基于全基因组重测序对赣州番鸭的群体进化分析

为了深入了解赣州番鸭的群体结构和遗传差异,本研究采集20只福建番鸭(FJ)、20只贵州天柱番鸭(TZ)、20只赣西北番鸭(GXB)和40只赣州番鸭(GZ)的血样用于全基因组重测序,测序深度为10×。随后,从NCBI数据库下载15只北京鸭(PK)、15只绿头鸭(MD)、10只樱桃谷鸭(CV)和2只法国番鸭(FF)4个品种的序列数据。使用上述8个群体的序列数据,进行了主成分分析、系统进化树构建、杂合度分析、群体分化分析、基因流分析、群体连锁不平衡分析。结果表明,主成分分析中,法国番鸭、天柱番鸭、赣西北番鸭按照第二和第三主成分无法完全区分开来,它们之间可能存在杂交现象。系统进化树分析中,赣州番鸭与其他品种鸭群体非常明显的聚集成不同的分支,其在遗传上表现出明显的独特性,与其他群体存在差异。杂合度分析中,除法国番鸭外,所有群体的观测杂合度均低于期望值,说明包括赣州番鸭在内的7个群体存在遗传多样性下降的现象。群体分化分析中,赣州番鸭与其他群体分化程度由高到低分别为北京鸭、樱桃谷鸭、绿头鸭、法国番鸭、福建番鸭、天柱番鸭、赣西北番鸭。基因流分析中,赣州番鸭与法国番鸭、天柱番鸭和福建番鸭之间不存在单独的基因迁移,与其他群体之间也没有过多的基因交流。群体遗传结构分析中,当K=3时,赣州番鸭作为一个独立的群体被识别出来,显示了其独特的遗传背景。连锁不平衡分析中,赣州番鸭表现出最低程度的连锁不平衡,表明其具有低近亲交配程度、更高的遗传多样性和更强的环境适应性。综上说明,赣州番鸭可区别于其他7个鸭群体,可作为一个独立的遗传资源群体。