贵州山羊绿色养殖技术的新思路

随着消费者对绿色、安全、健康食品的要求不断提升,传统的贵州山羊养殖方式面临着许多问题,如环境污染、饲料成本高等。为此,本文探究了贵州山羊绿色养殖技术,以期形成良性生态养殖循环体系。在绿色饲料、农家肥等方面进行了一系列的研究和实验,发现贵州山羊采用循环式育肥技术、有机饲料、自然放牧的方式养殖,结合有机肥料等使用,能够有效降低饲料成本、减少环境污染、提高山羊的健康与质量。本文的研究结果为贵州山羊的绿色养殖提供了新的思路和方法。

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen-regulated growth inhibitor(RERG)基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp(C/G)、826 bp(A/G)、1 434 bp(T/C)和1 798 bp(A/T)。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平(P<0.01),CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平(P<0.05),EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平(P<0.01)、1 798 bp(A/T)位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp(C/G)、826 bp(A/G)和1 434 bp(T/C)多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。

贵州山羊遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明，贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp，检测到67个变异位点，约占分析位点总数的5．53％，界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905，核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％，表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树，聚类表明，贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。

利用mtDNA细胞色素b分析贵州山羊的系统发育

试验选取贵州山羊4个群体(共55只),设计引物对其mtDNA细胞色素b基因片段进行测序,测序结果与GenBank报道的8个山羊品种mtDNA细胞色素b基因进行比对分析。结果发现,在55只贵州山羊中有11个变异位点,其中转换10次,T/G颠换1次;10种单倍型中有7种单倍型为1个群体独享,3种单倍型为多个群体共享。4个山羊类群间存在较近的亲缘关系,既是独立的类群,其间也存在基因交流,其中贵州黑山羊和贵州麻羊的亲缘关系最近,与贵州白山羊的亲缘关系次之,与贵州小香羊的亲缘关系最远。从山羊品种间遗传距离构建的邻接树可见,贵州4个山羊类群均起源于镰刀状角羊骨羊。

贵州白山羊肌细胞生成素基因克隆与生物信息学分析

【目的】克隆贵州白山羊肌细胞生成素(myogenin)基因并对其结构特性进行生物信息学分析,为进一步探索该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供重要参考依据。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计4对特异性引物,运用PCR扩增、Sanger直接测序及序列拼接方法获得贵州白山羊myogenin基因完整编码区核苷酸序列,应用BioEdit 7.0、NetPhos 3.1、Conserved Domains Search、SMART、Motif Scan等生物信息学软件分别分析该基因核苷酸与氨基酸序列的组成、编码蛋白磷酸化位点、关键结构域和功能模体等结构特性,通过DNAStar Lasergene、DNAMAN 8.0和Mega 5.0软件分别进行15个偶蹄目物种myogenin基因编码氨基酸序列相似性比对及系统进化树构建。【结果】贵州白山羊myogenin基因序列全长2424 bp(获得GenBank登录号:HZ53289),由3个外显子、2个内含子、部分5′-UTR和3′-UTR构成,长度分别为471、82、122、765、589、135和260 bp,编码区长度为675 bp,共编码224个氨基酸。贵州白山羊myogenin蛋白第1—86位氨基酸为生肌决定因子(myogenic determining factors,MyoD)家族特有碱性结构域(Basic domain),第81—139位氨基酸为螺旋-环-螺旋(helix-loop-helix,H-L-H)结构域,第160—170位氨基酸为低复杂度结构域,存在21个磷酸化位点和核定位信号蛋白等功能模体结构。氨基酸序列比对表明,6个半胱氨酸残基、1个核定位信号和1个低复杂度结构域在15个偶蹄目物种完全保守。myogenin基因编码氨基酸序列相似性与系统进化分析均显示,贵州白山羊与波尔山羊、湖羊和马可波罗盘羊的亲缘关系最近。【结论】本研究成功克隆得到贵州白山羊myogenin基因全长序列,大小为2424 bp,编码224个氨基酸,myogenin蛋白包含Basic domain和H-L-H结构域。该结果可为myogenin基因调控山羊肌肉发育的分子机制研究提供理论参考。

贵州白山羊MyoG基因启动子区序列克隆及生物信息学分析

【目的】本研究旨在解析肌细胞生成素(MyoG)基因启动子区序列的结构特性及其转录调控机制。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计2对引物,采用PCR扩增、Sanger测序技术获得MyoG基因启动子区序列,通过DNAStar和Mega 5.0软件分别进行不同物种MyoG基因启动子区序列相似性比对及系统进化树构建,利用生物信息学软件预测分析该序列核心启动子区、转录因子结合位点、顺式作用元件、CpG岛等结构特征。【结果】贵州白山羊MyoG基因启动子区序列长2334 bp,包括2092 bp的5′-侧翼序列和242 bp的外显子1,GC含量略低于AT含量。通过不同物种比对分析,贵州白山羊MyoG基因启动子区序列与绵羊、牛、猪、人、小鼠和鸡同源序列相似性分别为98.34%、96.15%、77.76%、74.15%、57.63%和43.04%。系统进化树结果表明,贵州白山羊与绵羊和牛的亲缘关系较近,与鸡的亲缘关系最远。生物信息学结构预测发现,贵州白山羊MyoG基因转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游50 bp,5′-侧翼区存在1个潜在的启动子区域和1个CpG岛,含有1个TATA-box(TTTAAATG)、1个GC-box(CCGCCC)、2个CAAT-box(CCAAT)、17个E-box(CANNTG)和1个富含A/T碱基的元件结构(TATATTTAT)。AliBaba 2.1、PROMO、Patch 1.0、JASPAR 2022和AnimalTFDB 3.0在线软件综合预测发现,贵州白山羊MyoG基因启动子区存在Sp1、NF-1、MEF2、MyoD、USF、GATA-1、GATA-3、SRF、C/EBP和c-Myb等多种转录因子潜在结合位点。【结论】本研究成功克隆获得贵州白山羊MyoG基因启动子区序列,为深入解析该基因调控山羊肌肉发育的分子机制提供理论依据。

贵州白山羊PRDM16基因表达及多态性与生长性状关联分析

为了分析贵州白山羊PRDM16(Positive Regulatory Domain Containing 16,PRDM16)基因表达水平及核苷酸变异位点(SNPs)与生长性状的关联性,本研究利用混合池测序筛选PRDM16基因变异位点,采用PopGene 32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、遗传杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)和Hardy-Weinberg平衡状态;应用PIC软件计算多态性信息含量(PIC),应用RT-PCR检测PRDM16基因在不同性别白山羊背最长肌中表达水平;应用MINTAB软件分析核苷酸变异与生长性状的关联性。结果表明,贵州白山羊PRDM16基因P2区存在1个核苷酸变异位点g.342 A/G,且该位点的Ho高于He,PIC检测为中度多态,偏离Hardy-Weinberg平衡状态。RT-PCR结果表明,PRDM16基因mRNA在母羊背最长肌中的表达水平显著高于公羊。关联分析表明,贵州白山羊PRDM16基因g.342 A/G位点变异与胸围显著相关,存在等位基因A的群体具有更高的胸围指标,且等位基因间存在协同效应,杂合型群体AG较纯合型群体具有更高的胸围指标。贵州白山羊PRDM16基因可作为培育贵州白山羊优良品系的候选基因标记。

贵州白山羊FHL3基因多态性与生长性状关联分析

筛选贵州白山羊FHL3基因单核苷酸变异位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育贵州白山羊优良品系提供参考依据,也为进一步研究FHL3基因生物学功能奠定基础。通过混合池测序对116只不同地区贵州白山羊FHL3基因进行SNPs鉴定,以188只贵州白山羊进行关联性分析。采用PopGene32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))、有效等位基因数(N_(e)),应用PIC软件计算群体多态性信息含量(PIC),以卡方(χ~2)检验分析基因Hardy-Weinberg平衡状态;应用MINTAB软件中的一般线性混合效应模型分析核苷酸变异与生长性状关联性。结果表明,贵州白山羊FHL3基因的6个检测区域中,仅在P3区域检测到1个核苷酸变异位点g.215 C/T,且该位点的H_(o)低于H_(e),PIC检测为中度多态,χ~2检验结果表明,该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。关联分析结果表明,贵州白山羊FHL3基因g.215 C/T位点变异构成的不同等位基因和基因型在体高、体长和胸围方面表现出显著差异性(P<0.05),存在等位基因C的群体和CC基因型群体具有更高的生长优势。贵州白山羊FHL3基因具有一定的多态性,且g.215 C/T位点变异与体高、体长和胸围具有显著相关性,可作为培育贵州白山羊优良品系的候选基因分子标记。

贵州4个山羊群体mtDNACytb基因多态性研究

为了从核酸水平上分析贵州4个山羊群体线粒体DNA细胞色素b基因（mtDNACytb）的遗传多样性及亲缘关系,对贵州白山羊、贵州黑山羊、贵州麻羊及贵州小香羊4个山羊群体,共计55个个体mtDNACytb基因片段进行测序分析和比较。结果表明：55条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现11个变异位点,观察到10种单倍型;4个山羊群体中单倍型多样性为0.442-0.889,核苷酸多样度为0.00145-0.0025。贵州山羊的遗传多样性处于中等水平;贵州山羊可分为两大类群,即贵州黑山羊和贵州麻羊2个群体为一类;贵州白山羊和贵州小香羊2个群体为另一类。

贵州山羊品种DQA1基因第3外显子遗传变异分析

目的:通过筛选3个贵州地方山羊种DQA1基因Exon3的SNPs位点并做相应的遗传变异分析,为今后山羊抗病育种及地方山羊品种的选育提供理论依据。方法:采用构建品种DNA池与直接测序的方法,对三个贵州地方山羊种群共514只个体的DQA1基因外显子3进行遗传变异分析。结果:在3个山羊品种中共筛选得到4个SNPs,G71A(同义突变)、T100C(Asn→Ser)、G202A(Pro→Leu)、A223G(Met→Thr)。生物信息学分析发现,G202A位点变异虽未引起mRNA二级结构的变化,但最小自由能降低,结构稳定性增强;DQA1基因Exon3的不同基因型的蛋白质二级结构中均不含有α螺旋。结论:三个贵州地方山羊种DQA1基因外显子3中含有较丰富的多态性,G202A位点变异在mRNA二级结构及蛋白质二级结构中与其他基因型具有较明显的差异。

贵州白山羊选育现状探讨及推广应用

贵州白山羊是贵州省的优良地方品种,也是国家畜禽遗传资源品种名录中的山羊品种之一,具有耐粗饲、抗逆性强、肉质鲜嫩、膻味轻、板皮优良等特点。但自2007年以来,由于外来山羊品种的大量引入和盲目杂交,导致其品种杂化严重,对其本身的保护体系造成了冲击。笔者根据沿河县实际情况,分析了贵州白山羊选育现状并针对其推广应用提出了建议。

贵州白山羊肌肉生长抑制素(MSTN)基因生物信息学预测与系统进化分析

本研究旨在解析贵州白山羊肌肉生长抑制素(MSTN)基因的结构特性,为该基因功能探究提供理论依据。基于生物信息学及比较基因组学方法,对NCBI数据库中已登录的贵州白山羊MSTN基因完整编码区序列(CDS)核苷酸组成特性及编码蛋白的相关结构开展预测及分析,构建了15个物种MSTN基因系统进化树。结果表明,贵州白山羊MSTN基因CDS长度为1128bp,共编码375个氨基酸,由3个外显子和2个内含子构成,其AT含量均高于GC。贵州白山羊MSTN蛋白属混合型二级结构,存在无规则卷曲、延伸链和α-螺旋,为弱碱不稳定亲水蛋白质;包括1个18个氨基酸的潜在信号肽,无跨膜区,形成5对二硫键,含有16个磷酸化位点;278~375位氨基酸为转化生长因子-β样结构域。贵州白山羊MSTN基因与绵羊、牛等牛科动物的亲缘关系较近,与鸡形目原鸡和绿头野鸭的亲缘关系较远。本研究可为贵州白山羊MSTN基因分子遗传学及其表达调控研究奠定理论基础。

贵州山羊品种RERG基因的克隆及不同组织表达

选择与羊同源性较高的牛ras相关的雌激素调节的生长抑制因子(ras-related estrogen-regulated growth in-hibitor,RERG)基因组序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术对RERG基因进行克隆测序及生物信息学分析。结果显示,克隆了羊RERG基因cDNA序列629bp,完整的开放阅读框(ORF)为20～620bp,其编码199个氨基酸。GenBank登录号分别为JN672576、JQ917222和JN580309。通过实时荧光定量RT-PCR技术分析RERG基因在贵州三大地方品种同一年龄段不同组织中的表达情况。结果表明,成年羊肺脏和脾脏表达量是最高,胸腺表达量最低,肌肉表达量为相对中度表达。为进一步研究地方品种羊生长性状的改善提供科学依据。

贵州白山羊的体尺与体重及其相关性

为贵州白山羊的品种选择和育种提供理论依据,对选自贵州省沿河县新景乡贵州白山羊保种区(贵州白山羊中心产区)的415只贵州白山羊,其中,育成羊194只(公羊59只、母羊100只和羯羊35只),成年羊221只(公羊13只、母羊122只和羯羊86只),测定其体重(y)、体高(x1)、体斜长(x2)、胸围(x3)和管围(x4),进行相关性分析和通径分析,并建立最优回归方程。结果表明:胸围是影响贵州白山羊体重最主要的体尺指标,胸围对体重的直接作用较大,通径系数为0.593;体高、体斜长和管围对贵州白山羊体重的直接作用较小;体高对体重的间接作用最大,通径系数为0.656。贵州白山羊体尺-体重的最优回归方程为y=-55.358+0.127x1+0.429x2+0.651x3+0.644x4,R2=0.831。

贵州白山羊GFI1B基因多态性与生长性状的相关性

本试验旨在研究贵州白山羊GFI1B基因第八外显子的多态性,及其与生长性状的相关性。通过PCR-RFLP技术对贵州白山羊外显子SNPs位点进行检测,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。结果显示,供试群体中在外显子上检测到2个SNPs位点,即第八外显子263(G/T)和340(G/A)。最小二乘法分析表明,G340A位点,CC型和DD型的体重、体长、胸深和胸宽对CD型达到差异及显著水平(p<0.01)。本研究检测到的GFI1B基因第八外显子340(G/A)多态性位点可作为贵州白山羊生长性状的候选分子标记。

贵州白山羊GDF9基因外显子2的多态性研究

生长分化因子9(GDF9)是卵母细胞分泌的生长因子,对早期卵泡的生长和分化起重要的调节作用。采用RFLP和SSCP方法检测贵州白山羊GDF9基因外显子2的单核苷酸多态性,结果表明:在所有检测样本中均未发现GDF9基因的FecGH突变;在高繁殖率(3羔以上/胎)母羊和公羊中检测到8个杂合的AB基因型,其中5个为高产的母羊,3个为公羊。碱基序列分析证实GDF9基因编码区第1189bp位点的碱基由G突变为A,该位点位于外显子2中,导致活性肽第79位缬氨酸突变为异亮氨酸(V79I),但在低繁殖率(1~2羔/胎)母羊中没有发现该突变。虽然贵州白山羊GDF9基因中G1189A突变的发生率仅为5%,但该位点编码的氨基酸与FecGH突变(S77F)仅相隔1个氨基酸,因此推测GDF9基因中的G1189A突变可能与贵州白山羊的高繁殖力有关。

贵州白山羊和黔北麻羊TFAM基因部分外显子多态性研究

利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列。PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响。结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区。SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响。

贵州白山羊BMP15基因多态性研究

骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因是控制Belclare和Cambridge等绵羊的高繁殖力主效基因,BMP15蛋白中单个氨基酸的改变直接影响绵羊的产卵率和产羔数。采用RFLP和SSCP技术检测BMP15基因中绵羊高繁殖力突变类型FecXG和FecXB在贵州白山羊中的分布。结果表明,在贵州白山羊样品中没有检测到BMP15基因的FecXG突变,说明该突变在贵州白山羊中的自然发生率非常低;在贵州白山羊高产母羊和公羊中检测到BMP15的FecXB突变,以杂合的AB基因型存在,低产母羊中没有检测到该突变,提示BMP15基因的FecXB突变可能是影响贵州白山羊繁殖力的因素之一。

贵州白山羊的屠宰与肉质性状及脏器系数测定

为探明贵州白山羊的种质特性及其生长发育规律,对42只贵州白山羊进行屠宰性状、肉质性状及脏器发育程度测定,并对屠宰性状、肉质性状进行相关性分析。结果表明:成年羯羊的屠宰性状指标多数高于成年母羊,成年羊屠宰性状多数指标间呈显著或极显著相关;周岁羊的屠宰性状指标普遍低于成年羊,周岁羊屠宰性状部分指标间呈显著或极显著相关。成年贵州白山母羊与羯羊的肉质性状指标间无显著差异;周岁贵州白山羊公羊的肌肉失水率(36.07%)显著高于周岁母羊,其余指标间无显著差异。成年羊的脏器重比周岁羊高约1倍,周岁羊的脏器系数与成羊间无显著差异。