DNA甲基转移酶-1通过甲基化修饰调控脑胶质瘤中迁移调控蛋白1表达的研究

目的探讨DNA甲基转移酶-1(DNMT1)在人脑胶质瘤细胞中的生物学功能及其调控机制。方法利用中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)、肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)中脑胶质瘤相关转录组测序(mRNA-seq)数据、单细胞测序数据, 对迁移调控蛋白1(SHTN1)进行生存分析、临床相关分析等生物信息学分析;采用慢病毒转染构建DNMT1稳定低表达的人脑胶质瘤细胞株, 以DNMT1-NC为对照, 使用实时定量聚合酶链反应检测各组细胞SHTN1 mRNA水平, 以验证DNMT1与SHTN1的表达相关性;BSAS测序验证DNMT1对SHTN1的甲基化调控作用, 采用Kruskall-Wallis检验比较每个CpG位点甲基化差异。结果 SHTN1高表达组脑胶质瘤患者生存优于低表达组(P<0.05);SHTN1在胶质母细胞瘤(GBM)中的表达水平显著低于正常脑组织, 并且SHTN1在不同脑胶质瘤WHO分级和不同病理亚型中表达差异有统计学意义;人脑胶质瘤中SHTN1与DNMT1的表达水平呈负相关;体外实验DNMT1敲减组中SHTN1的mRNA水平显著高于对照组[U251:敲减组SHTN1表达丰度高于对照组(1.692比1.000, P<0.01);U87:敲减组SHTN1表达丰度高于对照组(1.420比1.002, P<0.05)]。BSAS测序验证SHTN1的3个CpG位点在DNMT1敲减组的甲基化水平下调(P<0.05)。结论 SHTN1的低表达可能与脑胶质瘤患者不良预后相关, DNMT1能通过DNA甲基化作用调控SHTN1的表达。