甘蓝型油菜种子和角果皮中硫苷含量的动态变化及转录组关联分析

【目的】探索甘蓝型油菜不同发育时期种子和角果皮硫苷含量的动态变化规律,通过转录组关联分析解析控制硫苷含量变异的遗传机制。【方法】在由113个油菜品种构成的自然群体中,利用高效液相色谱法检测不同发育时期油菜种子及角果皮中的硫苷含量。提取油菜幼嫩叶片m RNA并进行m RNA-Seq测序,开发了355 536个单核苷酸多态性标记(SNP)和116 098个基因表达量标记(GEM)。将开发的SNPs和GEMs分别导入到混合线性模型(MLM)和回归分析模型中进行关联分析,获得与油菜硫苷表型变异显著相关的遗传位点,进一步通过序列比对和功能预测筛选确定候选基因。【结果】授粉后15 d(15 DAP),油菜种子和角果皮的硫苷含量变异范围分别是1.69—20.45和1.47—25.23μmol·g^(-1)。25 DAP种子、25 DAP角果皮以及成熟种子的硫苷变异范围分别是2.17—147.21、0.73—130.77和8.87—111.83μmol·g^(-1)。后两个时期(即25 DAP和成熟期)的硫苷含量表现出较大变异,适合进行转录组关联分析。基于m RNA-Seq测序数据,经质量控制后获得256 397个高质量的SNP标记(MAF>0.01)和53 889个GEM标记(平均基因表达量>0.4)。利用SNP标记对成熟种子、25 DAP种子和25 DAP角果皮硫苷含量进行关联分析,分别检测到167、158和3个显著关联位点(-log10P>6.71)。其中,与成熟种子显著关联的SNP标记形成5个明显的关联峰,分别位于A2、A9、C2、C7和C9染色体上。同时,利用GEM标记进行的关联分析中,分别检测到127、16和24个与成熟种子、25 DAP种子、25 DAP角果皮硫苷含量显著关联的位点(-log10P>6.03),这些位点主要分布在A2、A8、A9、C2和C9染色体上并形成明显的关联峰。其中,成熟种子和25 DAP角果皮在A9、C2和C9染色体上形成共同的关联峰。通过与公共数据库的基因组序列比对和功能注释,共筛选到295个功能基因,其中25个基因涉及硫苷代谢网路途径,直接参与硫苷的调控。其余基因虽然没有直接参与硫苷代谢过程,但是它们大多属于转录因子基因、刺激响应因子基因,涉及细胞过程或是具有催化活性,因而推测在硫苷积累中同样起到重要作用。【结论】油菜角果皮中的硫苷含量较高,而且与种子硫苷含量显著正相关,是硫苷合成或转运的重要器官。共检测到328个SNP显著标记和144个GEM显著标记,筛选到25个与硫苷合成或者转运有关的功能基因以及73个功能未知的新基因。

猪瘟病毒Shimen株侵染猪肺泡巨噬细胞与猪血管内皮细胞的转录组共表达基因分析

猪瘟病毒(Classical swine fever,CSFV)引起的猪瘟对于全球养猪业具有广泛危害,其深层发病机制仍待阐明。该研究基于CSFV Shimen株侵染猪肺泡巨噬细胞和猪血管内皮细胞差异表达的转录组学数据,深度挖掘这两种宿主细胞共同应答CSFV Shimen株侵染的关键基因。结果显示,真核生物起始因子4A3(eukaryotic translation initiation factor 4A3,EIF4A3)、蛋白酶体β亚基3型(proteasome subunit beta3,PSMB3)等关键基因的异常表达可能影响宿主细胞的凋亡、周期调控等生理进程。GO(Gene Ontology)和KEGG分析表明,CSFV Shimen的侵染造成NF-κB等相关调控的生物学过程改变,并且DNA复制等信号通路出现显著性应答。联合组学分析很好地提示了CSFV Shimen对巨噬细胞及血管内皮细胞可能的共性损害,为更好地开展CSFV与宿主细胞的互作机制研究提供了有价值的信息。