基于生物信息学分析IPO7在肝癌中的表达及意义

目的基于生物信息学分析探讨输入蛋白7(IPO7)在肝细胞癌(肝癌)中的表达及临床意义。方法利用TIMER 2.0、UALCAN及CPTAC数据库分析IPO7在肝癌中的表达情况,并从GEO数据库下载多个基因芯片进一步验证。基于GEPIA2、UALCAN数据库分析IPO7表达与肝癌患者临床病理特征的相关性,并利用TCGA肝癌数据进行二元Logistic回归,进一步分析并验证IPO7表达与肝癌患者临床病理特征的相关性。基于GEPIA2、Kaplan-Meier Plotter数据库分析IPO7表达对肝癌患者预后的影响,通过Cox回归模型进一步评估IPO7的预后价值,并进一步构建列线图评估肝癌的预后。基于LinkedOmics数据库,分析IPO7在肝癌中的共表达基因,进行GO功能及KEGG通路富集分析预测其生物学功能。通过STRING数据库进一步构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。基于TIMER 2.0数据库,分析IPO7表达与肝癌组织免疫浸润水平的关系。两组IPO7表达比较采用t检验或秩和检验,临床分期与IPO7表达关系分析采用单因素方差分析,生存分析采用Kaplan-Meier法及Log-rank检验,采用Cox比例风险回归模型分析IPO7对预后的预测价值。结果UALCAN数据库分析显示,肝癌组织中IPO7 mRNA表达水平中位数为16.9(10.7,23.7),明显高于正常肝组织的11.9(10.3,14.1)(P<0.05)。GEO数据下载多个基因芯片进一步验证,肝癌组织IPO7 mRNA相对表达量明显高于正常肝组织。CPTAC数据库进一步验证,肝癌中IPO7蛋白表达量为0(-0.778,0.654),亦明显高于正常肝组织的-1.582(-2.367,-0.559)(P<0.05)。GEPIA2数据库显示,随着肝癌分期增高,IPO7表达量逐渐升高(F=4.83,P<0.05)。UALCAN数据库显示IPO7 mRNA表达与肝癌患者美国癌症联合委员会(AJCC)临床分期、组织学分级及TP53突变有关(P<0.05)。GEPIA2数据库分析显示,IPO7高表达组总体生存期(OS)及无病生存期(DFS)更短(HR=1.700,1.400;P<0.05);多因素Cox分析显示,IPO7基因表达是肝癌患者预后不良的独立危险因素(HR=1.675,P<0.05)。KEGG通路富集分析和STRING蛋白相互作用网络分析显示,IPO7蛋白主要参与蛋白质核输入、细胞周期调控、转录调节、有丝分裂纺锤体调节和有丝分裂过程的协调、rRNA加工等活动。TIMER 2.0数据库分析显示,IPO7的表达与CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、B细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润水平呈正相关(r=0.191,0.364,0.270,0.450,0.485,0.310;P<0.05)。结论IPO7可作为肝癌预后不良标志物和潜在治疗靶点,其可能通过调节核质转运影响细胞周期及免疫细胞浸润相关通路调控肝癌的发生与发展。