目的:探索亚裔人群中转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路基因多态性与非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关联及可能存在的基因-基因、基因-...目的:探索亚裔人群中转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路基因多态性与非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关联及可能存在的基因-基因、基因-环境交互作用。方法:选取1038个NSCL/P核心家系作为研究对象。对TGF-β信号通路上的10个基因的343个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行了传递不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT),采用条件Logistic回归模型进行基因-基因交互作用分析和基因-环境交互作用分析。研究收集的环境因素包括患儿母亲孕期吸烟、被动吸烟、乙醇摄入量以及维生素使用情况。由于患儿母亲孕期吸烟和饮酒暴露率较低(<3%),因此,仅对母亲孕期被动吸烟及补充多种维生素这两个环境因素与基因之间的交互作用进行了分析。采用Bonferroni法对结果进行多重检验校正,显著性的阈值设置为P=1.46×10-4。结果:共有4个基因的23个SNP位点与NSCL/P之间存在关联(P<0.05),但经过Bonferroni多重检验校正后,这些关联均未达到统计学显著性水平。经过Bonferroni多重检验校正之后,6对SNP[rs4939874(SMAD2)与rs1864615(TGFBR2),rs2796813(TGFB2)与rs2132298(TGFBR2),rs4147358(SMAD3)与rs1346907(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs1019855(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs12490466(TGFBR2),以及rs2009112(TGFB2)与rs4075748(TGFBR2)]存在显著的统计学交互作用(P<1.46×10-4),基因-环境交互作用的分析没有达到多重检验校正阈值的显著结果。结论:未发现TGF-β通路基因多态性与NSCL/P的关联,该通路上部分基因可能通过基因-基因交互作用影响NSCL/P的发病风险。未来仍需其他独立研究的证据支持,以进一步的探索其中潜在的生物学机制。展开更多
目的:探讨转化生长因子β诱导蛋白(TGFBI)在胶质瘤中的表达及其生物学功能。方法:通过从癌症基因组图谱(TCGA)、中国脑胶质瘤图谱(CGGA)和脑肿瘤分子数据库(Rembrandt)下载胶质瘤的转录组数据和相应的临床资料,分析在不同级别胶质瘤中TG...目的:探讨转化生长因子β诱导蛋白(TGFBI)在胶质瘤中的表达及其生物学功能。方法:通过从癌症基因组图谱(TCGA)、中国脑胶质瘤图谱(CGGA)和脑肿瘤分子数据库(Rembrandt)下载胶质瘤的转录组数据和相应的临床资料,分析在不同级别胶质瘤中TGFBI mRNA的表达水平,及其表达变化与胶质瘤患者预后的关系。免疫组织化学染色法检测35例胶质母细胞瘤组织和5例正常脑组织中TGFBI蛋白的表达水平。通过用慢病毒转染U87和U373细胞株构建TGFBI表达下调的胶质母细胞瘤细胞系,检测TGFBI对胶质瘤细胞增殖、侵袭、凋亡和细胞周期的影响。通过基因集富集分析(GSEA)预测TGFBI在胶质瘤发生发展中可能参与并调控的相关通路。结果:TCGA、CGGA和Rembrandt数据库的结果分析显示随着胶质瘤级别的增加,TGFBI mRNA的表达水平升高(P<0.05)。此外,TGFBI m RNA的高表达与胶质瘤患者不良预后显著相关(P<0.01)。免疫组化检测结果显示,与正常脑组织相比,胶质母细胞瘤组织中TGFBI蛋白表达水平显著增加(P<0.05)。细胞学实验结果显示,TGFBI表达下调可显著抑制胶质母细胞瘤细胞增殖和侵袭能力,同时能够促进细胞凋亡,促使细胞从G1期转向S期。GSEA分析结果显示高表达TGFBI可能通过TOLL样受体信号通路、NOD样受体信号通路和JAK-STAT信号通路参与调控胶质瘤恶性生物学行为。结论:TGFBI在胶质母细胞瘤组织中表达升高,可促进肿瘤细胞的增殖、侵袭,抑制细胞凋亡并诱导细胞周期重排,推测其可能在胶质瘤发生发展中扮演着癌基因的角色。展开更多
文摘目的:探索亚裔人群中转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路基因多态性与非综合征型唇裂合并或不合并腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关联及可能存在的基因-基因、基因-环境交互作用。方法:选取1038个NSCL/P核心家系作为研究对象。对TGF-β信号通路上的10个基因的343个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行了传递不平衡检验(transmission disequilibrium test,TDT),采用条件Logistic回归模型进行基因-基因交互作用分析和基因-环境交互作用分析。研究收集的环境因素包括患儿母亲孕期吸烟、被动吸烟、乙醇摄入量以及维生素使用情况。由于患儿母亲孕期吸烟和饮酒暴露率较低(<3%),因此,仅对母亲孕期被动吸烟及补充多种维生素这两个环境因素与基因之间的交互作用进行了分析。采用Bonferroni法对结果进行多重检验校正,显著性的阈值设置为P=1.46×10-4。结果:共有4个基因的23个SNP位点与NSCL/P之间存在关联(P<0.05),但经过Bonferroni多重检验校正后,这些关联均未达到统计学显著性水平。经过Bonferroni多重检验校正之后,6对SNP[rs4939874(SMAD2)与rs1864615(TGFBR2),rs2796813(TGFB2)与rs2132298(TGFBR2),rs4147358(SMAD3)与rs1346907(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs1019855(TGFBR2),rs4939874(SMAD2)与rs12490466(TGFBR2),以及rs2009112(TGFB2)与rs4075748(TGFBR2)]存在显著的统计学交互作用(P<1.46×10-4),基因-环境交互作用的分析没有达到多重检验校正阈值的显著结果。结论:未发现TGF-β通路基因多态性与NSCL/P的关联,该通路上部分基因可能通过基因-基因交互作用影响NSCL/P的发病风险。未来仍需其他独立研究的证据支持,以进一步的探索其中潜在的生物学机制。
文摘目的:探讨转化生长因子β诱导蛋白(TGFBI)在胶质瘤中的表达及其生物学功能。方法:通过从癌症基因组图谱(TCGA)、中国脑胶质瘤图谱(CGGA)和脑肿瘤分子数据库(Rembrandt)下载胶质瘤的转录组数据和相应的临床资料,分析在不同级别胶质瘤中TGFBI mRNA的表达水平,及其表达变化与胶质瘤患者预后的关系。免疫组织化学染色法检测35例胶质母细胞瘤组织和5例正常脑组织中TGFBI蛋白的表达水平。通过用慢病毒转染U87和U373细胞株构建TGFBI表达下调的胶质母细胞瘤细胞系,检测TGFBI对胶质瘤细胞增殖、侵袭、凋亡和细胞周期的影响。通过基因集富集分析(GSEA)预测TGFBI在胶质瘤发生发展中可能参与并调控的相关通路。结果:TCGA、CGGA和Rembrandt数据库的结果分析显示随着胶质瘤级别的增加,TGFBI mRNA的表达水平升高(P<0.05)。此外,TGFBI m RNA的高表达与胶质瘤患者不良预后显著相关(P<0.01)。免疫组化检测结果显示,与正常脑组织相比,胶质母细胞瘤组织中TGFBI蛋白表达水平显著增加(P<0.05)。细胞学实验结果显示,TGFBI表达下调可显著抑制胶质母细胞瘤细胞增殖和侵袭能力,同时能够促进细胞凋亡,促使细胞从G1期转向S期。GSEA分析结果显示高表达TGFBI可能通过TOLL样受体信号通路、NOD样受体信号通路和JAK-STAT信号通路参与调控胶质瘤恶性生物学行为。结论:TGFBI在胶质母细胞瘤组织中表达升高,可促进肿瘤细胞的增殖、侵袭,抑制细胞凋亡并诱导细胞周期重排,推测其可能在胶质瘤发生发展中扮演着癌基因的角色。