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人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分
1
作者
付旭平
戴建凉
+5 位作者
田立峰
黄达蔷
沈健民
吕军
谢毅
毛裕民
《复旦学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2000年第6期675-679,共5页
在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差...
在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上 ,从模式识别的角度出发 ,将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类 ,应用费歇线性判别法进行分类器的设计 ,并对分类器的错误率进行估计 ,表明在这些特征下 ,这二类密码子可以区分 .以此分类器的标准判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子 ,其准确率可达 75 % .
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关键词
超始密码子
甲硫氨酸
密码子
位置权重矩阵
Z曲线
费歇判别
人类
CDNA序列
原文传递
题名
人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分
1
作者
付旭平
戴建凉
田立峰
黄达蔷
沈健民
吕军
谢毅
毛裕民
机构
复旦大学生命科学学院遗传学研究所
出处
《复旦学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2000年第6期675-679,共5页
基金
上海现代生物与新药产业发展基金资助项目!(98431912 1)
文摘
在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上 ,从模式识别的角度出发 ,将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类 ,应用费歇线性判别法进行分类器的设计 ,并对分类器的错误率进行估计 ,表明在这些特征下 ,这二类密码子可以区分 .以此分类器的标准判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子 ,其准确率可达 75 % .
关键词
超始密码子
甲硫氨酸
密码子
位置权重矩阵
Z曲线
费歇判别
人类
CDNA序列
Keywords
start codon
Methionine codon
position weight matrix
Z curve
Fisher discriminant function
分类号
Q987 [生物学—遗传学]
Q754 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分
付旭平
戴建凉
田立峰
黄达蔷
沈健民
吕军
谢毅
毛裕民
《复旦学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2000
0
原文传递
已选择
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