【目的】研究苗期高粱在不同干旱胁迫时长下的生理代谢及基因表达差异,挖掘高粱抗旱基因,探讨高粱响应干旱胁迫的分子应答机制。【方法】以耐旱高粱品种Tx625B幼苗为试验材料,采用添加25%的PEG-6000模拟干旱胁迫,测定胁迫处理0、12和24 ...【目的】研究苗期高粱在不同干旱胁迫时长下的生理代谢及基因表达差异,挖掘高粱抗旱基因,探讨高粱响应干旱胁迫的分子应答机制。【方法】以耐旱高粱品种Tx625B幼苗为试验材料,采用添加25%的PEG-6000模拟干旱胁迫,测定胁迫处理0、12和24 h后叶片生理指标及养分含量;利用转录组测序和生物信息学技术分析叶片的基因表达特征,揭示差异表达基因的生物学功能和主要代谢途径,筛选与抗旱相关的差异表达基因。【结果】不同干旱胁迫时间下,抗旱材料均维持较高过氧化物酶和过氧化氢酶活性和有较强自由基清除能力,有效清除体内过量的活性氧和过氧化氢,降低外界胁迫对植物造成的损伤;干旱胁迫引起了高粱叶片氮、磷、钾含量改变,其中对氮含量的影响较为显著。0 h vs 12 h、0 h vs 24 h、12 h vs 24 h 3个比较组基因比对共检测到17396个干旱响应基因,包括8253个上调基因和9143个下调基因。对共有差异表达基因功能进行分析后,筛选到在高粱苗期抗旱应答中起关键作用的几类基因:过氧化物酶、叶绿素a-b结合蛋白、光系统蛋白、与叶绿体相关的其他酶和蛋白编码基因。差异表达基因GO和KEGG富集分析发现,干旱胁迫对高粱苗期氨基酸代谢、次生代谢产物生物合成、糖类和脂类代谢、植物的信号转导有较大影响,差异表达基因在光合作用、光合生物的暗反应、糖代谢等代谢通路上均有明显富集。【结论】高粱抗旱调节过程涉及多个生物过程的协同互作,通过调节光合作用速率和可溶性糖的积累提高抗旱性;氨基酸代谢途径、光合作用途径和糖代谢途径中差异表达基因的富集是高粱抗旱品种具有较强抗旱调节能力的重要原因。展开更多
为了探究黑线姬鼠睾丸下降的功能与机制,分析其基因及代谢物水平的变化规律。本研究使用高通量测序技术和超高效液相色谱技术对黑线姬鼠下降期和正常期睾丸分别进行了转录组学和代谢组学分析。转录组学中基因本体数据库(gene ontology,...为了探究黑线姬鼠睾丸下降的功能与机制,分析其基因及代谢物水平的变化规律。本研究使用高通量测序技术和超高效液相色谱技术对黑线姬鼠下降期和正常期睾丸分别进行了转录组学和代谢组学分析。转录组学中基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析得到240个差异基因,包括Spesp1、Izumo1、Hyal5和Fabp9等,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析得到52个差异表达基因,包括Pcyt1、Pla2g4e、Gpd1l和Lypla3等。实时荧光定量PCR结果表明,随机选取的6个基因在黑线姬鼠下降期和正常期睾丸中的表达模式与转录组结果一致。代谢组学结果表明,差异代谢集中与睾丸功能相关差异代谢物有28个,包括3-脱氢奎宁酸、α-亚麻酸、磷酸二羟丙酮和1,6-二磷酸果糖等。联合分析结果显示,甘油磷脂代谢、α-亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢可能是调控黑线姬鼠睾丸下降及功能发生关键代谢通路。本研究将有助于解读黑线姬鼠睾丸下降对其功能的影响机制,也可为后续深入探究黑线姬鼠种群数量变化机制及实验动物资源开发奠定理论基础。展开更多
文摘【目的】研究苗期高粱在不同干旱胁迫时长下的生理代谢及基因表达差异,挖掘高粱抗旱基因,探讨高粱响应干旱胁迫的分子应答机制。【方法】以耐旱高粱品种Tx625B幼苗为试验材料,采用添加25%的PEG-6000模拟干旱胁迫,测定胁迫处理0、12和24 h后叶片生理指标及养分含量;利用转录组测序和生物信息学技术分析叶片的基因表达特征,揭示差异表达基因的生物学功能和主要代谢途径,筛选与抗旱相关的差异表达基因。【结果】不同干旱胁迫时间下,抗旱材料均维持较高过氧化物酶和过氧化氢酶活性和有较强自由基清除能力,有效清除体内过量的活性氧和过氧化氢,降低外界胁迫对植物造成的损伤;干旱胁迫引起了高粱叶片氮、磷、钾含量改变,其中对氮含量的影响较为显著。0 h vs 12 h、0 h vs 24 h、12 h vs 24 h 3个比较组基因比对共检测到17396个干旱响应基因,包括8253个上调基因和9143个下调基因。对共有差异表达基因功能进行分析后,筛选到在高粱苗期抗旱应答中起关键作用的几类基因:过氧化物酶、叶绿素a-b结合蛋白、光系统蛋白、与叶绿体相关的其他酶和蛋白编码基因。差异表达基因GO和KEGG富集分析发现,干旱胁迫对高粱苗期氨基酸代谢、次生代谢产物生物合成、糖类和脂类代谢、植物的信号转导有较大影响,差异表达基因在光合作用、光合生物的暗反应、糖代谢等代谢通路上均有明显富集。【结论】高粱抗旱调节过程涉及多个生物过程的协同互作,通过调节光合作用速率和可溶性糖的积累提高抗旱性;氨基酸代谢途径、光合作用途径和糖代谢途径中差异表达基因的富集是高粱抗旱品种具有较强抗旱调节能力的重要原因。
文摘为了探究黑线姬鼠睾丸下降的功能与机制,分析其基因及代谢物水平的变化规律。本研究使用高通量测序技术和超高效液相色谱技术对黑线姬鼠下降期和正常期睾丸分别进行了转录组学和代谢组学分析。转录组学中基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析得到240个差异基因,包括Spesp1、Izumo1、Hyal5和Fabp9等,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析得到52个差异表达基因,包括Pcyt1、Pla2g4e、Gpd1l和Lypla3等。实时荧光定量PCR结果表明,随机选取的6个基因在黑线姬鼠下降期和正常期睾丸中的表达模式与转录组结果一致。代谢组学结果表明,差异代谢集中与睾丸功能相关差异代谢物有28个,包括3-脱氢奎宁酸、α-亚麻酸、磷酸二羟丙酮和1,6-二磷酸果糖等。联合分析结果显示,甘油磷脂代谢、α-亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢可能是调控黑线姬鼠睾丸下降及功能发生关键代谢通路。本研究将有助于解读黑线姬鼠睾丸下降对其功能的影响机制,也可为后续深入探究黑线姬鼠种群数量变化机制及实验动物资源开发奠定理论基础。
