起始密码子区域相关序列多态性的开发及在苜蓿遗传多样性上的应用

目前广泛使用的基于 PCR 基础的分子标记多为扩增非编码区域,或是随机基因组中扩增,在 QTL定位中得到的位点一般与目标性状基因距离较远,我们开发了一个新的基于启动子序列目的基因型分子标记技术——启动子区域相关序列多态性(SCRP) ,试图使标记能够更为准确的反映不同品种的遗传基础。它利用启动子位置保守一致序列("Kozak"序列) 作为其上游引物,利用内含子富含 "AATT"的特性,作为核心序列设计下游引物,上下游引物均为18bp,引物间通过组合配对的方式作为扩增引物对。设计了14 条上游引物和 10 条下游引物,共 140 对引物组合,对 34 个苜蓿品种进行扩增,研究了 34 个苜蓿的遗传多样性。每个 PCR 反应产生3～16个50～2 000bp 的条带,结果表明该标记简单、可靠、具有较高多态性,并且扩增区域为一种目的基因型分子标记,在种质资源研究中具有重要价值。

敏捷气热菌起始密码子侧翼序列与密码子偏好及基因长度相关性研究

好氧超嗜热古菌敏捷气热菌 (Aeropyrumpernix)mRNA中起始密码子AUG侧翼序列的保守性以及它与密码子使用偏好及基因长度之间具有相关性。AUG侧翼序列的保守性由M1(1)值表示 ,AUG侧翼序列对翻译起始的有效性由AUGCAI值表示。研究表明 :高表达和低表达基因的 - 2 0位到 +13位中某些位点的保守性存在差异 ,其中高表达基因的 - 4位和 - 3位可能与其高表达的特性有关 ;在A .pernix中一个普遍的趋势是 :较短的基因有较高的表达效率 ,较长的基因的表达效率较低。与仅使用密码子偏好相比 ,将AUGCAI值引入到研究古菌在翻译水平上的自然选择更准确。

基于SRAP和SCoT标记分析不同甜樱桃品种遗传多样性

【目的】探究40个甜樱桃(Prunus avium L.)品种的遗传多样性及SRAP和SCoT标记在甜樱桃上的应用。【方法】利用SRAP和SCoT分子标记进行遗传多样性分析。【结果】筛选出6对条带清晰、多态性好的SRAP引物和7条SCoT引物,在40个甜樱桃品种中分别扩增出多态性条带67和69条,多态性百分率分别为90.54%和93.24%。SRAP标记和SCoT标记的UPGMA聚类分析表明,40个甜樱桃品种的遗传相似系数分别在0.67~0.95和0.72~0.93,说明甜樱桃的遗传背景相对较窄。SRAP标记在相似系数0.79左右可以将40份甜樱桃分为6组,SCoT标记在相似系数在0.77左右可以将40份甜樱桃分为6组。两种分子标记中,来自不同地区的甜樱桃品种没有明显聚类,说明各个地区甜樱桃品种基因交流频繁,另外大部分黄色系甜樱桃品种聚为一类。【结论】2种分子标记均可应用于分析甜樱桃遗传多样性且能够区分不同果皮颜色甜樱桃,可以作为后期种质资源利用和新品种选育的技术手段。

烟草基因组知识篇:3.基因组注释

在完成序列的拼接后,得到的是很长的DNA序列、甚至可能是整个基因组的序列。这些序列中包含许多未知的基因,将基因从这些序列中找出来是基因组注释的主要内容。基因组DNA序列可分为两大部分：基因及其相关序列、基因间序列。以起始密码子开始、终止密码子结束、称之为开放阅读框（open readingframe,ORF）的序列为基因序列,它们可编码蛋白质和RNA（非编码RNA）,所以又称为编码序列;基因相关序列包括拟（假）基因（pseudogene）、基因片段、内含子、非翻译区（untranslated region,UTR）等。基因间序列主要是一些重复序列,它们是所有基因组尤其是真核生物基因组共同的重要特征。