超声辅助酶切法用于溶液内蛋白质样品酶切特点分析

目的分析超声辅助酶切法对溶液内蛋白质样品酶切的特点。方法分别应用超声辅助酶切法与传统酶切法对牛血清白蛋白进行溶液内酶切,通过飞行时间质谱进行分析,对数据库检索后得到的多肽进行比较分析。结果超声辅助酶切法的酶切时间可缩短到10 min,酶切后多肽的回收率比传统酶切法低8%,但飞行时间质谱鉴定评分(MASCOT评分)比传统方法高约1倍,肽段的覆盖率高10%,匹配的多肽数多40%以上。对超声辅助酶切法鉴定出的多肽进一步分析表明,这些多肽的误切率较传统方法高22%,比传统方法多鉴定出的多肽分子质量主要在2～3 ku之间,且大部分为含有误切位点的多肽。结论超声辅助酶切可明显缩短蛋白质酶切时间,得到更好的多肽鉴定,但部分多肽酶切不完全,样品损失会更多。

超声辅助胶内酶切方法的优化及其酶切特点的分析

分别应用20、100和200 W超声功率对牛血清白蛋白以及人尿蛋白组的胶内条带进行胶内酶切,通过比较不同功率鉴定的多肽数和蛋白数,确定最优的超声功率。同时比较超声辅助酶切与传统过夜酶切方法,并分析超声辅助胶内酶切方法的特点。结果表明,超声功率为20W时对胶粒破坏最小,样品损失最少,在牛血清白蛋白样品中鉴定的多肽数最多为65。在人尿蛋白组2个条带中,20 W方法鉴定的蛋白数分别为168和199,鉴定效果最优。通过对多肽误切率和不完全酶切多肽的定性和定量分析发现,超声酶切方法的误切率高于传统方法,但不完全酶切率较低。通过分析多肽误切位点发现,传统过夜酶切法和超声辅助酶切法的主要误切类型分别为脯氨酸(P)和天冬氨酸/谷氨酸(D/E),3种超声方法之间各种误切类型所占比例均无明显差别。超声辅助酶切可显著缩短蛋白质胶内酶切时间,其中20 W功率超声酶切的效果最佳。与传统过夜酶切法相比,超声辅助酶切多肽的鉴定结果更好,其多肽的误切率更高,不完全酶切率较低,可用于发现蛋白质组学研究。