基于转录组学分析1-MCP与EBR联合处理对鲜黄花菜采后衰老的影响

利用不同剂量1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene,1-MCP)、2,4-表油菜素内酯(2,4-epibrassionolide,EBR)及其联合处理鲜黄花菜并进行为期15 d的贮藏实验(贮藏温度-1~1℃),通过测定理化指标并进行转录组学分析,研究1-MCP与EBR及其联合处理对鲜黄花菜采后衰老的影响。结果表明,采后使用1μL/L 1-MCP与1 mg/L EBR联合处理能够比单独处理更有效地延缓鲜黄花菜的黄化、伸长、软化、开散、质量损失、叶绿素降解等不良变化,从而极大地维持黄花菜花蕾的贮藏品质。转录组学分析表明,1-MCP与EBR联合处理调控了黄花菜衰老进程相关基因的转录水平,显著抑制了乙烯的生物合成和信号转导途径相关基因的转录,激活了油菜素内酯的生物合成和信号转导途径相关基因的转录,从而改变了黄花菜体内衰老类和生长类植物激素的代谢平衡。1-MCP与EBR联合处理抑制了叶绿素降解途径相关基因转录,有利于保持鲜黄花菜品质;联合处理也抑制了与衰老密切相关的E3泛素连接酶基因的转录,从而延缓细胞中蛋白质降解,推迟鲜黄花菜采后衰老的生理进程。研究结果可为延缓鲜黄花菜花蕾的采后衰老和保持贮藏品质提供理论依据和实践参考。

基于蛋白组学和代谢组学在血液存储中相关性分析

目的红细胞(RBC)储存损伤一直是RBC体外储存研究所关注的重要问题,涉及到RBC储存过程中一系列生理、生化、形态和组学成分的改变,这些改变相互作用从而对储存RBC产生影响。为了进一步阐明RBC储存损伤机制,通过多组学研究储存期悬浮RBC损伤机制。方法取一次性使用塑料血袋采集的悬浮RBC共10袋(ALT化验结果不合格),将已制备的RBC放4℃冰箱中储存,分别于储存0周、1周、3周和5周取样,按RBC质量标准进行检测(HCT、HGB和储存期末溶血率)。检测其在不同保存期的各项生化指标(K^(+)、Na^(+)、Cl^(-)、Ca^(2+)、Glu和LDH)。进行蛋白组学和代谢组学检测,通过生物信息学分析评价悬浮RBC储存过程中相关生物学功能变化情况及相关性。结果符合悬浮RBC质量国家标准,其生化指标K^(+)和LDH随着保存时间的延长而有所升高,Na^(+)和Glu随着保存时间的延长而有所下降,在保存5周时差异显著(P<0.01),其它指标Cl^(-)和Ca^(2+)变化不明显(P>0.05)。我们根据筛查的蛋白质以及其下游的差异代谢物变化情况,进行了蛋白组学与代谢组学整合分析,通过不同层次的生物分子之间的关联研究,发现悬浮RBC的储存对RBC代谢等过程影响更明显,特别是核苷酸代谢、嘌呤代谢及蛋白质的消化和吸收等代谢相关通路,对RBC代谢相关蛋白影响反而小一些。结论我们通过使用代谢组学和蛋白组学检测,促进RBC结构、功能等的研究,为深入研究悬浮RBC储存损伤机制奠定了良好基础。

基于代谢组学方法的混合香精香料差异性物质鉴定与品质分析

使用气相色谱-质谱和代谢组学分析方法,研究了4种混合香精香料的多批次样本中的特征性和差异性物质,并对样本的品质一致性进行分析评价。从A、B、C、D 4种混合香精香料中分别鉴定出49、32、48、39种物质,其中乙酸乙酯、乙酰丙酸乙酯、异戊酸异戊酯、麦芽酚、二丙二醇、乙酸、4-氧代戊酸及5-羟甲基-2-呋喃甲醛8种物质是共有的主要风味组分。A与C型样本风味成分较为相似,果香与花香特征的酯类物质含量最为丰富,B型中具有酸香特征的酸类物质含量较高,D型中酮类致香物质最多。主成分分析与偏最小二乘判别分析能够识别混合香精香料中的特征性与差异性物质。根据变量投影重要性及统计结果筛选出的苹果酸二乙酯、反式-橙花叔醇、乙基麦芽酚等40种物质可用于4种香精香料的品质判断。不同类型样本的物质组成差异明显,同类型不同批次样本间特征物质的质量波动较小、品质一致性较好。

基于超高效液相色谱-高分辨质谱法高分辨非靶代谢组学的竹叶青组方发酵前后成分比较研究

为探究肠道益生菌发酵对竹叶青药食同源组方的影响,该研究采用超高效液相色谱-高分辨质谱法对竹叶青组方发酵前后的化学成分进行整体分析。通过高分辨非靶代谢组学技术检测竹叶青组方发酵液发酵前后的化学成分,并进行主成分分析、偏最小二乘判别分析、正交偏最小二乘判别分析和差异组分筛选等分析,探讨发酵前后化学成分的变化情况。同时,基于网络药理学方法,探究发酵后显著增加的化学成分的潜在靶标和作用机制。研究结果结合数据库中化合物的精确分子质量、保留时间、分子式、质荷比以及多级质谱裂解信息,从竹叶青组方发酵液筛选鉴定化学成分共46个。高分辨非靶代谢组学对发酵前后样品的鉴定结果显示,正负离子模式下共筛选到91个差异组分,主要以黄酮类成分为主。此外,竹叶青组方经乳酸发酵后新产生70个化学成分(P<0.05)。网络药理学分析结果显示,竹叶青组方发酵后主要成分的作用靶标显著富集在与血管、神经受体、炎症等相关的信号通路上。

花生种皮色素合成相关通路的转录组-代谢组学联合分析

花青素是具有重要生理活性的植物次生代谢产物,而关于花青素合成机制的研究已成为重要的研究热点之一。本研究以花青素类型和含量存在显著差异的紫珍珠、红珍珠、G110和白珍珠为研究材料,取开花后30 d和45 d样品进行转录组、代谢组分析以及双组学联合分析。RNA-Seq分析共鉴定出32805个差异表达基因,KEGG富集通量分析表明不同组别具有差异。GO分析结果表明,在氧化还原过程、花色苷化合物生物合成过程和类黄酮生物合成过程中,富集到与种皮颜色相关的差异表达基因分别为34个、21个和19个。液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)法进行代谢组分析结果表明,差异表达代谢物包括原花青素、矮牵牛素、芍药素、锦葵素、飞燕草素和矢车菊素以及它们的衍生物;原花青素A1、A2、B2、B3,飞燕草素和矢车菊素在各个比较组显著上调,差异倍数为5.82~19.52。差异表达代谢物KEGG分析共富集到2条代谢通路,分别是花青素生物合成途径和类黄酮生物合成途径。转录组-代谢组的联合分析结果表明,类黄酮生物合成是种皮颜色形成的关键合成通路,飞燕草素和矢车菊素为主要差异表达代谢物。选择6个富集通路中的20个基因进行qRT-PCR验证,开花后30 d的G110相对于白珍珠中有12个基因被验证;开花后30 d的红珍珠相对于白珍珠中有12个基因被验证;开花后30 d的紫珍珠相对于白珍珠中有10个基因被验证;开花后45 d的G110相对于白珍珠中有2个基因被验证;开花后45 d的红珍珠相对于白珍珠中有7个基因被验证;开花后45 d的紫珍珠相对于白珍珠中有4个基因被验证,验证结果与转录组结果趋势一致。本研究结果将为深入研究花生种皮花青素合成的分子机理提供信息基础,同时对选育富含花青素的花生品种具有一定参考价值。

基于代谢组学分析耐盐碱水稻根际土壤特异代谢物

探究耐盐碱水稻种植对滨海盐渍土代谢变化。基于超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)法的广泛靶向代谢组学研究,采用主成分分析(PCA)、偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)、热图分析等方法对海水稻倒灌土壤进行分析。结果表明,与未种植耐盐碱水稻的海水倒灌土壤(HC)相比,种植耐盐碱水稻的海水倒灌土壤(HR)和种植耐盐碱水稻+土壤改良剂的海水倒灌土壤(HT)根际土壤特异代谢物呈明显的分离状态。从3种土壤样品中共检测出121种代谢产物,其中HC与HR之间筛选出23个差异代谢物,分别是上调代谢物16种、下调代谢物7种;在HC与HT之间筛选出21个差异代谢物,分别是上调代谢物12种、下调代谢物9种。HR和HT的土壤特异代谢物主要集中在脂质、糖类、杂环化合物、胺类、氨基酸类等。表明种植耐盐碱水稻丰富了盐渍土中的代谢物种类。

花生子仁糖代谢转录组-代谢组学联合分析

花生的营养保健价值不断受到重视,鲜食花生尤其是高糖甜花生逐渐被消费者喜爱。在花生品质育种中,子仁糖分已成为当今重要的育种目标之一,糖代谢分子调控机理的研究凸显重要。花生糖含量是花生品质性状的决定因子之一。本研究中的高糖花生品系DJ的含糖量和普通花生品系DG存在品种间显著差异。糖分含量测定结果表明,DJ子仁总糖、可溶性糖及蔗糖含量分别是DG的2.4倍(P<0.001)、2.3倍(P<0.001)和4.0倍(P<0.001)。RNA-seq及KEGG分析结果表明,富集到3371个差异表达基因,筛选出4条与糖代谢密切相关代谢通路。筛选出与糖代谢相关的通路主干结构基因7个,包括arahy.53FINS(SS)、arahy.EMU47I(FBP)、arahy.N1N6FA(HK)、arahy.R3ZIXT(MAN)、arahy.VLU73I(PFK)、arahy.7JQX15(GPI)和arahy.CM68RF(TPSA);与衍生物相关的基因8个,包括arahy.8W34DS(USP)、arahy.PFN41B(RHM)、arahy.55VZFW(GMLS)、arahy.0RJM1Q(UGDH)、arahy.P7D082(UGDH)、arahy.9GGB7F(UGE)、arahy.FEY4ZS(GLCAK)和arahy.SAFK3A(GALE);新基因1个Arachis_hypogaea_newGene_10987(GAE)。在差异代谢物中定位到蔗糖、果糖、海藻糖、1-磷酸甘露糖、腺苷二磷酸葡萄糖、二磷酸尿苷乙酰氨基葡萄糖、尿苷二磷酸葡萄糖等,其中蔗糖、果糖、海藻糖显著上调,差异倍数分别为1.18、1.33和8.37。转录组与代谢组联合分析结果表明,淀粉和蔗糖代谢与果糖和甘露糖代谢是糖代谢的关键通路,蔗糖、果糖和海藻糖为主要差异代谢物质。16个关键差异表达基因qRT-PCR验证结果表明,调控趋势与转录组学趋势一致。本研究结果将为深入探究花生子仁糖代谢的分子调控机理提供参考。

转录组-代谢组分析方法及其在药物作用机理研究中的应用

随着高通量测序技术的发展,目前高通量整合分析技术是获取最终生物学信息必不可少的重要手段,是对传统药物作用机理研究方法的一次革命性变革。转录组学、代谢组学及二者联合应用是系统生物学的重要组成部分,近年来广泛应用在药物作用机理研究相关的各个领域,如新药开发、提高药效和评价药物毒性、指导药物联合治疗等方面,已成为研究药物作用机理中不可或缺的筛选阶段。同时对转录组学、代谢组学、四种转录组-代谢组联合分析方法进行了综述,对不同联合分析方法的优缺点及存在的问题进行简要分析,阐述了近几年两组学联合分析方法在药物作用机理研究中的应用,展望其下一步的发展前景与挑战,以期探讨转录组学和代谢组学及其二者联合应用在药物作用机制研究中的策略,为今后药物作用的分子机理研究提供借鉴与参考,进而基于现有研究基础发掘新的研究方法与途径。

基于液相色谱-质谱分析冠心病稳定型心绞痛脾虚痰浊证代谢组学研究

目的基于血清代谢组学研究分析冠心病稳定型心绞痛脾虚痰浊证的差异代谢物和相关代谢通路。方法招募60例冠心病稳定型心绞痛脾虚痰浊证患者和60例同期健康志愿者,采用超高效液相色谱-质谱联用测定两组受试者的血清代谢组学,通过原始谱图和原始数据进行多元统计分析鉴定差异代谢物,进行KEGG代谢通路富集分析。结果冠心病稳定型心绞痛脾虚痰浊组总计60例患者参与研究,对照组总计60例健康志愿者参与研究,两组受试者的一般资料、生化指标均无统计学差异(P>0.05);共鉴定得到18个差异代谢物,其中苯乙醛、正磷酸盐、鸟嘌呤核苷、磷酸二乙酯、2-脱氧-D-葡萄糖酸盐、鸟嘌呤、5-(2-羟乙基)-4-甲基噻唑表达下调,牛黄胆酸、2-丙基戊二酸、8-氨基-7-氧代壬酸、L-酪氨酸、S-磺基-L-半胱氨酸、环己甲酸、紫质胆素原、(R)-3-羟基-2-丁酮、辛酰基葡糖苷酸、褪黑素、A-茄碱表达上调;涉及苯丙氨酸代谢、硫胺素代谢以及嘌呤代谢等代谢通路。结论差异代谢物在一定程度上从微观层面揭示了冠心病稳定型心绞痛脾虚痰浊证的代谢本质以及为冠心病稳定型心绞痛脾虚痰浊证患者临床早期预警提供线索。

基于转录组和蛋白组数据联合分析浅光休眠烟草种子暗萌发的分子网络

【目的】旨在挖掘浅光休眠烟草Nicotiana tabacum种子在黑暗下的调控基因和分子网络。【方法】以浅光休眠烟草Y85种子为实验材料,通过整合转录组和蛋白组数据,挖掘其暗萌发的分子网络。【结果】胚根突出前后蛋白和(或)mRNA表达差异存在5种差异类型,其中共同上调表达的蛋白(基因)有BoGH3B、MAN1、ERD3、MLP31、FAP1等,共同下调表达的蛋白(基因)有NEC1、MFT、ECP63、SOP1、LE25、SBP65等。上述差异蛋白(基因)富集的信号通路包括果糖和甘露糖代谢、甘露聚糖分解、内甘露聚糖-1,4-β-甘露糖苷酶活性;而发生功能的细胞成分包括线粒体、膜组成部分和叶绿体。【结论】通过整合转录组和蛋白组数据初步构建了浅光休眠烟草Y85种子的暗萌发调控网络。

代谢组和转录组联合分析果树生理机制的研究进展

随着系统生物学研究大数据时代的到来,高通量、高效的多组学联合分析已经成为园艺植物研究领域最热衷的高新技术手段。更多的研究将代谢组学和转录组学联合应用于果树生理遗传机制及其调控的解析,获得了不少研究成果。代谢组和转录组的整合,可以实现组学间的相互验证,既从转录层面预测代谢物的变化,又从代谢层面验证基因转录的结果;可以深入解析代谢谱和转录谱间的相互关系和果树各项生物系统的代谢机制。笔者综述了近年来国内外代谢组和转录组联合分析在果树的果实品质形成与调控、环境响应、免疫互作机制三方面的研究进展。

代谢组学及其在慢性肾脏病研究中的进展

近年来,慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)的发病率随着社会老龄化的发展以及肥胖、糖尿病、高血压等疾病发病率的升高不断增加[1],现已成为世界主要公共卫生问题之一。因此迫切需要对CKD进行更深入的研究。现代代谢组学是20世纪后期基于核磁共振(nuclear magnetic resonance,NMR)和质谱分析技术(mass spectrometry,MS)高速发展背景下,继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后系统生物学的又一重要组成部分。代谢组学研究的是特定时间、特定环境下生物系统整体受到内源或外源刺激后产生的全面的、动态的代谢物(主要相对分子质量<1000)及其变化规律[2],这在CKD研究中具有十分突出的优势。

基于UPLC-Q/TOF-MS技术分析发酵胶原蛋白肽-菠萝蜜汁的代谢物变化

该文采用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(ultra-high performance liquid chromatography quadrupole timeof-flight mass spectrometry,UPLC-Q/TOF-MS)技术采集胶原蛋白肽溶液(collagen peptide solution,PP)、未发酵菠萝蜜汁(non-fermented jackfruit juice,JJ)、发酵菠萝蜜汁(fermented jackfruit juice,FJJ)和混合发酵胶原蛋白肽-菠萝蜜汁(co-fermented peptide-jackfruit juice,FPJ)的全代谢物组分,比较FPJ组与FJJ、JJ、PP组的代谢物差异。在正、负离子模式下分别鉴定出1 388个和565个代谢物特征。采用VIP>1.0和Fold Change>2作为阈值,使用代谢组学数据库对差异代谢物精准确定,筛选出80种代谢物作为关键代谢物,包含42种寡肽、7种醇、6种氨基酸、3种有机酸、3种酯类、3种脂质、2种醛等。结果表明,FPJ组较FJJ组和JJ组中氨基酸、小肽、酯类、酸类和风味物质的含量发生明显变化,FPJ组的营养价值和感官品质得到改善。

转录组和代谢组联合分析在植物中的应用研究

随着测序技术及质谱技术的发展,获得高通量的测序数据和质谱数据的方法越来越方便,系统生物学通过整合生物系统中诸多相互联系和作用的组分以研究复杂生物过程的机制。组学是基于高通量分析的系统生物学研究,依据研究对象可以分为基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等,不同组学分别从不同的层面反应基因结构信息、转录水平、蛋白质丰度及生理代谢等情况。随着组学技术的不断发展,多组学联合分析已被广泛应用于植物复杂的生物学机制的解析,其中转录组和代谢组是比较成熟、深入和简便的技术。在转录组和代谢组联合分析中,转录组中的差异表达基因与代谢组检测到的差异代谢物进行关联分析,可以从原因和结果两个层次分析植物体内在变化,锁定与代谢物变化的重点通路,进而构建核心调控网络,从而揭示其内在规律。转录组与代谢组的关联分析方法主要包含以下内容:基于KEGG通路的注释和富集分析、基于皮尔逊的相关性分析和基于降维的模型构建确定关联关系。转录组与代谢组联合分析的方法已在许多重要的农作物上应用,包含小麦、大豆、番茄、玉米、棉花、烟草和水稻等。笔者综述了近年来国内外转录组和代谢组联合分析在植物逆境胁迫和生长发育方面的研究进展,为作物育种和机制研究提供了一定理论基础,也为无参考基因组的非模式植物研究提供一种新思路。

左心室辅助装置对心肌病心肌转录组影响

目的探讨左心室辅助装置(LVAD)对终末期心肌病患者心肌基因表达谱改变及其生物学意义。方法从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)检索并筛选植入LVAD的终末期射血分数降低型心力衰竭患者心肌mRNA表达谱数据集。用韦恩图分析工具筛选目标数据集的共有差异表达基因(DEG)。选择来自至少2个数据集的DEG进入后续分析。用GEO2R筛选DEG,用GSE52601验证DEG。对DEG进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA),用STRING和Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络,识别核心模块和枢纽基因。结果共检索出4个目标数据集GSE430、GSE974、GSE21610、GSE52601。前3个作为训练集;GSE52601为验证集,对筛选出的核心DEG进行验证。共鉴定33个DEG(22个下调、11个上调),与中性粒细胞脱颗粒和G蛋白偶连受体配体结合相关;筛选出一个由15个枢纽基因组成的核心模块,与对炎症损伤的响应及调控、趋化因子经G蛋白偶联受体介导的信号转导相关,涉及丝裂原活化蛋白(MAP)/细胞外信号调节激酶(ERK)、肌动蛋白丝、γ-氨基丁酸β(GABA-B)受体、唾液酸、前列蛋白E受体、CD40受体和白细胞介素8受体等通路,尿激酶型纤溶酶原激活剂基因(PLAU)和CD163分子基因(CD163)在验证集中呈现相同变化趋势。结论LVAD对心肌病理重构的分子机制与趋化因子经G蛋白偶联受体介导的炎症通路相关,为选择合适的LVAD类型和评估LVAD治疗效果提供了基因水平的依据。

转录组及代谢组联合解析玉米响应花粒期高温胁迫机制

为了探明我国玉米主要推广品种郑单958、先玉335花粒期高温胁迫下基因表达及代谢物差异,挖掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物,利用Illumina HiSeq^TM 2500高通量测序技术分别对郑单958、先玉335高温胁迫7,14 d的穗位叶及对照叶进行高通量转录组测序,利用广泛靶向代谢组测序技术对样品进行高通量代谢物测序。转录组测序共获得214.81 Gb干净序列。郑单958高温胁迫7 d后检测到49个差异表达基因,其中24个为上调基因。继续高温胁迫14 d共检测到306个差异表达基因,其中130个为上调基因。高温胁迫7 d与高温胁迫14 d对比组中检测到1462个差异表达基因,其中647个为上调基因。先玉335高温胁迫7 d后共检测到381个差异表达基因,164个上调基因。继续高温胁迫14 d后共检测到299个差异表达基因,226个为上调基因。高温胁迫7 d与高温胁迫14 d对比组中共检测到2481个差异表达基因,其中1275个上调基因。在郑单958、先玉335高温胁迫7 d后对比组中检测到6646个差异表达基因,其中3253个上调基因。在郑单958、先玉335高温胁迫14 d对比组中检测到5958个差异表达基因,其中3110个上调基因。代谢物测序共检测到654个代谢物,郑单958高温胁迫7 d后共检测出28个差异代谢物,共注释到5个代谢通路中。高温胁迫14 d后共检测出54个差异代谢物,共注释到13个代谢通路中,其中9个差异代谢物呈上调表达。先玉335高温胁迫7 d后检测出98个差异代谢物,共注释到24个代谢通路中,其中43个差异代谢物呈上调表达。先玉335高温胁迫14 d后共检测出38个差异代谢物,共注释到13个代谢通路中,其中14个上调表达。郑单958高温胁迫7 d与先玉335高温胁迫7 d对比组共检测出144个差异代谢物,共注释到36个代谢通路中,其中81个差异代谢物呈上调表达。郑单958高温胁迫14 d与先玉335高温胁迫14 d对比组共检测出158个差异代谢物,共注释到40个代谢通路中,其中81个差异代谢物呈上调表达。

基于液相色谱-质谱联用技术的肺癌细胞代谢组学分析

通过高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(HPLC-Q-TOF/MS)分别对肺癌细胞与正常细胞的极性与非极性代谢物进行指纹图谱分析,进一步应用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对代谢组学数据进行多维统计分析。研究结果显示,与正常细胞相比,肿瘤细胞存在异常的蛋白质、脂肪酸、磷脂代谢,并发现31种对分类有显著贡献的代谢小分子物质。通过本研究,建立了基于液相色谱-质谱联用技术的肺癌细胞代谢组学分析方法,发现了肺癌潜在疾病标记物,可为肺癌分子标记物的发现及其早期诊断提供新思路和新方法。

运用液相色谱联合离子阱-飞行时间质谱法进行海洛因成瘾人员代谢组学研究

利用代谢组学的研究方法,对海洛因成瘾人员尿液及血清中可能的相关标志物进行筛选。运用液相色谱联合离子阱-飞行时间质谱(LC/MS-IT-TOF)联用技术对海洛因检测尿检条阴性的16名海洛因滥用成瘾者与16名正常人的血清和尿液进行研究。多变量统计分析结果表明,海洛因成瘾者和正常人聚类明显,血清和尿液中分别发现12种可能的潜在标志物。成瘾人员和正常人员在血清及尿液代谢水平上具有明显差异,差异代谢物的发现有助于为发现海洛因成瘾判定的潜在标志物提供依据。

转录组及代谢组联合解析郑单309响应花粒期高温胁迫的机制

利用Illumina HiSeqTM2500高通量转录组测序技术及广泛靶向代谢组测序技术对玉米新品种郑单309高温胁迫7、14 d及正常生长条件下材料的穗位叶进行高通量测序,从而分析高温胁迫相关差异表达基因、差异表达代谢物,以期发掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物。转录组测序结果显示,郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中共检测到515个差异表达基因,其中75个为上调表达基因,440个为下调表达基因;高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中共检测到506个差异表达基因,其中114个为上调表达基因,392个为下调表达基因;高温胁迫7 d与14 d对比组中检测到2050个差异表达基因,其中790个为上调表达基因,1260个为下调表达基因。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中差异表达基因主要富集于细胞外区、分子功能调控等GO分类。郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中差异表达基因主要富集于节奏过程、细胞外区等GO分类。郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中差异表达基因主要富集于单个有机体进程、细胞成分等GO分类。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组、高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组、高温胁迫7 d与14 d对比组中差异表达基因分别主要分布于5、7、15个KOG/COG分类,主要注释到6、7、20个KEGG代谢途经。代谢组学分析共检测到654个代谢物,郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中检测到40个差异表达代谢物,其中8个上调表达,32个下调表达;郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中检测到40个差异表达代谢物,其中4个上调表达,36个下调表达;郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中检测到46个差异表达代谢物,其中17个上调表达,29个下调表达。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中的40个差异表达代谢物主要富集于次生代谢产物生物合成、精氨酸及脯氨酸代谢等KEGG通路。郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中的40个差异表达代谢物主要富集于次生代谢产物生物合成、类黄酮生物合成等KEGG通路。郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中的46个差异表达代谢物主要富集于氨酰tRNA生物合成,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等KEGG通路。

基于液相色谱-质谱联用系统的系统性红斑狼疮患者血浆代谢组学分析

应用快速分离液相色谱-串联四极杆飞行时间质谱(RRLC-Q-TOF/MS)系统对系统性红斑狼疮(SLE)患者血浆样本进行代谢指纹图谱的分析。分别应用监督模式识别方法正交信号校正结合偏最小二乘法-判别分析(OSC-PLS-DA)对代谢组数据进行处理,结果显示SLE患者与健康人群对照组的代谢指纹存在明显差异;进一步从SLE患者血清代谢图谱中筛选出10个对分类有显著贡献的离子,定性鉴定出7种代谢标志物,发现SLE患者存在异常的氨基酸、磷脂和卟啉的代谢状态。本研究可为SLE的监测和诊断以及SLE发病的分子基础研究提供科学依据。