中华鳖多态性微卫星标记跨物种扩增研究

微卫星是一种优秀的分子标记,并广泛应用于生物和医学的各个领域。但微卫星标记的开发成本较高,因而,利用近缘种已开发的微卫星标记已成趋势。利用本实验室已开发的21个中华鳖微卫星对鼋、斑鳖、山瑞鳖、刺鳖、佛罗里达鳖、两爪鳖、黄喉拟水龟和乌龟等8个物种进行跨物种检验。结果表明,4个微卫星位点(CST21、CST42、CST50和CST52)的引物能在所有8只个体中稳定扩增;而CST16在所有个体中都不能扩增出目的片段。跨物种扩增山瑞鳖结果最好,21个位点中有20个位点能稳定扩增;而乌龟扩增效果最差,只有6个位点能被扩增出目的产物。总之,中华鳖的21个微卫星位点多数可以在鳖科内各属间进行跨物种扩增,部分可以在跨科物种间扩增。

黄鳍棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的跨物种扩增

采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,开发出47个高多态性的黄鳍棘鲷( Acanthopagrus latus )微卫星标记,其中二碱基重复位点17个,三至六碱基重复位点30个。各位点的等位基因数为2~27(均值为10),观测杂合度( Ho )和期望杂合度( He )分别为0.156~0.938(均值为0.682)和0.177~0.963(均值为0.741),多态信息含量( PIC )为0.166~0.946(均值为0.705)。经Bonferroni校正后,有43个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),其余4个位点偏离HWE。这些多态性微卫星标记为黄鳍棘鲷遗传资源研究提供新的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,共有31个黄鳍棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增。其中17个标记在太平洋棘鲷( Acanthopagrus pacificus )、黑棘鲷( Acanthopagrus schlegelii )和澳洲棘鲷( Acanthopagrus australis )中具有较好的通用性,这些标记可为棘鲷属( Acanthopagrus )的系统进化和种群遗传学分析提供新的标记来源;另有3个标记在二长棘梨齿鲷( Evynnis cardinalis )、真赤鲷( Pagrus major )、蓝点赤鲷( Pagrus caeruleostictus )及黄牙鲷( Dentex hypselosomus )中具有通用性。

基于SLAF-seq技术开发蓝圆鲹微卫星标记及跨物种扩增检测

采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术开发蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)微卫星标记,从获得的1 450个四至六碱基重复微卫星位点中随机挑选93个位点进行引物合成和多态性检测,最终开发出31个多态性微卫星标记.群体遗传学检测结果表明,31个位点的等位基因数为4~29(均值13.48),观测杂合度(Ho)为0.281~0.875(均值0.650),期望杂合度(He)为0.557~0.958(均值0.838),多态信息含量值(PIC)为0.456~0.939(均值0.803),表明所开发的31个微卫星位点均具有较高的多态性.Hardy-Weinberg平衡检测表明,17个位点符合HWE("哈迪-温伯格"平衡),且各位点间不存在连锁不平衡现象.跨物种扩增结果显示,分别有27、20、20、18、9个微卫星标记在颌圆鲹(Decapterus macarellus)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、竹荚鱼(Trachurus japonicus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中具有较好的通用性.本研究开发的多态性长碱基重复微卫星标记可为蓝圆鲹渔业资源的科学管理和保护提供有力的遗传学评估手段,亦可为圆鲹属和鲹科鱼类系统进化研究提供新的分析手段.

跨物种扩增筛选获得蓝马鸡(Crossoptilon auritum)微卫星多态分子标记(英文)

微卫星是分子生态学研究常用分子标记之一。与建库筛选获得微卫星的方法相比,跨物种扩增是快速获得近缘物种微卫星分子标记的一种有效方法。本研究通过对中国特有雉类蓝马鸡(Crossoptilon auritum)进行跨物种扩增,从鸡形目112个微卫星位点筛选获得了11个微卫星多态分子标记。这组分子标记的多态性从中度到高度,并包含一个Z-染色体连锁位点。利用这组分子标记对已知谱系的笼养个体进行初步亲子鉴定,表明这组微卫星分子标记的高度实用性能够为马鸡属及鸡形目其他濒危物种的保护遗传学研究提供有力工具。

竹?鱼微卫星标记开发及跨物种扩增

【目的】筛选高多态性竹?鱼(Trachurus japonicus)微卫星(SSR)标记,并验证其在鲹科鱼类中的通用性。【方法】采用SLAF-seq技术识别竹?鱼基因组SSR标记,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点,并进行跨物种PCR扩增。【结果与结论】识别出43264个二至六碱基重复SSR标记,二、三碱基重复SSR标记较多(90.33%)。筛选出37个多态性的二、三碱基SSR位点,各位点的等位基因数为4~26,期望杂合度为0.481~0.935,多态信息含量为0.440~0.934。有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡现象。共有28个竹.鱼SSR标记可在1种以上鲹科鱼类中有效扩增,分别有24、21、20、19和11个SSR位点可在蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、颌圆鲹(Decapterus macarellus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中稳定扩增,可为竹?鱼遗传资源评估和部分鲹科鱼类的系统进化分析提供重要遗传物质基础及有力的分析手段。

映山红多态性微卫星标记的跨物种扩增研究

以4个杜鹃花近缘种毛杜鹃(R.pulchrum)、西洋杜鹃(R.hybrida)、锦绣杜鹃(R.alutaceum)、羊踯躅(R.molle(Blume)G.Don)为试材,采用PCR方法,利用前期开发的映山红(Rhododendron simsii)多态性SSR标记进行跨物种扩增。结果表明:7个微卫星标记能够跨物种利用,为探讨杜鹃属植物种间的亲缘关系、杜鹃属种群遗传多样性、分化潜力和方向研究奠定了基础。

利用SLAF-seq技术开发带鱼(Trichiurus japonicus)微卫星标记以及跨物种扩增检测

带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫星DNA标记研究却较为缺乏,不利于该物种遗传资源评估和保护。为此,本研究采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,从带鱼的195 308个SLAF标签中识别出25 704个二至六碱基重复微卫星位点。经过引物扩增验证,最终筛选出36个具有多态性的微卫星标记。各位点等位基因数4～35,均值14.47。观测杂合度0.214～1.000,期望杂合度0.456～0.979,均值分别为0.620和0.803。所有位点的多态信息含量值均大于0.25。经Bonferroni校正,21个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡。这21个多态性微卫星标记可为带鱼的种群遗传资源研究提供新的有效分子标记和技术支撑。Bottleneck分析结果表明,宁波近海带鱼群体未检测到近期的遗传瓶颈效应,这可能与目前东海区带鱼野生群体数量还比较庞大、遗传变异仍然较为丰富有关。跨物种扩增结果显示,分别有12、16、4和3个带鱼微卫星标记在带鱼属(Trichiurus)、沙带鱼(Lepturacanthus savala)、窄颅带鱼(Tentoriceps cristatus)及小带鱼(Eupleurogrammus muticus)中具有较好的通用性,这些微卫星标记为今后带鱼科相应属、种的系统进化关系研究提供新的分析手段和契机。

跨物种筛选黄毛鼠的微卫星分子标记

利用微卫星引物侧翼序列具有保守性的特点进行了跨物种筛选黄毛鼠微卫星引物的研究.选取60对大鼠、小鼠已知的微卫星位点引物,对黄毛鼠的基因组DNA进行了PCR扩增,通过琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰氨凝胶电泳及基因扫描技术筛选了适合黄毛鼠的多态性位点引物.研究结果显示,60对微卫星位点引物中,17对引物能够稳定扩增,其中8对引物的多态信息含量(PIC)均大于0.5,为高度多态性引物.研究筛选到的微卫星位点可为后期黄毛鼠的种群遗传学研究提供参考.

基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用

[目的]探究锦绣杜鹃(Rhododendron pulchrum Planch.)EST-SSR的类型、分布频率和分布特征,开发有效的SSR标记,并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。[方法]采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序,MISA软件对组装的unigenes内部的SSR位点进行检索,分析其类型、分布频率。利用Primer3.0软件设计引物,并对锦绣杜鹃群体和其近缘种映山红群体进行多样性检测,利用POPGENE-PC2.2软件计算等位基因数、有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon’s信息指数、Nei氏多样性指数、观察杂合度、期望杂合度等参数。[结果]锦绣杜鹃‘紫鹤’花蕾转录组共有49527个unigenes(43766249bp),从中筛选出16120个SSR位点(24.46%),发生频率为1·(2.7kb)^-1。微卫星的重复次数主要集中在524次之间,二核苷酸发生频率最高(9624个,59.70%),其次是单核苷酸(3738个,23.19%),频率最低的为五核苷酸(42个,0.26%)。频率最高的重复基序有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AGG/CCT、ACC/GGT、AGC/GCT、AAAG/CTTT、AAGAG/CTCTT、AGAGGG/CCCTCT等。选用13个多态性SSR标记对锦绣杜鹃群体进行PCR扩增,共得到71个等位基因,平均每个位点3~9个;有效等位基因数在各SSR位点之间变化范围为1.684~5.930;观察杂合度HO和期望杂合度HE的变化范围分别为0.000~1.000和0.433~0.848,平均值分别为0.696±0.426和0.705±0.129;Shannon’s信息指数I和Nei氏多样性指数h的变化范围分别为0.736~1.961和0.406~0.831,平均值分别为1.376±0.339和0.683±0.131。此13个标记在映山红群体中的跨物种扩增成功率为100%,并反映出丰富的遗传多样性。2个群体间的遗传差异93.4%存在于群体内部。[结论]基于AG/CT重复基序开发的13个SSR标记具有高度的多态性,为后续杜鹃花属植物的遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种等研究奠定了基础。大别山野生映山红资源具有较高的遗传多样性,且杂合度过剩,遗传变异主要发生在群体内部。

基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的通用性研究

黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。