端粒酶逆转录酶和端粒重复结合因子2在大鼠心肌细胞发育过程中的表达

目的:观察大鼠心肌细胞发育过程中端粒酶逆转录酶(TERT)和端粒重复结合因子2(TRF2)的表达,探讨TERT活性与心肌细胞分化和发育的关系。方法:应用免疫组化方法分别检测胎鼠孕16d、出生后2、5、10、20d的大鼠心脏标本,观察TERT和TRF2的表达和分布。结果:TERT分布于胎鼠心肌细胞的胞质和细胞核中,出生后2～20d,TERT在胞质的表达呈下降趋势。TRF2主要分布在胎鼠心肌细胞的胞核中,出生后5～20d,TRF2表达阳性的心肌细胞数目逐渐减少。结论:在大鼠心肌细胞发育过程中,TERT和TRF2的表达下调促使部分细胞永久地退出细胞周期而进入终末分化;TERT活性受到了心肌细胞发育过程的调节。

油棕乙酰CoA羧化酶(ACC)基因的鉴定与表达分析

[目的]对油棕乙酰CoA羧化酶(ACC)基因进行鉴定与表达分析。[方法]采用生物信息学方法鉴定油棕的ACC基因,并应用拟南芥的ACC基因蛋白质序列比对油棕的蛋白质库,应用已有油棕转录组信息,研究ACC基因在不同组织中的表达情况。[结果]在油棕中鉴定了2个ACC基因,命名为EgACC1和EgACC2。EgACC1不含内含子,而EgACC2含有32个内含子;EgACC1在不同组织中都没有表达,而EgACC2在所有组织中都有表达,其中在组培苗中有较高的表达量,同时,在油棕果发育21 d时有高的表达水平,RPKM值为70.6,为所有组织中最高。[结论]该研究阐述了油棕ACC基因的表达模式,为油棕ACC基因的功能分析奠定了基础。

雌性大鼠去卵巢后下丘脑CREB阳性神经元的形态学变化

目的 :观察雌性大鼠去卵巢后 ,下丘脑视前区 (PA)内转录因子环磷酸腺苷反应元件结合蛋白 (CREB)阳性神经元的变化 ,及探讨CREB与GnRH分泌变化的关系。方法 :采用免疫细胞化学方法对下丘脑视前内侧区 (MPA)和视前外侧区 (LPA)内CREB阳性神经元进行形态观察和细胞计数 ,采用图像分析系统测定CREB阳性神经元内的免疫产物的平均光密度 (AOD)值。结果 :( 1 )大量CREB阳性神经元见于对照大鼠的LPA和MPA。 ( 2 )去卵巢后CREB阳性神经元的数目和AOD值显著增高。 ( 3 )在阳性神经元分布和阳性产物的含量上有时间和亚区差异。结论 :大鼠去卵巢后 ,在较长时间内 。

利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达

【目的】研究传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHHNV)感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考。【方法】采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene(单一基因序列),通过计算各unigene的转录本数目(RPKM)确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达。【结果】采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条unigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因。经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠。【结论】IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因。

OrchidBase 3.0:一个兰花基因功能和基因组进化研究的数据库

兰科为被子植物的最大科,兰科植物是经济价值非常高的世界性观赏植物,其基因组学和转录组学数据可为进一步推动兰花育种和研究提供帮助.本研究团队在建立的OrchidBase1.0、2.0数据库的基础上,利用小兰屿蝴蝶兰的全基因组数据建立了基于网页版的OrchidBase3.0数据库.OrchidBase3.0数据库包含了小兰屿蝴蝶兰基因组拼接支架序列的信息以及基因注释、基因定位、基因结构、KEGG途径和BLAST搜索等内容;此外,该数据库也提供了小兰屿蝴蝶兰的基因序列和每千碱基读数每百万映射读数(RPKM).OrchidBase3.0数据库的在线资源可以通过网页浏览、文本和BLAST搜索获取,搜索结果会显示在网站上并可供下载,用户可通过该数据库下载小兰屿蝴蝶兰的基因组拼接支架序列及预测的基因和蛋白质序列.http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw为OrchidBase3.0数据库的免费网站链接.

转录因子Sp1在胃癌中的表达及其与预后的关系

目的研究转录因子Sp1在胃癌及正常胃黏膜组织中的表达特征,并探讨其表达对胃癌患者预后的影响。方法用免疫组织化学方法,检测65例胃癌原发灶及40例因胃良性病变行胃部分切除标本中的正常胃黏膜组织Sp1表达情况,观察其表达特性并研究该因子表达与患者长期生存率的关系。结果所测正常胃黏膜组织Sp1表达阳性率仅为12.5%(5/40),且均表达于正常胃腺的颈部,在成熟细胞较多的胃腺体底部未见有表达。与之相反,Sp1在胃癌组织中则有较高表达率,为53.8%(35/65)。肿瘤组织中Sp1蛋白呈无表达、弱表达及强表达患者的平均生存期分别为1700d、1560d及1026d,彼此间差异有统计学意义(P=0.036)。Sp1蛋白表达与肿瘤侵袭深度及TNM分期密切相关(P=0.001,P=0.026),而与淋巴结转移数目及Lauren分型无明显相关(P=0.306,P=0.667)。结论在正常胃黏膜和胃癌组织中,Sp1蛋白表达具有不同的分布特征。Sp1可作为判断胃癌患者预后的一个独立指标,并可能通过除淋巴结转移以外的其他机制促进肿瘤的侵袭和发展。

利用分析Unigene在转录组中表达模式的方法拼接盐角草铵转运基因

RNA-seq技术能够全面快速地获得物种在某一状态下的转录本序列信息,但测序并组装后的大量Unigene往往不包含完整ORF(Open reading frame)。转录组库具有一定的冗余性,存在着属于同一个转录本的Unigene,这些Unigene因为无重叠区不能拼接而存在转录组库中。基于这种情况,为了拼接铵转运蛋白家族Unigene,首先挑选注释为AMT(Ammonium transporter)且ORF不完整的所有Unigene(5条),通过分析Unigene在4个转录组的表达模式,其中2条Unigene(Uni4和Uni5)具有相同的表达模式,推测可能来自同一转录本。然后通过NCBI blastx将这2条Unigene与参考物种的AMT蛋白质比对,确定其在转录本的位置及序列相互间没有交叠(如果两条编码序列相互交叠则不能组成同一个转录本)。结果发现Uni4和Uni5分别位于参考转录本5′端和3′端位置,因此假定它们属于同一个转录本,中间空缺约120 bp未知序列。通过试验验证,分别在Uni4和Uni5上设计单正向引物和单反向引物,PCR扩增得到约800 bp片段,将其测序并与两条Unigene比对,证实Uni4和Uni5属于同一转录本且获得了缺失的未知序列。最终拼接得到1 667 bp序列,包含1 482 bp完整ORF,编码494个氨基酸,通过系统进化分析将其归类为amt1亚家族,命名为Seamt1。生物信息学手段预测Se AMT1蛋白与已知的其他物种AMT性质相似。本研究采用转录组Unigene表达模式聚类的方法挖掘潜在的同一转录本Unigene,并且通过另外两组Unigene检验了该方法的可行性。这一便捷方法有助于转录组中Unigene的延伸和拼接,有助于完整ORF的获得及后期基因功能研究。

转录抑制共遏因子在肝癌中的表达及功能

目的观察人转录抑制共遏因子(BCOR)在肝癌组织及对应癌旁组织中的表达和其对肝癌细胞增殖、迁移的影响。方法蛋白质印迹法(Western blot)检测BCOR在2019年8月至2020年10月在郑州大学人民医院接受手术切除的60例肝癌组织及对应癌旁组织中的表达水平;将构建的BCOR过表达载体及空病毒载体,经慢病毒包装后稳定转染至肝癌细胞中,构成实验组与对照组,免疫印迹法检测其表达变化;细胞计数试剂盒(CCK-8)实验检测转染后肝癌细胞增殖能力;划痕实验检测转染后肝癌细胞迁移能力;Transwell实验检测转染后肝癌细胞侵袭能力。两组之间比较采用t检验。结果癌旁组织中BCOR表达高于肝癌组织(1.316±0.642)倍,差异有统计学意义(t=2.689,P<0.05)。Western blot结果表明BCOR在肝癌细胞中表达量低于人正常肝细胞(1.867±0.661)倍,差异有统计学意义(t=2.941,P<0.01)。转染后实验组肝癌细胞中BCOR表达水平高于对照组(3.038±1.007)倍,差异有统计学意义(t=7.246,P<0.01)。CCK-8实验结果显示0 h实验组吸光度(A)值(0.604±0.043)较对照组(0.619±0.014)差异无统计学意义(t=0.934,P>0.05)。24、48、72 h实验组A值(0.644±0.028、0.788±0.097、1.139±0.253)低于对照组(0.860±0.057、1.250±0.282、1.934±0.326),差异均有统计学意义(t=9.545、4.385、5.444,P<0.05)。划痕实验结果显示24、48、72 h实验组迁移细胞数目[(128.333±2.082)、(230.667±2.517)、(324.667±4.509)个]低于对照组[(161.333±4.933)、(415.667±1.528)、(686.667±8.505)个],差异均有统计学意义(t=10.675、108.844、65.134,P<0.05)。Transwell实验结果显示实验组穿孔细胞数目[(56.833±9.368)个]低于对照组[(207.333±27.267)个],差异有统计学意义(t=12.786,P<0.05)。结论BCOR在肝癌组织中表达下调,过表达BCOR后可抑制肝癌细胞的增殖、迁移能力。

蜜蜂的DNA甲基化与表观遗传

表观遗传是指基因的碱基序列不发生变化,但基因表达却发生了稳定的改变,最终导致表型的稳定差异。表观遗传不仅是当下科学研究的热点,而且目前已经走进了高中生物学新教材。蜜蜂蜂王与工蜂分化发育过程中,雌幼虫蜂王浆的喂食与否,决定了其发育命运的不同,两者之间存在着巨大的表型差异。现代遗传学研究表明,蜜蜂的表观遗传与DNA甲基化密切相关,涉及基因的选择性表达。