载的射频识别(RFID)阅读器和激光距离传感器自动采集信息数据,并将数据实时上传至控制中心,通过数据分析实现对车辆车号无源电子标签质量状态的全自动检测,对故障标签进行预警提示。最后通过实验证明了所提车号标签质量检测方法的有效性。

有关茶叶食品质量信息标签的问题研究

如今食品质量安全问题已逐渐演化成为一个重大的社会经济热点问题,而生产者与消费者之间的信息不对称是食品安全问题频发的重要原因,在茶叶市场上,卖方出现以次充好的欺诈行为,消费者却难以辨别,其利益极易受到损失。目前我国利用食品质量信息标签来引导消费者正确识别食品质量,通过规范食品质量信息标签可以有效缓解信息不对称问题,进而促进茶叶市场良性发展。本文建议加大对茶叶食品质量信息标签的宣传科普,尤其是农产品认证、可追溯标识等新型标签,同时政府应规范和监督各类信息标签认证流程,完善可追溯体系建设。

谁来保证高等教育质量保障机构的质量?——亚太地区教育质量保障注册制(APQR)的实践探索

教育质量保障机构(QAA)对高等教育质量起着不可替代的作用,QAA的质量也成为关注的重点。继欧洲高等教育质量保障注册制(EQAR)之后,亚太地区教育质量保障注册制(APQR)成为世界第二家对质量保障机构实施注册制的国际性质量保障组织。本文回溯APQR产生的背景及历程,随后从评审标准、评审程序两方面对APQR的实施展开描述,最后总结了首次评审的三个特点。

一种融合个性化与多样性的人物标签推荐方法

针对人物标签推荐中多样性及推荐标签质量问题,该文提出了一种融合个性化与多样性的人物标签推荐方法。该方法使用主题模型对用户关注对象建模,通过聚类分析把具有相似言论的对象划分到同一类簇;然后对每个类簇的标签进行冗余处理,并选取代表性标签;最后对不同类簇中的标签融合排序,以获取Top-K个标签推荐给用户。实验结果表明,与已有推荐方法相比,该方法在反映用户兴趣爱好的同时,能显著提高标签推荐质量和推荐结果的多样性。

基于视频的无监督人脸质量评估方法

为解决视频场景下人脸图像因光照、姿态、模糊等因素变化导致的人脸质量评估方法评估效果不佳的问题,提出了一种基于视频的无监督人脸质量评估方法。考虑到当前研究社区未有完备的视频人脸数据集,且人脸图像质量评估有较强的主观性,构建了一个基于视频帧的人脸数据集,并设计了人脸质量伪标签生成方法。在此基础上,提出了基于EMD(Earth Mover’s Distance)损失的视频人脸质量评估模型,通过EMD损失函数优化模型学习,完成了人脸图像质量分布的预测。在公开和构建的测试集上的实验结果表明,该方法在视频场景下的人脸质量评估任务中优于其他人脸质量评估方法,有更好的评估性能和应用前景。

乳腺癌血清标志物的TMT标记定量蛋白质组学筛选及分析

目的探讨乳腺癌患者血清中蛋白的表达变化,筛选并分析乳腺癌诊断的生物学标志物。方法采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对68例Ⅱ期乳腺癌患者及62例健康女性的血清蛋白进行检测,并进行蛋白质定量分析,筛选乳腺癌患者血清中发生显著变化的差异蛋白。利用Uni Prot数据库和Proteome Discoverer软件及在线工具STRING对差异蛋白进一步行生物信息学分析,应用蛋白质印迹法和q PCR对变化倍数显著的差异蛋白VIME(上调为健康对照女性的3.918倍)和RAF1(下调为健康对照女性的0.251)进行验证。结果共获得67种差异蛋白,其中26种表达上调,41种表达下调。基因本体论(GO)注释分析和功能聚类分析显示上述差异蛋白与肿瘤的血管生成、新陈代谢进程、生物黏附能力等相关。蛋白质印迹法和q PCR验证结果显示RAF1蛋白和mRNA在Ⅱ期乳腺癌患者血清中的表达水平均低于健康对照女性,而VIME蛋白和mRNA的表达均高于健康对照女性,与筛选结果一致。结论定量蛋白质组学TMT法能有效筛选Ⅱ期乳腺癌患者血清中的差异蛋白,其中VIME和RAF1蛋白有望成为乳腺癌淋巴结转移的候选血清标志物。

食管癌患者血浆外泌体蛋白标志物TMT定量蛋白质组学筛选及分析

目的探讨食管癌患者血浆外泌体蛋白的表达变化,筛选并分析食管癌诊断的生物标志物。方法采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对3例食管鳞状细胞癌患者及3例健康体检者的血浆外泌体蛋白进行检测及定量分析,筛选食管癌患者血清外泌体中发生显著性变化的差异蛋白。采用Proteome Discoverer、STRING等数据库对差异蛋白进行生物信息学分析。结果共鉴定出17种显著差异表达蛋白,其中显著上调蛋白6个,显著下调蛋白11个。GO功能注释、COG注释、KEGG通路注释和结构域注释显示差异蛋白主要包括蛋白酶抑制剂的羧肽酶、细胞外基质1、分泌磷蛋白24、ERV/ALR硫代氧化酶、血小板反应蛋白/软骨寡聚基质蛋白的卷曲螺旋结构域、胎球蛋白B半胱氨酸蛋白酶抑制结构域。结论定量蛋白质组学TMT法能有效筛选食管癌患者血浆外泌体中的差异蛋白,筛选出的差异蛋白有望成为食管癌诊断的标志物。

消费者意愿及地方政府行为对农户种植行为的影响机制

基于"经济人"假设和外部性原理,建立政府、农户及消费者之间的三方博弈模型,考量地方政府检查策略下的生态补贴与惩罚措施以及质量标签策略对农户种植行为的影响行为。结果表明:地方政府的生态补贴政策与农药超标罚款政策对农户的生态种植行为具有促进作用,其监管效率受上级政府检查力度以及社会舆论的影响;而实施质量标签策略可以提升农户选择生态种植行为的收益,促使农户种植行为的选择转变;消费者对质量安全的敏感性会提高其进行生态产品购买的动因,倒逼农户进行生态种植。

定量蛋白质组学筛选及分析山慈菇酯提物抗4T1乳腺癌的新启示

探讨山慈菇酯提物(ethyl acetate extract of Cremastra appendiculata,Cr Ap)作用于4T1乳腺癌癌组织中差异蛋白的表达变化,筛选Cr Ap抗4T1乳腺癌的靶点。采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对Cr Ap作用的4T1乳腺癌癌组织进行检测,并筛选4T1组织中发生显著变化的差异蛋白。利用多重数据库对Cr Ap/CON差异蛋白进一步进行生物信息学分析,QPCR检测癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9、Tmsb4x和GADPH的mRNA表达量。蛋白质组学共获得15个上调蛋白,1个下调蛋白,其中有4个上调差异蛋白与免疫调节功能密切相关。胸腺素β-4下调,而Toll 4受体结合蛋白、Toll样受体结合蛋白、肥大细胞表达膜蛋白1上调,基因本体论注释分析和功能聚类分析显示这些差异蛋白可能与Cr Ap产生抗乳腺癌作用相关;S100-a8、S100-a9蛋白上调可能与Cr Ap产生促凋亡作用和免疫调节过程相关。此外,KEGG富集通路多与免疫调控过程相关,其中癌症的转录失调通路、IL-17信号通路可能与Cr Ap抗4T1作用和免疫调节机制密切相关。QPCR结果显示Cr Ap能显著提高乳腺癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9的表达,而降低Tmsb4x。TMT定量蛋白质组学能有效筛选Cr Ap抗4T1的差异蛋白,其中Cr Ap抗4T1乳腺癌机制和相关的免疫调控作用有望成为新的研究方向。

子宫内膜异位症患者的定量蛋白质组学分析

目的:通过高分辨质谱仪对子宫内膜异位症患者进行定量蛋白质组学分析,探讨子宫内膜异位症的诊断标志物及治疗靶点。方法:选取2019年1月—2021年12月新疆医科大学第五附属医院收治的卵巢子宫内膜异位症患者,取患者异位子宫内膜(PPF组)、在位子宫内膜(PNP组)组织样本各5例,再选取健康女性正常子宫内膜(NPF组)组织样本5例为对照组。提取总蛋白经蛋白酶解后,LC-MS高分辨质谱分析,TMT标记,肽段分级,高分辨质谱仪检测,生物信息学分析得出差异表达蛋白。结果:共鉴定到7575个差异蛋白,PPF组与NPF组差异蛋白296个,PNP组与NPF组差异蛋白52个,PPF组与PNP组差异蛋白535个。KEGG注释分析三组均筛选到且排名靠前的通路是PI3K-AKT信号通路。结论:定量蛋白质组学技术能有效筛选出子宫内膜异位症患者的差异蛋白,生物学分析筛选出有研究价值的蛋白靶点和代谢通路,为子宫内膜异位症患者新的诊断标志物及治疗靶点研究提供新思路。

中国3个主栽烟草品种的差异蛋白质组学研究

【目的】从全蛋白质组学水平研究烟草,筛选具有重要特性的蛋白质,阐明其相关代谢通路,使得烟草的基础科学研究和品种培育工作有所突破。【方法】利用苯酚法提取中国3个主栽烟草品种红花大金元、K326和云烟87叶片的蛋白质,酶解后采用串联质量标签技术(tandem mass tag,TMT)标记,结合二维液相色谱串联质谱技术(2D LC-MS/MS)对3个烟草品种叶片的蛋白质组成进行分析,运用Proteome Discoverer软件提取谱图后在MASCOT搜索引擎上鉴定蛋白质和肽段,并对鉴定的蛋白质进行系统的生物信息学分析,包括数据相关性分析、分层聚类分析和主成分分析,同时按照2倍上下调的原则采用火山图筛选不同品种烟草中表达差异显著的蛋白质,最后利用KEGG通路分析烟草中重要蛋白质的分布及功能。【结果】鉴定红花大金元、K326和云烟87烟草样品的蛋白质Group总数为3 079,蛋白质ID数为10 343。从分层聚类分析和主成分分析中蛋白质的整体表达情况可见,K326和云烟87蛋白质表达情况较相似,而红花大金元与前两者相差较大。后续的差异蛋白质筛选也验证了该结果,表现为云烟87和K326之间仅存在29个差异表达的蛋白质,其中13个蛋白质覆盖8条代谢通路,包括类黄酮生物合成,参与类黄酮合成路径的查尔酮合成酶在K326中的相对含量显著高于云烟87。红花大金元和云烟87之间有160个蛋白质差异表达,其中103个蛋白质覆盖42条代谢通路,包括谷胱甘肽代谢,相对定量结果显示谷胱甘肽代谢途径相关的3种酶,谷胱甘肽过氧化物酶、磷脂过氧化氢物谷胱甘肽过氧化物酶和谷胱甘肽S-转移酶在红花大金元中的含量均显著低于云烟87。红花大金元和K326之间存在119个差异蛋白质,其中89个蛋白质覆盖41条代谢通路,包括外源物质细胞色素P450代谢。筛选获得的重要差异蛋白质的相对定量结果显示一些与抗性相关的蛋白质,如蛋白酶抑制剂,在云烟87中的表达量远低于K326和红花大金元,同时结果表明红花大金元中的超氧化物歧化酶含量处于较低水平。【结论】TMT技术结合2D LC-MS/MS可对不同品种烟草的叶片蛋白质进行有效地分离和鉴定,鉴定出的蛋白质大部分是参与光合作用、物质代谢或者与抗逆性相关。