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藜麦WRKY基因的进化与多胁迫条件下的转录应答
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作者 侯丽媛 贾举庆 +6 位作者 姜晓东 王育川 赵菁 陈禺怀 黄胜雄 吴慎杰 董艳辉 《草业学报》 CSCD 北大核心 2022年第9期168-182,共15页
WRKY转录因子参与调控植物生长发育和多种胁迫应答,是一类非常重要的植物转录因子。为解析藜麦WRKY基因的进化特征及挖掘响应胁迫的WRKY基因,本研究利用系统的生物信息学方法在全基因组水平对WRKY基因进行了鉴定,并对其染色体定位、分... WRKY转录因子参与调控植物生长发育和多种胁迫应答,是一类非常重要的植物转录因子。为解析藜麦WRKY基因的进化特征及挖掘响应胁迫的WRKY基因,本研究利用系统的生物信息学方法在全基因组水平对WRKY基因进行了鉴定,并对其染色体定位、分组、系统进化、共线性分析以及多胁迫条件下的表达模式进行了分析。藜麦基因组中鉴定得到90个WRKY基因;划分为3组:Ⅰ组(18个)、Ⅱ组(46个)和Ⅲ组(12个),其中Ⅱ组成员进一步被划分为5个亚组:Ⅱ-a(9个),Ⅱ-b(4个),Ⅱ-c(13个),Ⅱ-d(10个)和Ⅱ-e(10个)。另外,14个WRKY成员因为WRKYGQK短肽的缺失,以及锌指结构变异较大而未划分到任何分组。本研究分组与藜麦WRKY基因进化树中家族成员的聚类结果完全一致,进一步支持了成员分组的可靠性。此外,不同分组的WRKY成员的蛋白序列呈现出小组特异的氨基酸保守域组成。藜麦和祖先二倍体苍白茎藜、瑞典藜的同源基因组模块分析表明,藜麦WRKY基因数目的增加主要来自全基因组倍增。在干旱、高温、盐、低磷胁迫和花生褪绿扇形斑病毒(GCFSV)侵染下,大量WRKY基因的表达水平被显著性诱导或抑制,说明这些WRKY基因很可能参与了调控藜麦的逆境应答反应。研究结果可为藜麦的抗逆研究提供优良的候选WRKY基因,为藜麦的抗逆研究提供参考依据。 展开更多
关键词 藜麦 WRKY 进化 胁迫 转录应答
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藜麦Hsf家族的进化与多胁迫条件下的转录应答 被引量:4
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作者 陈诗佳 张戎金蕾 +5 位作者 蒋礼玲 陈志伟 张真真 贾举庆 王明雪 黄胜雄 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期129-136,共8页
Hsf转录因子参与调控植物在生物和非生物胁迫下的防御应答机制.基于系统的生物信息学分析方法,对藜麦Hsf家族成员进行序列特征、进化和多种生物和非生物逆境胁迫下的基因表达水平分析.在藜麦基因组中共鉴定得到31个Hsf转录因子,主要分布... Hsf转录因子参与调控植物在生物和非生物胁迫下的防御应答机制.基于系统的生物信息学分析方法,对藜麦Hsf家族成员进行序列特征、进化和多种生物和非生物逆境胁迫下的基因表达水平分析.在藜麦基因组中共鉴定得到31个Hsf转录因子,主要分布在7号染色体.系统进化树将藜麦31个Hsf成员划分到A1-A9、B1-B5和C组中;但藜麦Hsf成员在A6、A8、B5亚组中出现了缺失.藜麦Hsf成员的HR-A/B区域蛋白序列比对结果进一步支持了进化树中藜麦Hsf成员的聚类结果.藜麦Hsf成员蛋白序列中保守区域的分布呈现出组别特异性.A组Hsf成员的蛋白序列包括HSF domain、HR-A/B、NLS、NES和CTAD在内的保守区域;B组和C组的Hsf成员则缺失了CTAD.在干旱、高温、盐、低磷胁迫和GCFSV病毒侵染下,31个藜麦Hsf基因的表达模式被阐明;其中大量Hsf基因的表达水平被显著地诱导表达,推测其参与了藜麦在生物和非生物胁迫下的防御应答反应.本研究结果可为藜麦抗逆品种的遗传育种提供大量优良候选Hsf基因.(图6表1参28) 展开更多
关键词 藜麦 HSF 进化 胁迫 转录应答
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胶孢炭疽病菌环境pH应答转录调控因子基因的克隆与分析 被引量:6
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作者 蒲金基 张欣 +3 位作者 谢艺贤 漆艳香 张春发 刘晓妹 《热带作物学报》 CSCD 2008年第4期501-505,共5页
参照油梨炭疽病菌(Colletotrichum gloeosporioides)的环境pH应答转录因子基因pac1设计1对特异性引物,以芒果炭疽病菌(C.gloeosporioides)基因组DNA为模板,扩增获得大小为2 625 bp的目的基因片段。序列分析结果表明,目的片断包含完整的... 参照油梨炭疽病菌(Colletotrichum gloeosporioides)的环境pH应答转录因子基因pac1设计1对特异性引物,以芒果炭疽病菌(C.gloeosporioides)基因组DNA为模板,扩增获得大小为2 625 bp的目的基因片段。序列分析结果表明,目的片断包含完整的阅读框,与油梨炭疽病菌C.gloeosporioides pac1基因相应片段长度相同,二者碱基序列同源性达97%。用RT-PCR技术获得pac1基因cDNA片段,证实目的基因片段中存在3个大小分别为59,50,71 bp的内含子。拼接的全长cDNA长1 755 bp,推测编码的氨基酸序列长584个氨基酸残基,与推测的油梨炭疽病菌pac1基因所编码的蛋白质同样大小,二者氨基酸序列相似性达99%,只有1个氨基酸的差异,可以肯定克隆的目的片段为C.gloeosporioides pac1基因,为进一步研究C.gloeosporioides侵染芒果时的pH调控奠定了基础。 展开更多
关键词 芒果 胶孢炭疽菌 环境pH应答转录调控因子基因
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脱水应答转录因子(DREB)的扩增、克隆与序列分析
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作者 王振英 王少峡 薛志娟 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第9期1016-1016,共1页
关键词 脱水应答转录因子 克隆 序列分析 基因 抗逆性 植物
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中华稻蝗金属应答转录因子基因OcMTF-1的分子特性及表达分析 被引量:1
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作者 任丽娴 余志涛 +3 位作者 刘晓健 张建珍 马恩波 郭亚平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1001-1007,共7页
【目的】金属应答转录因子-1(metal-responsive transcription factor-1,MTF-1)是一种多功能转录调控蛋白,可在机体应对重金属、低氧或氧化压力环境时发挥作用。本研究旨在确定中华稻蝗Oxya chinensis MTF-1基因在不同组织部位及不同发... 【目的】金属应答转录因子-1(metal-responsive transcription factor-1,MTF-1)是一种多功能转录调控蛋白,可在机体应对重金属、低氧或氧化压力环境时发挥作用。本研究旨在确定中华稻蝗Oxya chinensis MTF-1基因在不同组织部位及不同发育时期的表达模式。【方法】基于中华稻蝗转录组数据库,搜索到MTF-1 cDNA片段,采用RACE方法克隆获得MTF-1的5'端和3'端序列。利用不同生物信息学软件对所得序列进行结构域预测、氨基酸序列比对和进化树分析。根据该基因的核苷酸序列,设计特异性表达引物,利用RT-qPCR方法研究其在中华稻蝗不同组织部位及不同发育时期的表达。【结果】克隆获得中华稻蝗MTF-1 cDNA全长序列,命名为OcMTF-1(GenBank登录号:KM017748),其长为1 834 bp,其中开放式阅读框(ORF)为1 527 bp,编码508个氨基酸。结构域预测发现,该序列只含有6个C2H2型锌指结构,无其他激活域。氨基酸序列比对发现,OcMTF-1 N端的锌指结构域与目前已知的其他昆虫的MTF-1有很高的相似度。OcMTF-1在中华稻蝗马氏管中高表达,其次是后肠和脂肪体,其他组织部位表达量相对较低;在1-5龄若虫期和成虫期均表达。【结论】本研究克隆获得中华稻蝗OcMTF-1基因cDNA全长序列,其编码蛋白N端的锌指结构域与其他昆虫MTF-1序列一致性较高。该基因在中华稻蝗马氏管中高表达;在若虫和成虫各发育阶段均有表达,其中1龄若虫期表达量最高。研究结果为进一步探索OcMTF-1基因的转录调控机制提供了基础资料。 展开更多
关键词 中华稻蝗 金属应答转录因子-1 基因克隆 RT-QPCR 表达模式
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环磷酸腺苷应答元件结合蛋白调控的转录共激活因子在肿瘤发生发展中作用的研究进展 被引量:1
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作者 王英杰 李群益 +2 位作者 钟明康 陈海飞 施孝金 《上海医药》 CAS 2022年第19期15-19,共5页
环磷酸腺苷应答元件结合蛋白(cyclic adenosine monophosphate response element binding protein,CREB)调控的转录共激活因子(CREB-regulated transcription coactivators,CRTCs)是一个新发现的细胞内信号整合子家族,能极大地增强CREB... 环磷酸腺苷应答元件结合蛋白(cyclic adenosine monophosphate response element binding protein,CREB)调控的转录共激活因子(CREB-regulated transcription coactivators,CRTCs)是一个新发现的细胞内信号整合子家族,能极大地增强CREB的活性,而CREB作为细胞内的重要转录因子,参与调节细胞众多的生理活动。越来越多的研究表明,CRTCs参与调控细胞的生长、分化、增殖、存活、DNA损伤修复和凋亡相关的信号通路,在肿瘤的发生发展中起着重要作用。本文概要介绍CRTCs在肿瘤领域的研究进展。 展开更多
关键词 环磷酸腺苷应答元件结合蛋白 环磷酸腺苷应答元件结合蛋白调控的转录共激活因子 肿瘤
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酵母耐盐机制的研究进展 被引量:18
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作者 付畅 杨传平 +1 位作者 刘桂丰 姜静 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期757-761,共5页
酵母是一种真核模式生物同时也是一种耐盐微生物,其基因表达和信号传导系统的调节机制及离子运输机制与高等真核生物类似。酵母耐盐机制的研究有助于阐明真核生物的耐盐机制。本文综述了酵母在盐胁迫下的信号传导途径和分子应答机制,以... 酵母是一种真核模式生物同时也是一种耐盐微生物,其基因表达和信号传导系统的调节机制及离子运输机制与高等真核生物类似。酵母耐盐机制的研究有助于阐明真核生物的耐盐机制。本文综述了酵母在盐胁迫下的信号传导途径和分子应答机制,以及在酵母耐盐机制研究中主要的研究方法。 展开更多
关键词 酵母 盐胁迫 转录应答 耐盐基因
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Isolation and Structural Analysis of DRE-Binding Transcription Factor from Maize (Zea mays L.) 被引量:11
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作者 秦峰 李洁 +3 位作者 张贵友 赵军 陈受宜 刘强 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第3期331-339,共9页
Dehydration-responsive element-binding (DREB) proteins specifically binding with dehydration-responsive element (DRE) have been identified as a kind of important transcription activator of plants under drought, high s... Dehydration-responsive element-binding (DREB) proteins specifically binding with dehydration-responsive element (DRE) have been identified as a kind of important transcription activator of plants under drought, high salt and cold stress. The conserved amino, acid residues of Val (14th residue) and Glu (19th residue) in AP2/EREBP domain of DREB1A have been identified to be two key points in determining the binding ability of DREB gene with DRE element. Using the yeast one-hybrid system, we isolated one maize DREB gene named maDREB1 by screening cDNA library. Trans-activation experiment in yeast reporter strain demonstrated that maDREB1 protein could function as a DREB transcription factor activating target gene expression by specifically binding to the DRE cis-element. To assess the functional significance of these two residues in maDREB1, the V14 and E19 were substituted individually or doubly by Ala and Asp. Point mutation analysis showed that V14 substitution made significant loss of binding ability with DRE element, while point mutation of E19 had less effect. If the substitution happened simultaneously to these two residues, it would lead to great loss of the ability of binding with DRE element. It suggested that V14 and E19 were both important in protein-DNA interacting in maDREB1, though 14V was more essential. The copy number and expression pattern of maDREB1 was discussed. 展开更多
关键词 maDREB1 transcription factor dehydration-responsive element (DRE)
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外源茉莉酸甲酯对小麦幼苗低温耐受性的影响 被引量:16
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作者 李杨洋 焦浈 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期87-92,共6页
以矮抗58小麦为材料,探究在冷驯化条件下,外源茉莉酸甲酯对小麦幼苗生理生化特性及抗冻应答因子表达的影响。实验设置两组小麦幼苗,分别用双蒸水和100μmol/L茉莉酸甲酯溶液喷施4℃低温处理组,低温处理一周。生理生化结果表明,100μmol/... 以矮抗58小麦为材料,探究在冷驯化条件下,外源茉莉酸甲酯对小麦幼苗生理生化特性及抗冻应答因子表达的影响。实验设置两组小麦幼苗,分别用双蒸水和100μmol/L茉莉酸甲酯溶液喷施4℃低温处理组,低温处理一周。生理生化结果表明,100μmol/L浓度外源茉莉酸甲酯喷施处理的小麦幼苗存活率达91%,较低温处理组显著升高,细胞内SOD、CAT和POD活性分别较双蒸水喷施对照组活性升高34%、50%和14%,胞内可溶性蛋白含量增加30%,游离脯氨酸含量提高14%,MDA含量相对下降5%,实验组与对照组间具显著性差异;实时荧光定量PCR结果表明,100μmol/L外源茉莉酸甲酯处理可显著升高冷驯化条件下小麦幼苗中抗寒应答转录因子TaCBFⅣd-B4、TaCBFⅢd-B19、TaCBFⅢc-D3和TaCBFⅢd-D19表达量,其中TaCBFⅣd-B4抗冻应答转录因子表达量最高。结果表明,100μmol/L外源茉莉酸甲酯的喷施能够增强小麦对低温胁迫的耐受能力。 展开更多
关键词 外源茉莉酸甲酯 小麦 低温耐受性 生理生化特性 抗寒应答转录因子TaCBFs
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Advance in Research on Biological Function and TranscriptionalControl of Heat Shock Proteins 被引量:1
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作者 徐存拴 辛泽华 袁金云 《Developmental and Reproductive Biology》 2002年第2期130-136,共7页
The regulation of heat shock transcription factor to heat shock protein expression and the newest knowledge about the effect of heat shock protein on aging,immune response and the balance of cell survival and apoptosi... The regulation of heat shock transcription factor to heat shock protein expression and the newest knowledge about the effect of heat shock protein on aging,immune response and the balance of cell survival and apoptosis are summarized in the paper. 展开更多
关键词 heat shock protein (HSP) heat shock transcription factor (HSF) aging immune response the balance of cell survival and apoptosis
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Molecular Mechanism of Rice in Response to Salt Stress 被引量:1
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作者 E Zhi-guo ZHANG Li-jing WANG Lei 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第6期785-788,共4页
Rice is moderately sensitive to salinity,and the response to salt stress is a complex process,including the perception and transduction of salt stress signal,the activation of specific transcriptional factors and the ... Rice is moderately sensitive to salinity,and the response to salt stress is a complex process,including the perception and transduction of salt stress signal,the activation of specific transcriptional factors and the expression of downstream stress-responsive genes.The functions of Na+ transporters which are involved in the maintenance and reconstruction of the ion homeostasis,transcriptional regulators and osmotic regulation genes were reviewed.Salt tolerance of plants are enhanced by Na+ vacuolar compartmentation or efflux or high levels of osmoprotectants accumulation in cytoplasm. 展开更多
关键词 RICE Salt stress Transport protein Transcription factor Osmotic adjustment
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联苯培养条件下红球菌R04转录表达和苯甲酸代谢途径解析 被引量:8
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作者 杨秀清 席婧雯 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期851-862,共12页
【目的】研究不同碳源,特别是联苯条件下红球菌的细胞转录应答,以挖掘与多氯联苯(PCBs)转运、代谢及其调控相关的基因,为进一步全面理解PCB微生物降解的分子机制奠定基础。【方法】以一株多氯联苯降解菌红球菌(Rhodococcus sp.R04)为材... 【目的】研究不同碳源,特别是联苯条件下红球菌的细胞转录应答,以挖掘与多氯联苯(PCBs)转运、代谢及其调控相关的基因,为进一步全面理解PCB微生物降解的分子机制奠定基础。【方法】以一株多氯联苯降解菌红球菌(Rhodococcus sp.R04)为材料,分别提取不同碳源(乙醇、葡萄糖和联苯)培养条件下菌体的总RNA,反转录合成c DNA。采用高通量测序法分别对这三种样品进行转录组测序,分析测序数据得出全基因组表达模式,并对不同条件下的基因表达进行差示分析,进而对联苯代谢网络和红球菌中其他基因的转录调节和代谢应答反应做出相关性分析。Q-RT-PCR分析不同碳源培养条件下的基因表达情况。【结果】测序结果表明,与葡萄糖和乙醇相比,联苯培养条件下明显上调(log2 Ratio1)基因个数分别为375和332个。与葡萄糖相比,联苯培养条件下,相关基因上调表达量与Q-RT-PCR实验结果基本一致。功能分类获得细胞组分、分子功能和生物学过程三大类别160多个细小分支的差示表达基因,部分基因参与联苯代谢转录调控、联苯转运、抗氧化应激反应以及信号传导通路系统等多种生理过程。参与联苯上游代谢途径的众多同工酶基因中,只有bph C2和bph D1在联苯中大量上调表达,其余同工酶在联苯中基本量不变或下调表达。转录组注释及差示分析推测,红球菌R04中苯甲酸的代谢主要是通过儿茶酚邻位途径、间位途径以及原儿茶酸途径三条代谢途径完成。【结论】与葡萄糖和乙醇相比,红球菌R04在联苯培养条件下基因表达差异明显,这为我们进一步解析多氯联苯代谢特征和代谢调控提供理论依据。 展开更多
关键词 联苯代谢 苯甲酸代谢 转录应答 相关性分析
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藜麦及其祖先二倍体NAC基因的进化与胁迫应答 被引量:1
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作者 陈诗佳 侯丽媛 +6 位作者 蒋礼玲 陈思宇 王琳超 张戎金蕾 贾举庆 王明雪 黄胜雄 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1469-1476,共8页
NAC是一类广泛参与调控植物在生物和非生物胁迫下防御应答的转录因子.基于系统的比较基因组学研究方法,对藜麦Chenopodium quinoa的NAC基因进行进化与多个生物和非生物逆境下的应答研究.在藜麦C.quinoa、祖先二倍体Chenopodium pallidic... NAC是一类广泛参与调控植物在生物和非生物胁迫下防御应答的转录因子.基于系统的比较基因组学研究方法,对藜麦Chenopodium quinoa的NAC基因进行进化与多个生物和非生物逆境下的应答研究.在藜麦C.quinoa、祖先二倍体Chenopodium pallidicaule和Chenopodium suecicum基因组中分别共鉴定得到106、54和54个NAC基因.染色体定位数据表明藜麦基因组中18个NAC基因涉及串联倍增事件.3个物种NAC基因的系统进化树证明藜麦基因组中存在NAC基因的倍增与丢失.藜麦分别和C.pallidicaule和C.suecicum之间同源基因组模块的对应数目关系进一步证明藜麦保留了相当数量的祖先二倍体NAC基因,是其NAC基因倍增的主要动力.此外,藜麦NAC基因在干旱、高温、盐、低磷胁迫和GCFSV侵染下的表达模式被阐明;大量NAC基因被显著地诱导表达,推测其参与了藜麦在生物和非生物胁迫下的防御应答反应.本研究结果为藜麦的遗传育种提供了优良的候选NAC基因.(图7参26) 展开更多
关键词 藜麦 祖先二倍体 NAC 进化 胁迫 转录应答
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TRIM4 modulates type I interferon induction and cellular antiviral response by targeting RIG-I for K63-1inked ubiquitination 被引量:23
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作者 Jie Yan Qi Li Ai-Ping Mao Hong-Bing Shu 《Journal of Molecular Cell Biology》 SCIE CAS CSCD 2014年第2期154-163,共10页
RIG-I is a pivotal cytoplasmic sensor that recognizes different species of viral RNAs. This recognition leads to activation of the transcription factors NF-κB and IRF3, which collaborate to induce type I interferons ... RIG-I is a pivotal cytoplasmic sensor that recognizes different species of viral RNAs. This recognition leads to activation of the transcription factors NF-κB and IRF3, which collaborate to induce type I interferons (IFNs) and innate antiviral response. In this study, we identified the TRIM family protein TRIM4 as a positive regulator of RIG-I-mediated IFN induction. Overexpression of TRIM4 potentiated virus-triggered activation of IRF3 and NF-κB, as well as IFN-13 induction, whereas knockdown of TRIM4 had opposite effects. Mechanistically, TRIM4 associates with RIG-I and targets it for K63-linked poiyubiquitination. Our findings demonstrate that TRIM4 is an important regulator of the virus-induced IFN induction pathways by mediating RIG-I for K63-Unked ubiquitination. 展开更多
关键词 TRIM4 RIG-I UBIQUITINATION type I interferon antiviral response
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