辛普森菌群多样性指数与降钙素原对机械通气细菌性肺炎患者的预测价值研究

目的探讨肺泡灌洗液辛普森菌群多样性指数(SDI)与血清降钙素原(PCT)对机械通气细菌性肺炎患者预后的预测价值.方法收集扬州大学附属医院ICU 2019年6月至2021年6月行机械通气并采用高通量测序技术辅助诊疗的64例细菌性肺炎患者的临床资料,根据患者28d转归分成存活组(44例)及死亡组(20例).收集患者入ICU 24h内急性病生理学和长期健康评价(APACHE)评分Ⅱ、SDI及PCT.采用Spearman相关分析法分析SDI与PCT的相关性,构建Logistic回归模型分析影响机械通气细菌性肺炎患者预后的危险因素,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线评价SDI及PCT对机械通气细菌性肺炎患者的预测价值.结果存活组患者的APACHEⅡ评分[(14.6±1.8)分vs.(18.4±1.9)分,t=7.716,P<0.001]及PCT水平[(4.6±2.1)μg/L vs.(9.0±2.1)μg/L,t=7.869,P<0.001]均明显低于死亡组,SDI水平明显高于死亡组[0.50(0.44,0.64)vs.0.29(0.25,0.32),Z=5.579,P<0.001].相关分析显示,SDI与PCT呈显著负相关(r=-0.810,P<0.001).二元Logistic回归分析显示,SDI为影响行机械通气细菌性肺炎患者死亡的保护因素,PCT则为危险因素(P均<0.05).ROC曲线显示,SDI预测行机械通气细菌性肺炎患者28 d预后的ROC曲线下面积(AUC)为0.937,PCT的AUC为0.931,SDI联合PCT的AUC为0.950,且联合指标的AUC显著高于PCT的AUC(Z=1.892,P=0.043).结论SDI和PCT对行机械通气细菌性肺炎患者的预后均有较高的诊断价值,且SDI联合PCT的预测价值更优.

儿童体重指数与肠道菌群多样性的关联性研究

目的对儿童体重指数(body mass index,BMI)与肠道菌群多样性的关联性进行初步探讨。方法采用横断面调查方法,从2018年7月1日至7日在广东省茂名市共招募87名儿童,平均年龄(11±2)岁。以世界卫生组织2006年发布的儿童体格生长指标百分位数参考值为标准,将研究对象分成偏瘦、正常、超重以及肥胖4个组。通过Illumina Miseq高通量测序方法,对粪便样本细菌16S V4~V5区进行碱基测序;采用广义线性模型分析儿童BMI与Chao、Ace、Shannon以及Simpson指数等肠道菌群Alpha多样性指标的相关性。结果BMI每升高1 kg/m^(2),肥胖儿童的Shannon指数降低1.31%(95%CI:-2.31%~-0.25%),Simpson指数上升3.89%(95%CI:1.01%~6.83%);而偏瘦儿童的Ace指数下降4.27%(95%CI:-8.14%~-0.24%)。此外,趋势性检验结果显示,随BMI四分位数的增加,Shannon指数呈下降趋势(P=0.042)。结论儿童BMI与肠道菌群多样性存在关联,且随着BMI的增加,肠道菌群多样性呈下降趋势。此外,不同体型儿童中BMI与肠道菌群的关联强度可能不同。

固齿散对慢性牙周炎患者的效果及对龈沟液菌群多样性的影响

目的探讨固齿散对慢性牙周炎患者的效果及对龈沟液菌群多样性的影响。方法选择邯郸市口腔医院2022年1月至2023年8月收治的112例慢性牙周炎患者为研究对象。按照随机数字表法将其分成观察组和对照组,各56例。对照组予以常规治疗,观察组在对照组基础上予以固齿散(0.5 g/次,2次/d)治疗,两组共治疗3个月。对比两组临床疗效,中医证候积分,牙周探诊相关指标情况[龈沟出血指数(sulcus bleeding index,SBI)、菌斑指数(plague index,PLI)及牙龈指数(gingival index,GI)],龈沟炎症因子[白细胞介素(interleukin,IL)-6、IL-1β],龈沟液菌群α多样性(Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数、ACE指数)及β多样性。结果治疗后,观察组(92.86%)临床总有效率高于对照组(78.57%)(P<0.05);与对照组相比,观察组中医证候积分、SBI、PLI、GI、IL-6、IL-1β、Shannon指数降低(P<0.05,P<0.01),Simpson指数升高(P<0.05)。PC1对于样本差异的贡献值为70.90%,PC2对于样本差异的贡献值为24.10%。治疗后观察组与对照组整体距离存在一定分离趋势(P<0.05)。结论固齿散可调节慢性牙周炎患者龈沟液菌群多样性,改善牙周状况,减轻龈沟液炎症水平,效果显著。

非小细胞肺癌患者化疗前后肠道微生态菌群多样性变化及其与预后的相关性

目的探讨与非小细胞肺癌(NSCLC)患者化疗前后肠道微生态菌群多样变化预后的相关性。方法选取NSCLC患者40例为NSCLC组,另选择同时期健康体检者40例为对照组,采集两组受试者的粪便提取菌群DNA,用定量聚合酶链反应(Q-PCR)检测产丁酸菌的表达水平;比较两组肠道产丁酸菌的差异,NSCLC组化疗前后肠道产丁酸菌差异及肠道菌群的丰富度、多样性指数,记录随访1年NSCLC组患者生存情况,采用Pearson相关性分析NSCLC患者化疗前后肠道菌群的丰富度、多样性指数变化与预后的相关性。结果NSCLC组患者肠道产丁酸菌低于对照组(P<0.05),且NSCLC患者化疗后肠道产丁酸菌低于化疗前(P<0.05);NSCLC患者化疗后肠道菌群丰富度、多样性指数低于化疗前,差异有统计学意义(P<0.05);化疗前后肠道菌群的丰富度和多样性指数变化幅度与预后有明显的相关性(r=0.214、0.302,P<0.05)。结论肠道菌群多样性变化与NSCLC患者的预后有相关性。

黑龙江省药用植物根际土壤真菌多样性

为了解黑龙江省药用植物根际土壤真菌的种群结构和区系分布特点,于2010年7月份和10月份,在黑龙江省的伊春、铁力、绥化、哈尔滨、牡丹江和佳木斯6个中药材产区共采集土壤样品220份,所采集的药用植物种类主要有五味子、平贝母、刺五加、党参、防风、柴胡、桔梗、黄芩等14种。经稀释平板法和土壤颗粒平板法分离共获得1016株真菌,经形态鉴定归为35属86种,其中接合菌7属10种,占7.78%;子囊菌1属2种,占0.69%;无性型真菌27属74种,占70.76%,其余20.77%的菌株为不产孢真菌。试验结果表明,黑龙江省药用植物根际土壤真菌的种群多样性丰富,其中青霉属Penicillium、曲霉属Aspergillus、木霉属Trichoderma、镰孢菌属Fusarium是优势种群,粘帚霉属Gliocladium、金孢属Chrysosporium、毛霉属Mucor、枝孢属Cladosporium、枝顶孢属Acremonium、根霉属Rhizopus是亚优势种群。不同药用植物根际土壤真菌区系的结构和组成存在一定的差异。除无孢类群外,青霉属Penicillium、曲霉属Aspergillus、木霉属Trichoderma和镰孢菌属Fusarium是14种药用植物根际土壤真菌的优势菌群。五味子、平贝母和柴胡是黑龙江省种植的主要中药材,它们在6个采样地点间的真菌种群的多样性水平存在差异,其中伊春地区的多样性指数(H'=2.9574)和丰富度指数(R=5.6683)最高,而佳木斯地区的均匀度指数(J=0.9200)最高。不同地区的相似性水平也存在差异,其中牡丹江与绥化的药用植物根际土壤真菌种群组成之间的相似性系数最高(Cj=0.6315),牡丹江与哈尔滨的相似性最低(Cj=0.3704)。

攀枝花苏铁植物内生真菌多样性的初步研究

为研究我国特有孓遗植物攀枝花苏铁(Cycas panzhihuaensis L.Zhou et S.Y.Yang)内生真菌的多样性,分别从原生境和迁移地采集不同部位的组织材料,经培养分离纯化菌株,并进行形态学鉴定和多样性分析.结果显示分离共获得内生真菌438株,其中346株分属3纲、5目、8科、37属,以交链孢属Alternaria sp.、盘多毛孢属Pestalotia sp.、镰孢霉属Fusarium sp.、黑孢霉属Nigrospora sp.为优势属,92株为无孢菌群,研究说明攀枝花苏铁内生真菌具有高度的生物多样性.研究还发现不同采集时间、不同生境多样性相似度较高,但不同组织部位的菌群组成差异比较明显.

蓝莓根系内生真菌多样性的研究

山东是蓝莓种植大省,至2014年底,种植面积约3 000hm2,年产量约为5万t。为探讨山东栽培蓝莓根系内生真菌的菌群组成和分布特点,利用组织分离法从山东4个地区2个蓝莓栽培品种根系中分离内生真菌1 345株。利用形态特征和分子生物学方法鉴定为29属,其中卵菌1属,占0.45%;担子菌2属,占2.15%;子囊菌17属,占31.16%;无性型真菌9属,占60.82%;其余5.42%无法明确鉴定。结果表明:山东省栽培蓝莓根系内生真菌的菌群多样性丰富,其中以镰孢属Fusarium为优势菌群,分离频率为31.67%;木霉属Trichoderma、青霉属Penicillium、枝孢属Cladosporium、涛旋孢属Zalerion是亚优势种群。不同地区栽培蓝莓根系内生真菌的结构和组成存在一定差异。镰孢属Fusarium是2种栽培蓝莓根系内生真菌的优势菌群。多样性指数的分析反映出蓝莓根系内生真菌菌群的多样性水平存在差异,威海"杜克"的多样性指数(H′)和丰富度指数(R)最高,分别为2.835 9和4.264 3,泰安"杜克"的均匀度指数(E)最高,为0.939 1。由相似性原理得出,各地区之间的内生真菌相似性系数处于中等不相似与中等相似之间,威海和青岛之间的内生真菌菌群相似性最高,它们之间的Jaccard指数和Sorenson指数分别为0.57和0.73。

龙南钾矿区常见蕨类植物可培养内生真菌的多样性

植物内生真菌作为一类特殊的微生物资源，与宿主在长期的生态系统演化过程中形成了互惠共生关系．通过多样化途径来增强植物体的营养生理和抗性机能，对宿主植物产生多种有益生物学作用，在植物演替过程中具有重要的生态学意义。这种特殊微生物资源近年来倍受关注，而利用植物一真菌共生体强化植物在矿区逆境中生长，提高矿区生物修复效率是一个新的研究热点。为探明钾矿区不同蕨类植物内生真菌的物种多样性、群落组成以及生态分布规律，该研究以芒萁、狗脊、禾秆蹄盖蕨、海金沙、华中铁角蕨、井栏边草和乌蕨等植物为材料，采用组织分离、形态学鉴定等方法，对其内生真菌多样性进行分析。结果表明：从7种植物中共分离获得377株内生真菌，总分离率在2．50％～4．52％之间。经鉴定377个菌株隶属于链格孢属、曲霉属、枝孢菌属和轮枝孢属等25个分类单元，其中链格孢属、曲霉属、枝孢菌属和轮枝孢属等在所有被调查蕨类植物中都有分布，为优势属，共计为185株，占总株数的49．07％，但它们在每种植物的分布存在明显差异；7种蕨类植物内生真菌总定植率为叶高于根状茎（P〈0．05），多样性指数在0．502～0．867之间，但每种植物及其不同组织部位的内生真菌定植率和多样性指数存在一定的差异；从相似性分析来看，同一个钾矿区不同蕨类植物内生真菌菌群之间的相似性程度较低，相似性系数在0．189～0．587之间。该研究结果不仅丰富了植物内生真菌种质资源，而且为进一步开展植物内生真菌强化宿主植物在钾矿区生长适应机制的研究奠定了基础。

患兔流行性腹胀病家兔肠道菌群结构的ERIC-PCR指纹图谱分析

[目的]建立患兔流行性腹胀病家兔肠道细菌的DNA指纹图谱,并分析其肠道菌群结构特征的整体差异。[方法]提取流行性腹胀病兔及健康兔肠道内容物细菌总DNA,应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增技术(ERIC-PCR)建立肠道菌群的DNA指纹图谱,并分析其整体差异。[结果]病兔大肠样本DNA条带明显少于健康兔对照,而小肠样本在二者间无明显差异,说明病兔与健康兔大肠肠道菌群存在整体差异。病兔大肠样本DNA在约350 bp处出现1条主带,同时伴有若干较弱的带,而健康兔对照大肠样本DNA条带均无明显规律。病兔大肠肠道的微生物群落多样性指数为(2.03±0.49),健康兔大肠肠道的微生物群落多样性指数为(3.30±0.31),差异极显著(P<0.01)。[结论]兔流行性腹胀病发病兔大肠中肠道菌群结构多样性降低,可能存在单一或几种特定的肠道优势菌群。

温度对酱香型白酒酒醅发酵过程中细菌菌群的影响

为了研究温度对一种酱香型白酒酒醅发酵过程中细菌菌群结构和多样性指数的影响,将酒醅分别在25、30、35、40、45℃下进行厌氧发酵。高通量测序结果显示,在发酵前期和中期(20d以前),温度对酒醅中菌群结构和多样性指数影响较大,在发酵后期(25d和30d),温度对酒醅中菌群结构和多样性指数影响较小。在不同温度下,酒醅中某些属细菌的相对丰度具有较大的差别,升高温度在一定程度上可提高酒醅中细菌菌群的丰富度指数,而降低优势度指数。

老年感染性肺炎呼吸道菌群分布及临床特征观察

目的:分析老年感染性肺炎呼吸道菌群分布及临床特征。方法:选择2020年5月—2022年5月连云港市第二人民医院收治的64例老年感染性肺炎患者为观察组,采用临床肺部感染评分(CPIS)评估观察组肺部感染程度,根据CPIS评分将观察组分为轻度组(CPIS评分<6分,36例)和重度组(CPIS评分≥6分,28例);另选取同期本院收治的56例老年肺气肿患者为对照组。观察老年感染性肺炎患者呼吸道菌群分布情况,比较各组香农-维纳多样性指数[Shannon-Wiener diversity index,SHDI]和辛普森多样性指数(Simpson多样性指数),并分析各组免疫功能情况及血清炎症因子白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、免疫球蛋白G(IgG)水平及T淋巴细胞亚群CD3^(+)、CD4^(+)/CD8^(+)分布情况。结果:64例老年感染性肺炎患者中,细菌培养阳性率为65.63%(42/64),共检出细菌数85株,其中革兰阴性菌69株,占81.18%,以铜绿假单胞菌属所占比例最高,其次为肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌;革兰阳性菌16株,占18.82%,以金黄色葡萄球菌为主。轻度组与重度组SHDI均显著低于对照组,Simpson多样性指数显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);重度组SHDI显著低于轻度组,差异有统计学意义(P<0.05)。轻度组与重度组IgG、CD3^(+)、CD4^(+)/CD8^(+)水平均显著低于对照组,IL-6、TNF-α水平均显著高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);重度组IgG、CD4^(+)/CD8^(+)水平均显著低于轻度组,IL-6、TNF-α水平均显著高于轻度组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:老年感染性肺炎患者呼吸道菌群分布以铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌为主,且患者SHDI降低、Simpson多样性指数升高,免疫功能下降。

肝移植术后肠道菌群失调的诊疗策略

肝移植术后会发生多种近期以及远期并发症。在术后早期,由于多重耐药菌的产生很容易导致各种感染,其中之一表现为肠道菌群失调。在过去的十年中,一系列研究发现肠道菌群在维持肠道稳态方面具有重要功能。肠道菌群通过多种途径与其他器官相互影响,其中肠肝轴是最关键的体内微环境调节通道之一。肠道菌群在数量和成分上的改变均能导致肠道菌群失调。无论在局部还是全身系统,肠道菌群与免疫系统都存在广泛的交互作用。本文着重探讨肝移植术后肠道菌群失调发生的危险因素、肠道菌群失调对肝移植受者的影响以及相关的治疗方案。

精料中直链与支链淀粉比对羔羊瘤胃细菌菌群的影响

本文旨在研究精料中直链与支链淀粉比对不同日龄羔羊瘤胃细菌菌群的影响。选取48只体重无显著差异(P>0.05)的初生公羔,随机分成4组(每组3个重复,每个重复4只),各组精料中直链与支链淀粉比分别为0.12(木薯淀粉组)、0.23(玉米淀粉组)、0.24(小麦淀粉组)和0.48(豌豆淀粉组)。试验全期共77 d。于羔羊21、35、56和77日龄时,每个重复随机选择1只羔羊屠宰,采集瘤胃液样品。通过PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术测定分析羔羊瘤胃细菌菌群的多样性。结果表明,不同直链与支链淀粉比精料组的羔羊于21、35、56和77日龄时,瘤胃细菌多样性指数、均匀度和丰富度均无显著性差异(P>0.05)。21日龄羔羊瘤胃细菌多样性指数显著高于35日龄(P<0.05),56和77日龄羔羊瘤胃细菌多样性指数有所升高,但在数值上仍低于21日龄羔羊。DGGE回收的条带多属厚壁菌门及拟杆菌门。56日龄的小麦淀粉组羔羊瘤胃内牛单胞月形菌含量较高。由此可见,不同直链与支链淀粉比精料未影响羔羊瘤胃优势细菌的结构,但饲喂小麦淀粉饲粮可促进56日龄羔羊瘤胃内牛单胞月形菌的生长。

添加外源有机物对小麦甘薯轮作土壤碳氮、微生物菌群变化及代谢活性的影响

为探究添加外源有机物对麦薯田土壤碳氮、微生物菌群变化及代谢活性的影响,2019—2022年,通过田间定位试验,设置氮磷钾肥单施+秸秆不还田(NPKNS),80%氮磷钾肥+秸秆还田(NPKS),80%氮磷钾肥+生物有机肥+秸秆还田(NPKBS),80%氮磷钾肥+羊粪+秸秆还田(NPKDS),80%氮磷钾肥+基质+秸秆还田(NPKSS)5个处理,研究化肥减量添加不同有机物对土壤碳氮组分、微生物菌群结构及代谢活性的影响。结果表明,与NPKNS处理相比,NPKBS处理土壤有机碳(SOC)含量、土壤微生物量碳(MBC)含量、土壤可溶性有机碳(DOC)含量分别显著提高12.44%、46.05%、9.76%,NPKDS处理土壤易氧化有机碳(ROC)含量、土壤颗粒有机碳(POC)含量分别显著提高8.50%、12.11%;与NPKNS处理相比,NPKBS处理土壤全氮、微生物量氮含量分别显著提高8.99%、7.87%;与NPKNS处理相比,NPKBS处理土壤细菌、总菌群磷脂脂肪酸(PLFA)含量分别显著提高36.43%、12.78%,NPKSS处理放线菌PLFA含量显著提高32.52%。NPKBS处理细菌含量/真菌含量较其他处理分别提高10.87%~96.15%,NPKDS处理革兰氏阳性菌与阴性菌比值较NPKNS、NPKS处理分别显著提高16.95%、11.29%;AWCD表现为NPKBS>NPKSS>NPKDS>NPKS>NPKNS;NPKBS处理土壤微生物对糖类、氨基酸类、胺类化合物的利用能力较其他处理分别显著提高8.57%~39.20%、8.79%~30.26%、17.07%~41.18%。NPKDS处理土壤微生物对羧酸类、酚类化合物的利用能力较其他处理分别显著提高5.80%~87.18%、11.36%~104.17%;NPKBS处理香浓指数、均匀度指数均较其他处理分别显著提高6.85%~19.08%、10.74%~42.24%。NPKSS处理丰富度指数较NPKNS、NPKDS处理显著提高7.06%、5.79%;相关性分析结果表明,土壤微生物菌群结构及代谢活性与土壤碳氮转化关系密切,其中,易氧化有机碳(16.2%)、微生物量氮(30.0%)含量是影响土壤微生物菌群结构及代谢活性的主要因子。以上结果表明,连续3年添加不同外源有机物能够提高土壤有机碳氮组分含量,改变土壤微生物菌群结构,提高土壤微生物功能多样性。

库拉索芦荟内生真菌菌群的多样性研究

【目的】了解不同生境下库拉索芦荟内生真菌的菌群组成及其动态变化规律。【方法】分别于春、秋两季对云南、四川、广东以及陕西四地的多年生库拉索芦荟采样,进行内生真菌的分离、鉴定及多样性分析。【结果】所得1 442株内生真菌可归于29个属,其中未发现有性世代及不产孢的占96.88%,子囊菌占0.83%,担子菌占0.07%,接合菌占2.22%。内生菌群以链格孢属Alternaria(35.63%)、镰刀菌属Fusarium(12.69%)及拟茎点霉属Phomopsis(11.65%)为优势种群。【结论】云南与四川的样本菌群组成相似性最高(Cs=0.88),广东与云南的差异性最大(Cs=0.73)。在根部,以链格孢属Alternaria、镰刀菌属Fusarium及丝核菌Rhizoctonia属为优势种群;叶中则以链格孢属Alternaria、拟茎点霉属Phomopsis及茎点霉属Phoma为优势种群。此外,不同季节间内生真菌的组成也存在一定差异,春季以丝孢纲类居多(IF=31.42%),秋季则以腔孢纲类居多(IF=31.01%)。

探讨半夏泻心汤联合盐酸伊立替康治疗对大鼠肠道菌群的影响

目的探讨半夏泻心汤对盐酸伊立替康(irinotecan hydrochloride,CPT-11)相关的大鼠肠道菌群的影响。方法选取70只雄性大鼠适应性喂养1周后,采用随机数字表法分为空白对照组、模型对照组、半夏泻心汤低剂量组、半夏泻心汤中剂量组、半夏泻心汤高剂量组、5-氨基水杨酸组,以及半夏泻心汤+5-氨基水杨酸组,每组10只。所有大鼠腹腔注射CPT-11溶液造模,根据组别和剂量分别对各组灌胃半夏泻心汤和5-氨基水杨酸。10d后麻醉处死大鼠取材,测量大鼠胃残留率、小肠推进率。采用16S rDNA测序分析大鼠肠道粪便中的菌群种类,采用香浓–威纳(Shannon-wiener)指数计算各组大鼠粪便样品中菌群的多样性。采用索雷森(Sorenson)指数比较各组大鼠肠道菌群16S rDNA-PCR-DGGE图谱的相似性。结果相比于空白对照组,模型组大鼠增重缓慢,胃残留率升高,肠推进率降低,菌群多样性指数和相似性指数降低,肠杆菌数量增多,拟杆菌、双歧杆菌、肠球菌和乳酸杆菌数量减少,差异均有统计学意义(P<0.05);与模型对照组相比,半夏泻心汤低、中、高剂量组大鼠的胃残留率降低,肠推进率提高,肠杆菌数量减少,拟杆菌、双歧杆菌、肠球菌和乳酸杆菌数量增多,差异均有统计学意义(P<0.05);与半夏泻心汤中剂量组比较,半夏泻心汤与5-氨基水杨酸联合治疗后,大鼠的肠推进率提高,拟杆菌、双歧杆菌、肠球菌和乳酸杆菌增多,差异均有统计学意义(P<0.05)。治疗后第10天,半夏泻心汤各剂量组、5-氨基水杨酸组、半夏泻心汤+5-氨基水杨酸组的菌群多样性指数、菌群相似性指数均显著高于模型对照组(P<0.05),且半夏泻心汤中剂量组的菌群多样性指数、菌群相似性指数显著高于半夏泻心汤低、高剂量组(P<0.05);半夏泻心汤+5-氨基水杨酸组的菌群多样性指数、菌群相似性指数均显著高于5-氨基水杨酸组(P<0.05),结论半夏泻心汤能够显著改善大鼠由CPT-11导致的肠道菌群失调现象,缓解大鼠体质量下降的症状,使得模型大鼠胃残留率降低、肠推进率增加。

青檀内生真菌菌群多样性的研究

为了解我国特有孑遗植物青檀的内生真菌的菌群组成和变化规律,分别于春秋两季从江苏、安徽、河南和山东4省的5个野生青檀居群地采样进行了内生真菌的分离、鉴定及多样性分析。结果表明,所分离出的3,611株内生真菌归于31属,无性型子囊菌中的腔孢类菌群占49.42%、丝孢类菌群占28.52%,有性型子囊菌菌群占2.52%,其余19.52%的菌群不产孢。在真菌属的水平,以拟茎点霉属Phomopsis(22.10%)和交链孢属Alternaria(20.66%)为优势菌群。南京与枣庄的野生青檀内生真菌菌群组成之间的相似性最高(Cs=0.84),南京与南阳的相似性最低(Cs=0.60)。在宿主组织中,青檀叶片、叶柄和枝条中都以腔孢类菌群居于优势。春季和秋季青檀内生真菌的组成存在较大差异,春季以丝孢类菌群居多(46.71%),秋季则以腔孢类菌群居多(55.85%)。

银杏叶部内生真菌多样性的研究

为了解我国特有植物银杏的叶部组织中内生真菌菌群的多样性和演替变化,分别于春、夏、秋季从江苏和山东两省的五个主要银杏栽培地采集健康叶片进行了内生真菌的研究。结果表明:所分离出的1971株内生真菌可归于32属,以交链孢属Alternaria(18.01%)、叶点霉属Phyllosticta(14.66%)和丝核菌属Rhizoctonia(14.56%)为优势菌群。在内生真菌的类群及组成上存在着部位、地区以及季节的差异性,也呈现一定的规律性。多样性指数的计算反映出所获得的银杏叶部内生真菌菌群具有不同的丰富度及均匀度,同时有一定的相似性。

早期类风湿关节炎患者肠道微生物群落的分析

目的研究类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者肠道微生物群落分布特点,探讨类风湿关节炎与肠道菌群的关系。方法收集30例早期RA患者(RA组)与21例健康受试者(对照组)粪便样本,培养与测定肠道菌群计数水平;提取粪便样本基因组DNA,PCR扩增细菌V6-V8区16SrDNA,产物经变性梯度凝胶电泳分离,获得肠道菌群DGGE图谱,分析肠道细菌丰富度、Shannon-Wiener指数、均匀度指标,用非加权类平均法对图像进行相似性聚类分析,并绘出聚类树形图,研究RA患者肠道菌群结构与健康受试者的差异。结果双歧杆菌含量:RA组为(6.21±1.48)CFU/ml,显著低于对照组(8.55±0.90)CFU/ml(P<0.01),脆弱类杆菌的含量:RA组为(6.54±1.28)CFU/ml,显著低于对照组(8.73±0.90)CFU/ml(P<0.01),乳杆菌、梭菌、肠杆菌、肠球菌数量差异无统计学意义(P>0.05)。肠道菌群DGGE图谱示:与对照组[丰富度:(22.8±3.12);Shannon-Wiener指数:(2.98±0.26);均匀度:(0.96±0.05)]相比,RA组丰富度[(16.0±1.05),P<0.01]、Shannon-Wiener指数[(2.48±0.14),P<0.01]和均匀度[(0.90±0.05),P<0.01]显著降低,分别表明RA患者肠道细菌的种类(丰富度)、菌群结构复杂程度、细菌的相对密度(均匀度)显著降低,在DGGE图谱下方区域RA患者肠道菌群条带数量减少,消失明显。图谱相似性聚类分析显示:20例样本聚为两类,一类样本中包含10例患者与1例健康人,二类样本中包含9例健康人。表明RA患者肠道菌群有较高的相似性,RA与健康人肠道菌群相似性低。结论早期RA患者肠道存在菌群失调,肠道细菌数量及结构与健康人有显著差异,其差异变化可能是类风湿关节炎的发病因素之一。

土壤微生物群落对麻栎-刺槐混交林凋落物分解的影响

以麻栎-刺槐混交林和麻栎纯林为研究对象,采用野外定点采样、室内分析与高通量测序的方法,对凋落物分解过程中土壤微生物菌群多样性特征及其对凋落物分解速率的影响进行了研究。结果表明:(1)麻栎-刺槐混交林凋落物的分解速率高于麻栎纯林。两种林分凋落物有机碳(TOC)、全氮(TN)发生释放,全磷(TP)发生积累-释放的过程。(2)两种林分土壤细菌优势类群为放线菌门(Acidobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),土壤真菌优势类群为担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和被孢霉门(Moritierellomycota)。(3)凋落物分解过程中,麻栎-刺槐混交林土壤微生物菌群丰富度指数和菌群多样性指数变化范围小于麻栎纯林。(4)凋落物分解速率与土壤细菌菌群丰富度指数和菌群多样性指数呈显著正相关,与土壤真菌菌群丰富度指数呈显著正相关。土壤微生物群落对麻栎-刺槐混交林和麻栎纯林凋落物分解速率具有重要影响,研究结果为深入开展混交林土壤微生物多样性对凋落物分解的影响研究提供理论依据。