基于大豆叶枕响应叶柄角变化转录组的MYB基因分析

【目的】阐明MYB基因家族成员是否参与大豆叶柄角(leaf petioles angle,LPA)变化的调控过程,为大豆理想株型育种研究奠定基础。【方法】以郑196为材料,利用大豆叶枕响应叶片向光运动转录组挖掘差异表达大豆MYB基因(GmMYB);利用ProtComp 9.0进行亚细胞定位预测;以拟南芥MYB蛋白序列为参考,采用MEGA v5.0软件进行系统进化分析;分别利用在线程序MEME和PlantPAN3.0分析差异表达MYB基因保守基序(motif)和启动子序列的顺式作用元件;以NCBI数据库中大豆转录组数据及RNA-seq数据为基础,采用TBtools进行表达模式分析,并在此基础上进行候选基因的精准定量检测。【结果】①鉴定出13个差异表达GmMYB,其中上调表达9个,下调表达4个;亚细胞定位结果表明,11个MYB蛋白位于细胞核,2个位于细胞外基质。②基于MYB蛋白序列构建系统进化树,可将13个差异表达GmMYB分为6组。③对13个差异表达GmMYB基因结构进行分析,结果共鉴定到10个基序,其中基序1和基序2是MYB保守结构域的一部分。④在启动子区域鉴定获得脱落酸响应元件、参与干旱响应元件、响应光照的顺式作用元件、分生组织表达和生长素响应等多个响应逆境胁迫及光照的顺式作用元件。⑤表达模式分析结果表明,13个差异表达GmMYB基因在大豆不同组织器官中存在表达差异,其中Glyma.01G190100和Glyma.08G042100在叶枕处表达。⑥对Glyma.01G190100和Glyma.08G042100进行精准定量检测,结果显示其相对表达量在叶片向光运动前后变化剧烈,可作为大豆叶柄角调控候选基因用于进一步研究。【结论】鉴定出13个与大豆叶柄角调控相关的MYB基因,其中Glyma.01G190100和Glyma.08G042100可作为大豆叶柄角调控候选基因用于大豆理想株型育种研究。

藜麦叶花青素生物合成转录组-代谢组联合分析

本研究利用转录组和代谢组学技术探究了翠绿色和粉红色藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)叶片中花青素的合成机制,分析了不同时期不同品种之间的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)及差异代谢物(Differential accumulated metabolites,DAMs)。通过对藜麦叶片的DEGs进行分析发现:与花青素生物合成密切相的DEGs有11个分别为4CL、C3’H、HCT、CHS、CHI、ANR、CYP75B1、UGT79B1、FG3、FG2、CYP73A;转录因子有4个分别为:MYC2、BHLH14、HY5和TGA。GO富集分析结果表明有7条GO Terms(GO:0009812(类黄酮代谢过程,flavonoid metabolic process)、GO:0010468(基因表达调控,regulation of gene expression)、GO:0051553(黄酮生物合成过程,flavone biosynthetic process)、GO:0009813(类黄酮生物合成过程,flavonoid biosynthetic process)、GO:0009411(应对紫外线,response to UV)、GO:0043169(阳离子绑定,cation binding)和GO:0016703(氧化还原酶活动,oxidoreductase activity))与花青素生物合成密切相关;KEGG富集分析发现6条(苯丙氨酸代谢(Phenylalanine metabolism,ko00360)、苯丙素的生物合成(Phenylpropanoid biosynthesis,ko00940)、类黄酮生物合成(Flavonoid biosynthesis,ko00941)、植物激素信号转导(Plant hormone signal transduction,ko04075)、黄酮和黄酮醇生物合成(Flavone andflavonolbiosynthesis,ko00944)和昼夜节律-植物(Circadianrhythm-plant,ko04712))与花青素生物合成显著相关的代谢途径。代谢组学分析确定了矢车菊素3-O-3",6"-O-二丙二基葡萄糖苷(Cyanidin 3-O-3",6"-O-dimalonylglucoside)和柚皮素(Naringenin)可能是粉红色藜麦叶片形成的关键DAMs;转录组-代谢组学联合分析表明类黄酮生物合成和花青素生物合成途径是藜麦叶片中花青素生物合成的主要富集途径;通过qRTPCR对10个DEGs进行验证,结果表明qRT-PCR的验证结果与转录组测序结果一致。

MSTN基因编辑湖羊胫腓肌的转录组分析

[目的]本文旨在探索肌肉抑制素基因(myostatin,MSTN)调控肌肉生长发育的分子机制。[方法]以3月龄MSTN基因编辑湖羊(试验组)和野生型湖羊(对照组)胫腓肌为对象,采用PCR和Western blot方法验证MSTN编辑湖羊编辑形式,在此基础上开展转录组测序和分析,并用real-time PCR方法对差异表达基因进行结果验证。[结果]对照组和试验组共有149个差异表达基因,其中65个基因上调,84个基因下调,GO注释和KEGG富集分析表明,差异表达基因显著富集在氧化磷酸化、果糖和甘露糖代谢、生热作用、FOXO和AMPK信号通路,表明MSTN基因可能通过以上信号通路参与湖羊生长发育调控。[结论]MSTN基因编辑湖羊可能通过FOXO和AMPK、氧化磷酸化、果糖和甘露糖代谢、生热作用等与动物代谢相关的信号通路调控其生长发育。

两种溪黄草转录组的构建及比较分析

中药溪黄草药用成分复杂多样,有效成分尚不明确,且分子水平相关研究十分薄弱。因此,构建溪黄草转录组数据库,以生物信息学手段进行分析,可为中药溪黄草药物的研究开发利用奠定基础。本研究利用高通量测序平台Illumina构建了两种常用溪黄草基源植物溪黄草和线纹香茶菜的转录组数据库,并进行了比较分析。两种溪黄草分别获得了144650个和103221个Contigs,N50值分别为1400 bp和1516 bp。这些Contigs聚集成107777个和68220个Unigenes,其功能注释分析以鉴定有效药物成分的基因为主。整个转录组数据中分别有14138个和11756个EST-SSR基因序列。本研究不仅快速地解读了溪黄草整体的基因组信息,还为挖掘相关的功能基因、阐明活性成分的生物合成及其调控机制、评估种质资源和发现隐藏的药用部位提供重要的科学依据。

兰州百合鳞茎花青素合成相关MYB与bHLH转录因子的筛选分析

百合鳞茎在采后贮藏过程中,由于花青素的积累导致鳞茎变紫红色,进而影响其价值。该文基于兰州百合鳞茎转录组数据,利用生物信息学技术分析花青素相关转录因子,共分析了50个MYB转录因子与73个bHLH转录因子,包括序列的比对、理化性质分析、亚细胞定位、系统进化关系以及保守结构域预测。MYB分类结果显示,50个MYB转录因子中有2个属于1R-MYB类,44个属于R2R3-MYB类,3个属于3R-MYB类,1个属于4R-MYB类。50个MYB不稳定蛋白均为亲水性蛋白,亚细胞定位表明48个MYB定位于细胞核。73个bHLH均为不稳定蛋白,且72个都为亲水性,亚细胞定位显示58个bHLH定位于细胞核。通过与模式植物拟南芥MYB和bHLH转录因子构建进化树分析、保守结构域预测、基因表达量分析以及转录因子与结构基因的相关性分析,初步筛选出3个MYB基因和1个bHLH基因可促进兰州百合鳞茎花青素合成,为进一步深入研究兰州百合鳞茎花青素调控基因提供了理论支持。

PolyI:C刺激猪PK15细胞后病毒感染应答基因未注释转录本鉴定及其特征分析

【目的】鉴定猪PK15细胞在类病毒聚肌胞苷酸(PolyI:C)刺激后病毒感染应答基因的未注释转录本的数量、剪接类型、新蛋白编码与分子结构,为进一步研究这些未注释转录本的功能奠定基础。【方法】将猪PK15细胞分为对照组和试验组,每组3个重复;试验组加入终浓度为20μg/mL的PolyI:C,对照组加入等体积(2μL)的PBS,两组在37℃、5%CO_(2)条件下分别刺激6 h后进行Nanopore测序,鉴定两组的总转录本与差异表达基因。对差异表达基因进行GO功能分析,进一步筛选病毒感染的应答基因。对总转录本与Ensemble注释的转录本序列进行比较,发现未注释转录本。将病毒感染应答基因的未注释转录本与其对应的Ensemble注释转录本序列进行比对,分析未注释转录本的剪接类型和编码蛋白。【结果】PolyI:C刺激后,两组共鉴定蛋白编码的转录本61505个,其中有Ensemble数据库注释的39497个,未注释的转录本22008个,未注释转录本数量占总数的35.78%。同时两组鉴定到71个差异蛋白编码基因,与对照组相比,试验组上调表达基因57个,下调表达基因14个。GO功能富集分析显示,这些差异表达基因富集到20个生物过程,其中前3个生物过程分别是防御病毒反应、Ⅰ型干扰素信号通路和病毒应答,均与病毒感染应答相关。24个病毒感染应答的基因有16个基因存在未注释转录本,其中CCL 5、IFI 6、BST 2和MX 1基因未注释转录本的数量多于其Ensemble注释的总转录本数量,且大部分未注释转录本产生新的蛋白序列。IFIT 3、OAS 2、RSAD 2、CCL 5、IFI 44、CD 40、IFI 6、BST和MX 19个基因的未注释转录本有差异表达。【结论】本研究系统地鉴定了猪PK15细胞受PolyI:C刺激后病毒感染应答基因的未注释转录本的分子特征,筛选的IFIT 3、OAS 2、RSAD 2、CCL 5、IFI 44、CD 40、IFI 6、BST和MX 19个基因的差异表达的未注释转录本可能具有重要生物学作用,为进一步解析宿主基因在抗病毒反应中的复杂转录调控机制提供了依据。

番茄响应南方根结线虫侵染相关转录因子的初步分析

为明确番茄接种根结线虫后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,利用RNA-seq对未接种及接种南方根结线虫2龄幼虫6、12、24和48 h的番茄进行转录组测序,探究番茄响应南方根结线虫侵染相关的关键转录因子,并采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证。结果显示,接种南方根结线虫后6、12、24和48 h分别有350、390、580、1154个基因差异表达,其中差异表达转录因子分别为11、11、19、50个。这些转录因子属于15个家族,其中数量最多的为MYB家族和bHLH家族(均为20个),其次是ERF家族19个、WRKY家族15个、bZIP家族9个。南方根结线虫侵染过程差异表达最明显的主要为ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子,其中Solyc03g005520、Solyc02g094270和Solyc09g066350显著上调,接种后48 h log2FC分别为9.16、6.49和6.33;Solyc02g079280、Solyc12g100140和Solyc04g072460显著下调,接种后48 h log2FC分别为-2.60、-1.72和-1.70。qRT-PCR验证结果显示,6个随机选取基因的表达趋势与测序结果基本一致。以上结果表明,ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子可能参与番茄与南方根结线虫互作,在番茄响应南方根结线虫侵染反应中发挥着重要的调控作用。

寒地水稻孕穗期低温胁迫响应的转录组分析

水稻是世界重要的口粮作物,其整个生育周期都会受到低温冷害的威胁。为探究寒地水稻孕穗期低温胁迫应答基因的发掘及其低温应答调控机制,本研究对孕穗期低温下寒地水稻孕穗期耐冷品种龙粳25(LG25)和不耐冷品种龙粳11(LG11)的幼穗颖花展开转录组测序分析。结果表明,龙粳11中共筛选得到11 269个差异表达基因(DEGs),龙粳25中仅有1 148个DEGs。GO富集分析表明,龙粳11中差异基因多显著富集在光合作用相关的GO条目中,龙粳25多富集在低温、热响应及花粉发育相关的GO条目中。低温胁迫下,二者共同显著富集到低温响应及花粉发育GO条目。KEGG富集分析表明,龙粳11中差异基因多显著富集在光合有机物中的碳固定、光合作用等KEGG通路中,龙粳25多显著富集在淀粉蔗糖代谢、氨基糖和核糖代谢等KEGG通路中。

过表达线粒体蛋白磷酸酶2C对人肾小管上皮细胞转录组的影响

背景:课题组前期研究发现相较于野生型小鼠,线粒体蛋白磷酸酶2C(protein phosphatase 2Cm,PP2Cm)基因缺失小鼠明显发生肾功能衰竭的症状,因此推测PP2Cm可能在肾脏纤维化发展过程中发挥重要保护作用,然而其分子机制尚不明确。目的:探究PP2Cm基因对于人肾小管上皮细胞转录组的影响。方法:培养人肾小管上皮细胞,用质粒将PP2Cm基因转染进入人肾小管上皮细胞,荧光定量PCR实验和Western blot实验检测细胞中PP2Cm的表达,随后分别提取细胞RNA进行转录组测序,寻找转染组和对照组之间的差异性表达基因,利用生物信息学方法进一步对所得的差异基因进行GO分析和KEGG分析。结果与结论:通过测序分析,与未转染空白细胞相比,在转染PP2Cm基因的人肾小管上皮细胞中存在796个差异性表达基因,其中553个下调基因,243个上调基因,GO分析结果显示,上调表达的基因显著富集在细胞生物合成过程、蛋白质翻译、内在凋亡信号通路等;下调表达的基因显著富集在内皮细胞增殖、细胞黏附等信号通路;KEGG分析结果显示,显著上调表达的基因富集在氨基酸代谢、生物合成等代谢相关信号通路;下调表达的基因显著富集在泛酸和辅酶A的生物合成等信号通路。结果表明,PP2Cm过表达可以影响肾小管上皮细胞的一系列生物学过程相关的多条信号通路,可能在氨基酸代谢、生物合成等代谢相关信号通路中起重要作用。

马尾松种子超低温保存前后转录组测序分析

本研究利用Illumina HiSeq^(TM)6000平台对超低温保存前后的马尾松种子进行转录组测序分析,共获得51.79 Gb的过滤数据,冻存前后共鉴定到2 122个差异表达基因,其中823个上调,1 299个下调。GO富集分析表明,163个差异表达基因被显著富集到33个GO条目中;KEGG富集分析表明,169个差异表达基因显著富集到79条代谢通路。根据KO和KEGG结果,从富集到植物激素信号转导通路、植物MAPK信号通路、淀粉和蔗糖代谢通路、转录因子通路上的基因中,筛选出19个差异表达基因。

小麦ERF亚族转录因子参与逆境胁迫的研究进展

小麦是中国三大粮食作物之一,其生长发育过程中会受到多种逆境胁迫的影响。AP2/EREBP是植物特有的一个庞大的转录因子超家族,普遍参与生长发育和逆境胁迫应答等生物学进程。ERF类转录因子是AP2/EREBP转录因子超家族的一个亚族。本研究结合国内外相关研究进展,简要综述了小麦ERF亚族转录因子的结构特征与分布,重点阐述近年来小麦ERF亚族转录因子响应高盐、干旱、低温、重金属、病原菌侵染等逆境胁迫的功能和机制研究进展,最后展望了ERF亚族转录因子的研究方向和应用前景。

不同光源条件下与花生株高变化相关基因的转录组分析

【目的】为了探究不同光源条件下与花生株高变化相关的基因。【方法】以冀花5号(直立型)和开选01-6(匍匐型)品种为研究材料,分别在LED光和自然光两种培养条件进行盆栽试验。【结果】冀花5号在强光条件下株高显著变矮,而开选01-6变化幅度不大,表明冀花5号对光照反应相对敏感。转录组的PCA结果显示LED光源下冀花5号和开选01-6距离相对较近,自然光源下冀花5号和开选01-6距离较近,说明光照对基因表达的影响大于基因型间的差异影响。GO和KEGG注释分析发现不论在差异表达数目、基因类型或主要响应的调控网络上,冀花5号和开选01-6对不同光源的响应存在显著差异,尤其差异基因在植物昼夜节律相关的通路上显著富集,暗示着植物昼夜节律调控网络对株型的形态建成至关重要。进一步分析发现分别有16个和19个植物昼夜节律相关基因在开选01-6和冀花5号中特异响应,分别有6个和17个植物激素信号转导相关基因在开选01-6和冀花5号中特异响应,表明这些基因在花生株型形态建成中起着关键调控作用。【结论】昼夜节律调控途径是调控株高变化的主要途径,植物生长激素信号在其中也起了关键作用。以上研究结果对育种家深入理解不同光源条件下花生株型的形态建成具有重要的参考价值。

不同鲜食品质橄榄果实转录组测序及酚类代谢途径相关调控基因挖掘

【目的】果实酚类物质类别、含量是与橄榄营养及风味密切相关的重要品质性状,探究橄榄酚类物质生物合成的分子调控机制。【方法】以总酚含量差异显著的橄榄(低酚/高酚)为试材,分别取花后80-160 d的果实进行转录组分析,对莽草酸-水解单宁/苯丙烷-类黄酮生物合成通路差异基因进行表征,并对差异表达基因进行WGCNA分析,从中挖掘与酚类代谢途径相关的转录因子。【结果】转录组测序共获得296314条Unigene,其中73%的Unigene被注释到数据库;4个品种(系)橄榄成熟果共鉴定到1628个差异表达基因(DEGs),KEGG分析显示,DEGs在酚类代谢途径的“类黄酮生物合成”通路上显著富集;进一步对果实成熟过程莽草酸-水解单宁/苯丙烷-类黄酮生物合成途径的DEGs进行表征,结合WGCNA分析中每个模块与性状的R2和P值,筛选到4个关键模块,根据模块内基因的调控关系利用MCC拓扑分析法以度值≥1挖掘模块内关键转录因子,挖掘到137个转录因子Unigene与30个酚类合成结构基因Unigene共表达,转录因子Unigene功能注释来自35个基因家族,最多的为锌指蛋白(C2C2、C3H、C2H2、PHD),其次为B3、HB、MYB、NAC基因家族。【结论】从转录组角度初步解析了橄榄鲜食品质在酚类代谢途径的差异,同时挖掘了调控酚类代谢的差异基因,对进一步探究橄榄鲜食品质差异的分子机制提供了重要依据。

基于转录组数据挖掘牦牛皱胃发育代谢的关键候选基因

旨在比较不同年龄段牦牛皱胃指数测定、转录组表达谱的变化,挖掘影响牦牛皱胃发育代谢的信号通路和关键基因,为进一步探讨牦牛皱胃发育机制提供理论基础。本研究对1日龄、20日龄、60日龄、15月龄与3岁的牦牛皱胃组织进行转录组测序,对转录组数据进行质控、比对、差异表达基因筛选,并对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析。为进一步验证测序数据的可靠性,随机选取5个差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果显示,在发育过程中,瘤胃重的增长最快,其次是瓣胃、网胃和皱胃。转录组结果显示,以1日龄组为对照,在20日龄、60日龄、15月龄和3岁组中分别鉴定到1310、1715、1931和2199个差异表达基因,4个组共有基因565个;以前一个时间点为对照,20日龄、60日龄、15月龄和3岁组分别鉴定到1310、861、569和597个差异表达基因,4个对比组共有基因9个。GO功能注释发现,以1日龄组为对照,20日龄、60日龄、15月龄和3岁组分别富集到1191、2578、1117和2835条显著条目,不同年龄组的前10条显著性GO条目中有共有的,也有各年龄阶段特有的条目。KEGG富集分析结果显示,20日龄、60日龄、15月龄和3岁4个年龄段的前30条显著通路中特有信号通路分别为4、1、3和4条,包括ECM受体相互作用、细胞色素P450对外源性物质的代谢和药物代谢-细胞色素P450等与皱胃发育相关的通路。qRT-PCR结果与测序结果基本一致,表明测序结果可靠。通过对牦牛不同发育阶段皱胃组织的转录组测序及生物信息学分析,筛选到与皱胃发育相关的差异表达候选基因,这些基因主要参与胃粘膜上皮细胞增殖分化、细胞分化和免疫调控等过程,其中GKN1、CXCL17、SCNN 1B、SCNN 1G、CCL 5和IGF 2BP3等基因可能在牦牛皱胃发育过程中起着重要作用;进一步筛选到参与皱胃葡萄糖代谢、葡萄糖转运、脂肪酸转运、肽转运等过程相关的信号通路和候选基因,其中GANAB、GBA2、SLC 2A1、SLC 2A3、SLC 2A4、CPT 1B、SLC 15A1等是与牦牛皱胃组织营养代谢和吸收相关的重要候选基因。

饲料类芽孢杆菌对杉木促生机制的比较转录组学分析

【目的】从分子水平解析杉木内生饲料类芽孢杆菌(Paenibacilluspabuli)被激活后对宿主转录水平的影响,探究饲料类芽孢杆菌对杉木促生的分子机制,为饲料类芽孢杆菌开发利用提供理论依据。【方法】以杉木组培苗为试验材料,设计激活的内生饲料类芽孢杆菌SY0317共培养的杉木组培苗为实验组,未激活内生饲料类芽孢杆菌的杉木组培苗为对照组,对其进行转录组测序分析。【结果】实验组和对照组的转录组数据中共得到2358个差异基因,其中有1580个基因上调,778个基因下调。这些基因主要富集在甘油酯代谢(Glycerolipid metabolism),核黄素代谢(Riboflavin metabolism),色氨酸生物合成(Tryptophan biosynthesis),甘油磷酸酯代谢(Glycerophospholipid metabolism),嘌呤代谢(Purine metabolism)等通路中。【结论】与植物促生有关的关键基因为AGAL2、ASE1、ALDH3F1、IGPS、APS3、UGP3、NPC6、At5g35170、NPC2、ASP2、NMT3、PAP3,其中ASP2基因下调,其余11个基因上调,这些基因参与调控植物生长并起着重要作用。

基于RNA-seq对复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本预测及可变剪接、SNP分析

为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP,选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只。对照组正常饮水,益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂,试验分为生长前期(1~21 d)、后期(22~42 d)两个阶段。42日龄时进行肉鸡屠宰试验,取对照组和益生菌组回肠各3个样本进行转录组测序。对测序数据进行分析,共发现1047个新基因,20176个新转录本,276个新基因在GO数据库中得到归类注释。对转录组数据进行可变剪接分析,外显子跳跃(SE)占可变剪接类型的比例最高,共筛选到1131个显著的差异剪接基因,在外显子跳跃(SE)、第一个外显子可变剪接(A5SS)、最后一个外显子可变剪接(A3SS)、外显子选择性跳跃(MXE)、内含子滞留(RI)事件中鉴定到的差异剪接基因数分别为588、139、176、136、92。对获得的差异剪接基因进行GO富集分析,主要富集在代谢和免疫GO term。KEGG富集到了胞吞作用、MAPK信号通路等。在各样品中大多数碱基取代均为转换大于颠换,其中转换单核苷酸多态性(SNP)所占百分比为73.53%~73.94%;颠换型SNP所占百分比为26.05%~26.47%。试验对对照组、益生菌组肉鸡的回肠进行了RNA-seq测序分析,为发掘复合益生菌作用于肉鸡回肠中的可变剪接事件提供基础,为进一步了解复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本的发现和SNP位点提供了数据支撑。

短短芽胞杆菌分支酸合成酶基因BbaroC的鉴定及转录因子调控分析

分支酸合成酶AroC是莽草酸途径中芳香族化合物合成的关键酶,探明短短芽胞杆菌aroC基因的特征及转录调控因子可为短短芽胞杆菌作用机理研究奠定基础。从短短芽胞杆菌FJAT-0809-GLX中克隆了aroC基因,进行生物信息学分析和转录因子预测。短短芽胞杆菌FJAT-0809-GLX中aroC基因序列长度为1 164 bp, GenBank登录号为OR475562。短短芽胞杆菌FJAT-0809-GLX与Brevibacillus brevis NBRC 100599的aroC基因序列同源性最高,为98.88%,与Brevibacillus brevis HNCS-1的AroC氨基酸序列同源性最高,为100%;其编码的蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,定位于细胞质。靶向BbaroC的转录因子共有23个,分别来自10个物种,Escherichia coli(Strain K12 MG1655)和Bacillus subtilis(Strain 168)分别预测到12个和3个转录因子。BbaroC在短短芽胞杆菌抑菌活性物质产生中可能发挥着重要作用,这为其在农业上的广泛应用提供依据。

基于IAMEF模式的药学服务对获得性免疫缺陷综合征抗逆转录病毒治疗干预效果

目的探讨基于IAMEF模式的药学服务对获得性免疫缺陷综合征(AIDS)患者抗逆转录病毒治疗(ART)的干预效果。方法选取医院感染免疫门诊2020年1月至2022年1月收治的接受ART的AIDS患者170例,按随机数字表法分为观察组和对照组,各85例。两组患者均予基本的药品保障供应及常规药学咨询服务,观察组患者加予基于信息收集-分析评估-制订计划-执行计划-跟踪随访(IAMEF)模式的药学服务,两组均干预10个月。比较干预前后患者的T淋巴细胞亚群水平、病毒载量、服药依从性及不良反应发生率。结果与对照组比较,观察组患者干预后的CD_(3)^(+)和CD_(4)^(+)水平及CD_(4)^(+)/CD_(8)^(+)均显著升高,病毒载量显著降低(P<0.05)。干预后,观察组患者服药依从性好的占比及Morisky用药依从性量表-8评分均显著高于对照组,且漏服药物、定时服药及遵医嘱剂量用药占比均显著优于对照组(P<0.05)。观察组患者不良反应发生率为17.65%,显著低于对照组的47.06%(P<0.05)。结论基于IAMEF模式的药学服务可改善AIDS患者的T淋巴细胞水平,降低病毒载量,提高服药依从性,降低不良反应发生率。

runt相关转录因子1在心血管疾病中的研究进展

runt相关转录因子1 (runt-related transcription factor 1,RUNX1)是一种转录因子,它广泛地参与到生物体细胞的增殖,分化等过程中,既往对它的研究主要集中在造血、肿瘤等方面。近年来,人们越来越关注它在心血管发育和心血管疾病中的潜在作用。本文将回顾近年来在心血管领域对RUNX1的研究,探讨它可能的作用机制,为今后的研究提供线索。

大黄鱼UBXN1基因鉴定及其过表达后的转录组分析

为探究一种包含泛素调节性X结构域的蛋白(ubiquitin regulatory X domain-containing protein,UBXN1)在大黄鱼抗盾纤毛虫感染中的作用,以及可能涉及的免疫信号通路。本实验克隆鉴定了大黄鱼UBXN1基因,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测UBXN1在健康大黄鱼各组织中的表达,及盾纤毛虫感染后的诱导表达变化;并进行了UBXN1的亚细胞定位;转录组测序分析了UBXN1过表达前后的差异表达基因。结果显示,UBXN1基因cDNA全长为915 bp,编码304个氨基酸。蛋白多重序列比对和结构预测表明UBXN1是一个进化保守的蛋白,包含UBA和UBX结构域。qRT-PCR分析表明UBXN1在所检测的11种组织中均有表达,脑中表达量最高,其次是肝脏、心脏和肾脏,在肌肉中表达量最低;盾纤毛虫感染大黄鱼后,UBXN1在脾脏、脑、肝脏和肾脏中表达量早期显著升高,后期逐步恢复至正常水平。亚细胞定位分析表明,UBXN1在大黄鱼肾脏细胞质和细胞核中均有表达。在293T细胞过表达UBXN1,转录组差异表达分析筛选到12个上调基因,4个下调基因,其中RPL41/RPL39/XIST/RNA45SN4表达量显著增加,而ATP8/ND4L表达量显著减少。研究表明UBXN1在大黄鱼抗寄生虫免疫应答中发挥重要作用。本实验为进一步研究UBXN1的免疫信号通路奠定基础。