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N-甲基-N’-硝基-N-亚硝基胍诱导共表达的蛋白基因启动子区的转录因子结合部位分析 被引量:2
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作者 刘天婵 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第11期1953-1960,共8页
目的 :分析甲基硝基亚硝基胍 (MNNG)诱导的共表达蛋白的编码基因启动子区的转录因子结合部位。方法 :用进化足迹法 ,结合转录因子数据库的搜索 ,预测共表达蛋白编码基因启动子区共有的转录因子结合部位。凝胶阻滞试验验证对于预测出的... 目的 :分析甲基硝基亚硝基胍 (MNNG)诱导的共表达蛋白的编码基因启动子区的转录因子结合部位。方法 :用进化足迹法 ,结合转录因子数据库的搜索 ,预测共表达蛋白编码基因启动子区共有的转录因子结合部位。凝胶阻滞试验验证对于预测出的转录因子结合部位 ,在MNNG处理细胞中是否确实有相关转录因子的反应。结果 :预测出 11个共同存在于这些蛋白编码基因启动子区的转录因子结合部位 ,其中除已知转录因子激活蛋白 1(activatorprotein 1,AP1)在MNNG处理后被激活外 ,用凝胶阻滞试验又发现在MNNG处理细胞的核提取液中有 2个转录因子—核因子Y(nuclearfactor,NFY)和GATA结合因子 (GATAbindingfactor,GATA)的活性升高。结论 :进化足迹法可以有效地降低转录因子结合部位预测结果中的假阳性率。NFY和GATA转录因子结合部位可能参与对MNNG诱导的共表达蛋白的共调控。 展开更多
关键词 进化足迹法 转录因子结合部位 凝胶阻滞试验 甲基硝基亚硝基胍
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哺乳动物细胞POLK、POLH、POLI基因对甲基硝基亚硝基胍的应答反应及其启动子区转录因子结合部位的生物信息学分析 被引量:2
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作者 蒋余圣 钱羽力 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1249-1255,共7页
目的:观察甲基硝基亚硝基胍(MNNG)对培养细胞DNA聚合酶κ、η、ι编码基因表达的影响并用生物信息学方法预测它们的启动子区和启动子区中的转录因子结合部位。方法:利用半定量RT-PCR观察POLK、POLH、POLI基因表达改变。利用在线生物信... 目的:观察甲基硝基亚硝基胍(MNNG)对培养细胞DNA聚合酶κ、η、ι编码基因表达的影响并用生物信息学方法预测它们的启动子区和启动子区中的转录因子结合部位。方法:利用半定量RT-PCR观察POLK、POLH、POLI基因表达改变。利用在线生物信息学软件,确定它们的启动子区,然后,用转录因子预测软件并结合进化足迹法检出包括启动子区在内的3000bp碱基上游序列中的转录因子结合部位。结果:0.2μmol·L-1MNNG导致细胞POLH和POLI表达水平在处理后6-24h间逐渐上升,升高约1倍;而POLK则呈下降;通过转录因子预测软件分析,在POLK、H和I启动子区分别检出了384个、413个和689个推断的转录因子结合部位;通过进化足迹法分析有效地降低了假阳性率,推断的转录因子结合部位分别下降到158个、80个和40个。结论:低浓度MNNG导致POLH、POLI表达水平升高,而POLK表达水平降低;通过在线软件,我们成功地在POLK,POLH,POLI启动子区分别检出。158、80和40个推断的转录因子结合部位;进化足迹法分析能够有效降低预测软件的假阳性率。 展开更多
关键词 DNA聚合酶类 转录因子结合部位 基因 POLK 基因 POLH 基因 POLI 甲硝基亚硝胍
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生物信息学在基因转录调控研究中的应用 被引量:10
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作者 刘天婵 余应年 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期668-672,共5页
Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of com... Gene transcriptional regulation research is one of the major challenges in the post-genome era. Bioinformatics has become more important with the rapid accumulation of complete genome sequences and the advances of computational methods and related databases. The current computational approaches in promoter prediction, transcription factor binding site identification, composite elements prediction, co-regulation of gene expression analysis and phylogenetic footprinting in the regulatory region analysis are discussed in this review. 展开更多
关键词 生物信息学 转录因子结合部位 基因 调节
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p27^(Kip1)基因启动子区的生物信息学分析 被引量:15
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作者 管晓翔 陈巍魏 +1 位作者 陈龙邦 王靖华 《医学研究生学报》 CAS 2010年第10期1029-1032,共4页
目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测... 目的生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文中利用生物信息学在线软件预测p27Kip1基因启动子功能。方法获取细胞周期调控因子人p27Kip1启动子全长序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果该基因启动子序列全长为3568 bp,核苷酸数据库(Gen-Bank)登录号为E26053。p27Kip1启动子序列中CpG岛存在于2544~2845 bp、2876~3511 bp处,CpG岛的存在会抑制p27Kip1启动子的转录。p27Kip1启动子共有16个转录因子。结论基因启动子相关生物信息学的研究,提高了针对启动子的研究效率,并为预测基因启动子的功能研究提供了重要信息。 展开更多
关键词 p27Kip1启动子区 DNA甲基化 转录因子结合部位 生物信息学分析
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TXNIP基因多态性和启动子区的生物信息学分析 被引量:1
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作者 杨芳 陈凤霞 +1 位作者 张文文 管晓翔 《癌症进展》 2014年第3期216-220,共5页
目的探究TXNIP的基因多态性和启动子区甲基化CpG岛、转录因子结合位点。方法利用生物信息学在线软件获得TXNIP基因3′UTR多态性和mRNA的表达情况;利用相关软件获得TXNIP启动子区序列,预测甲基化CpG岛及转录因子结合部位。结果TXNIP基... 目的探究TXNIP的基因多态性和启动子区甲基化CpG岛、转录因子结合位点。方法利用生物信息学在线软件获得TXNIP基因3′UTR多态性和mRNA的表达情况;利用相关软件获得TXNIP启动子区序列,预测甲基化CpG岛及转录因子结合部位。结果TXNIP基因3′UTR多态性位点rs7211、rs7212和rs4755的不同基因型与mRNA表达差异有统计学意义(P〈0.05);启动子区序列中甲基化CpG岛位于1763—1943bp处。结论利用生物信息学分析可以更有效地了解基因多态性和启动子区在基因表达调控中的作用。 展开更多
关键词 TXNIP 生物信息学分析 基因多态性 启动子区 甲基化 转录因子结合部位
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NAP1基因和ARHP基因启动子区的生物信息学分析 被引量:3
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作者 邱明轩 李峰 +3 位作者 张建宏 张建平 覃佐东 徐燕慧 《湖南文理学院学报(自然科学版)》 CAS 2007年第3期37-40,共4页
采用进化足迹法,利用生物信息学在线软件,分析了鼻咽癌相关肽基因NAP1和成人视网膜假定蛋白基因ARHP的启动子结构,在人和小鼠NAP1基因的启动子保守区内预测出38个共同的转录因子结合部位,在人和小鼠ARHP基因的启动子保守区内预测出44个... 采用进化足迹法,利用生物信息学在线软件,分析了鼻咽癌相关肽基因NAP1和成人视网膜假定蛋白基因ARHP的启动子结构,在人和小鼠NAP1基因的启动子保守区内预测出38个共同的转录因子结合部位,在人和小鼠ARHP基因的启动子保守区内预测出44个共同的转录因子结合部位,分析结果为NAP1基因和ARHP基因调控区的分析与鉴定,基因表达调控机制的研究提供了重要的参考. 展开更多
关键词 NAP1 进化足迹法 启动子区 转录因子结合部位 生物信息学分析
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hsa-miR-1908上游启动子区的生物信息学分析 被引量:2
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作者 匡仟卉柠 李景云 +3 位作者 季晨博 郭锡镕 倪毓辉 徐美玉 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期379-383,共5页
目的利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能,以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果... 目的利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能,以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果获取hsa-miR-1908上游启动子序列全长1458bp。miR-1908启动子序列中CpG岛位于(438~756)bp、(836937)bp、(979~1374)bp处,CpG岛的存在会抑制miR-1908启动子的转录。miR-1908有15个转录因子的结合位点。结论miRNA启动子相关生物信息学的研究,提高对启动子的研究效率,为进一步研究miR-1908的转录调控机制提供了重要的信息。 展开更多
关键词 miR-1908启动子区 生物信息学分析 转录因子结合部位
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